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LotjaGi2g1v0169700.1

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi2g1v0169700
Transcript ID LotjaGi2g1v0169700.1
Related isoforms 2
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Plant/F9H3-4 protein; TAIR: AT1G17830.1 hypothetical protein (DUF789); Swiss-Prot: sp|A0Q2Z6|ATPA_CLONN ATP synthase subunit alpha; TrEMBL-Plants: tr|A0A151T3V2|A0A151T3V2_CAJCA Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi2g1v0169700
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr2:58456261..58469578) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

TTTTCCATCTCCTCCATATATATCATTCTCTCGCCTTCTCCACCTACAACACATTTGTCTCCATGATCTCTTCAGTCGAC ACGACAATATCTTAATGACATCTTCTGCTTTTTGTGTGTTCCTGTTAGGGTAATCCTCTCGCACGCATGGCGAAATCGTT CCATTGTCTTCGATTCGCGTCTCGTTCTTCCCCTTTTGCACTCTTTGCCTTCTCCCCTAGTACTACTTCTCATCTCCCCT TTCTGCGCCTTATCTCGGGTGAGTTTGTTCACCCCTTCTCTTGGGCGCACCCCGTGTTGTTCCCATTCTATTATTCTATT GTGCGCCACAAATATTCCACCCACACAAATGGAGGAAAGACGAATCCCTATCGATGTTCTTGTTGAAGGTACAAATTATG CATCATCTACTAATTTTCTTTCTATATTGCAAAACATCATAATGAATAGGAAGTTATGCTTATGTTTTGTCATCAATTGA TTAAGTATTGATTTTGTAAAATTTCATTTGGAAAGGATTTCGTGGTGTTCTTTGTATACCAATTTTTGCTTTATATAGCG ATTTCTACATTTATCTATTTTATTCAATCTTCAATGCATTGTTTTATTCATAGATGAGCAAGATCTTATTACTGTCCAGG TACGACCTGCCACTAGCTTTGAAATCGAAGAAGAACAAAGGTCTTACTCCCACTTTAATACTGAAACACAACTTCGGCAT CAGCAGGGCACGACGATGGATTACATTTCCGAGCATCAACAGCAACCAAATGTTTGTGATCATTCCTAGCCACCATATTG AATCCAAACTCCCTATGCCAGGTAATTTTTCAATCCTGTGTATTGCTTAAGGCTCCAAACAATTTTTTTGTAGTGAGTAT TTAATTCAAGTAATTTCATAGAGGATATCTCGTCATTGATATTATTTGATGCATTCAATTTACCAGTAAAAAAAGCTGTG 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ATAATACGAGGATGAATTTCAGATAATTTTTCGGCGAGGGACGGTTTTCAGATTTCATTCAAAGTTCAAGGACTGTTATA TATTTTAACCCAAAAAAATATAACTATTTTATTGCAAAAAGAAAATATATAGTTTCACTTTTAAAAAAAATATGTCGAGT TTTTAGAAAATAAACCGTTTATATTAAAATATATTAAAAAATATTAAAAAAATCTCTAACTACCATTTTTATATAATACT ATATAATATATTAAAATATTGTATTTTCTCAAAATTGTTTTTTCAATACAGATAAATCCAGACACCACTATTTGTTCTAC AAAAGATTTTGGACACGTGTATAATGTGGCAAGTATCAACCAAATCCTCATAAAACATAAAAAAAAAAACAAATAAAAAT AAAAATAGACAAAATCTTAACCAAAAAGAACAAGACACACAAAAAGTTGTAACTCGAGTTTCAGTTTCGCCTCAACACGC GGCGAACCGAACTCTCTCTCCCCTCGCCACCACGACGCACCACCGCATCTCTTCCCCATCTCCTCCTCTTTCCACTCTCT CTCTCTCTCTCTCTCCTCTCTCTCTCTCTATGTTTCAATTAAAAAAAATAATCCCAAAATCCGTTTCAATTATTCCCCTG CATTAATTCCAGTAACTGATTAAACCTTTCTCTATCTTTATCTCTCTATATTACACAAAACAAACATAAAGCACACAAAA CCAAATTGCAGTTATTTTTTCTTCTTCTTCCTTCTCATCCTAAACTTGAACCCTTTTCATATTTCAACATTGCATATAGT AAATTGAAGCATTAAACAGAACCCAGTAGTGGCAATTATTTCTTCAAAAACATTGAATGGGTGCACTTTGTCCATTTCTT TCCCCTCCCTGATTTCACTCACCTGCAATTTATTACCCCTCTTTTCATCAATTGACTTTCTTTTCATCACCACTATAGAA 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CTAGTGGACTAGTAGTGATGTTTTAAGATATATGTGAAATTTTATTAGTGTTTAATATTCTTTGTAAATGCATGTTTAAA