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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi2g1v0320300 |
| Transcript ID | LotjaGi2g1v0320300.3 |
| Related isoforms 6 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Nucleic acid-binding, OB-fold-like protein; TAIR: AT1G23750.1 Nucleic acid-binding, OB-fold-like protein; Swiss-Prot: sp|O49453|Y4844_ARATH Uncharacterized protein At4g28440; TrEMBL-Plants: tr|I3SF15|I3SF15_LOTJA Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi2g1v0320300 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr2:79526340..79536965) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
TAATAAGGATTTTGTCGTTGTCTTTGTCTTCTTAAAACTCGACCTTAAGCTTGCGTTTCAGTGTCGGATTCATCTCTTTC CATCCCCTCACAGCAATTTCACTTCCATCTCCAGGTGATGTTCCAATCTCCTTCCCCTTTCTCTCCTCTCTCCTTTACTC AACCACTTCGTTTCCTTCCTCTGCTTTTCCAACCTCATTTGCAATTTTCATATTGAAAAATTCAACTTTTTCTTTCGTGG TTCAAGTTCCAATCATGAGAGTTTCTTTTTAATTTGATTTGTATCTGAATTTATGAAGCGTGTTCAATAGAATCATAAAA TTAGTATGGATTTGGATCTTATTGTTATCAATAATTTCCCCTTGCTTTGACCTAGGAATATTAAAAAGTTCAAAACTTTC TTATACCCTTTAGGTGTGGCTAGTGCTAATTGCATGCTCTGTGATACTGTAATTGATATGGATTGAGTTTTGCATTTGTA TTCCTGTTGGGTAAAATGGGTTTTCCTTTAGCTGAATTTTTTTGATAAAGATGTATAAAGTGACATTTATTTTTCAAAAT TTATGTTCAAGGAAACCAGTAGTGGTCATCAAACTTTCAATTTTGACTTGTATATTAAGATCTTATATAGGCATAGTGTG CAAAGTTCAAGTTTTTTTGCTGGCTTAATGGAGATTCTTGTGGTTTTGGGGATTTGTAGGGTCTTAAGCATGGCAGATTC AAAGCCCGGATTGAGGAAGCCTGTGTTTACCAAGGTTGATCAGCTTCGCCCAGGGACCAGTGGGCACACTTTAACCTTGA AGGTGGTCAATACTAAGATGGTGGTGCAAAAAGGTCGTGCTGATGGTGCTCAATCCCGTCAAATGCGACTTGCTGAATGT TTGGTTGGTGATGAGACTGGAATGATCATATTCACTGCTAGAAATGATCAAGGTATGTGCATGTTGTGACTTTGGTTCAT 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TGTGGGTAGTTCCCTGCGTCGAGCTGGCTTTGGCGGTTGCCTTCGCAATAACATTGGGGAGTGGATCATTGGCTTCATGG AATCTGGTGGTGAGGATGATATTCTCCACACGGAGCTTTGAACCATTTTCCTTGGCTTGTGCTTGACTTGAGATGGGGGC TACAAAAAGGTTGTTTGCTACTTGGATTCTCTTCTCATCATGTCTTCGATCAAGACTCTACCTACGAGCTTTCATGTGTA TGCATCCTCATTAGTAATATAATGGACATGTTTGATAGACAGTGGATGGTTTGGGTTGCCCACCCTCTGCGAGAGGGCAA TGCGTGTGCAAATTTTTTTGCCCAAAGCCGGGACTCGTCATTTCAATAGCTTTGTCCTAGTTTAAAACGCTCTGATGGGT CTTACTTCTCATCTCTTGACGTATGCTATAGAAACTAGTTTTCTCATATTTAGTTGTGTTAGGTATTTTGTATGGGTGTT TTTTTTAACCTCTTATACAAAAATAAAATCATATATCTTATCTATTAATCTCTATCTTTTCCTCTCTTTTTTTTTTTTTT TTTTTTTTTTTTCTATCTGATACCGAAGAAAAAGAGTATAATGAGAAACACGAGTCCAGTCATTCGTTTATCTCTGTCTC CTTAAAACTCGATCTTACGCTTGTGTTTCAGTTTCAGTTTCAGTTTCAGTTTCAGTTTCGGTTTCATCTCTTTCCATCAC TTCCATCTCCAGGTGATGTTCTCCTTTACTCAACCACTTCGTTTCATTGCCCCGATTTTCCAACCTCATTTGCGATTTTC ATATTGAAAAAATTCAACTTTTTTCTTGTGTGGTTCAAGTTCCAATCATGAGATTTTTTTTTTTTTTTTTTTAATTTGAT TTGTATCTGAATTTCTGAAGCGGAAAATTAGTATGGATTTGGATCTTATTGTTATCAATATTTTCCCCTTGCTTTGACCT 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TGTCATGTACTTCGTTTACAAATACTTTAGTACTTTTGTCAGAGTACTAAGTTTGATCTGTCCGGCATATAGGCACAAAT GCTCTGGGTTGTACCCTGACAAAGAATTGCTGTAATGGTTGAATTGGGTCTAAAATAGTGTAACCTGGAAAAAAAATGTG AATTTGTGCTGGTTTCTATTGATCAGCTGTATCTCGATTCGTGTCCTTCTGAATACATAACAAGTACTGGTTGAAGAATC