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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0134600 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0134600.5 |
| Related isoforms 6 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | MADS-box transcription factor; TAIR: AT3G57230.1 AGAMOUS-like 16; Swiss-Prot: sp|A2RVQ5|AGL16_ARATH Agamous-like MADS-box protein AGL16; TrEMBL-Plants: tr|I3SWA9|I3SWA9_LOTJA Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0134600 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:21695724..21716660) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
ATGGGGAGAGGGAAGATTGTGATAAGGAGGATCGACAATTCGACGAGCAGGCAAGTGACATTTTCGAAGCGGAGGAATGG TTTGCTGAAGAAGGCGAAGGAGCTTGCGATCTTGTGTGATGCTGAGGTTGGAGTTGTGATCTTCTCCAGCACTGGCAGAC TCTATGAATTCGCCAGTTCCAGGTTCTCGATCTCGCTAAACTCTTGGATCTTGTGTTTCTGATTAGTGATTACTCTAGCC TTCAAATGTTGAGTGCTAATGCTATATCTGCGTTGTTAATACTTTATGAAATTATTGCTTTGTTGCTGAAGCTGTTGAAG CTGTAGATAAGAATTATCGTTTGATACTTTATGAAATTATTGCTTTGTTGCTGAAGCTGTAGGATAGTTAATTGGTAGTA ATTAAGCTCTTCTTAGCTTCAGAATTTTGTTCTTCTGCTCTTATAATTTGTTTTGTCTATATTTATGTGAATGAGTGTAA CTCATATCATAGGAACTGATGTAAAAGAACATTTGCATTAGATGAAATAATTAGCTAGAGTTGGAATATTGGAGTTGAAG TCTGCTTAGCTGTGGGGAAGAAAGTAAAGAAATTTTAAAGCTGGTACATTAGAAGTGCTAGTTCATTAGACAATATTACA GTTAAGTTACAGTTATGATATAGTATACATTAACTATACATACACACTTTAAATACTCATTTTTTCTCTTTATCTCTCAC TTTCTATCGATTCACATTGTATATCTCATTTATTACTTATCTCTTCCTTACTCACTCTCTAGGGGTTTACACCCTTAATG GTCTATCAAATATTGTCCTTATAGTTATGCACATTACTGATCTGATATGGTCAGAGGCTCAGAGCTATACATTAATTACT GGCAACCTAGTTTATGTTCTGAAAAATGATAGTAATGCTTATTAGCTAGTCTGCGTTAAGGTAGTACTACATGGATTTCA 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CTCTTTTTTTATTTTTACGTTATGTTTTGTTCTGTTCTACTTTTAATATTACACCAAACAAAGAATGGAGTCCAAGTGTT TTGTTCTATCCTATTCCAAACTATCTACCAAACCCTACCTTGAGCTTCTAAGGATGTGTTTTTTAGTTGAGTTTTGGAGG GGAGGAAAGGGGGAGGCTTATGATAAACTCTCCCCTAGTTTGGGAGATTTTAAAAAGGGGGGAAAGGTTTGGGGTATTTC TAAAAACCCTCCAAGACCCCTCTCTTAATTATATTTTTTAATTCCACCAAATTGGGGGAGTTTCCCCAAATAAGGGAATG ACTTACCCTCCTAACCCCTCTCTTGCACTGCCTTCCCATACCCCTCAGCCTTCCTCTCCCATTCCCCTAGAAACTCACCC TAAGAGAATTGTTACTTGATGGTTAACTTATCCACACAGAGTGCATAAAAATATAGTTGTTATAAACACCAAATACTGAT GCAATACCGAAAGCTAAATCAATTGGGCTACTGTACATCTAGGCTGTCAGTCCCTGCGGGATCCTGCGGGTTTCTCGGGA TTCTGGGTTCCCATCCTAGCCAGTTCACCATCCCGGCTTGTTCCATTGGGATAGTGAGGCCTCATATTTCCAAAAATGCC CCCAGTGTAAATGTTGGGGATTTTATTTAAGGGTATTTCTAGGTTTTGACAACGGTAAAAACCCTAGCACTTTTGATTTT GTTCGATCTTTCCCTCTCTCATACCAACTTTGACCCTCTTCTCCTCTGTTCTATCTTCGCACCTTCCCTCTCTTTGATCT