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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi2g1v0438600 |
| Transcript ID | LotjaGi2g1v0438600.1 |
| Related isoforms 1 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Replication factor-A carboxy-terminal domain protein; TAIR: AT1G52950.1 Nucleic acid-binding, OB-fold-like protein; Swiss-Prot: sp|Q65XV7|RFA1C_ORYSJ Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit C; TrEMBL-Plants: tr|G7LDT6|G7LDT6_MEDTR Replication factor-A carboxy-terminal domain protein; Found in the gene: LotjaGi2g1v0438600 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr2:93558357..93564621) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CATTCATCTTTGTTATCCTATCATTCAACCTATGAGTTTCACACGATCTGCAGTTGTACCCAAATTACAAGCTTATTACT GAATCCATCGAGTTGTCTCTGAAACCCGGTCTGTGTGCTGTTCACGATTTTGCGTGTAGATCGATTTCCAGATTTATGGT GCGTGCGTTATGTCAATTTCTTTATGTATTCTCTTTTCATCCTCTAGGTCTTCTTCCTTATTCTTTATGTGGTGTTTTCC TTTCATCATTTGACTGCAGTCATATGATATTTCCTTCCAACATTTTCTTATTTGGAGTATACAATATCTTTTTGCACGTT GGGTTGATTAGACAGTACAATTTCTTATTTATTTTATTAATTCCAGTATCTGTTTGATCAAAAAAAATTGTACCAATTCT GTCATTTCAGTTTTAATTATTATCAATTATCAACATCAATGGTGTGTTACAAGTTTGATTGACAATTCTGCCTAATTGTG TGTAGTTGTTAGTTTTATGGTAGTGGTTTCTATGTATTGTCATTCAATTTAGATTCAAGTTTCCATACTTTTGAAAGGTC TTTTCTAATTCATAATCCTTCATGACTTCCATGTGTACCTTATATTTATTCTATCCAATCTTTTTTCTACTGACGTTATT AGTTTCAGTATTTAGTTCATGTAACCAGTTCTATACTGACTGATTAAAATAATATTTCACATCTACTATAAATACAAGTT TTCCCCATATGTAAAACAATCATAGTGAAGTTCTTGATTCTTGATACTGCAGCTGTTTTAGTGTTTTGTTTTTTATTTCT TTGCCATGGCAAATGCATTGATGTCCTATGATAATGTTAGTGATGTGAGTAGTATTTTACTTAGCTCTGGAAATTGTAAC TGGCTGGTTCGGATTATTTCAGTATGGAGAACCCCTCATTCTATTCTACAAAGGGTGAGGTCTTGCATGGAATTAATTCT TCTTGATAAGCAGGTAAACTCGTATTAGTTATCATATTTTATATTTATATATCTATTAACTAAAAAGGTTGATTTGGATC CTTTGATTTTCTTATAGTGTGTTTGTATTTTTCTTGGTGTCTAATTTGATGTAAACAACACTAGTTTTATTATCTTTGTA TATTTGTAGGGGACAAAGATACAAGCTTCGGTTTGTAAGTTTCATAGATTAAGGTTGGAAATCTTGCCTGGATTTGTTTA CAAGATTTCCAAGTTTAATGTTATTCCAAATGATTATGGTCTCCGTTTCACCAATCACAACTACAAACTTATATTCGGTT CATCGACGAATATTGTCCGATTTGATGATACAACAATTCCTCGCGAGTGTTGGTCTTTCTATGATACTCTTAACATACAA AGACGTGGGGCGACCTTCTCATTCCTGATTGGTATGTTATGAAACCTTGTACATATATAATTATATATTGTATTGTCGTT TTAGATGTTGCACATAAGTTGCATATTTTACTAGGTTTTGTTTTCATTAACTCATTGTGTTTGTGGTTATTGAGCAAGAG TTATTGTGTTTAATTTTTTTTTTCAGATTTTATTGGTTTGTTAACTGCTGTGTCACGTGTGAGACGTTTGGTTATTGGAG GAAGGAATAAGAAGATGATAGTTATTGAACTTGTAGACCCTGTGTAAGACACCACATTTTTTGTTTAATTTTATTGATTA ATTTATTTAAAGTTTATGGATGTTAGTTGATTGTTATTATAATACACAGTTGTAAATTTTTTAAATGTATTTATTATGCG TTCAGTGGCAAGATTCGTTGTGTATTACTTGGCGAAGTTGTTGATCGATTGATGTTGCATTTATGCTCTAACTGGACTAA GAGACCAATTTTGCTCCTCCAGTTTGTAAAAGTTAGAAGCTTTGCAGGTATTTAACTAATCAATTTTTAAATAATACATG 