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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi2g1v0238700 |
| Transcript ID | LotjaGi2g1v0238700.2 |
| Related isoforms 2 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Polynucleotidyl transferase, ribonuclease H-like superfamily protein; TAIR: AT5G42905.1 Polynucleotidyl transferase, ribonuclease H-like superfamily protein; Swiss-Prot: sp|P0C2F6|RNHX1_ARATH Putative ribonuclease H protein At1g65750; TrEMBL-Plants: tr|V7BJY6|V7BJY6_PHAVU Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi2g1v0238700 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr2:69933135..69957015) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CATAGATAGAGAAAAAGGGTGGCGTCAGAGAAATCCCGCCGAACAGAACCGTTCCAGTGTACACAGTCAAGGTTGTTGTC GTTGTCGTTCAAGATGGCGGAAGCAGAAGAGGAGCCAGTGCCTTCACAGCAGCCTTCAATCCCCTTCATTGATGAAACCT TCAAGGCTCAATTGTTAAAATTCATCAAGATTTTGAAAGATTTCAAAGCTTCCAACGATCAAGGTAATTTCACTTTCTAG TTTGCTCCCTTATTCAACTTCAGATTCATGCTTGTTGTGTTGTGTATGCATTTATGGTTTGTATTTTGACTGCACTGTAC AGATATGAAAGTAGCTTGTCTGTTGAAGAGCGTGGAGTATTGAGGCAATTATGCCGTAACATGAAGCTTGGTTGTTTGAA TCTCAGGTCAGTAATGGTACGAATCGCTTGCGGCATGTTTGGATTGGAATAGTAGTTGCTAATGTGGTTTAGGGGTTTGG TTTCTTGAAATTGAACCACCTGCATTTTGTGCAGGAGTCCTGCTAATACATGGATTTACAAAAAAGATGGGGAGGTCTTA ACTAAGGTATTGGGGTACGCCTCTTTTGGATTCAAGTCTTTGAGTGTTATTGCGTGTATGCTTGTTTCGTGGACCCTGAG GCTCTACTTGCTTCCACTTTGTTTAGATTCAGGCTAATTTATCAAGGAAAAGGAAGTGCAGAAAGGAGCTAGACTTATAT CGGGGAAAAAGAATAACTTCCAGTCAGCTTGCTTCGATTTGGACTTCCCAAATATTAGAAAAATTTATAGCTTCAAGTGA TGAAGGTGGGATTAACTTAGAATGGCTATTTTTCCCCTCTTATTTTTTGTGTGTTTTTATAACAGTTTTCATGCCGAAAG TGCATAAGGATTTGCATTTCCTGGTTGATATTTTAAATTACTAATCATTTTGCCTAGTTCAGAAGTACTTATAGATATTC 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TTTTTCAGGAACTGAAACACAGTTTTTTGGTGTTTAATCTTCAGTACATACTTGATTTTCTTGTTAGGATGACCATGAAC TACTTATTATGTATGAATACTCCGAATTCCTTCATTAATCGAAACTTCAAACCTGGCTGGGTACACCTCCTAGTTTCTTA GACATTATTTAAAGAAATTATGCTCGAATAAATTGGCACAGATGTCTGATATTTAGCAAGTTGGTTTGAAACAAGATCCT TTTTTCTCTATTTATATTTTAGGAAAGTGACAACAGTAGAGCCTAAGATCGTCGCTGTCACTATAATTACCATTATAAAT TGCAAAATTAGATGACTATCATTTATTTTTCAGGATGAAATTCATGAAAGGGACCGATACTCAGACCTCTTATTGGCAAT CCTCAGGTTAGAGTAAAAGGACCTTATCAACTTTTCATTTTGTTGGGTAGTTTCATTAAATACCAAAATATAACCCTATT ACATAATCGGTTATAAAATTTACTGTAGGTTAGGGATCTCTAGTTCGCAATAGATTAGATTTTGTTTTTTTGTTTACATA