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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0701000 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0701000.1 |
| Related isoforms 1 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | RNA-binding protein 48; TAIR: AT2G27790.3 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein; Swiss-Prot: sp|A4FVJ7|RBM48_DANRE RNA-binding protein 48; TrEMBL-Plants: tr|I3SBA0|I3SBA0_LOTJA Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0701000 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:126892954..126914998) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
ACCTTGTTATGGAACTCCGCCTTGGTGGGAAACTTATTCATAGAAAATTAAAGGGAAAAAAGGGTTTCCTTCTTTGATGA ATTTCACAATGATATGGAGTTGAATATTTAGGTTGGGATTTGGGACAAAAGCCACGTCTTGTAAACGCGTGATAATGTAT TAATTCGCTCATTTTCTCCATGATGAACTCATGCAAGAGTGTGGGAAGAGCAAGGCAACTCCTAAATTATGGCCAAAATG AAATGTCAAGTTGTCACTTACCACAATGGTAGCGCTCGAAATTAATTAAGGAATAACTTTCTCTGAGCGTCCAAGGAAAA TTCCAACAAACAATTAGGTCTAATACTCGCACAAAAAGCATTGCATTCACAAACATTTCATAATTGCATAACAAGGTTTG AGCCTATGGTATGCAATTCAATACTTTGAGGCTTACGAAACTTTTTCTCAAGGATGCCAATGGTGTGACCTCATCCGCAA TTATGAAGTGTTGAAGAGGTGACGATGCCTCAAGCATATATCGAGTTATTTGCAGGGATAGGTGGTCTAGGTCCCATATT TGGGCCTGTTGCAACTAAGTTGTGATATTTAATCGCGATCACGATGCCTGTAAGCATAAAATAATGAATGCTCTAATCCT CAACTTGGTGCTCAACATTCCACGCCTAATCCACATGCAATGGGGCAATGGCCGCAGTGGGAGCACCATAAGACGTTCCA CCTCATAATCTTGCACTTCAATTGCTTGATGACCTCATCATGAGGATGTTGGAAGGATGTGCTCCACCAATGGCTCAACT GCAAGTGTGGGGAGTGGAAAGGTTGCAATCTAACACCTGAGTCACCATCAAAGGCTCCTCACTAGGAAGTAACCTGGGGG CTTGCGAAGGAGGAAGTGACGGAGGTGGTGTGCAGCCGAAAGCACTGTGAGCAGCGACAATATGATGTCGAGTGCAAAAC 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AATCAGTTAGCAGTTGGTTATTATTATTACAATTAGTATGGTTTTCTGTTAGTTTTAGACGTGAACTATATATATGTATC GCAAGTAATAGAATGAAAATATTTTTCTTCCTTTTCACTCTCCATCTTAACATGGTATCAGAAGTGAGTTGATATTCTTC TCTGCATGCTCTTTCCACCTATAATTTTCAGGTTTGCAAAAAGAAAACTGGATGATTTTGTTTTCCTTGGGAACCGACTG CAGGTTTCATATGCTCCCCATTTTGAGAGTCTCTCAGACACAAAGGATAAATTAGAGGGAAGAAGAAGGGAGGTTTTAGC ACGTTTGAACCGTAAGTTAAAGCTTATTTTTAAACATTGGCAGTTAGGCATGCTATATAAGACTAACTATTAATGCTTGA TAAGTGAATTATTGTAATGGCATTTTATCAACTTATTTAATGTATTCCCTAAACCCCATGCTATTAGCTAGAAGACCTCA AGTGACTGCAGCCTCAGGATCTAGGCCTTCGATTACCTCAAAGACCACTTCCCTATCAGAAAATTTAGATCATACTGAAA