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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0628000 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0628000.2 |
| Related isoforms 1 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Polynucleotidyl transferase, ribonuclease H-like superfamily protein; TAIR: AT5G61090.1 Polynucleotidyl transferase, ribonuclease H-like superfamily protein; Swiss-Prot: sp|P0C2F6|RNHX1_ARATH Putative ribonuclease H protein At1g65750; TrEMBL-Plants: tr|I3S2I6|I3S2I6_LOTJA Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0628000 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:117769276..117787099) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CTGTCAATCAACAATTAATTTAAAAAACTATGAAGCTTGGCCATGGTTATTTTAGTAAAAATGCTTTTTATTTCACTTGG ATTCAATCTCAGCCGTGGATTCAGAATTAGTTATTGAACTTGATCTCCTTCAGTATTTCGTTTACGTTTTGCTTTTCCTT CCGTTTCCATTCATCCAGCTTCTCGCGTTGCCCGTTTTAATTCTTCCACCTCTTTTAATCACGTCGCCCGTTTTCCCCTT TATGGCTTCCGTTTTCCACCTCCTTCTCAGATAGAGAGCTCGATCAGTTGTCAAAGGAGACATCTTTGAGGTGTCTCATC TATTGTCTCAAACACCTTCGCAGCCGTTTCGCACTCAGCAGCGTGAAAGAGATGGATCCAAGGGGATTTGTGGCTCTTCC GACAGAAGAAGCTCCTTCGCAGCACAGGCAAGGCCGCGTGGATTGTTGGAACCATCTACTGTGTTCGTTTAATTCTTTCG TTTGTCTGCCTCCTCTGCGACCTGCTGATCGCCTCCGATCCTCTGCACACTGTGAAATAGGGTTTGGGCGCTCAGAATGT GGATGAGTTACCTTCTCCTCCCTTCTCCTTATTTCTTTTTCCCACTTCTCCTTTATCCCCTTTTCTTCGTTTCCTTTCTT TTATAGTGTGCATTGCATTGTTGTTACTGTTGCTATTGGCGTCTTTCCACAGATTCTTTGATTTTTTTTCCCTGTTTCTA TTTGCAGCATAGGATTGGACTGGACGACTGAATTTGATTGGATCAATTCTCTTCTTGGCAGATTTGCTGCCTCACTAATC TGTGGTGAGGATTTCTTCTTGAATTTTCTGTCCACAGATTCTTTGTTTGATCTTTTTTACCCCTGTTTCTATTTGCAGCA TAGGATTGGATCCTATTTTTATATAGAATCCAAAAAACTCAAGCCACTACACTATCTGCACCCAAATGCATTTAGTCTAA 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CDS sequence (LotjaGi1g1v0628000.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGAGCATGGGTTGGAGGAAGCCTTCCGCATACTTTGTCAAGCTTAACATAGATGGCAGCTATCGGGAGGACGTGGAAGC TATGAGAGGTGGTGGAGTTTTTCATAACACAGTCGGTGAGTGGATCGGTGGGTTTACGTCCCGGGTTGAGCATGGCAGCC CCTTCAATGCAGAAACCTTAGCTCTTCGTGACGGGTTGAGGTTGGCCTGGGAACGAGGATTTCGTAAGCTCATTTGTGAA TCAGATAGTTTGGAAGTAGTTAATGCAGTTAAACATGGAGGCAATTTTGATATGCATATTCATGGCCGGGTCTTGAACGA TATTCATGTGCTCTTGCTGAAGAATCGGCGTGTTGAGCTTGGTTGGGTAGCTCGTGAGGAGAATATGGTTGTCGACTGGC TTGCTAAGCCAGGCTCGCGCCTTCCCACTTCTGGTATCCATGTGGTTGAGGCCGCTCACCCTGGATTTGGGCTCCTTCTC TTGAAGGATTCCCTTGGTGTTGCTTAG
Protein sequence (LotjaGi1g1v0628000.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MSMGWRKPSAYFVKLNIDGSYREDVEAMRGGGVFHNTVGEWIGGFTSRVEHGSPFNAETLALRDGLRLAWERGFRKLICE SDSLEVVNAVKHGGNFDMHIHGRVLNDIHVLLLKNRRVELGWVAREENMVVDWLAKPGSRLPTSGIHVVEAAHPGFGLLL LKDSLGVA
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 3 | 167 | 165 | 1.3E-37 | – | |
| PANTHER | 3 | 167 | 165 | 1.3E-37 | – | |
| Gene3D | 12 | 139 | 128 | 1.3E-16 | ||
| SUPERFAMILY | 13 | 143 | 131 | 5.06E-14 | ||
| CDD | 15 | 136 | 122 | 1.53795E-38 | – | |
| Pfam | 16 | 136 | 121 | 2.6E-24 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Nucleic acid binding | Interacting selectively and non-covalently with any nucleic acid. | ||
| Molecular function | RNA-DNA hybrid ribonuclease activity | Catalysis of the endonucleolytic cleavage of RNA in RNA-DNA hybrids to 5'-phosphomonoesters. |
Expression pattern of LotjaGi1g1v0628000.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
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