TGCGCAGTAAAAAATCACGGTAAATCAGAAAAAAGTTACTTTCATCCATTGAAATTTTATTTCACCGTGATTTTTTACTG CTTCTTGGTTTAGGTGTTATGTTTGATTTGCAGTTTGATCTGTTGTCAGTTCTCACTCTTCAACTAATGGGTGTGAATTT CAGGACCTATTCTCATAAGGCCATAAGGGTATGCTATTAAATACGATGCGGATAATGTTGCATTATCAACTCTCGTCGTA TATTAATTAATAATAATGTGCTGATACATGAAACTATGTGTTAGTGTCAATTGGGTTGTGTGATTCACTTAATAAATCAT TACTTTTTTATTTTGGTCAAAAATCATCACTTGTTGAATTAATTTTATTTTAATCTCCTCGTCTTTTGCTTTCTGTATGG TACTGTGCTTTTGGGTCTGGGGAACACCTAGAGAAATTGGCTAAACATTGTCGTAAAGGAGAAAGCCTTTGTCTTGTGCA GAGATATTCACTCGATGCCTTTTAAAAATCTTACTTCACGTGTCATTTTCCAATTAATATATTTATATATATACATTGAT TTTTTTTAGTACATGAAGAAAATGTTTACTAAATCAAAATATGATCGATGCAATGATGTCGACATGAGACCCTCCAAATT ATCAACAAAAAAAAAAGAAAGTCATTTTCCTAAGTGAATGTGACATTGCTTTTTTGGATTTTCATCAATTTATTCCTACC GTCAAAAAAAATTCTATCTATTCCATTTTTCTTTAGTCTATGTTTTTTAGTTATTCTCTAAAACAAATTGATTGAAAAAA TTGGGGGCAAAAGACCAAAAATACGTGTATTTGTATTTTATTATTTAAAAGAAAGTGATATGTAACTGTATTTTATTGTT ATTATTTTTTTTGGTTTTATTATCTTCTCTTCTTGTTGGCGGTGGGGGTATGAAAAAAAAAATATTACATCACTCACGTG AGATTAGTCTTTTTATGTGGATGAACACTTTGCTTGTAATCATTAAATTTAAACAATCATAATCCTTATGTGCTAGACAA TGTGCAAGTCTTTTGGTCAGGATAGTGGGGACCCTTTTTCTTTTTAATTACCCTGTTTCTTAGAAGAAGGGGAAAAGTCA TACAAAATCTTCATGTTTTGTCGTTTTGATGCAGTTGTAGTGAAGAATATCTGTGGATTTTTTTCTTTTTATTAGGACTT AAATTGCTTTTCTTAGTCAATAATTATTTTAAGAGGAAATTTATGACACTTGATATGGTTTGGAGAGAAAACCAAGGATT CTTCTGTTGGCATCATGTGGGTTAGGAGGAAAAAGGCCAAACTTCATAAGTTAAAACTTGAATTTTCTTCAACACAAGCT TCTGACTGAAAAATTGGCCATTCTTTATGTGGGCACAATTGCACTAGTTTTGATTAGTGGTCCAAGGTAAAATGATGTTC CTAGCATTAAAATCATTTGTTATTTTTTGTGGTAACCTTTTATTGAGAAAAATGTTTCCAATGGGATTTCCCAGTTGCTT AAGCTACTCACTACAATGTTATTATGTGGCTCTTTTTCCCTCAATTTTTGTTGTTTTAGAGAATCAGTCAATGTTTTTGG TTATTCAAAGGGCAGGTGGAGGGTGCTATTTCATGTTTTGGCCCATGACTTTATTGGCTCTTGCTACTATTTTTAGTATT TCTTGCTCTTGATTCTTAAAAACAGGGTTGGGGAGTCAAGGGTCTGTTTGGTGTGTTCTTTGAATCCACTCTTAGTTTCT TGCAAGTAACCTCTTTTGCAATATTGACACAATTTTGGTACTGTCTCATTTCTTACATAGGTCACATTGCATTATTGATT 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TCCTGCTGAAAAGTGAGAACTTCATGTTATTTTTTGTTCTGTTTGTCTACAGATTGTGGAACGGAGTCTGACGACATTGA CATGGACAAGGAGAAAGAATTATGTTGTTTCAGTGAGTGGGGAAGCATTCTGGAAGAGCAATGCAAGAAAAGGGACAGTG ACTGCATATCTCTGTCTCCTTTTGGACTAGCTACTCACAAGTTGCAGGAAGATGTTTGGTTAAACCCAGAGCCATATGAT AAGGATATGGTTACCTATCTCTACAGTGCAGCAGATTCATGGCTAAAACAGCTCAATGTCAATGATCACCATGATTTCAA CTTTTTCACATCAAACCTTACCTTGTAAAGTGGTTTCTCTTCATCCTTACCTGACTGCTATCATGTTTGGTTCCATGCTA GAATGTTTTAGAATCGATTCTGGTAGGAAGCTACAAGACTTGGCTTTGGCTTCTGTGCAAACCGTGAAACTAAACCCTTT GTTTAGCTTTGAACTGACACCGGCCATAAAAGAAATCCCCCTGGGTGCAATTCTGAAAACATTCAGAATCTGAGGTTATC TCATAAGAGTATAACCCTTGAGCATTGTAAATTTTTGTTAATGGGTAGGGGGTGAGTTTTTAACCATAGTTTTGGTTTTT CATGCTGTTATCCTAGAAAGAGGGTAATTGTTTGTTCTAGGTAACTGAAACTTATGATGCATGTCTTGTACTTTAGTCCT TTTTTAGTTTTCAAAAGATCTTCTCTATTTACTTTTGTATATTTATCGTTTTCTTTTAATCTTAATTCGCGCAAAACCAA TTAAATGTAAGAGAGCTAATAAGGGAGGATTCTCTCTT 