GGTAATTTTATTTTTCCAAATGCACAACAGTTCCTTGCTTCCACCTGAAGCTAAGGCATTGCGGATAAATGATTCTTTTC TTGACCATAGGGATCTAGCATTTGAAGGAAGGTCGCACAACGGTAATCTTCAAAAAAGAACAGTTTCTTCTAATGAGGTT AGTCACTTCCTCAAATTGGTGGAGATATTTTGGGTGGGAATGAACAAAATTCTTCCTTGCAATAAATGTTGCTAGAATAT GTCTTAAGACGTCCTGAATTTAATTTAAACGAGAACCAATTGGAAGAAACATGTATTCACTAGTATTATCTAAATGTTCA ACTATTTTCATATCTATGATGGTAATTCTTGTTTCACAGTTGTAATGTTTGTTACAATATGTTAGGACATGGATTGGTGG ATTTGATATAGAAGTTTCCCATGTTATTAGACATATTTATTTTTGGCTCATACTAACATGTCCTATAAACAGGATTATTT TGCTTCCCATTCCATGAATCAAACAGTAAAGGTTGTCCGCGATAAGCTCGATAAGGTGATTATTCTATTTCAGAATATCT TTTGAAATATTTTATGAGTGTGTTGAACTTTGAAACAATTTCTTCTTCCCATCTAGATTCAATCCAGTGGAGAGCATCTA CAAGATGGACCTGTATCAAAGAAATCAAGAGTTGATAATAGGAGGAGGATTTAATATATGTGAAGTTAGAGTTGTATACA ACTATGATCTTTTTTTCAGTCTCAATTTGTTGTAAATTGATAAGATGTGTTTTTATAGGACTCAAATCAAGTACGTGGAA TAGCTGATTCACCATATCTTCAATGAAAATTCTGATTTTTATTATTTTCAGGGCTTAGGGAAATATCATAACTGATGATC ATATTATGATGGTTGTGTTAAATATTTTAGTAGTTTACGTACCACACAAGTTATCCTTTGACAACTTTTGAATACATCTT ACATATAGTTGAATTGTTGACCGTTGAATTTGAAGTTCCACTGCCTCCGAGAGTATTCATATTCTCTTTGTCGTTAACTC GTTATCATTTGAAGGGAACCTTTAACTGTTTAGTATCACTCCCATCTCATCCCATTTGGCTAAACAAAATTTAAAGAGAA GAGGATGAATTAACAGCAATTTAAAGGCACGCATGCCTCTGAGAGGATGAGTAAATTGAATTTAAAAAAAAAATCAATGT TGCTAAGATGCTCCACGCTGTAAGTTGCGCACTCAGAGGCGCGTGGGACAACTTTATTTCACTCAACTTTCAACTTATTC ACATTAATGGAACATCACATTTGAAAGAGAAACATCACATTATTGAGTTTAATTACTATATGTACAAATCTAATTAGAAT CTATCGATATTTCAATTCATAATTAAATTCAAAATAGAAAATGCCAAAATAGAGATATCTGATTAAATGCATGGTACTCA ATTTTATTGTTTTTGTTCTTCTCATTTAATTTTTATTATTGTTTTGTTCACTTTTTTTTTTTGTTCTTCTCATTTCTCTG TCTTCATCCTCCTGCTACCATTTCTTAAATTGAAGCTGTAAAGAGGAAAGAACCGTTGGCCATATAAAGCCAAAAACTAT ATGCAGCTCAAAATGTACTCAAAATCCTCTTCACTCATGTAATATGGAAAACTAACTCGGGTCCATCCAGGTTTTACTCC AATATAGCCCTGCACAAATGTAATAAACAACTCTAGTCGTCAAGAAAATGCTCTGGCACTGAATTTCACTAACATAGAAC TGTTTGGAAGCAGACAAAAAAGCACTTAGTGTTTTTCTAGCAAATAATGATAAGTGATATTTAACCAATATCCAACAAAC AGGGTCATAATAACGTGTAAAAATGATGGTGGAGGAATTTTTACCTCTTGAACTGAAGATCTTATAGCAAGTGATTGAGA CTTGTTGATGTTCAGCAAATCATGGCCATAAGGTCCAGCACAAGCACAACCACCTCTAACTTGGATGCCAAAGATGTGAT TGAGTAGTGCTGCAACAAAAGGACCATGAAGTGGCTTGCCTCTTTGGTTACCCATTTCTTGCCACAACTTAAGTTCATGG CTATCTCCATCGCACTCATTGGTGGTAGAGTAGATGAGGAAAGATAATATAGCTTGTCTCTTGGCTTTTAAGTTTCCCAG AACCTTAATGTTGGGGTTGGTGGCAAGCCTCTGAAGTGCCTTGTTAATGTAAAGTTGTTCCCTGTTTTCAATCTCTTCAT