TGCTAATTCTTTCTTCTCCCCTTATATTTCTGCATGCTTATAAACAATCTGTTCATCGAAAAAATTAATTGGCTCTTGTT TCTTTTTCATGAAAACTAATATTTTTTTCAGAATTTTTTTCCACTTTTCCTTTCACAGGTGTTTTTTAGACTTTTAGCTT GTATAAGATCACTCACCTAGGACGTTTCTCTGGTTTTTGGACTAATATCTCTGATTTTTTAAAATTGTATGCAGACAGAT GCTCCCTTCAAATCCCCATCTACGTCTGGTCAGTTCAATGTTTGATACTTGTAATTTTTTCTGTTTCTTTCTCATCCAAC TTTTGTCTCTTGCTCATCCAATCCTTTTTTTTTATCTTAACTTCATATGCATATCGTCTTTCAATCTTCTGCTAATATTT GTAATTGTAACCCTTATCTTCCCTCCTTCTGTTTTTATATATGGTAGATACTAATGGGTGCAAGCCTTGATGCTGCTGCT GCTGCAAGATTTTCCCGATATTTTGGTGAATTCCCCATTATCCATGTTCCAGGGCTCACATATCCGGTACCCATACTGTT TTGTCTTGAGAATTAACTACCACTTTAGTCAAGCTTGACTGCAATGTCCACTTCTTCTGTCTTCAGGTCAGAAGTTACTA TTTGGAGGATGTACTTTCCATTGTAAAACTCGGAGAAGATAATCATCTTGATAGTAACCATGAGCTAAGTCAGGAAGATA AGATTTCTCTAGATAAAGCTATTAATTTGGCCTGGTCTAATGATGACTGGGGCCCACTGTTAGAGATTGTTTTTTCTGGA GGCCTGAATGTCTTCAATTATCAGCATTCGTTAACTGGCTTGAATCCTTTAATGGTGTTTGCCGGAAAAGGTAAAGTGGG TGATATGTGCATGCTCTTATCCATAGGGGCAAACTGCCATTTAAGGACCAAAGATGGAACAACTGCACTGGATATTGCTG TGAAAGAAAACCAGCAAGTAGCCGCTGAATTACTGAAGAAGCACATAAATATTGATTTTTCCTATATGGAAGGGAATTAA TTTCTTAAGAATCTGAAAACAGTCAGCCCTGAACTTCTTGATGTTGTTTTAACAACGCAGCTGATAAGAAAAATATGTAT TGATTCAAAAGATGGAGGCATTCTTGTTTTTCAGTTTTTCTTCCTTGTTTGGATGTTATACATAAAACTCGTGAGAGATT ACTTGCATCCCCATTTTTCAATGATACTGAGAAGTTTATGGTCATATCTCTGCATTCAATGGTTCCATACATCATGGTTG CCGCAAAATTGTTCTCGCTACCAATATTGCGGAAACTTCTATCACCATTGATGATATAGTGTATGTTATAGACACTGGAC GTGTGAAAGAAAAGAGTTATGATAATAATGCATTTACTCTTCATTCATCATGGGTTTCAAAAGCAAGTGCCAAGCAACGA GAGGGACATGCTGGCCTCTGTCAACCTGGAATTTGCTATCATCTGTATTCAAAGGTTCAAGCAGCTTTGTTGCCAGATTT TCTTGTTCCTGAAATTAAGAGATTGCCTATTGAGGATCTTTGTCTGCAGGTATTCCATCTTCCTTACTGGCAACTCAAAA GTCTTGGTGATTCTTCATGATTAAATGATAAAAAAATTATGCTATCCCCAAAAGTCTTATGATGCAAATGAATAAAATAA ATAAACCTTCAATGCTACATCCTGGAATCTACGCTGATTCCATCATTTCCACAATTTTCCATTTAACTTAACTCTGAAGG TCTCTCTTTGTCTTCTAAAGATATTCACTGAAATAGGGAAAATAGATAACTTGCCAATCCATGAAAGTGGTTCATTAGAA TTTCTAAATTCTAAATTGCTGTTATGATGAATTCTGTGGTATGAGTGCTTTGTTTGGAAAGATCATTTCAAGGCACACTA GATATCACTTTTTTTTTGTCAATGACCATACTGATCCTTCTATTCTTTACTGATTTATAAGTAATCTTAGTCTTTTCTCC TTTTTTAATTACTGGAACAGAACTTGGATCAAACTTTATCTGAAGGGAATGACTAGCAAGAAATTTTTATTCCTTATTTA ATCTGTTTTATTATGGTAGCTTTTATTTCTGATTAGCAATGTCATTTATAGGATTTTCTTTCCTTTTTACAATTTTAAAT AGGAATACAGGACCAGTAGCATAAAATGTTTTCTTTTCTTATCCTCAGCTGTTATATTACCCTATTTCAGTTTCTTATAC