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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi4g1v0165200 |
| Transcript ID | LotjaGi4g1v0165200.2 |
| Related isoforms 1 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Dentin sialophosphoprotein-like protein, putative; TAIR: AT5G64170.1 dentin sialophosphoprotein-like protein; Swiss-Prot: sp|A8MQN2|LNK1_ARATH Protein LNK1; TrEMBL-Plants: tr|A0A0R0IID9|A0A0R0IID9_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi4g1v0165200 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr4:31178482..31212841) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CCGGTACCAAAAAAAATTCAATAAGAAATTAAACCCTAATATCACACTCTCTGTTGCCGCCTTCACCTCCGCCTCTCTGG TTCGTTCCCTGTCGCTCGCTAACTGTGCGGTTCGTCTCGGTCTCCTCTGTTTTCGCCGCCGAGGTAAACCCTGTATCCCT CACTCCCTCCGTTAACTGAACATTTGAGTTCTGCATCTTGCCTCAAGTGGGTGTTGATTGATTTTCCTCGCCCTAAGCAA TAAATTATCTGCAGATCGACCCAGCCTCCGCGAGCCCCTCTCCCGTAGCGGCGGACAACCACCGTGCCTGATTCTTCACC GCCCATCTGCTCCCTGAAACCGCCACGCATGTAAGAATCACGAGTTTTCTCTTGATTCAATTCCGCAGCATTCACTTCCA TTTCTTCTAATCTGTTCGCCGATTATCTGCATTTGGAAAATTCGCAGTAGTAGATTTGTGCTTCCGCTCCGGTAAGAACC TTCAGCATCGTCAATGGGCATAACCGCAGGAATGGCAACGAAATTCGTGATTCTTAGGGGCAATGGGAGGAGCCTTTTAG GGTTCAATAGGTTGTTTCATTCGGTGCCTCAAGCTCCTCCTTTAGCTGGAAGCATTGACATTGGAGTTCCTTCATCGCAA CCGGTTTTGCCTGAGTTTACTTCCCCGAGTTTCTCTTTTGGTGATTCTATGGAGCTCATGGCTGTCCCCAAAAAGAAGGT AAGGAACCAATCTGACGTCACTATCAATTTGGATTTCGTGAGATGTTGAATTTTACTGCTGGTGTGTCAATCATTAATGG AGTGTAGTGATTTGAATTTTACTGCTGGTGTAGTGATTTTACTTCTACCTGGAACGCACCCTCAACAAGCTCCGCATCGC CGTCACACCGGAGCTCGTCTTCCGCGTCCTCCGCGCCTGCAACACTTCCCCCACCGAGTCCCTCCGCTTTTTCAACTGGG 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GAGGAGGGACTCATAACTATTCATCACTCCTATATTACTTTAGTAATGGCCATTCTAGCAAAAGCATCTTTACAACATTT AATTAAAGCATTATATGAAGAAAAAAAGAACAGATAAAGCCAAAATACTAATACTAAATAACAGTAGTAGTAATAGTAGT AAAAATAATAAAGGAACAGGGCATGTGACATGACATGAGTGCATGAATCAAGCTATTAACTAAAAGATGGAATGCCCAAA GCTGACTTAAAACCAAGAATTCAATCATTCATATGTTCGGTAGACTGCATATCCAGGCACCAATCAGATGAAATTATATA AAGAAAAGCAATCATATAAGTTGTAATGTACTGTATAACATAGCAAAGCCAGATCCGAAATTGATTGTAAAATACCTGTT TGGTAATGTCATTTGTTTTTTCTTCCATGAACCACACCACAACCTCACCACCGCTGCATCTGAGAGCTTCTTCTCCAGCT TGGGAATGACCTCATCGATTGATCTCCTCAAATTCCAAATGAAAATGCCTCCGTCTCCAAATCTTCGAACAGGAATCAGC AATCACACTCTCGACTAACCACCGGCCACCATTTCAATGTGCAGACAGATACATGGTGCTAGTATGGTTGGTGTGCATAG AAGAACTTCTTATAATTTCCTTGAAAGTAGTGTGGCCTGAATGAATAAATAAAAGACAATTTGAATAAATAATTGAGATG CACAAAAAAGTATTTCAATGGAAACATAATGCAATTTCCC
