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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi3g1v0497900 |
| Transcript ID | LotjaGi3g1v0497900.1 |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Phytochrome; TAIR: AT1G05950.1 hypothetical protein; Swiss-Prot: sp|P14712|PHYA_ARATH Phytochrome A; TrEMBL-Plants: tr|V7AEF0|V7AEF0_PHAVU Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi3g1v0497900 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr3:91652824..91664404) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
ATTAATGGTAAAGTATGCAGAAGCTAGAACAAGTTCCCAATTGAAAGGTTCAACAAAATGAATGATCTACGTAACGTAAC CCATGTGAACCTTTCTGAATTCTGACAAATTTTCCCAAAATGCAAATCCTTTTGCAGAACAACAAAAGTGTTTTATACGA ATCAATCAAACAGAATGGATTTTTTATTCGAATTCATTTGACTCTGTCTTCCTCACCTACGACACTGTCTGTCTGTGACT GTTACTCTGTCTGAGCTCTCTTCAATTTCTCTCTGCATTTGCATTTCTGGGTTTTTCGATTATTTATATCTGGGTTTTCT CTCCTGTATTGAGTTTTCAAAGGAAAGGTGATAAAGGTGGCGCCTTTACACTCAAACACAGCATTCACATTGTAGCACTT GCTTCAGCTCTCTAACATTGTCAGGTAACACCTTGTTTCTGAGAAATGGAATGGATTTCTCTATTTCTGAAATCCATATT CCTCAAGTTTGGTTTTAGAGGATCACAGCACATCAGCATGCATGTTCATTGTTCAGTCATGCAGTGTTAAGGCAAAGCCC TCCATGTGCTTGTTTATTTGTGTGACTGAGTTTCTTGTCACTTAGATAAAAATAAATAGTTCTTTTTTTCATATAATGAT TTTTGTGTGGTTAAAAAGTTTCTTTCTGTTTTGATAAAATTTGTGGTTTTCTTAATCAATATATTTTTGAAAATGCTTTT GAGTAATGTTGATGGTTTAGGGTTTCCCTTTTTTCACACACAAGGGCACAAAAGGACTTATGCAACAGCACTTGTCTTGC AAGCTTGTTGTGTTAAATAGTAATTGGTGTTTTTGTTGGTTTTCTTATCCTATGTATGTAGCAACTGACTGGCCTTGAAA ATCACTTGATAGGAGAACATGGCTTCATCAGATGTGTGTCCAACTGAGGATGCAGTTAAGTTATTCCTTGATTATTTGGT 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CTTATTGGAAGTCTCATTGACATAACATAATGATCCTCTAGTTATCATTTGTTTCCATTTTATACTTTCTTTGGCTACTA TTTGTTTTACATATCGAGGCTGATATCTGTGTAATATCTTCTACCATGGCAGAGAAGCATTCTCAAATAGTCTGCAAATT TCAAGGGTAACACAGACAAATATCATGTTGGACATCCCTGAAGTGAATGAATCCCTTGGAAATAAGGTCTCCTTCACTGA TTTTGATAGTCAGCCAAGCATTGAGATGCTGAAGCAGAAAGAGAACAATAGAAGCTGTACACTTCGACTATCGGATTCTA TCAAGGAGCCGCATGAATTGGATGCCAACAAACCATCTGTGCAGTATAACTCAAATTGCTCCGCAAGTGCTGTTAAGGTT GGAAATAAGGTCTCCTTCACTGATTTTGATAGTCAGCCAAGCATTGAGATGCTAAAGCAGAACGAGAACAATAAAAGCTG