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CCCTTTGAAGTGAGTATGCTCTTTTTATTTTTGTGGTGTTAGGGATAATTTGGAAATTTTGTGATTATCTAAAATTATTT AAGTAATGTTTTTTTCTTTCTATTTTAATTATATAGGCTCAATTGGATGTTGAATTTCCTTTGGAGGTTGAGGAAAACGT TATTGGCAAGAAAATGTTATTCAAGGTTGAAAGAATTGCGGGTTTAACATATAATGGAACCCCTTGCTATGAAGTTATAA GAGTTTGTTCTGATTTGGAACTTATCGAAATGTTTCGTTCTGGATTAGCAGTTACCACACCACTGCAGGTTTGTAAGCTG AGATCTTTATCGTAGATTCAGTAGTGTTTGTTATTTGTTATTTATAAGTATATGTTATAATTATTATTTTTTTGTTCAAA GATAAAGATTATATTGTTCAAATTAGTGTCTTTATTACATGTTTCATTAATTTGTTGAATAATTTACAGGGCTCACTTGA TGATGCAAATTTGAGTGAACAATTTTTGCAAGCTGGAGAAAGTATCAATGGTTCTTGTGATGAAAGAATTATGAAGAGGA AGTTAGTGGGAGCAGCTGAAAATGTGTGTCTCGATGTGGGGTTCAAGTTAAATCAGAATGAAAGTGAGGTGATGGAAAAC CATGAAAAAGGAATGTTAGGTGAAATTCAGCGCATGAAAGCACTTAAAATCTATGATGGTGATCAGTGCAATGTTGGAGA GGAAATGTTAGATGAGATTAATCGTCTAAAAGTAATTAAAATCTCTGACGAGGTGAATGCTATTTCTGAGGTTGAGGATC AGACTTTTGAGTTGCCTATTCATTAGCGTCTGTTTCATGGAAAGTATGAAGATATGGAGATTTGGTTGAATTTGGTCAAG TGGATTTTAGTTTTCATTAGTAAGTTGTTTTTCCTCTTTTTTCTGCATTCTTCATTGAACTCGCAACGTAGGTTAGCAAA 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GTTGGGAATGAAAACATTTTGCAAGGAAATATTAAATGTAGCTGAAGAAGTTGCTTGTTTTGTGTTTCTTAAATGTGTAA ACAAAATTATGTTGCTTTTGGATATTGGGACTTCTACTTATTTTGCAGGCCTAGATCAAAGGTCAAAGCTAACAAGAGAA CCCGAGAAGTTGTTAGTACAAGTGCAGATGGAGGTTGGTTTAAATGCAGTGCCAGTAGGAAGAAGTTTTATATATTGAAA GAGAGTATCAAATTTCATCCAGAAAAAAGGGTGGTCTTGGTGAATGACCCAACTGAAGTTTTCTTGGAGGAACTCATGAA TAGAAAGTGGATGAAGGTTGCCCAGCCACCGAAACAATTCAATCCAGAAATAGTGCAGCAATTCTATGCCAATGCCACAT ACAATGAAGAAGCAAAAGCAAACAGATGGACATGGGTGAATAATGTTCGAGTAGGATATGACAAGAAAACTATCGATAGC TATCTTGGGAACCCATGGAAGTCAGCCCACTGTAGTTCTGATGATGATTTTACCCTCTCTTATTACTGCCTTGTGCTTTT TTCTTGATGTGCCGATTCTATCTGGGTATACAGAAGCAATAATAGGTGTAATTGATGAAAGTTATATCAATGTCTTTTGC AAGGAAAAACAAGTGGATGTTATTATTCAAGAACTTGCTGAGAAGCGGAAATCAAAATATACTCCTCAAACTCAAGAGCA ACCTGTTGGTAACCAGGCTTCCCAATTAGAGCTTCTTATTGCCTCCGTGCAGCGCTTAGAAACAACAATTGGGGATATGA GGTTGGAAAACAGAGCTCAATATCATGCGTGCTATCAAGCACATGTTGAGTTGTATAGGCATGCAAGGGACTCTTATTAC TCACCTCAGCCTCAATCATACTATTGGCCCACAGTTGAGGAGTATGTTGCTCAGGTACCGTGGCTTGGGGCTGGGCCATA TTCGGTGGGAGGGGAGGGACAACAGGATGGGCTTGGAAATGAAGGAGGGGATGTTCCAATGGATTGAGAAGGACTCACGA AAGTTGAGTGATATTTTACTAGAATGTGACTTAATTTTTGTACTTTGGTTATGTTTTTAGTAGTTTGTTATATTGTTGGT ACTTTGCTTTATATTTGTTATGCTTTATGTTTCGTGAGAACCACTGACCAGTTATTGCTAATCATTCTCAATTGATTCTT GGCACGCACGGTTTGATATCATCCACTTGACAAGTTATGCTTAGCGTGATTTGCAGATGCTCAGCACATGTAAATTGAAA GGTCTTCTATCACTTTTGTGCTTAGTATGGTATGGGGCGCTAAGCACCATAAATCTCAAATTCCTGAACATTTAAATCTG TACCTATAAAGGGAAGTAAATTATATATTCAAGTTCTTTGTCTTATGTACCCAGATTTTATGAATTTTTAGTATTTGATT AATTATTTTCCATGTTGTGGTAGAT
