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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi6g1v0360700 |
| Transcript ID | LotjaGi6g1v0360700.1 |
| Related isoforms 3 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | S3 self-incompatibility locus-linked pollen 3.15 protein; TAIR: AT1G60995.1 S3 self-incompatibility locus-linked pollen protein; Swiss-Prot: sp|Q4ZIN3|MBRL_HUMAN Membralin; TrEMBL-Plants: tr|I1MDN3|I1MDN3_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi6g1v0360700 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr6:67269231..67288144) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CTAAACCCTGTTTTGCGCCAGGCAGCGGTATAAAATAAAACATGTGTTCTTATTAAGTACAGTACAAACCAAGCAAAGCA AAACAAAACCCTCGCAGACACGCACACACAGAGGAGAGGCAGAGATGGCGCAGTCTCTAGAGCTCTTGCTGATTCAGTTC CTCATGCCCGATAACGATGCCCGCCGTCAGGCCGAGGACCAAATCAAGCGTCTCGCCAAGGACCCTCAGGTGGTTCCTGC TCTCATTCACCACCTCCGCACTGCCAAAACCCCCAATGTCCGCCAGCTCGCCGCCGTCCTCCTCCGCAAGAAGATCACCG GTCATTGGCCCAAACTCTCTCCCCACATCAAACTCCTCGTCAAGCAATCCCTTATCGACAGCATCACCATGGAGCACAGG CACGTAATCAAATACATAATTATCCCAAATTCAATTCAGCTAAATTCATTTCAACATCATCATCATCATCTAACTAATTC GATTCAATTTCAATCTTCTTGTGGTTGGTTGGTGTTACAGTCCCCCTGTGAGGAAAGCCAGTGCCAATGTTGTGAGCATT GTTGCCAAGTATGCTGTTCCATCTGGTGACTGGCCCGATTTACTGCCCTTCCTCTTTCAATGTAGTCAGAGTCCACAAGA AGACCATCGAGAAGTGTGTTATCTTCTTCACACCCTCTTCTTTCATTCTTCACATTCCTCTTTCATTGACATCATGCCAT CTAACTAATTGTTGTTGCTTTTGGAATTGTAAGGTGGCTCTAATTCTTTTCAGCTCTTTGACTGAAACAATTGGGAATGC TTTTCGCCCACATTTTGCAGACCTGCAAGCTCTTCTGCTCAAGTGCTTGCAGGATGAAACTAGCAACCGTGTTAGAGTCG CCGCACTCAAGTAAGTGAATGTTCATTTTCGGTGGAATGTCTCTAGTGTACAAACTACAAAGGGATTATTATGGTATCCT 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AAGGATCACCATCAACCATAGATATGATAAAACATTGTTCAGCAAAAACAAAATAACTTAACTTGAAAAACCACCATATA TAATGTCATGGGAATATGATGATACCGTCCTAAATGCAGAAGTAACAAACATGCATCTTTATTTGATAATACGGAAATGA TTATGAAGCATTAATGCTTTGAAACCCAGTAAGATATTTAAGACCCTTATGGCTCCACTTTCACAGATACAGCAGCAGGC TCCATTTTCACAGATACAGCAGGCTCCACTTTCACAGATGCATCAGGCTCCACTTTCACAGATGCAGCAGGCTCCATTTT CACAGATGCAGCAGGCTCCACTTTCACAGGTACAGCAGGGGAGCTTGGGACAGAACTGGAAGAAGCGTCATTATTAGCAG GGACTCCATTGCTGGAGGAAGCAGCATCAGGTACAACAACCGAGAGGCCACGCTCCCTCTTCCTATAATAAATGCCACAT GCATTGCACAATGTCTGCACAAAGAAGATTAAAACAAACATACCATCACCATTATAATCCAATCAAGCATAATTGATATA TTGAATGACATGCAGGCAGGTATTATTATTATATCATATAAATAAGGGTAAACTTTGTGCTATAAAGCTTCCACTATGCA TGAAGTCCATGAGGGGTCGGATCCACTTGAATAA