TACACTTCGACTATCGGATTCTACCAAGGAGCCGCATGAATTGGATGCCAGCAAACCATCTGTGCAGTATAACTCAAATT GCTCCGCAAGTGCTGTTAAGGTTGGAAATAAGTTCTCCTTCACTGATTTTGATAGTCAGCCAATCATTGAGATGCTAAAG CAGAACGAGAACAATAAAATCTGTACACTTAGACTATCGGATTCTATCAAGGAGCCGCATGAATTGGATGCCAACAAGCC ATCTGTGCAGTATAACTCAAATTGCTCTGCAATTACTGTTAAGGTTTGAACTTTGAACTTATGCTGATTATTCTACTAAC TAACTAACCAAGGAAGGGATTTACCTATAAGAATAATGAAACTATATTGATCTTATGTCAATGAGATGTTGCATGTTATT ATAAATGATAAAACGCTAACCTCATTTAAATACTAGAAGCAAATCATGATAAATAAGGAAATATGGACAATAATACTTTG 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GCATGTAAAATGACCCAGATGGTGAGAGAAGACTTCGTTGTTGCTCCTAGTATAACTATTTGTAAAATATATATCATTAT GTTGCTGATCAAGAAATAGTTTTCTGAATGTGCTGTATTCCAATGTTTATTATACCTCATCATAATTATGTTTCAATCTA AATGAGCTGGACCTCACTGCTATCATGATTCTTGAGTTTAATTCAATTGTTTATTATCTCCCATCTAATTGAATATCATT GATTTAGCAGGCTATGCAGGCTGATTCGACAAGCATGGACATTACTGAAAGTGAAATCAACAATCTTGCTTCTTGCCACA AGATTTGTGCCAATGGGCCCAATACCTCATCTGAAAAAGACACAATAGATGGCTGTAAATTGATTGCAAATCATTGTAAC TCAGATGTAGAGAAGCTCCATATTCTTGTAGATTCAAAAGAGATACTGTCACAGACTGCCCTAACTGCTTTGATAAGAAA GAGGAATGAGCTGGTAAAACTTTATCATTACTTTTGTTATGCTATAATAATATCTTTTATCCTAAAAATATGCATGTTTA TGCTACTAATTTGACTGAATCCTTACTGTAAATGACTGCTTTCACCCATTGACTGCTGTTTAAGCTGTATTGCTTCACTG GTTTAGGTTAATTTTAAGATTACCTTACGGCTATTTTTAATGCTCAGAAACTCTATATTTGCATTCATCTGACTTATTTC CTGCAGGCCCTTCAGCAACGCAAGATAGAGGATGATATTGCTAATTGCGAAAAAAAAATTCAGAGAGTGTTAACTGGTAT GTTTTCCTTTCACTTTGTTATTTTTTTTTTCTCCAGGCATTATTCTTTCAGTTAAACTTTTTCTCTTTATGTAGTTTGTG GGGTTTATCCTATACATTATTTTTAGTAGTTTTTTTTTGTTATCAATGGAACTCTCAAGCAGATCTGATATACTGGTCTA AGCAGTGATTACTAGCTTCTAAATGGCAGCTTGCCCCAGTATGCTTAAAGCCGACTATATCATTCTGTGGCATCAGCAAG TTTTTGGTTCAATAAGTTTGTCCTCACATTTGTTTTTTTCTTGGTGACTATCTGTGGGTTCTACTAGCATGATTTTTTCT ACGGAATATGAGTCGTGTCAGGGTCTCATCAATTTGATAACCATATAAGTTTAACATCCTATAGTATGGTGCCAGGATCT CATGAAGTCAACAACCATGCAACTCTTTTTTATGTCCATACATGCATTGTTGAGATATTCTGAATTCAACAAGCATATTA GGTGCAAGAAGCAATATTGAAAGATAATGTTTTTGAAATCCATTTAAAGTTATTTATGTTTGGTTATCTTTGTTGTTAAT ATGATCTCCAACTCAATTTATCCGTAAACAGTAACTGAAGCTTCCAGGAGATCTTAGATTTGCATGTGAAAAATATTTGT