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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi4g1v0288600 |
| Transcript ID | LotjaGi4g1v0288600.6 |
| Related isoforms 5 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein, putative; TAIR: AT3G49400.1 Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein; Swiss-Prot: sp|P87152|SPT7_SCHPO Transcriptional activator spt7; TrEMBL-Plants: tr|A0A072VIF9|A0A072VIF9_MEDTR Transducin/WD40 repeat protein; Found in the gene: LotjaGi4g1v0288600 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr4:66083166..66092877) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
AGCGGATCTTGCTACCTCCGAAGCAGATCTAAGCTTATTGGGTTGCCATCGATCGAAGAACCAACCTTGGTTGTTGGGAA GAGAGAGTGGAGGGAGAGGGGGTTGGGTTTAGCGTTGATCTTACAGGGTTTGGCTTCCTCTTTCTCTCAATATCCCTCCT TCTCATTCCACAAATTTAACACTGCAAATATGATGTTGGTGTTACACTTTCAATGTTGTTCTTCACCCACCCCTTACCAA TGAAAAGAAAAAAGTGAAATTAAAAAACACAAAATGTAAAATTAAATTGTATAAAGTAGAAAAAAAAAATACCAGTAGAA GATAAGAACGAAAATGAATGGCATTCCTGAAATTTCGGTGGGAAAATGGGAAATCAGAGTTTTGATTTTTTTTTTAGAGC AAAGGGGGAAAAGGAGAAAGATATAAAAGTTTTGATTCTTTTTCCACATTTGGTTGATTCATGCTGTGTCTTTGGTGTTT TTACTCTTTTAAAATTCTAACCATTTTTCATCTCTTTTCAATTTTTTTGTTTTGATGACTTCTTATTCAGTCATTATGAT GATGGGGCAAGAAAGATGGGTATGGATGAATATGCAAGGCTTCTAAAGCTGAAGTCTGAATATTCAAAGCTAAACAAGCT AATACATGATTTATTGAATATTGATCCTGCAAGACCAGAGGTTTTTGTAGCTTTATCTGATTTATGGGAAAGGAAGGCTT TCTTGCAACTTCAAAAAAAAAAACGAGAGGAAAATCATAATTGAAAGGGCGAGGGAGGTTGAAGAAAGTGGAAGAGAGAA GGAGAGAGGAAGGTGCAGATTTAGATTGGTCTGGGAAGCAGGGAGAGAGTGTGAAGGAGAAGAATAGAAAGAGATAAAGC CTAAAATAACCCTTGTGCAAAGTCTGTAATGCCCCTGGTCCACCGGTGGACCAAAATGAAAACAGTCCACCCTAGTGGGC ACCAAAATTATGAATATTTGGTTCAAAAAACATTATGAATATTTATTTTTCTCTTTAGTCTTTAGGAGTCAAATCCCTCA AGTAAACCCACTATTAAGCGAGACAAGTTGATTTTTCCAACCCGCATTCTCTGATGGGCCAACCCGCCCGATTCCTTTAT GCGGGTTGAGTGACAAAACCCTACTATACATATACCATGCACCTGAGTACACGGGATCAAAACAAAGAAACTTGAGCTAA ATTATTCTTGTCGAGAATCAATTTATTTGCAGCATCCTAGGTTCGAACCCTCATCTTCTCTCTGATAAACTAGACAGTAG ACAGTTACTTACAACACAGCACACAACACACAACATGGCTTGTCCTCCGTGCCCGTTAGAACCTGCTATGCTTTTGGGTT CCCCCTCTTTTCCAAACGCCATTGCTTGGTCCGATGACAACCTCATCGCCGTCGCCTCCGGCCACCTTGTTACCATCCTG GTAGTAATTCTCTCCCTTCAACACAAATCAAATCAAACACACTTTTCACTTTGTTTTTTTCACTCTAACAAGGTTTTTGT TGTTTTTCAGAGACCAGACTTGCCTAATGGACCACGCGGCCTGATCAAAATCTCCCCACGCGAGCCCCTTCTAGTAGGGT TTGTCGAAAGAAAAGGTATTCAAAACTGAAATCACATTACTGTTTTGCTTCAATTGCTTTAAAGTAACTCTATGATCATG TGCATGCATGTGTTCTGTTTGAAATTTTAATGATTCATTCACTGAGTATTTATTCATAGACAAAGCCAAATGCTGCTGCT GCTGATACTAAATAACAGAATAGAGAAAACAACTGAAACTAATTAACTGTTTGTGAATGTGTATTCATTCACTGAGTATT AATGTTCTTTTTTCTACAAAATTACATGTATTTAGTTATAAATTAGTTTGATTTGAAAATCTTGAAATCTTACATTGTCA 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CGTATGTTACTACTATCCTTCGTGACTTCTATCTTGTTTTCAGTTTCATCTTTGTTTTTCTTACTAAATCAAATATGCAT TATTTCCTTGCAGCCATCAAGAGATGCATTTGATTCATGTTTTGGTGTAGCTGTGTCCCATGGAAATCTTGTCATTGCAA CTGTATGATATTTTACTTTCATTTCAATCTGCATTCAAGTATTGATCCTCATATGTTATGCCCCTTTTGTTTAATACACC AAAATTGAAGTGTTTTACTGAATCCAAATAGAGTCTTTGCCCACTTCGAAAAAGCAAATGGTCTTGACCTCTTGGCTTTC