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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi2g1v0056500 |
| Transcript ID | LotjaGi2g1v0056500.3 |
| Related isoforms 2 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | H+-transporting two-sector ATPase, alpha/beta subunit, central region, related; TAIR: AT4G29090.1 Ribonuclease H-like superfamily protein; Swiss-Prot: sp|Q9KFH9|AROK_BACHD Shikimate kinase; TrEMBL-Plants: tr|I3SCE4|I3SCE4_LOTJA Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi2g1v0056500 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr2:11469122..11474821) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CGGCATGTTTCTCTCAACTACCTATAACATGATAATCACTGCATATTTGGTTTATTGTGTTTATATTTATCTTTTGCTGA CTAGTTATGAAATTTTATATCTATAAAAATCAAATATCAGATGCATTCAAGACCATAATGAAGGAAGAAGGATTTTGTGC TTTTTACAGAGGAATTGTTCCCAGTCTATTCCTGGTGGGTTGCTAGCTCTTAATAAATTTCTGTCCATCTTGGCACTTAA AAATTATAATCAAGCATTAAGTATAATGTGTGGACTTAAATAAAGATAGAGGCCTTATGTCCAAAAAGAAAAAGTAAAAT GTCTTTCTATTCCAATCTATAGTTAACATTGCTCCAGTTGCAACTAGCTACTATGAACTGTTGAATCAACTAATTAAATC CATATCGTATCAGAAACTTCATAATAGATCCTTTCAATTAATTGCTGTTAACTTTCAAGTTACTGACAGAAGTTGATTGC CATGTGATTTCCTCACAATCTCTAGCATGTTAGCCTATACTGTTTATTGTGGTTAACTGGTTATATACATCATTATACGA TTTCCTAACCAGTCATGAAATCTTTTTATCTGTTAAAATTAAATATCAGATGCATTTAGGACCATAATGAGGGAAGAAGG ATTTAGTGCACTTTACCGAGGGCTTGTTCCTGGTCTATTTCTGGTATGTTGCTTGCTCTTATTTTGTTTGTAAATCTTGA CACTTAAAGGTTTAATTAAAAAGATGAAATATAATATGTGGAAATGTTCTTAAATAAAAATAAACTTCTTATTCACCACC CCTAAAAATGTTAAGATAAATCCCTTCCAGTCTTTCTTTTCCAATATACAATGAACATTGCGCCACTTGATATTAACCAC TGAACTCTTTTTCTATTTTGTTCCATGATTTAAGTTATTCAGACAAAAAATGAAAAATGAGGAATGAATTTGGAATCTTT 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CTTACTGCAATTTGCCTCAATTGGGAGTAATAAATCTCAAAAATTAGGTGAAGTTGCAATATGGCTGACTGTAGTTTGGT CATTATGGTGTGTGCGTAATAGAATTGTTTTCAGTGGGGGTGAGCTACTTAAAGACCAAATTCTGGAGCAGGTTCAGCTT AAATCGTGGCAGTGGTTAACAGCTCGGCGGGTTGAATTTTCCTACTCTTGGTTTGAGTGGAAATCGAACCCACGATTGTG CCTTCTGTCATTGTGAGGTCTGAACTGTCATGGTAATGAGATTGCTGTTTGTGAGGGGAGTATTTGCGTTTCTGATGTCA CAGCAACATGAGCATTTGATATACTAATGATGCGTGGAATACATTTACACTTGTTGTTCAACTTTTATTGATAATGTGGC AGTGGTATATGGCTCAATGGACTCTTTGCGTGGGAGTATATTTTACATGTGTTGCTAAGTTCATATTGAGGATGGGACAA TGGTTTATGGCTGATTGGATTCCAAGGATAGTATTAGGTGCACTGACGCTATGGGACCTGAGGATGTGGCTCTGTTCTGG ATCACCATTATTGTATATGGATTTTATTGTAATTGACATCTTGGGGCTTCGCTTTGGCTCTTACAAATGTGTACTCTTTT TCCTTCACCAGGTTTTTCCCAAGGGGGTTTTCCTGGTAAGGCTTTAATGAGGCACATTTCTAAGAGCTTTCCCCAAGGTT GTTGGGTTTTTTATTGTTGTATCTTTGTATCTCTTTCTCTTTGTATTGGGTTGAAGTACCCCTTGTACTTCATTTCAATA TAATTTTTGCCTTATCAAAAAAAAAAAATATTGACAGTTGGCATGCTGTGAAAGAAACTGCACGTCTTTAATTGACTAAG AAGGAAAGGGGATAATGGAC
CDS sequence (LotjaGi2g1v0056500.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGGGTTCCAAGATATATTGACAGTTTGCCCGTTATGTGGCCGGGTGGAGGAATCTTGTTCTCATTTGCTCTTTACGTG CCCCGCTGCCTTGCTGATATGGTATGATGTTTATGCCTGGTTGGGTGTGTCCACAGCTCAGATTCCAGTTGGTGAGGTAC ACTTACTGCAATTTGCCTCAATTGGGAGTAATAAATCTCAAAAATTAGGTGAAGTTGCAATATGGCTGACTGTAGTTTGG TCATTATGGTGTGTGCGTAATAGAATTGTTTTCAGTGGGGGTGAGCTACTTAAAGACCAAATTCTGGAGCAGGTTCAGCT TAAATCGTGGCAGTGGTTAACAGCTCGGCGGGTTGAATTTTCCTACTCTTGGTTTGAGTGGAAATCGAACCCACGATTGT GCCTTCTGTCATTGTGA
Protein sequence (LotjaGi2g1v0056500.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MGFQDILTVCPLCGRVEESCSHLLFTCPAALLIWYDVYAWLGVSTAQIPVGEVHLLQFASIGSNKSQKLGEVAIWLTVVW SLWCVRNRIVFSGGELLKDQILEQVQLKSWQWLTARRVEFSYSWFEWKSNPRLCLLSL
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 8 | 119 | 112 | 4.7E-18 | – | |
| PANTHER | 8 | 119 | 112 | 4.7E-18 | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi2g1v0056500.3, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…