CDS sequence (LotjaGi6g1v0360700.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGATCCGGAGCAGACCTTCATTCGCGTGCAGGAGAGGCTATCGCAGTTGCTGCCGCCAAAAATCAGAGTTGGTTTGGA GTATCTCTGCCTCTTCACTGCCATTAGCTTCTTCTGTATTCTCGTTGTTATGCACGCCAACTACGTTCAGCAGCCTGGCT GTTCGGCTGAGCTATCTGGAGTTCTCACATCAGAAGCCCAACTTATTCAGATTAAGATAACCAGCGCCGGCTTGTGGTCT CATAATGACTCTCAATCAAACATAATAGATCCTCCTCAAACACAAGTTCTAAAAGATAAAATTGAGGTTTCTGATGTCAC TGGAGATGACCTCACATTTTTGGCTTCCAAGTTTTGGTGGAACTGGATTGCTTCAGCTGATAGGAGGGGGAAATCGGTGT TTAAGTTTTGGAAGACTGACACTGACTTTCATGAACATCAACCTGAAACCACTACAACTAGCCCAAACTCCAGGCCAGTG GTTCAAGATGCTGTCATCAACATTGATAAAGAGGAGCCACGGAATAGTTTTTCTTCATCAGCCAAAGAGACAATAAAAGC AATAATTATAATGATTGGTAAAAAGTGGTATAGGCGCATCACATTCATTTCGAGGCACACAGCGCAGATAATTGCAAGTT TCCAGAAGCTTTGGGATATTGCTGGTGTACACCTAAATATTGATATTCCCAAATGGATGCATATCCTTCGTTTAGACAAG CTTAACTCTTATGCAGTGCAATGGCTTAAAACGAAAAGCAAGTTGTCTGAACCATTATATTTGTACACTATGGAAAAGGG GTATTTCTTGTTACCTGAAAGTGCAAAGTCTCATCATAATATACGTACTGTGAATGTTAGCATATCAGCTTGGCACTCCT GCTTTGGAAACAGGTGGCAGCAACTACTCATAAACAGATTTGTAAAATATGATACAATTTTAATCAACAGTTTATTGAGT TCTCCTGGTCAAGGTTATCTTTATAATTATCAATCAAAGGAATTCTATAACCTTAGTTATGCACACGAAGCTCCTGAAGG CCCAGCTAGGTTTGGAGACTACCTTGTAATGAAGTGTGGCGTGCTTATGATGTCCTTGTTTGTGTTTTTCACTACCACAA TGTCTGTGTCATTCACATTGAGAGAAACACAGACTCGCATGCTGAAGTTTACAGTGCAGCTTCAACACCATGCTCGGCAT CGCCTTCCAACATTTCAGCTGATATTTGTACATGTGATTGAATCGCTAGTCTTTGTTCCTATTATGATTGGTATTCTGTT TTTTCTCTTCGAGTTTTATGATGATCAGTTACTTGCCTTCATGGTCTTGATTCTTGTCTGGTTGTGTGAACTATTTACTC TTATCAGTGTCCGGACACCAATATCAATGAAGTTCTTCCCTCGCTTCTTTTTGCTGTATTTTCTGGTCTTTCACATATAT TTCTTCTCTTATGCTTATGGTTTTTCATATTTGGCTCTGTTTACAACTGCAGCTTTCATGCTTCACCTTATCCTGTACTT CTGGGATCGGTTTGAGGTACCAGCATTGCAAAGGTTTATGCAAAATCGGCGGTCACAACATCCGGACTTTCACATTACCT CATCTACGATTCTTGCATCAACATTACACATTACAAGATTGAACACAAGGAACCAGGGACTAAGTGTCACAGACTTTCCT TCTGGGGCAGGGTTCAGACCTGGTTTCAATCAATCAACGCCTCAGAATAGACCAGGAATTATGGACTCTCAAGGGCGGTC AGAAAATAATCCAGACAGGGTGGCCAACCCTGCACAGATTCCTGATCAAGCTGACATTCGACAAGCAGAAAGAGGTCCGA ACCCTGGATCCATGAATTCATTTAGTTCTTTGTTATTATGGATATTAGGTGGGGCCTCATCTGAGGGCCTCAACTCGTTT TTTTCCATGTTCAGAGATGTGAGAGACCAAGGGCAAGTTTTTACTGAAACTCCTGGGCATGAAAACCGTGAGAATCAGGA TGATGACAGATAG