TGAAAACATCAAAAGAAACTATTGCACAATCCTTCATCAGAGTCAGAGATACCTTAATTCCTTGTCAATTTCATATTAAA ATTTTAATTAAAAGAATCTTAGTATACTTGAATTTGAGTCTCTGTTGTCTTTAATCTGTTGAGTGAATCACAAATATTTA TTCTCTACACTAACTTCCTATATCATCATTGCTTGTTTATTGCAGGTTCATTGCTTTGATGTTGAGAAATTAAATCGAAT GTATGAAGGAAGGTATAAACATGATTTTCAAGTGACAATTTTTTCCCCTTCCTTTATGGGTTAAGATGTATTTTTTGGGG CAGGGAGGAGTTCAATGATAAATGTATATCAACCCAGATACCTTTTGGAAATATAATACATAATATAAAAAATTGAACTC ATATCACTCCAGAACACTGTGTCATCGTTTCATTCATGTATTCAAATCCTATCTAGTGGGGAAATACTTGGTTGTTATTG TCACTTCTGGCCAAAGTAGCAAGAGAATGCCCAATTGTAGAAATCATGTATATTTACAATGGTTATGCTATTATATCTTG AAGGTTTAGACCAGAAACTATGCTCCTTAGCTAATATTTTACTTTCCTTTTATCCCTTAACTCTTACAAACTAGAGATTT 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ATATGTTGTTCTATTTGTTACTGTTGTATGATAATAATTCTGATGAACTTGTACATGGTCTGGTTAGCATGCGTAAATTG TAATTACCGGCTAAAATTTACTGGTAAGCTAA
CDS sequence (LotjaGi4g1v0288600.6) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGATTGATGAACGTTTGCTCCTATGTTGGAAGGATAACTTATTGCGTAGCTGGATTTTGCGCGAGAGTCGTTTAGATGA AGTATCCACCCATTCTGATTTGCCTCGTAGTAATGATTCAATCCGCCCATCAAGAGATGCATTTGATTCATGTTTTGGTG TAGCTGTGTCCCATGGAAATCTTGTCATTGCAACTGTTCATTGCTTTGATGTTGAGAAATTAAATCGAATGTATGAAGGA AGGATTCTGAAGGCAGCTATTGAATACTTTTGGATTGGTGGGCTACATGTGGATGTTTGGTTGAAATCTCCCTTCTCTTG CTACATTGAAAAAAGTTCCAGTTTTCTCGAGAAAAATTTAACTTATTGGGGGGCCAATATCATATGGTCTTTAAACCGAT ATCAATGTCTTGATAAGCCTCTAGTTCTTTGGGATATAATTGCAGCATTGTTGGGTTTCAAGGATAACAAGCCAAAATAT GTAGAGAATTTACTGATTACGTGGCTCTCATTATCATTTCTTGGATCTCATGTGGACCTTCCTCTTGAAACTGTTTTATC ACGTGTCTCTTCAAGCCTGTCAAACGTTCCTTCTCGACTGCTACACTTGCTCAATATAATATGTAGACGGGTGGTGTTAG CAGAGCTGGAAGCTGATCAAATAACTGGAATAAATAGCAAAATTCGAAACTTGGAAGGGGCATGCCCTGCCACTGAAAAG AAAATTACTACGTGGATAGAAATTCTTTTAAGCAGCGAAAGAGAGCTCCGAGAAAGGCTTGTGGGTTTAAGTTTTTCCGC TTTCCAAAATGGCTTGTCCTCCCCCCCTGAAGCAACTCCTTCCCAACCTGGCTGTTGGTATCCTGTTGGACTAGCACAGA TGGAAAAATGGATTGCTTTAGATCAGGAACATGTACGAGAGCAGGTGAAATTCATTGCATCAAACGTTACTCATGAGAAA AGCAGGTTTGTGACCTGTGGATACTCAGCAGTCGAGCCATGCAGTTATTGTTCAGCATCTGTTCTATTTGAGTCCCCCGA GTTTGGTTTTTGTCAAGGTGAAAATTGCAGCAGTGGCAATGTTAAACGTCACAGGTTATTGAGATGTTCTGTTTCCATGG AGATTTGCCCTAGTGCTCCCCTATGGTTTTGTGTATGTTGCCACAGGTTTGCATTTAGAGTGGCACCTGAACCACTTTTT AGAATGTCTTCATTTTGTCTAGATCTAGAGTCTTCAACTAAATCTTCCTCTCTAGTATCGTCAAGACCATTATGTCCCTT TTGTGGGATACTGCAACAAAGAAAACAGCCAGACTTTCTACTCTCTCCGGCACCTGTGTAA
Protein sequence (LotjaGi4g1v0288600.6) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MIDERLLLCWKDNLLRSWILRESRLDEVSTHSDLPRSNDSIRPSRDAFDSCFGVAVSHGNLVIATVHCFDVEKLNRMYEG RILKAAIEYFWIGGLHVDVWLKSPFSCYIEKSSSFLEKNLTYWGANIIWSLNRYQCLDKPLVLWDIIAALLGFKDNKPKY VENLLITWLSLSFLGSHVDLPLETVLSRVSSSLSNVPSRLLHLLNIICRRVVLAELEADQITGINSKIRNLEGACPATEK KITTWIEILLSSERELRERLVGLSFSAFQNGLSSPPEATPSQPGCWYPVGLAQMEKWIALDQEHVREQVKFIASNVTHEK SRFVTCGYSAVEPCSYCSASVLFESPEFGFCQGENCSSGNVKRHRLLRCSVSMEICPSAPLWFCVCCHRFAFRVAPEPLF RMSSFCLDLESSTKSSSLVSSRPLCPFCGILQQRKQPDFLLSPAPV
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 6 | 434 | 429 | 3.8E-103 | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi4g1v0288600.6, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…