AAAACCGGCCGACCACCACGACAGGACCTCCTGACCTTTCTTTGGCGAGCTTCACCTCTATTCTACCCACTTCGACCCTC TTCTCCTATTCTCTATCTTGTATTTATCATTGATTTAGCATGTGTATATATGGTATAAATTAGATAAAATATATAAAAAA ATTCACTATCCCAACCATCCGGCTTTTCAGGATCCCGCTATCCCAGTTTTGAGGCTGGTCGTGAAGAGCTAGGAACTGGG ATTCACAGCATCGTTGTACATCCTGTAGTGTTTTTCTCATAGAATTACTTGATTGTACTAAAACATTTAATTGGAAATTA TTAGATATTAATGAGATAATTTTATCTGTTTGCAACATTATGTTTATGTTATAGTATGAACACATAGAGTATGGGACCTA ACGAGGACTAACTATAAAGCAAATTAAGAGATGCTAAATATAATCATAATTGTAGTTGGGGAATATTCTAATCTGATCAT TAAGGAGGATTCATTCAAACTCGCTTATTTATAGTCTCACTCTCTAACTAACTCTCACAACTAACTAAAACAGCCTCAAA CTAACTAAACTGGTAAGTAGCTATGGGTACGTATCAATACAAATTGAAGGAAATTATAACCCTGTAACTAGTTGGCTGGT CAGATGAGCAGTTAGTTTGTTAACAGCTACTAACTAGATAGTATAAAGAATAAGTCAGTTAGCTGAAAGAGAGTGAGTTG TAATTGGAAAATTGTGGCGTAGCTTGAACTGAACTACTCGAATTCTCTCAGTTCCCTCCTGTACTCTCTTCCCTTGTTTT TGGTTCTTCTCACATTGAGAAGGCTGGGAAATTAGGGTTCTTGAGTACAATTCACTTCTTCTTCTCTACTGGGATGCCAG GTTTATCACTGGTATCAACGATAGAAACCAGCCAAAGAAGAAGAAAATAATGATTTTATTAAAGTAACACCCAGGTTATC CGAGAGAACCTGGACTCTCCTAATTCCCAATTACAAATGAACTAAAAGATGATAATTCCCTCTCTAACTCTCTTATTTAT AGTCTACCTCTCAACTAACTAAAACATTCTCGAACTAACTAAACTGCAAAGTAACTATGGGTACCTATCTAACTCTAAAC CACTAGATCATAGAGGCTCTAATGTTATGTCATGAACCAACAATCTCAAAAATTTAAGATGTCAGGTGATGATAGATGAA TGATTTTTATTTCTAACAGATACCATTGGAAAGATGAACAACAAAAAATTTCAGCCATACAGTCATACATACCATGGCCC AAACTTAAACAAGACCAATAATGTTGAGACTAAGACAAATTAGACAATCAGAGGTTTAATACAAAGAGTTTAGAAGAAAA GAATCCAGAAGTAAGATCTAGTTCAAAAGCATACCAATAAGGCTCTAGAAGGTCTTATAAATATTAGACATTAGACATAT TTTACCTTTTCAAGTAACAATCCTTGGAAAGACAACAAAAGTGTTATTAAGATTATTATTACAAAATACAAAGAGCTGAA AAAAGCATCTCTTGAATATTGTCAGATAATTTAAAATACAAAAAGAAGCGTTCTGGCTTATGTGTCCACTGACTCAAGCC TTGATATAAATGAGTTACTTACTTATATCATGTTTCTTAGATTTAACACCTTCAATACTATTAGGTAGCCACAAACAGCT CATAACATTGAGGTTTGCATTGATATAATTACCATGTTGCTGCCTAGTCTTAACAAAGCTCTTTTTTCTTAGTAACTTCC AACAGACAATAGCTATTGCTTCATTACAAAATCAACTTTAATGTAAGTCTCTAAAAGGGATGTTAAATTGTTGTTTCCTT AAAAGTAATAGACATCTCATCACTGACTATTTCTGCTAGATGGAGGTTCTTAGCTGGAAGCAAAGCTCCGTTTTTGCTCC TATCAGTGCTAGCATGATTCTGTAGAATAATGTTAAGACTAAGACAAATTAGACAATCACATAGGTTTAATAGCTTAAAA TTTAGAAAATAAGAATCAAGGAGTAAGATTCTAGCCTTGATAGTTAACTATATTTTATTTAAGGTTCAAATCCAGACATT TTTATTTTTAGCATGATTTGACAGGCAAATAATGGGGGAAGAGCTGTCAGGTTTGACAGTCAAAGAATTACAGAGTTTGG AGAGCCAACTAGAAATTAGTCTTCATGGTGTCCGCATGAAAAAGGTTTGCATTTCTCTAAAAATGCAGGGCTTAAGTTTG AAGCTAAAGATACAATTGTTAACATAAGATTCATTTGTGCAGGACCAACTTTTAATGGATGAAATACAAGAACTTAATCG AAAGGTCAGTTTAGAAACAGAGAAACTAACAATTTAACTATTAATCAATTAATATTTTTTATTTTCTGCAGGGAAACCTC ATACACCAAGAAAATGTGGAATTGTATAAGAAGGTAAACCTAATTAGTCAAGAAAATATGGAACTGAAAGAAAAGGTATT