TAATGACATTGGCTCTTTAGCCTTTACATAAGAAGATTAAAACTGCATAGCATCTAGGTATATTCTTATCACTTCAATCC TACGATCCTGATGAATTTTTTGCTTCTTGAATTAAATCCTGAGAAAGTAATTAACTTATGTAAACTGTAATTTATTCCTT TTCTATTTAATCTGTATCGATGTCAAACATGAACAATCATTGATTTTACTTTTGTGTCTTGTTGACAAAAGTAGATGGGG AAGATGAGTTTGAATTAAAGATAGAATCCATTATAGAGGGCTGTAATGATGTATGGGTAAGGAATCAGGAAAGGACTTGT GGACAACAAAGCTTCCCTCTTAAGAGAAAAAGATTATCAGAGGCTGTCTTTATCGCGCTAAGTCCATGCCAGGCAAGACA TTTTCTACTTACATTTTAGGTCTATAATTGGTGTTTGTAATTGTAGTTCATTAAACTTGTCCTCAATTTTTCAGAAAAGT AGTTACCATGAGAGTCACATTCACTCACATCATTACACCCTGATAATCTTAAGCTTGGTTGAGAATTTTGCCATGTATAT GATGCTTTATTGTTCTACTTAGCGCTGTACATGCAGGATCAAATGGTTGTTGCGAGTTTTACGGAAGCATTGTTTCTCGC AGAGACATGATTGCTAATAATACTGAAACTAATATGGTGATTTCATAAAAATACTAATGTTAGGGTATGGAACCAGATAG ATGCATTAGTTAATAAGCAATAAGAAACAGTGCAGTAGATAAACAAACAAAATTCTTAAAAATGATATAAAAATGTAAGG GTGAAATAGAAACAAAACACATGAAATTAAGGCTGAAGATAGGTCATTCACCTCTAACTATTCACAGCAGGGTCGCAGGG AGATGAAATTCATCCTAATAAAGCACATGTACTCCATTCACACAAGAGAACTAAAATTAATTTCTGTTGTAGCTTTAAAT TATCAAGCCATTTTAGTGATGTATATTACATAGGCCTCGGTTGAAAGAGCTTATTCGAGTTTTAAGTTGTAGCATAAGCG TTTACACAAGTGTCTGAGAGAGCTTATGTATATAGCTTACGACCTACCCATAAGTTGTTTTAAGCTTATTTCCATAAGCT GCTCAAGTTAGCTTATAAGTGTTCATACCTACCTATACTATATTTTGAGCTTATTTCAATAAGCTTTTAAGCGCATATTG TCATAAGTGCTTTAAGTTGTTTACTCAAACACACCCTATAAGTATGAAATTTGACTATAAAGGGAAGATCTGTTGGAAGT GTAAATTCTTTATTTCAACAATGGCACTCAGATAGCGTAGTTATACATGTGCTCGGTTTCATCTTTGCAAATGTTCATAT TTCTACCGTATAACAAAAAACTTATTAATATTGGAGAGGTTATTAATTCATTCAACTCTCCAAATATATGACCACATATT GCACAGCTACTTCCTAAGACTGAATGTCAGAGGTTTCTTTTTGCATACATATTTTGTCAAGCACCTTAGTTTAACATACT ACTTAGTTACTTACTGCAAGTCTCTTTTCTTAAGTGACATTTTTATATATTATATTATTTTTGGCATGGTATATTGCTTG CCTCAAGAAACATACTAGAACATGACTTGTTTAATTAGCACTACATGCCAACCATCCCCTTTATCTTCTTTGAAAGCAAG TTCTTAGAACACTATTTAATCTTGCAGGAACTTGATGGTGTATGTCGTGAGAACAACTGGCTCCTTCCAACTTATCATCT TTTTCAATCAGTTGGTAAGACAATCTAATCTAAATGTAGAATCCATGAGCAGCATAAATTCTCCTCATTAATAGAGTAAT GCATCATTAGCAGCATACCTTTTAATTACATTAAATGTGATACAGTTGAGATTCTATCATTCCCCAGATCATTGCACTTT TGTTCACCTTGTGATGCTTGTTGACCAGTAGTTATGTCTATGTTGAGGAAATATTTTATCATGTAGTCTGATCTACACCA CATTTAACTATTTTTACTTTTGAAGGTGGATTCCAAGCTAATGTAACTGTTAAAGGAGTGGAGTTTCAGTGTTCATATGC