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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0174800 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0174800.2 |
| Related isoforms 1 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | FBD-associated F-box protein; TAIR: AT3G26920.1 FBD / Leucine Rich Repeat domains containing protein; Swiss-Prot: sp|Q9LXJ6|FDL21_ARATH F-box/FBD/LRR-repeat protein At3g52680; TrEMBL-Plants: tr|I3TA77|I3TA77_LOTJA Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0174800 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:33501225..33519928) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
AAAGCTTACAACTTGCTAGAAAAACACGTCCTGATTTACACTGAAAGATACACAATATGAATAAAGAAACGAGCTCTAGC AACTGGCAGTCAAGCCAAATAAAGATAAACAACTACCAAGGCATATACTAACCACTAATGTCCCTTACAATAACTATTCA TAAAGGCAGTGTAGTGGGTTAATTTCTCAAAAAGGAGTCTGGCATAGGGAGCTGGACAAAACAGAGGAGCAAGGTTCTCA GGTGGGGAGGTAGTTGTGTTAAGAGAGCTATCCCAGAAATCATCCTCCTTGGCAAGCTATCATAACATCCTTAACTAAGG CTCTTCACAAGGGGTTGGGTGGATTGAAAATCCATAATTGAGTGAGGTTTCCCCTTCTTCTTAGATCTGCTACTGTGTGA GCTATTTCATTGTCGGATCTACGGGTCCAATTGAAGGTAGAGGTAATTAAATTATGACTTAGCTTTCTTATGTCTCCTAG AATGTTATGGATTTCACCAATTTTCTTGTTCCCATTGCAAGCATCTATGAGTGATTTGTTGTCTGACTCAAAGACCACAT GTTGCCAAGGATGGAAGCCTCCCTCAAAGCCAGCGCTTCTGCAATAAGAGGGGAAGGGCATAGATTAGCCTGGCTGAGCC TGACAGGGGTTGGCCTTGAGAGTCCCTTGCAATTGCTGAGGTGCTATGGATCGAAGTACCTGGAGACCAGCTAGCATCGG TGTTTAACGTGATGAATCCCAGCGGTGGAGAGCGCCAGGAGGTATTTCTTTCATGCCTTACACCTATACTGCTTGTTTTT TGTTGCATATCACTCCTCATCATGGTAAGGCATTCAGATTGAAACATATATGCCTTCCTCAAGGTATTCATAGGATTTGT TTGGGTTCCTTGGTATACCCATTCATTTCTCCCTTCCATACCGACCATAGGATAGCACTGATGAGAATTAGTGTTTGTCC 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AATACCCGCCATCAGTTCCTGAATGCATTCTATTACACCTTAATAGATGTTATCTAAAGGATTATATAGGCACCAAAGGT GAATTTCAATTTGCAAGATATATTATGCAGAATGGAAGATCTTTAAAGAGAATGACATTATGCTGTGGTGTTATGGTAAA TCAACATCGAAAGCTTAAGATGTTAGACCAATTATCCTCATGCACTAGGAGCTCTACAACTTGTAAACTTTCCTTTAAAT GATACCAAACTGAATTTAGCAACCGCAAGTAGTTTCTTCATTTCTTCCTTTAACTAGTAGCTAGGAACAAGGGTATGGAG TTATGGACCTTGTCTTAATTTTGAAATTAGTCGAACTTGTTATTTAAATTTGAGATATAGTGCTCAGTGTGATACAATAT GTTAAATTCTGATCTTATGGGAACTTACATGGTAAGTAGGTGTAAATTCTCTGTCAAACAGGAG
CDS sequence (LotjaGi1g1v0174800.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGAATCCCAGCGGTGGAGAGCGCCAGGAGATGGAAGTTATGCACTACATACGTGATGGTGAAGGCAGAGGCGGCGCCAA CGTTTTCCCCAAGTTTCACAATTTGACCCATATTGAACTTGTCTATAGGAACTGTATCACTGCTAAAGATTGGTTGCAAG TAGTGGAATTGCTCAAGCATTGCCCCAAGCTTCAAGTTCTTGTCATTGACCAGCCTCGTTCCCATGGCGTTGAGTTTGAT GGAATTGAAGAAGTAGGAGATTGGCAATACCCGCCATCAGTTCCTGAATGCATTCTATTACACCTTAATAGATGTTATCT AAAGGATTATATAGGCACCAAAGGTGAATTTCAATTTGCAAGATATATTATGCAGAATGGAAGATCTTTAAAGAGAATGA CATTATGCTGTGGTGTTATGGTAAATCAACATCGAAAGCTTAAGATGTTAGACCAATTATCCTCATGCACTAGGAGCTCT ACAACTTGTAAACTTTCCTTTAAATGA
Protein sequence (LotjaGi1g1v0174800.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MNPSGGERQEMEVMHYIRDGEGRGGANVFPKFHNLTHIELVYRNCITAKDWLQVVELLKHCPKLQVLVIDQPRSHGVEFD GIEEVGDWQYPPSVPECILLHLNRCYLKDYIGTKGEFQFARYIMQNGRSLKRMTLCCGVMVNQHRKLKMLDQLSSCTRSS TTCKLSFK
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Gene3D | 9 | 167 | 159 | 8.8E-7 | ||
| PANTHER | 30 | 165 | 136 | 2.7E-27 | – | |
| SUPERFAMILY | 30 | 137 | 108 | 8.95E-6 | – | |
| PANTHER | 30 | 165 | 136 | 2.7E-27 | – | |
| Pfam | 92 | 135 | 44 | 9.1E-13 | ||
| SMART | 96 | 168 | 73 | 1.2E-5 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi1g1v0174800.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…