CDS sequence (LotjaGi2g1v0169700.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGCCGTCGTCAATCTCGTCGGAGACCAGCAGCTGCAGCGGAGGCTGTTCGCCGTCGAACCTGGAACGTTTGCTTCAATG TGTCACACCTGTTGTTCCTTCTCACACTCTGCCTCAGAGCTGCTTGAATGATGTAAATCGCCTCTGGCAACCTCTTGGCA AGGAGAAAATTGAATATTTCACCTTGAAAGATCTCTGGGACTGTTTCAATGAATGGAGTGCGTATGGTGTCGGTACGCCT GTGACTCTAGAGAGTGGTGATACTGTGATTAACTACTATGTTCCGTATCTATCTGCTATCCAATTGTACACCAATAAGTC TGTGGCAGCTTCACAGAATCAGAGAGAGGATGGTGATGGAGTTGAATTTGAAAGCGATTCATGGAGCGATGATAGTGGAA GTGATGACCTCTCTAGGTCACTGAGTAACAATTCCAGCAAAACTTGGGATGCTGTTTCTAACGACTCAAGCTCTGACCAG GATGGTTCATCACCAACAAAGGATCAGCTAGGCCACCTCTACTTACAGTATACTGAGACGGCTGCGCCCTACGCGAGAGT TCCGCTTATGGAGAAGATATCTGAGTTAGCTAGAAGCCACCCGGCCATAATGACATTGAAAAGTGTAGACCTTTCCCCTG CAAGTTGGATGGCAGTTTATTGGTATCCGATTTATACTATCCCGGGTCGTAAGAATGTCAAGGACATGGAAGCATGTTTT CTCACTTACCATACTCTGTCATCGTCATTCCAAGATTGTGGAACGGAGTCTGACGACATTGACATGGACAAGGAGAAAGA ATTATGTTGTTTCAGTGAGTGGGGAAGCATTCTGGAAGAGCAATGCAAGAAAAGGGACAGTGACTGCATATCTCTGTCTC CTTTTGGACTAGCTACTCACAAGTTGCAGGAAGATGTTTGGTTAAACCCAGAGCCATATGATAAGGATATGGTTACCTAT CTCTACAGTGCAGCAGATTCATGGCTAAAACAGCTCAATGTCAATGATCACCATGATTTCAACTTTTTCACATCAAACCT TACCTTGTAA 

Protein sequence (LotjaGi2g1v0169700.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MPSSISSETSSCSGGCSPSNLERLLQCVTPVVPSHTLPQSCLNDVNRLWQPLGKEKIEYFTLKDLWDCFNEWSAYGVGTP VTLESGDTVINYYVPYLSAIQLYTNKSVAASQNQREDGDGVEFESDSWSDDSGSDDLSRSLSNNSSKTWDAVSNDSSSDQ DGSSPTKDQLGHLYLQYTETAAPYARVPLMEKISELARSHPAIMTLKSVDLSPASWMAVYWYPIYTIPGRKNVKDMEACF LTYHTLSSSFQDCGTESDDIDMDKEKELCCFSEWGSILEEQCKKRDSDCISLSPFGLATHKLQEDVWLNPEPYDKDMVTY LYSAADSWLKQLNVNDHHDFNFFTSNLTL 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
PANTHER 18 346 329 2.3E-135
PANTHER 18 346 329 2.3E-135
Pfam 19 343 325 2.8E-102
MobiDBLite 111 168 58 -
MobiDBLite 134 168 35 -

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

Unable to find any GO terms for the transcript with the identifier.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi2g1v0169700.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…