GGGTGACTTGTGTTCCGATTCTCAAGAAGCAAGAGAGTCAGCTGCTGCTAAGATGTTGACTAACTTGAGAAGTATGGCAA AATCAGCCAAGTGATGTTGGAAGTATGGAACAATGTAACTGGAATTTATGAATCAATCTATAATAACGTGACTGGAACTT GTGAACTAATCTATATTTTGATGTAGTACAACTACAAGTGAGTAGTTTAGTGCTTGACGGCATGCTAAACTCACAAAGGT GACTTAGATTAGATGGAATTAACGAAAGTTCTTCATGGTGGGACTTCTTGTTTACATTATTTTTCCTTGAAAAATTAACA TTTAGCTATCTAATTTCATCATTTAGTTTTTGACTTCTTTTCTCCTTTTCTGGCGTGGAAG
CDS sequence (LotjaGi3g1v0497900.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGCTTCATCAGATGTGTGTCCAACTGAGGATGCAGTTAAGTTATTCCTTGATTATTTGGTTGATCCTTTGCTGCCAGC AAAATCATCTGTTCGAGATAATCCAACACTCTCTCAACAGGATTCAGTTGTCAAGCAGGTGCATTCTGTTGTCTTACTGT ACAACTACTACCACAGGAAGCTGCACCCAGAGCTAGCATATCTTCCATTTGATGAATTTTGCAAGTTGACTGTGGTTCTG AAGCCACCTTTACTAGCGTATATGAAATTTATGCTAGGGTCAAATGAAGATGATCTCACTAATGTGGAGAAGCAGCTATC ATTGACAGAAAAAACGATTATGGGTGCATGTAATGTATGTAAGTATTTAGATGCATCAAAGAATGCTCCCAATATAGAGG GATGGCCCATTTCGAAAGTTGCTATCCTTCTAATTGACAGCAAGAAGGAGTACTGCTTTTTGCCGTTTGGTTCTATTACT ATGGGGGTATGGTCTGTGGTTGAAAAAAGTCTAGACACCTCTAGCCAAGTTTCTGAAGTTGCATCAGGAACAAAATTGAC GTACAGAATGAAAAGAGCCAGTAGAAATACTACAAAAGATGAATTAAAAGTCAATGAAGATGTACTTCTGCAAGTTGGGT ATTCCGCTGTAAGAGAAGCCACAGGTATTGATTCTACTGATGTTAAGCTTTTGGATAGCTACACTGTCTATTCTCAAAGC AAAGAGAAGGCAGCTTCTCGCTTTTATATAATGCAGTGCTCCCAGTCCCAGTCTGTCGGTCAGGAGGTTAATCCATTTCC TCTCAAAGATGTAATTGAAAGCTTGCAGGGTCCTTTGGTCAAGAAGAGTTCTGGCAGTTGGACGATCACTCCTGTTGTGG ATTACTTACATGTGCTCCCTTATTCTGAAATAATCTCAAAGTGGATTTCTAGAGAAGCATTCTCAAATAGTCTGCAAATT TCAAGGGTAACACAGACAAATATCATGTTGGACATCCCTGAAGTGAATGAATCCCTTGGAAATAAGGTCTCCTTCACTGA TTTTGATAGTCAGCCAAGCATTGAGATGCTGAAGCAGAAAGAGAACAATAGAAGCTGTACACTTCGACTATCGGATTCTA TCAAGGAGCCGCATGAATTGGATGCCAACAAACCATCTGTGCAGTATAACTCAAATTGCTCCGCAAGTGCTGTTAAGGTT GGAAATAAGGTCTCCTTCACTGATTTTGATAGTCAGCCAAGCATTGAGATGCTAAAGCAGAACGAGAACAATAAAAGCTG TACACTTCGACTATCGGATTCTACCAAGGAGCCGCATGAATTGGATGCCAGCAAACCATCTGTGCAGTATAACTCAAATT GCTCCGCAAGTGCTGTTAAGGTTGGAAATAAGTTCTCCTTCACTGATTTTGATAGTCAGCCAATCATTGAGATGCTAAAG CAGAACGAGAACAATAAAATCTGTACACTTAGACTATCGGATTCTATCAAGGAGCCGCATGAATTGGATGCCAACAAGCC