Protein sequence (LotjaGi6g1v0360700.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MDPEQTFIRVQERLSQLLPPKIRVGLEYLCLFTAISFFCILVVMHANYVQQPGCSAELSGVLTSEAQLIQIKITSAGLWS HNDSQSNIIDPPQTQVLKDKIEVSDVTGDDLTFLASKFWWNWIASADRRGKSVFKFWKTDTDFHEHQPETTTTSPNSRPV VQDAVINIDKEEPRNSFSSSAKETIKAIIIMIGKKWYRRITFISRHTAQIIASFQKLWDIAGVHLNIDIPKWMHILRLDK LNSYAVQWLKTKSKLSEPLYLYTMEKGYFLLPESAKSHHNIRTVNVSISAWHSCFGNRWQQLLINRFVKYDTILINSLLS SPGQGYLYNYQSKEFYNLSYAHEAPEGPARFGDYLVMKCGVLMMSLFVFFTTTMSVSFTLRETQTRMLKFTVQLQHHARH RLPTFQLIFVHVIESLVFVPIMIGILFFLFEFYDDQLLAFMVLILVWLCELFTLISVRTPISMKFFPRFFLLYFLVFHIY FFSYAYGFSYLALFTTAAFMLHLILYFWDRFEVPALQRFMQNRRSQHPDFHITSSTILASTLHITRLNTRNQGLSVTDFP SGAGFRPGFNQSTPQNRPGIMDSQGRSENNPDRVANPAQIPDQADIRQAERGPNPGSMNSFSSLLLWILGGASSEGLNSF FSMFRDVRDQGQVFTETPGHENRENQDDDR
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Phobius | 1 | 27 | 27 | - | – | |
| PANTHER | 6 | 643 | 638 | 7.8E-154 | – | |
| PANTHER | 6 | 643 | 638 | 7.8E-154 | ||
| Pfam | 7 | 463 | 457 | 7.4E-21 | ||
| TMHMM | 24 | 46 | 23 | - | – | |
| Phobius | 28 | 48 | 21 | - | – | |
| Phobius | 49 | 359 | 311 | - | – | |
| Phobius | 360 | 380 | 21 | - | – | |
| TMHMM | 361 | 380 | 20 | - | – | |
| Phobius | 381 | 406 | 26 | - | – | |
| TMHMM | 407 | 429 | 23 | - | – | |
| Phobius | 407 | 430 | 24 | - | – | |
| Phobius | 431 | 435 | 5 | - | – | |
| Phobius | 436 | 453 | 18 | - | – | |
| TMHMM | 439 | 458 | 20 | - | – | |
| Phobius | 454 | 464 | 11 | - | – | |
| TMHMM | 465 | 482 | 18 | - | – | |
| Phobius | 465 | 482 | 18 | - | – | |
| Phobius | 483 | 487 | 5 | - | – | |
| TMHMM | 486 | 508 | 23 | - | – | |
| Phobius | 488 | 508 | 21 | - | – | |
| Phobius | 509 | 670 | 162 | - | – | |
| MobiDBLite | 565 | 601 | 37 | - | – | |
| MobiDBLite | 566 | 596 | 31 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi6g1v0360700.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…