CCCCCCCCTAAGAGAGATAGATAAGAGAATTAGAAAAAAAAGGAACCCTCTTTCTATGCTAATGCTAAGCAATGATGCAA ATGCAAGATTGCCCAGATTGTCTGCTCTTAAATTTGAAAATATATTTATCCTACTTTAGCTTAGACTCTGGCTGAGAAGC GCGCAATCAAAAGAAAAAAGATATTAACAGATGTGAAGTTTAAAATGAGTTGCAAGCATTCAGTGGTAGTTTGTACCTAC TGATTTCTTTCTTTTACATCCAGGCAGTATCAGTTCACATACAAAAAGGCCTCGCTTCGTACTAAAAGTGTTCTAAAACC GTTGCAGACTTGCTGTAACTGCTAGTAAATAAAGTTCAATGTTCTTATATGATACTACACTGGTCATAAAAGTAGAGAAT TTTATCTTTCAAAAAAAGTAAAAAGGGAGAACTTAAATTTGGCAAGTCTTAACCTATCATGTGGTGTGGAATGCTCAAAG AGTGGTTATTGGCTTAATCATATATAGGAACTGATATTTTTACATAGAAACAACAGAGACTAGCTCCTAAAAAAACAGCA ATATGTTGACAACAGACGATGAATTGTGATCCAAACACGTTCCTTTCCCGTCGCCTCGAGTGATGCCTAACCTCTCTTTC TCTCCTTTTAATTATTTTCTCTAACAAAAATCACACCTTCCCTGCTTTTCCCTGCCATGTGGGAGTTCTGTTATTTTAAG AGGAAAGTTCTCTTTACCACCAAACTGTCCATGGTGGTCTAGTGCCTATGGCATTGATTCCTATATGCCTATTTCATCAA TTGTTCTGTTTAATGAAGTTCCATGTTTGTTGTAGATGACAAATTTTAAATAATATTTTTGATGTAGAATTTTCAAATTA GATTGATATGCAAACAATCTTTCTGATATAATTTAAGATGTTAAAATGTGATTATTTAAGTAGATGGCATCCTAGATTTA TCTCCTTGCCCATGAATGTTGTTTGTTTACCTTTTCACAATATCTAGAGTTTAGCAGTATTACTTAACGTTTATAAACAC TTTCTTTGGTCCCAACTTCTTTTCAGTGGATTTGATGAAGGAGGGCAGCACTGTAGTCATGCGGAATGCCAAAATTGACA TGTACAAAGGATCAATGAGACTCGCTGTGGACAAGTGGGGCCGTGTTGAGGTCGCAGAACCTGCTAGTTTCACTGTTAAG GAAGATAATAACTTGTCCCTGATTGAGTACGAGCTGGTGAATGTTGTGGAATGACTTGCTGGACACTCTGAAAATTGTGC TGTGTTCTAATAAAAAACTCAAAACAAATCAAGAAAATAAATCTACTTTTGTTCATGGGACATTTTCTGATCATGCTCAT CGTCATTCACCTTGCTAGGAATAGAAATTTGTGTAGCCAAGCAGTACCAGCAGTTGCTTTTAACTGTTGCGACAGACTCA GATGAATCTTGAAGCTCATGCTCTGAACAGATGTGGCTATAACTTGTAATAGGAAGAAGAAAATGGGAACTAGCTTTTCC AGATCATGCTTTTTGTTATGCTATCTATTTATAGTTTTATATTTGGATTTAGTACATCTTCCTCCTACTTGGATTATATG TATCAGAATATTTTGGCAGGTGAATGTTTATCCTTATTTTATTTCTTTGTTCAATCTCACTCTTCATCGTGAAATCCTCG ATTATAGAAACATCAATAAATTGTGAAAAAATTTAAATACGAGTGCAGAAGGGAATAATCTCAAAA
CDS sequence (LotjaGi2g1v0320300.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGCAGATTCAAAGCCCGGATTGAGGAAGCCTGTGTTTACCAAGGTTGATCAGCTTCGCCCAGGGACCAGTGGGCACAC TTTAACCTTGAAGGTGGTCAATACTAAGATGGTGGTGCAAAAAGGTCGTGCTGATGGTTCTCAACCCCGTCAAATGCGAC TTGCTGAGTGTTTGGTTGGTGATGAGACTGGAATGGTCATATTCACTGCAAGAAATGATCAAGTGGATTTGATGAAGGAG GGCAGCACTGTAGTCATGCGGAATGCCAAAATTGACATGTACAAAGGATCAATGAGACTCGCTGTGGACAAGTGGGGCCG TGTTGAGGTCGCAGAACCTGCTAGTTTCACTGTTAAGGAAGATAATAACTTGTCCCTGATTGAGTACGAGCTGGTGAATG TTGTGGAATGA
Protein sequence (LotjaGi2g1v0320300.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MADSKPGLRKPVFTKVDQLRPGTSGHTLTLKVVNTKMVVQKGRADGSQPRQMRLAECLVGDETGMVIFTARNDQVDLMKE GSTVVMRNAKIDMYKGSMRLAVDKWGRVEVAEPASFTVKEDNNLSLIEYELVNVVE
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 1 | 135 | 135 | 1.2E-80 | – | |
| PANTHER | 1 | 135 | 135 | 1.2E-80 | – | |
| SUPERFAMILY | 7 | 134 | 128 | 1.89E-38 | ||
| Gene3D | 23 | 126 | 104 | 8.1E-37 | – | |
| CDD | 27 | 110 | 84 | 1.2059E-15 | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi2g1v0320300.3, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…