ATCTGTGCAGTATAACTCAAATTGCTCTGCAATTACTGTTAAGGCTATGCAGGCTGATTCGACAAGCATGGACATTACTG AAAGTGAAATCAACAATCTTGCTTCTTGCCACAAGATTTGTGCCAATGGGCCCAATACCTCATCTGAAAAAGACACAATA GATGGCTGTAAATTGATTGCAAATCATTGTAACTCAGATGTAGAGAAGCTCCATATTCTTGTAGATTCAAAAGAGATACT GTCACAGACTGCCCTAACTGCTTTGATAAGAAAGAGGAATGAGCTGGCCCTTCAGCAACGCAAGATAGAGGATGATATTG CTAATTGCGAAAAAAAAATTCAGAGAGTGTTAACTGATGGGGAAGATGAGTTTGAATTAAAGATAGAATCCATTATAGAG GGCTGTAATGATGTATGGGTAAGGAATCAGGAAAGGACTTGTGGACAACAAAGCTTCCCTCTTAAGAGAAAAAGATTATC AGAGGCTGTCTTTATCGCGCTAAGTCCATGCCAGGAACTTGATGGTGTATGTCGTGAGAACAACTGGCTCCTTCCAACTT ATCATCTTTTTCAATCAGTTGGTGGATTCCAAGCTAATGTAACTGTTAAAGGAGTGGAGTTTCAGTGTTCATATGCGGGT GACTTGTGTTCCGATTCTCAAGAAGCAAGAGAGTCAGCTGCTGCTAAGATGTTGACTAACTTGAGAAGTATGGCAAAATC AGCCAAGTGA
Protein sequence (LotjaGi3g1v0497900.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MASSDVCPTEDAVKLFLDYLVDPLLPAKSSVRDNPTLSQQDSVVKQVHSVVLLYNYYHRKLHPELAYLPFDEFCKLTVVL KPPLLAYMKFMLGSNEDDLTNVEKQLSLTEKTIMGACNVCKYLDASKNAPNIEGWPISKVAILLIDSKKEYCFLPFGSIT MGVWSVVEKSLDTSSQVSEVASGTKLTYRMKRASRNTTKDELKVNEDVLLQVGYSAVREATGIDSTDVKLLDSYTVYSQS KEKAASRFYIMQCSQSQSVGQEVNPFPLKDVIESLQGPLVKKSSGSWTITPVVDYLHVLPYSEIISKWISREAFSNSLQI SRVTQTNIMLDIPEVNESLGNKVSFTDFDSQPSIEMLKQKENNRSCTLRLSDSIKEPHELDANKPSVQYNSNCSASAVKV GNKVSFTDFDSQPSIEMLKQNENNKSCTLRLSDSTKEPHELDASKPSVQYNSNCSASAVKVGNKFSFTDFDSQPIIEMLK QNENNKICTLRLSDSIKEPHELDANKPSVQYNSNCSAITVKAMQADSTSMDITESEINNLASCHKICANGPNTSSEKDTI DGCKLIANHCNSDVEKLHILVDSKEILSQTALTALIRKRNELALQQRKIEDDIANCEKKIQRVLTDGEDEFELKIESIIE GCNDVWVRNQERTCGQQSFPLKRKRLSEAVFIALSPCQELDGVCRENNWLLPTYHLFQSVGGFQANVTVKGVEFQCSYAG DLCSDSQEARESAAAKMLTNLRSMAKSAK
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 1 | 398 | 398 | 3.9E-239 | – | |
| PANTHER | 1 | 398 | 398 | 3.9E-239 | – | |
| PANTHER | 504 | 745 | 242 | 3.9E-239 | – | |
| PANTHER | 504 | 745 | 242 | 3.9E-239 | – | |
| Coils | 599 | 619 | 21 | - | – | |
| Gene3D | 650 | 745 | 96 | 5.5E-6 | – | |
| SUPERFAMILY | 672 | 741 | 70 | 9.87E-8 | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi3g1v0497900.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…