GGATCAGATGGCAATACAAACTATTAAGAATCTCTTCAAATTAAAAAGAACCTGGTTTTGAATGAGGACAAGCTTTTTAG GAGTTTTATTCAGAATTTGACAAGAGAGTTTCACTTACTCAGGGATATAGAACAAAAGATTGGAATGTGCCAAACAGCAA TTCTGTTCTCACAAGTGGTCAAAGCACAGGAGAGGATTTGCAAGTACCTGTGAATCTCCAGCTAAGCCAGCCCCAGCCTC AACAATACTTGTCACCTTCAGGAACTACAAAATTGGGGTATGATCTTTCATCATTTAGCAGGTAGACCATTAACCATGAT CCATAAGCATTGACGTCAATTTGTTTTGATTGCTTCAGCAGATTGCAGTTGCATTGA
CDS sequence (LotjaGi1g1v0134600.5) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGGGGAAGAGCTGTCAGGTTTGACAGTCAAAGAATTACAGAGTTTGGAGAGCCAACTAGAAATTAGTCTTCATGGTGT CCGCATGAAAAAGGACCAACTTTTAATGGATGAAATACAAGAACTTAATCGAAAGGGAAACCTCATACACCAAGAAAATG TGGAATTGTATAAGAAGGTAAACCTAATTAGTCAAGAAAATATGGAACTGAAAGAAAAGGGATATAGAACAAAAGATTGG AATGTGCCAAACAGCAATTCTGTTCTCACAAGTGGTCAAAGCACAGGAGAGGATTTGCAAGTACCTGTGAATCTCCAGCT AAGCCAGCCCCAGCCTCAACAATACTTGTCACCTTCAGGAACTACAAAATTGGGCAGATTGCAGTTGCATTGA
Protein sequence (LotjaGi1g1v0134600.5) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MGEELSGLTVKELQSLESQLEISLHGVRMKKDQLLMDEIQELNRKGNLIHQENVELYKKVNLISQENMELKEKGYRTKDW NVPNSNSVLTSGQSTGEDLQVPVNLQLSQPQPQQYLSPSGTTKLGRLQLH
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 1 | 108 | 108 | 1.2E-39 | – | |
| PANTHER | 1 | 108 | 108 | 1.2E-39 | – | |
| Pfam | 1 | 60 | 60 | 6.9E-18 | ||
| ProSiteProfiles | 1 | 66 | 66 | 13.058 | ||
| MobiDBLite | 108 | 130 | 23 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | DNA-binding transcription factor activity | A protein or a member of a complex that interacts selectively and non-covalently with a specific DNA sequence (sometimes referred to as a motif) within the regulatory region of a gene to modulate transcription. Regulatory regions include promoters (proximal and distal) and enhancers. Genes are transcriptional units, and include bacterial operons. | ||
| Cellular component | Nucleus | A membrane-bounded organelle of eukaryotic cells in which chromosomes are housed and replicated. In most cells, the nucleus contains all of the cell's chromosomes except the organellar chromosomes, and is the site of RNA synthesis and processing. In some species, or in specialized cell types, RNA metabolism or DNA replication may be absent. | ||
| Biological process | Regulation of transcription, DNA-templated | Any process that modulates the frequency, rate or extent of cellular DNA-templated transcription. |
Expression pattern of LotjaGi1g1v0134600.5, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…