TTCCCAGTCAAAAATCACTAGGGTGTTCTAATTGCATTGTAATAACATGCCTGAACCCTCACATGTTATTTGATTCTCTT TGTTCCTTCTTTACTGTGACAGGTAAAATTGCTTGATCCAAGCAGCAGAATTGAAGCATTTTTGAGTCAAACATTAGATT CTCCAGATTTGAAGTCTATAGAAAATGCTGTTGCAGTTCTTCAAAGAATTGGGGTGTTGTCAAAGTCTGAAAAATTAACT GAGCTAGGGAAGAAGCTTGACTCTCTTCCTGTCCATCCATTAGCAGGCAGGATGCTTATTTTTTCCATATTGATGAATTG TCTTGATCCAGCTTTAACTCTGGCATGTGCATCTGTATTTGACGACCCATTCACACATCCAGTTTTACATGATGAAAAGA AGAGAGCCGCAGCTGCCAGATTTGAGCTTGCTTGATTGTATGGGGGTTGTAGTGATCATTTGTCTATAATAGCGGTGTTT GAATGCTGGCAAAATTCAACCAGAATGGGTCTAGAAGAGCGCTTTTGTTCTCAATATTTTGTCTCTCAAAGCACTATGCA TATGTTATCCAGCATGCGTACGGAATTAGCAACTGAACTTTTTCAAAATGGGCTTATTCATGATGATGTATCAAGTTATT GCTTGAATTCCCATGACCCTGGTGTACTCAATGCGGTTCTGGTAGCAGGGATGTATCCAGTGCTTGGGAAATCTTTACCT ATTGAAAGTGGAAAAAGGGTTTTTGTCAAAACTGAAACTTGTAATGAAATTGGCTTGACTAGTCATTCCGTGAATTTTAA ACTGTTCTCTCAGAAAAATTTTGGTTTCTCTTTACTTGCATATGATGAGATTGCTCGTGATGACTGGGGTATGAGCATAA GTAACTGCAGTGTTGTTGGACCACTTCCATTATTACTGCTTTGCAAAGAGATTGCTGTTACATCAATCAAGGATTCTAAA GAAGGAGACAAGTCTTCTGATAATATAGTTAGAGTAATCGTTGACCGATGGCTCGATTTTCGGTCAAAAGCACTTGATAT TTCTCACATTAACTACTTGAGAAACCAATTGTCAGCAGCAATTTTATTCAAAGTAGCCTGATATTTCTTTTATTTCTCCC TACTGTTTCCGATGAGCTTTTAGCCACCTCATTCCTTTCTGTCAATCTGCTTTAACATATTTTTTCAATTTCAGGTGACA CATTCAAAGTTTGTTCTTCCTCCCATTCTAGGGGCTGCAATGAATGCCTTAGCTTGCATTCTATCTTGTGATGGACTCTC TGGCATACCACAGACATCAGATGGTGCTGACTCTCTGATTACCACCGTAAATGCAACCAATTTAGGCAAGCAAGTACCAG GGAAAGAGCTTACAAATCATGGTGCTGTGCCTTCTTCAGGCCTTAGCATATCTACATTCGAAGGCATAGAAAATCAAAGT GATTTAACAAGTCAGAACACTGCAATAAGTTCAGCTTGCACAATTTCAACTGTGCATGTGGCTAAGGGTCCAGGAGAATA TCATTCAGAACTTGTATATCATGATGCAGCCTTTACTAGTGTGCCTTTTGAAGAAAACGCATCCACACCCATATGTATAT AAAGTCCAAGTGACCCCACAAGTCAGATTACTCCAATAGGTCTGTGGTGAAGATCTAAATCTTTTGTTTTTTCCCTCCTC AGTATTAGTTGAAGGTGTAATTCTAATTTTTCATTTCTGGACAATTAGCAGACTCAGGCATGATGGTTGAGGTTGAGTGG ACCGCTCCTGAGACGGGATGGATAAAAGCTAACACAGATGGCAGCTATGTGCCACATTCGGAGATCTCTACCTGTGCAGG AGTTTTTCGTGATGCCACAGGTTCTTGGTGCTTCTGCTTTGTTCAAAATCTTGGACCTTATTTCTGCGGGTAATTTTTTT GCTTATATAAAGTGAATTAAGGCTTTGAGGAATGCTAAAAATAAATTTTTAACACCCTTTTTTTCTTTATTATTGGATGA AACTCATGCGAATTGTGCGCGTCCTACTCGCTATTTGGTAGGAGTCTCGCTCTATCCAGTATGACCCCGTATGAATTTCA CCCAATAACTAATAATAAGTGGGAAATGGTTTAATATTACTGTCATTTCTTTCTTACACAAGCTTGTGTCTATAATAAGT GTGAGTGACAACTTTTTTTTGTCCCATCTTTCAGTGGTGTGTCAGGAGATTTTTTTGGCGCATTATTGGCTGAACTGTCG