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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi2g1v0006900 |
| Transcript ID | LotjaGi2g1v0006900.2 |
| Related isoforms 3 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Replication factor-A carboxy-terminal domain protein; TAIR: AT2G05642.1 Nucleic acid-binding, OB-fold-like protein; Swiss-Prot: sp|Q9FME0|RFA1D_ARATH Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit D; TrEMBL-Plants: tr|I3SCE2|I3SCE2_LOTJA Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi2g1v0006900 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr2:2298806..2306600) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
AAAGTTTCCAAAATAAAAATTTCATATTCTGAAGATTAGAAGTTAAAGACATTTTAAACTAAGGAGTGATATATTAAATA GAGAATAAGAGTTATTTTTATTTTTTATTGTTTATGGAGCAAAGGAATGCCACTTAGAGTTGAAATGACCTAAACATCAT CTTTATTTGGTTGGATACAACGGCAAGGTTTGGTTGTAGTTATTACTTGTGGATGTGATTTGGAGAAGTGCAGTGGGTAT GTTTTTCTTTTGTATAGTCTCTACCTCTAAGCTTTTCCAGAGTTTGGGTGTGTTTTCTGGCTATGTTGTTTTCGTCGTGG TTTGCCGAAGATGTGCAATTGTCGTAGGAAGTCATGAAGTTCCGCCCTATTAGAGATCATCATCAGGTTTGTCGTGCCTG TTTTGGGGTCATATTTAAGATGACGTTTCTTTTTGTGGTTATTTAGCACTGGGATAGCATTGAGGGGTTTTATGTTTAAT ATTGGCAAAAGGTTAGTTATGAATTAAATTTTGTATATTGAGAATAATCCTTTTCAAATCTTAATTTTGTAACAATATAA TGAGATAAGCATGTATTTGTTGATATTTTGTTTGTATAATTTTGTAGATATGAGCAATTTATTAAGATAATAAGTTTGGT TTTTGACTTTAGTTAGTGATAGGAATTCTTTAAAGTATTTCCGGTTGCTTTTTAGCAGTTAAAAGTAAGTGTGTTTTGTT GACAAGACCTTGAAAAAACTTATGAGTTTTACTTTTGCAGAAGAACTGGGAAGTTGGTCTATATAATGTGTTTATAGAAT TTGGATTTACTTGCAAACCTCTTATTATGTATGTTTCTTTTGTGTGACTCCATCACAAGCTATTTTGTATTTTCTGTGCA TTCAATGGATAATGTAAAGGATCTTTGCCCACCTAAATTCAATTGGGGAATCCGAGTGAGAGTAGTCCGAAGGTGGATTT 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GGAAGTTCCAAATTTATTTATTGGCTTACATATGTTTAGATTGTTATCATATTTCTGTTGAATTTCGTCGACCAAATTTA AACCTCTATATGAAGGGAAAAGCTTTTTGAGTCAG
CDS sequence (LotjaGi2g1v0006900.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGTGTCATTTCATAGGATTGTTGACATCAGTTATTGAAGAAAGGACATGTGTGAAGAAGTCAACAACCTCTAAGATGAT GATAATTGAGCTTGCTGATGACAAGGGTAAGATTGAATGTGTATTGTTTGATGAGCATGCAAGATTTGTAACTGAGTATC TGTCTATGCATTCAACTGAAGAAGCAATATTGGTATTCCAGTTTGCCAAAATTAAAACATTTAGAGGTAAAACTGTTCTT CAAGGTGTGACTGGTGCATCGAGGCTCAGTTTTAATCCCCAAATACCAGAGGTTTTGGAATTTTGGAATGGGATTGCTTT GCATGGCTGTGATGGTAATCAGCAACTCGGAGTTGATGTTATTGACATAGGGGTGGTTTCATTATTTGATGATTTTATAA AGAATCACCCACAGAAGTCTGTTCGATCTTTGAATGAGACTATGGAGGATGGGGAGTTTATTGTTAGGGCTAAAATAATG TCTCTCCTACAAGATGACAATTGGTGGTACCTAGCATGCAAGTGCCATCGTGCTGTAATTGTTGAAGATGGTCATCATTA CTGCAGTGGATGTTTTAGGCGCGTGAATTATGTTGCTCCAAGGTTTAGAATAAAGATACAAGTTTCTGATGGGGATGATT TAGCTGAATTTGTGATGCCTGACTTAATAGCTGAAAATCTGATCAACAAGTCTTGTATGGATATACTTAATGAAGTCAAG GACCCAAATGCCTTTGAAGTTGCACCTACTATTGAAGACACATTGGTGGGAAGAGATTTGTTGTTTAAGGTTGAGAAGAA AGTGGTAAATTTATATAACTATGAGGAGCCATATCATGTGAAACGTGTTTGTGATGATTCAGATATTATAAAGGCTTACA TGTCCAATTCATCTGCTGAGACTCCTATTTTGGCAAAGTTTACTGGTGCATTTTCTGTTTTGAATGTGGATGACTATGAC ATTGATATGGATATTGATTTACTGACAACCTGTATTGAGCTTGGGGTTCCTGATTGTGTTAAGCCTGGATATGAAAGGAG TAAAACTGAACATGGGAGTTGTTCTAAATCCTACAAGAGAAAGCTGGAGGAAGAATTTGATGAGGAGTTTGATTCATATG ATTTTAAGTTGAAGGATCGAAAGTTTGAGTCAGATTAG
Protein sequence (LotjaGi2g1v0006900.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MCHFIGLLTSVIEERTCVKKSTTSKMMIIELADDKGKIECVLFDEHARFVTEYLSMHSTEEAILVFQFAKIKTFRGKTVL QGVTGASRLSFNPQIPEVLEFWNGIALHGCDGNQQLGVDVIDIGVVSLFDDFIKNHPQKSVRSLNETMEDGEFIVRAKIM SLLQDDNWWYLACKCHRAVIVEDGHHYCSGCFRRVNYVAPRFRIKIQVSDGDDLAEFVMPDLIAENLINKSCMDILNEVK DPNAFEVAPTIEDTLVGRDLLFKVEKKVVNLYNYEEPYHVKRVCDDSDIIKAYMSNSSAETPILAKFTGAFSVLNVDDYD IDMDIDLLTTCIELGVPDCVKPGYERSKTEHGSCSKSYKRKLEEEFDEEFDSYDFKLKDRKFESD
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Gene3D | 1 | 109 | 109 | 3.2E-14 | – | |
| SUPERFAMILY | 2 | 108 | 107 | 6.17E-11 | ||
| PANTHER | 3 | 299 | 297 | 9.8E-49 | – | |
| PANTHER | 3 | 299 | 297 | 9.8E-49 | – | |
| CDD | 5 | 101 | 97 | 4.5585E-13 | – | |
| Gene3D | 134 | 287 | 154 | 1.4E-11 | – | |
| CDD | 139 | 275 | 137 | 1.19568E-19 | ||
| SUPERFAMILY | 149 | 276 | 128 | 4.45E-15 | ||
| Pfam | 153 | 268 | 116 | 3.8E-8 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi2g1v0006900.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…