CDS sequence (LotjaGi2g1v0438600.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGAATTAATTCTTCTTGATAAGCAGGGGACAAAGATACAAGCTTCGGTTTGTAAGTTTCATAGATTAAGGTTGGAAAT CTTGCCTGGATTTGTTTACAAGATTTCCAAGTTTAATGTTATTCCAAATGATTATGGTCTCCGTTTCACCAATCACAACT ACAAACTTATATTCGGTTCATCGACGAATATTGTCCGATTTGATGATACAACAATTCCTCGCGAGTGTTGGTCTTTCTAT GATACTCTTAACATACAAAGACGTGGGGCGACCTTCTCATTCCTGATTGATTTTATTGGTTTGTTAACTGCTGTGTCACG TGTGAGACGTTTGGTTATTGGAGGAAGGAATAAGAAGATGATAGTTATTGAACTTGTAGACCCTGTTGGCAAGATTCGTT GTGTATTACTTGGCGAAGTTGTTGATCGATTGATGTTGCATTTATGCTCTAACTGGACTAAGAGACCAATTTTGCTCCTC CAGTTTGTAAAAGTTAGAAGCTTTGCAGATCAAATGATTATTCAAATGGTACCTCACTCCTCCCAACTCCACATCAATCT TGAGGCTGTTTCCATCTTTACCAGAAGGTTGTTTTCGCAATCTATCCAAATTAATGAGCATGTTGGATTCATTCCTTATC AAAAGTTGGAAATGAACATGAAGGATGAAATGATGAATTTGTATCCCAAAAAAACACTCACTCAGCTGTTGGTTGAAGAA CAGACTGGTGTGTGCGTTACCTATGGTGGTATTGTTGGGCTTATTAGAGATGAACCATGGACCTATCCATCGTGTATTTG TCATGATGAGCTGATTGTTCGTACCGGTGTGTATGAATGTGTGAGGTGTGATCGGTTTTTTTATCAGATGATACGCAGGT ATCGTTTGAAGATTGAAGTTTTTGATGGATACCAAAGTGCTGTATTTGTTTTAAGTGACCGAGAGGTCAAGGAGGTGATG AAGAAGTCCTTCGAGAAATTTGTCATTCCCTTTGAAGCTCAATTGGATGTTGAATTTCCTTTGGAGGTTGAGGAAAACGT TATTGGCAAGAAAATGTTATTCAAGGTTGAAAGAATTGCGGGTTTAACATATAATGGAACCCCTTGCTATGAAGTTATAA GAGTTTGTTCTGATTTGGAACTTATCGAAATGTTTCGTTCTGGATTAGCAGTTACCACACCACTGCAGGGCTCACTTGAT GATGCAAATTTGAGTGAACAATTTTTGCAAGCTGGAGAAAGTATCAATGGTTCTTGTGATGAAAGAATTATGAAGAGGAA GTTAGTGGGAGCAGCTGAAAATGTGTGTCTCGATGTGGGGTTCAAGTTAAATCAGAATGAAAGTGAGGTGATGGAAAACC ATGAAAAAGGAATGTTAGGTGAAATTCAGCGCATGAAAGCACTTAAAATCTATGATGGTGATCAGTGCAATGTTGGAGAG GAAATGTTAGATGAGATTAATCGTCTAAAAGTAATTAAAATCTCTGACGAGGTGAATGCTATTTCTGAGGTTGAGGATCA GACTTTTGAGTTGCCTATTCATTAG
Protein sequence (LotjaGi2g1v0438600.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MELILLDKQGTKIQASVCKFHRLRLEILPGFVYKISKFNVIPNDYGLRFTNHNYKLIFGSSTNIVRFDDTTIPRECWSFY DTLNIQRRGATFSFLIDFIGLLTAVSRVRRLVIGGRNKKMIVIELVDPVGKIRCVLLGEVVDRLMLHLCSNWTKRPILLL QFVKVRSFADQMIIQMVPHSSQLHINLEAVSIFTRRLFSQSIQINEHVGFIPYQKLEMNMKDEMMNLYPKKTLTQLLVEE QTGVCVTYGGIVGLIRDEPWTYPSCICHDELIVRTGVYECVRCDRFFYQMIRRYRLKIEVFDGYQSAVFVLSDREVKEVM KKSFEKFVIPFEAQLDVEFPLEVEENVIGKKMLFKVERIAGLTYNGTPCYEVIRVCSDLELIEMFRSGLAVTTPLQGSLD DANLSEQFLQAGESINGSCDERIMKRKLVGAAENVCLDVGFKLNQNESEVMENHEKGMLGEIQRMKALKIYDGDQCNVGE EMLDEINRLKVIKISDEVNAISEVEDQTFELPIH
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 1 | 392 | 392 | 3.8E-49 | – | |
| Gene3D | 1 | 70 | 70 | 1.5E-7 | – | |
| PANTHER | 1 | 392 | 392 | 3.8E-49 | – | |
| Gene3D | 71 | 202 | 132 | 2.4E-8 | – | |
| Gene3D | 217 | 378 | 162 | 8.4E-10 | – | |
| SUPERFAMILY | 229 | 356 | 128 | 1.47E-11 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi2g1v0438600.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…