AGCCTATGTACTCTTTCACCCAGAACTCTCACTGTTTGGATTATTGGAGGTGTGCCCCCATTTTCCCTATCCTCAATATT CTCCAAGTATAGTGTATCCTGTATAAATGACACAGAGTTAACTGATTAATATGTGCAAGCATGCACTTTCTAGATTTTTT AAAATGGACCTATATACTTCTCTGCATTTTCATTTTTTATATGCGGTTGGGCTTGGCCGAAGAGGTCGAGGTTCAGAATC AGGCGATGGTGGCTGAGAGGGTTTGGGAGGTGCTGGGTCTGGGTGAAGATGAAGACGAATTGAAGGATCTGAGCAGCTTC TTCTCGTAGTCGCCGAGCAAGTTCGGTGGGTCATCTTGGAAGAGGGATCAAAGCCATGTGTTCGTTTTCCTGTTGGATCT GGTTTCCCAAGAGAGAAAATCGGGAAAGAAGAGCAGCTTCAACCCCAGACAACAAGCTTCGCATCATAGAGAACAGAGAG TTGCAGATCCTGAGAAAAAAGTTAATAATCAGAGGGTGAAGATGGCGTTGGAGGTGGTGGGGTTGGGGATGGGGGGTGGT GGCGCGGTGTGAAGAATTAGCCGGTGGAGATGGGGTTGAGTGTGGTGGTGTTGGGGTGATAAAGCAGACCCTGAAAATGG GGTTGGGTGGGCTTGGAAATTTTTGTCTGTAATAGAGCAGAACATGAGGAAGGGTGATGAAGATGATGTTGATGGTGATG AAGAAGAGAAAAAACAAAGGGAAGATGTTCTGATGAATTTCTGGGTTTAATATTTTTTTTTTTTTTTGATGAAGGGGTTG AAGATGAAGATGCTCAAAGGTGGATGCTGAGAATTCAGGGCAGTTAGGAGGGACGGTGGCTGGGGAAAATTGGGATTAGG GTTCTATAGGTTTAATTTCATTCTTTATTTAATTTGCTTAATTTTTATTTTTTTTATTATTTATTTGATGATGTGTCTTG CATGGTGGTGTAATTAGCAAAAAAAAAAAAGAATCTAGATAAGAA
CDS sequence (LotjaGi1g1v0701000.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGAGAGATTGAGGAAGGATTGTGAGCCCTTCACCGATGTCTATTGGATTAAATTCCGCCTTTTCAACAATGCCAGGTT TGCAAAAAGAAAACTGGATGATTTTGTTTTCCTTGGGAACCGACTGCAGGTTTCATATGCTCCCCATTTTGAGAGTCTCT CAGACACAAAGGATAAATTAGAGGGAAGAAGAAGGGAGGTTTTAGCACGTTTGAACCCTAGAAGACCTCAAGTGACTGCA GCCTCAGGATCTAGGCCTTCGATTACCTCAAAGACCACTTCCCTATCAGAAAATTTAGATCATACTGAAAGGGATCTAGC ATTTGAAGGAAGGTCGCACAACGGTAATCTTCAAAAAAGAACAGTTTCTTCTAATGAGGATTATTTTGCTTCCCATTCCA TGAATCAAACAGTAAAGGTTGTCCGCGATAAGCTCGATAAGATTCAATCCAGTGGAGAGCATCTACAAGATGGACCTGTA TCAAAGAAATCAAGAGTTGATAATAGGAGGAGGATTTAA
Protein sequence (LotjaGi1g1v0701000.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MERLRKDCEPFTDVYWIKFRLFNNARFAKRKLDDFVFLGNRLQVSYAPHFESLSDTKDKLEGRRREVLARLNPRRPQVTA ASGSRPSITSKTTSLSENLDHTERDLAFEGRSHNGNLQKRTVSSNEDYFASHSMNQTVKVVRDKLDKIQSSGEHLQDGPV SKKSRVDNRRRI
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 6 | 172 | 167 | 1.0E-53 | – | |
| PANTHER | 6 | 172 | 167 | 1.0E-53 | ||
| MobiDBLite | 75 | 100 | 26 | - | – | |
| MobiDBLite | 77 | 96 | 20 | - | – | |
| MobiDBLite | 149 | 172 | 24 | - | – | |
| MobiDBLite | 158 | 172 | 15 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi1g1v0701000.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…