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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0252500 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0252500.2 |
| Related isoforms 3 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Threonine dehydratase; TAIR: AT4G11640.1 serine racemase; Swiss-Prot: sp|Q2PGG3|SRR_ARATH Serine racemase; TrEMBL-Plants: tr|A0A1J7FZS3|A0A1J7FZS3_LUPAN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0252500 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:60578158..60587990) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CAAGTATTTATGATTTCAAATAAGTGATTTCAAATATTTTTCCTACGACGTCGTTAGCAGAGAAAGCGAGAGGGAAAACC AAAACTGAAAAAGGATCGAAATCAATCGAAGCTTCCGTTCGGTAATGGAGATCATCTTCCTCCTGAAACCCTAACCGCTG CATTAATTGAATCAGAATCAATGGATGCGAAGGATATCCTGGGATTAACCAGACACTCATTCTCACTCTAGAAGAAGCCT CGTCCTCCCAAAGAATCTCAGAGAAAACCAGATGACATTTCGCGCGAGGTACCAACCAACCATTGATTCTTTCAACATTT TCATGGCGGTTACTCAACTCAATTGTTTGATTCCTCTCAATTGAAGAAAAAGCCTCCTCCTGATGAAAAGGTTTTGTTTC GTTTTATTTGTTCGCATTGCTCAATTATTGAAATTTCAGTTTGTTTTTTTAACCTTCTCTTGTTCAGATCACTTGGCAAT GGCTTCCTTTCACCAGTTCTGCTCGTAAAGATAATCTTCAACTATACCATTGGGTCAGTCACGGTTTCTGTAAAATTTTC CACTTATTATCTGTGACTATGAGGATGCTAGTGATTGTTCTCTTTTGCAGGTTCGTGTTGTCAATGGTGTTCCGCCTACA GGGGATTATTTCTTTTGCCAAGTATAATAAGGTACTGCTTGCATTTGCATGTATTTTTTTCTTCCCTTTTTTGAATTTGG CCTTAAATCAATGCCTTCTGTTTGTATAATTCATTGGCGGTTTACGCGCTGTGGTGCAGTCTGTTGACATTATCAGATAC ACAGATGAGGAGTATGACAAGCATTTGACGAATCCGGTGGGTATCAACTATCATGTCTAATTGTGCAATTTTATGGAAAT TTATGTATGAGTTTGATTAAACTACTGTGTAAAAAATTTTCATGCTATCCAAACTGAAATTTAATTTTTGTATGTAGTTG 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GCACACGATTTCACTTTGACAAATTTGATTGTTCTTGCAGTGGTCAGGGCACCATATCACTTGAGTTTTTGGAACAAGTC CCACAACTAGATACACTAGTTGTACCTATAAGTGGTTTGTTCACTTTTTTTTTTTTTTACTTTCAAGCTATCAGCTAAAA TGTTTTAAAAGTTCACATTTATTTCGGTATTAGCTTCTTGATTTTCCAACAAATGAAAATTGTAGGAGGTGGTATGATCT CGGGAGTGGCACTGGCTGCCAAGTCCATCAACCCTGCTATTCGAATTTTAGCGGCGGAACCTAAAGGGGCTGATGATGCA GCACAGTCTAAAGCGGCTGGGAGGATTATTAGGTTGCCCGAGACCAACACAATAGCTGATGGACTTAAAGCATTCCTTGG AGATTGCACATGGTAAAGAACAAATCTCTAGTTATCATGATTTTGAACTGAAACTAAAGTTTTTGCTCTCCCTTTTGTTC TATTGGTTTTGTTTTCACTAACTTTATGACTACATACTTCCCCCCTTTTAACATCCCTTGTTCCACAAAATTTATTTTTT TTGTCGGGTACAATGACATCAGTGATCCACATATCTGGGCCTGATGGGCTTTTGTTGTTTGTTAATTTGTTGAGTTTTCT TATACTATGTCACAATGGAGCAGGCCTGTGGTTCGAGACCTAGTTGACGATGTGATAATTGTGGAAGACAGTGAAATCCT GAAAGCAATGAAGCTGTGTTTTCAAATTCTGAAGGTGGTTGTCGAACCAAGTGGAGCAATTGGCCTTGCTGCGGTACTAT