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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi3g1v0316000 |
| Transcript ID | LotjaGi3g1v0316000.2 |
| Related isoforms 1 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Mammalian uncoordinated homology 13, domain 2; TAIR: AT5G06970.1 plant/protein (DUF810); Swiss-Prot: sp|Q3SZN2|SC23B_BOVIN Protein transport protein Sec23B; TrEMBL-Plants: tr|A0A0B2RXL4|A0A0B2RXL4_GLYSO Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi3g1v0316000 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr3:66965990..66982603) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
ATGAATCTCAGAGAGAATGCCATAGATCTTCTCCAGAGATACCGAAGGGACAGGCGAGTACTTCTCGATTTTATGCTTTC CGGGAGCTTAATCAAGAAAGTGGTAATGCCACCTGGTGCAGTTACTCTGGATGATGTGGATCTAGATCAAGTTAGTGTTG ATTATGTGGTCAATTGTGCCAAAAAGAGTGAGTTGAATTTTATCCTTTGCATTGCTTATCATCTTCTTCTTTATTTGGTT TTGCTTTCACCGTCTTAATCATATATTCTTATTCTTCTGTGCAGGTGTAACGCTTGAGCTTTCGGAAGCAATTAGAGATT ATCATGATCATACTGGGTTACCCCAAATGGTATGTTATGTTTTGGTATTTTTGATATATTTGTCATTTGTGTATGTTTGT CCATTTGTACACATTTACGTATTAGAAACAATGTATTGATTTAGCTTGTGCAATTGTATACTAACATATTTCATAGTTAC TTTCTTACTATGTTTAGATGTCATGCTGCACTTTGTCCTTTTTAAACTTGTAATGACTGGTCTTCCCTTTTTTAATGCAT GCTGATGAATGTGATGCATCTTCAAAACCCTTTTGCTAAATATTTCTATTCATGCTTTATAAATTCTGTTCCCCTCCCGC TTCATTGAATGTCTGTATTCAATTGTTTCTGAGGATTATATTTGAATGTTAAATGCTTCTGCCTTTAACAGAGTGACACA GGTTCAGTTGGTGAATTTTATTTGGTCACTGATCCTGAGTCTTCAGGTTCACCTCCTAAAAGGGCACCGCCACCTGTTCC AATCTCTGCTGCGCCTCCTGTTGCTGTCTCCACTCCACCACCTGCTTATCCAACATCTCCAATTGCTTCTAGTGTATCAA GATCAGAGTCTTTTAACTCCACACAAGAAAAGGAGCTAACGGTGGATGACATTGATGACTTTGAGGATGATGACAATGCT 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ATCCGAGTTTTGTTGTCAAATTCATTATTATATTTACATTCTCTTGTAATTTATTACCGGGGGAATTTAATTTCTTATAA CCATCGTTCCTCAGAAAGTATAATCTTGATTATCTTACAGACTCGAGAGCTGATAGAAGACCTGAGATCTGCTAGTGGCC TGGAAATGCATGGTGGCAAAAGCAAACTAGGAGCTGATTCCAAAACTCTGTTGAGAATATTATGCCATAGGAGTGACTCA GAAGCCTCTCAATTTCTGAAGAAACAATACAAAATGCCCAAATCTTCTGCATAA