GGTATTCTCAATGCCTTCAAACTTGGTAGGGAAAAGGGCATTTCGAAGCTGTGGGTTGAGTCTGATTCCGGAATGGCGGT GGATTTTACTTTGGGCAGACGGAAGTGTCTTTTTGCCCCTTGTATTAGTATTAAACAGTCCATTGTTGAGTTGATGAGCA GAGGGGACTGGACTGTTCGACTTTCCAGTACTTTTCGTGAAGCTAACATGGTTGCTGACTGCTTGGCGAAGTATGCACAC ACTACTAAGGTGGGTGATCTTCATGTGCTCGATGTCCCTCCTTCTGAATGTATCAGAGTTTTGACTGAGGATCATGTTGG ACTTGTTAGACTCCGTTGGGTACCTGTTGGAGATGAAGTACAACAATGAGAAATACGAGTCTTAGAATAGTTTATAGTTG ATAATTTGTATCAATGAGATAAAGTACTTCTGTTCTTAAAAAAAATAGGGAACATGAAATGAGAAGCCACGTCCGTACAA TCATACATGAGTGATGGATATTAAAAGAGTAGTTTGATGATCACATGGTTTTTGAAAAAAAATGATTTTATGTTTTAATC TTGACAATTTATAGTTAAGGTTCTCTGCGGTTATAGTTTAG
CDS sequence (LotjaGi2g1v0238700.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGATGGTTGAGGTTGAGTGGACCGCTCCTGAGACGGGATGGATAAAAGCTAACACAGATGGCAGCTATGTGCCACATTC GGAGATCTCTACCTGTGCAGGAGTTTTTCGTGATGCCACAGGTTCTTGGTGCTTCTGCTTTGTTCAAAATCTTGGACCTT ATTTCTGCGGTGGTGTGTCAGGAGATTTTTTTGGCGCATTATTGGCTGAACTGTCGGGTATTCTCAATGCCTTCAAACTT GGTAGGGAAAAGGGCATTTCGAAGCTGTGGGTTGAGTCTGATTCCGGAATGGCGGTGGATTTTACTTTGGGCAGACGGAA GTGTCTTTTTGCCCCTTGTATTAGTATTAAACAGTCCATTGTTGAGTTGATGAGCAGAGGGGACTGGACTGTTCGACTTT CCAGTACTTTTCGTGAAGCTAACATGGTTGCTGACTGCTTGGCGAAGTATGCACACACTACTAAGGTGGGTGATCTTCAT GTGCTCGATGTCCCTCCTTCTGAATGTATCAGAGTTTTGACTGAGGATCATGTTGGACTTGTTAGACTCCGTTGGGTACC TGTTGGAGATGAAGTACAACAATGA
Protein sequence (LotjaGi2g1v0238700.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MMVEVEWTAPETGWIKANTDGSYVPHSEISTCAGVFRDATGSWCFCFVQNLGPYFCGGVSGDFFGALLAELSGILNAFKL GREKGISKLWVESDSGMAVDFTLGRRKCLFAPCISIKQSIVELMSRGDWTVRLSSTFREANMVADCLAKYAHTTKVGDLH VLDVPPSECIRVLTEDHVGLVRLRWVPVGDEVQQ
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 3 | 182 | 180 | 6.7E-33 | – | |
| PANTHER | 3 | 182 | 180 | 6.7E-33 | – | |
| SUPERFAMILY | 13 | 153 | 141 | 1.9E-9 | ||
| Gene3D | 13 | 153 | 141 | 6.1E-10 | ||
| CDD | 18 | 149 | 132 | 8.5969E-22 | – | |
| Pfam | 18 | 151 | 134 | 7.7E-16 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Nucleic acid binding | Interacting selectively and non-covalently with any nucleic acid. | ||
| Molecular function | RNA-DNA hybrid ribonuclease activity | Catalysis of the endonucleolytic cleavage of RNA in RNA-DNA hybrids to 5'-phosphomonoesters. |
Expression pattern of LotjaGi2g1v0238700.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…