CAGATTCTTTCCAGAAAAATCCTGCTTGGAAGGACTGCAACAATATCGGTATTGTTGTTTCAGGAGGCAACGTTGATCTA GGCGTGCTATGGGATTCTTTGAATAAAGCAATATGAAGTACTCAATAGAATTATATGTTCTTCTTCACACGAATCTGAAA TAGGATTTGTTTAATTGGACTCTTGTTTATCAATCTTGTAAGCTTACAAGCGCGTATGATGTCATTGAGGGTTTACTCGT AGTTCAAGAATCGAGGGCTCAAATGATTTATTGGCTGGCTTAAATCAATTGTTGATTTAATAAGAAATTGTTATTTCTCT AGTTGTAATTGTATTTTTAGAATATTCCTACGATATCACTTAAATAACTGTCAATTTTAACCATAACTAAAAA
CDS sequence (LotjaGi1g1v0252500.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGAAGAGAAGAAGCAGATAACAAAGGGGAAATATGCTGCTAATATTTCCTCCATAATGGAAGCCAATCTTCGGATCAA ACCACATGTTCTTAGAACACCTGTTCTGACCTCCACCTCCCTTAATGCTATGTCAGGAAGGCAGCTGCACTTCAAGTGTG AATGCTTGCAAAAATGCGGAGCTTTTAAATTCAGAGGAGCTTGCAATGCGGTTTTCTCTCTTCATGACGAAGAGGCTGCT AAAGGGGTTATTACGCACAGCAGCGGAAATCATGCTGCAGCACTCTCTTTGGCAGCCAAGCTTCGTGGGATTCCTGCCTT TATAGTTGTTCCAAAAACTGCACCCACCTGCAAAGTGGATAATGTAATGCGCTATGGTGGTCATGTTATCTTCTCTGAGG ACACTATCAAATCAAGAGAGGAGACTGCAGCTAGAGTGCAGCAAGAAACTGGTGGTATACTTATACCGTCATCTAATGAT GGGCGCATAATGAGTGGTCAGGGCACCATATCACTTGAGTTTTTGGAACAAGTCCCACAACTAGATACACTAGTTGTACC TATAAGTGGAGGTGGTATGATCTCGGGAGTGGCACTGGCTGCCAAGTCCATCAACCCTGCTATTCGAATTTTAGCGGCGG AACCTAAAGGGGCTGATGATGCAGCACAGTCTAAAGCGGCTGGGAGGATTATTAGGTTGCCCGAGACCAACACAATAGCT GATGGACTTAAAGCATTCCTTGGAGATTGCACATGGCCTGTGGTTCGAGACCTAGTTGACGATGTGATAATTGTGGAAGA CAGTGAAATCCTGAAAGCAATGAAGCTGTGTTTTCAAATTCTGAAGGTGGTTGTCGAACCAAGTGGAGCAATTGGCCTTG CTGCGGTACTATCAGATTCTTTCCAGAAAAATCCTGCTTGGAAGGACTGCAACAATATCGGTATTGTTGTTTCAGGAGGC AACGTTGATCTAGGCGTGCTATGGGATTCTTTGAATAAAGCAATATGA
Protein sequence (LotjaGi1g1v0252500.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MEEKKQITKGKYAANISSIMEANLRIKPHVLRTPVLTSTSLNAMSGRQLHFKCECLQKCGAFKFRGACNAVFSLHDEEAA KGVITHSSGNHAAALSLAAKLRGIPAFIVVPKTAPTCKVDNVMRYGGHVIFSEDTIKSREETAARVQQETGGILIPSSND GRIMSGQGTISLEFLEQVPQLDTLVVPISGGGMISGVALAAKSINPAIRILAAEPKGADDAAQSKAAGRIIRLPETNTIA DGLKAFLGDCTWPVVRDLVDDVIIVEDSEILKAMKLCFQILKVVVEPSGAIGLAAVLSDSFQKNPAWKDCNNIGIVVSGG NVDLGVLWDSLNKAI
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 7 | 330 | 324 | 1.2E-151 | – | |
| CDD | 16 | 323 | 308 | 4.98769E-132 | – | |
| SUPERFAMILY | 16 | 326 | 311 | 1.3E-84 | ||
| Gene3D | 25 | 323 | 299 | 1.3E-116 | ||
| Pfam | 27 | 300 | 274 | 2.5E-70 | ||
| Gene3D | 62 | 158 | 97 | 1.3E-116 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi1g1v0252500.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…