CDS sequence (LotjaGi3g1v0316000.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGAATCTCAGAGAGAATGCCATAGATCTTCTCCAGAGATACCGAAGGGACAGGCGAGTACTTCTCGATTTTATGCTTTC CGGGAGCTTAATCAAGAAAGTGGTAATGCCACCTGGTGCAGTTACTCTGGATGATGTGGATCTAGATCAAGTTAGTGTTG ATTATGTGGTCAATTGTGCCAAAAAGAGTGTAACGCTTGAGCTTTCGGAAGCAATTAGAGATTATCATGATCATACTGGG TTACCCCAAATGAGTGACACAGGTTCAGTTGGTGAATTTTATTTGGTCACTGATCCTGAGTCTTCAGGTTCACCTCCTAA AAGGGCACCGCCACCTGTTCCAATCTCTGCTGCGCCTCCTGTTGCTGTCTCCACTCCACCACCTGCTTATCCAACATCTC CAATTGCTTCTAGTGTATCAAGATCAGAGTCTTTTAACTCCACACAAGAAAAGGAGCTAACGGTGGATGACATTGATGAC TTTGAGGATGATGACAATGCTGCGATGGTTGATAGTCTCAGGGCTAAAAGGACTCTAAACGATGCTTCTGATCTTGCTGT AAAATTGCCTTCTTTTTCCACAGGGATCACAGATGATGATCTCCGTGAAACTGCATATGAGATCCTCTTGGCTTGTGCTG GAGCCACAGGGGGTCTGATTGTCCCATCTAAAGAAAAAAAGAAAGAAAAAAAATCCAGTTTGATTAGGAAGCTTGGGCGC AGCAAAAGTGGAAGTGTTGTATCCCAGTCTCAAAATGCTCCTGGATTAGTTGGCTTGTTGGAAACCATGCGTGTTCAATT GGAGATATCAGAGTCAATGGATATTCGAACAAAACAAGGGTTGCTAAATGCTCTTGCAGGAAAGATGGGGAAAAGGATGG ATACTCTTTTGATTCCGTTGGAGTTGCTTTGCTGTATTTCACGCACAGAATTTTCTGATAAGAAGGCTTTTATACGTTGG CAGAAGAGGCAGTTAAAAGTTTTGGAGGAGGGTCTTATTAACCACCCTGTCACTGGATTTGGTGAATCTGTGCGCAAGTC AAACGAATTGAGGATTCTTTTGGCAAAGATTGAGGAATCTGAGTTTCTTCCTTCTTCAGCTGGTGAAATTCAAAGGGCAG AATGCTTGAGGTCTCTTAGGGAGATTGCCATTCCACTTGCTGAGAGGCCAGCTCGGGGTGACTTGACTGGTGAAATATGC CATTGGGCAGATGGTTACCACTTAAATGTCAGACTATATGAGAAATTACTTTTAAGTGTATTTGACATGCTAGATGAGGG AAAATTGACAGAGGAAGTGGAAGAAATTCTTGAACTTTTGAAATCGACTTGGCGAGTTTTAGGAATCACAGAGACAATCC ATCATGCATGCTATGCATGGGTATTATTTCGTCAGTATGTTATCACAAGGGAGCAAGGGATTTTACTGCATGCAATTGAG CAATTAAATAAAACACCACTGATGGAACAACGAGGCCAACAGGAGAGATTGCACCTTAAAAGTTTGCATTCCAAGGTTGA TGGTGAACGAGAGATGTCTTTCTTACAGTCTTTCTTAACACCAATTCAGAGATGGGCTGACAAGCAGCTCGGAGATTACC ATCTGCATTTCAATGATGGTTCAGCAAATATGGAAAAGATTGTTGCAGTTGCAATGATTACCAGGAGGCTTCTACTGGAA GAACCCGAAACTACCGTGCAGTCATTGCCAATTAGTGATCGAGATCAGATAGAGATATATATAACATCATCAATTAAGAA TGTATTTTCAAGGACACTGCAAGTTGTTGAAAGAATAGATATGTCACATGAGCATCCCTTGGCCTTGCTTGCAGAAGAAC TCAAGAAGCTCCTGAAAAAAGATTCGGTAACTTTCATGCCTGTTTTATCTCAGAGACATCCTCAAGCAACTGTTGTATCT GCATCATTAGTTCACAAACTTTATGGGCACAGACTGAAACCCTTTCTGGATGGTGCAGAACATTTAACCGAGGATGTCAT TTCAGTATTCCCAGCTGCTGAAAGTCTAGAGCAGTTCATAATGGCGCTTATTATTTCTGTATCTCAAGAAGAAAATGCTG AGATCTTGTTGAAGAAATTGAATCTCTACCAGATTGAGACAAAATCTGGAACATTGGTGCTACGCTGGGTCAATTCGCAG CTTGGAAGAATTTTAGGTTGGGTAGAGCGGGTTATTCAACAGGAGCACTGGGACCCAATATCTCCTCAACAGCGGCATGC TGGTTCTATTGTGGAAGTTTACAGAATTGTCGAAGAGACGGTTGATCAATTTTTTGGTCTGAAAGTTCCAATGAGGTTTA CAGAATTGAATAGCTTGCTCCGTGGCATCGACAATGCTCTCCAAGTGTATGGAAATCTTGTTGTTAATGACTTGGCAAGC AAGGAGGACTTAATACCACCAGTGCCTGTTCTCACGCGATACAGAAAGGAAGCTGGAATAAAAGCTTTTGTGAAGAAGGA ACTATTTGATGCTCGGGTGCCTGAGCCTGATGAAACAAAGCCCAGTGAAATTAGTGTCCTAACAACTCCAACACTTTGTG TTCAATTAAATACTTTATATTATGCGGTTAGTCATCTGAATAAACTGGAAGATAACATTTGGGAGCAATGGACAAGCAAG AGGTCCCAGGAAAAACTCATAAAAATCTGTTGA
Protein sequence (LotjaGi3g1v0316000.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MNLRENAIDLLQRYRRDRRVLLDFMLSGSLIKKVVMPPGAVTLDDVDLDQVSVDYVVNCAKKSVTLELSEAIRDYHDHTG LPQMSDTGSVGEFYLVTDPESSGSPPKRAPPPVPISAAPPVAVSTPPPAYPTSPIASSVSRSESFNSTQEKELTVDDIDD FEDDDNAAMVDSLRAKRTLNDASDLAVKLPSFSTGITDDDLRETAYEILLACAGATGGLIVPSKEKKKEKKSSLIRKLGR SKSGSVVSQSQNAPGLVGLLETMRVQLEISESMDIRTKQGLLNALAGKMGKRMDTLLIPLELLCCISRTEFSDKKAFIRW QKRQLKVLEEGLINHPVTGFGESVRKSNELRILLAKIEESEFLPSSAGEIQRAECLRSLREIAIPLAERPARGDLTGEIC HWADGYHLNVRLYEKLLLSVFDMLDEGKLTEEVEEILELLKSTWRVLGITETIHHACYAWVLFRQYVITREQGILLHAIE QLNKTPLMEQRGQQERLHLKSLHSKVDGEREMSFLQSFLTPIQRWADKQLGDYHLHFNDGSANMEKIVAVAMITRRLLLE EPETTVQSLPISDRDQIEIYITSSIKNVFSRTLQVVERIDMSHEHPLALLAEELKKLLKKDSVTFMPVLSQRHPQATVVS ASLVHKLYGHRLKPFLDGAEHLTEDVISVFPAAESLEQFIMALIISVSQEENAEILLKKLNLYQIETKSGTLVLRWVNSQ LGRILGWVERVIQQEHWDPISPQQRHAGSIVEVYRIVEETVDQFFGLKVPMRFTELNSLLRGIDNALQVYGNLVVNDLAS KEDLIPPVPVLTRYRKEAGIKAFVKKELFDARVPEPDETKPSEISVLTTPTLCVQLNTLYYAVSHLNKLEDNIWEQWTSK RSQEKLIKIC
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 5 | 886 | 882 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 5 | 886 | 882 | 0.0 | ||
| MobiDBLite | 96 | 115 | 20 | - | – | |
| Pfam | 196 | 871 | 676 | 4.9E-235 | – | |
| ProSiteProfiles | 667 | 808 | 142 | 22.336 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi3g1v0316000.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…