CDS sequence (LotjaGi4g1v0165200.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGTCTGATCATTATTTCAAGAGCAGCAATTTAGATTCTACTGGTGGTGAACTTTGTGCGGATGATACTATCTTAGGAGA CAAGTGTTTGATGGAGGATGATACTGTGTCTCAATATTCAATCAGTCACATATCTCAACCTGATAATGAACTTAGCTTCC TTGATAATGATGGGTGGCTTGATTTTGGAAACTTTGAAGATATTGATAGGACGATGCTAAATTGTGACTTAACTTTTGGA ATGGGGAGCCTCAATAATGAAGAGGAGTTCTGCTGGCTCTCATCTTCACATGGAACTGAGGGATCTGATGATGCACTGAA ATCTGACTTCAAGTTTTCATCTGCTGAAGCAAGTCCATTCAAAAGTATATCAGATAATAATATCAACCCAAATGAAAATA TTGAAGGTCTGACAATTCATGATTGCAGCAGAAAGGCATCTCCTATTAATAAAAATCTGAAGTCTCAGATGAATGTCGAC CATGATGCTGTTCCTGATTCGTTATCAATGTTCAGTGAATCAGACATGATGTCCGGTGTTGAAGATGGCTTGGTGCATAA ACCAAAGATTGAAAGGAAGCTGTCAAAGCCATCAACAGGAAAGAGAAAAAACGGCTACCTAAATAATGGTGATTCTGATC ACCCCTCTACTCATGTAGAGCAATATGCAAATCTGAAGCAATCCTTTGGAGACTCTTCCAGTGGAGTTACTTCTCAGGAT AGCATCCACAAGCGCAGACCAAACACTGATTCTGAATCTTTAGGATGTATACAGATACAAACTCCCCTAATGAACGCAGA GTATAGTCATACTCATACTTCAAAATATACTTCCCTCCTTCCACCTTTTTCTGTATCTAGGTCTGAACATGATGGACATC CATCTCCTTCTTTCAAAGATCCATCATATGCATCAAACATGGACATTTCTCATGGTCATCCTTTGGAGGCTGCTGCCTTG AAAACAAATGATAACAGCAGAAATCCGTGTCTCTTCCATGATACAGAACTGCTAAGTGGGGGTTTCAAAAGTGAAAATAT TCAAAGTTCTACGCCATTCAAAAGTCCAGGTCCAGCTCAGAAGGTAGGTCACCGGTTTGAAGATGAGAATGAAGGCCATA GTGAAGTTGGAGGAACTAGCATAGGGTTTTCACAAGAAATAGAGTCATCAAATGTGCAGGAAAATTCATCTATGAGCCCT GCACTGGATAAAGTTTCACATCAAACAAACAGCTTTTGCCAGCTGCAACAGATCATGGATCAGTTGGACATCAAAACCAA ACTATGTATAAGGGACAGTCTATACCGTTTGGCTAAAAGTGCTGAACCAAGACATAATGATACCAATGCAAGTGGTCAAA TGGGTGATGATGTTGATATGGCACAAGATGCAAACAGGTATTGCTCATTTTATTCATTTGTATATTTCTTGGTTTCTCGC ACCTCGACTACTAGGCAAAACCACCATTTACACATTGGAATCCTGATGCAAAAGAAAAATCATGTTTGCTAA
Protein sequence (LotjaGi4g1v0165200.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MSDHYFKSSNLDSTGGELCADDTILGDKCLMEDDTVSQYSISHISQPDNELSFLDNDGWLDFGNFEDIDRTMLNCDLTFG MGSLNNEEEFCWLSSSHGTEGSDDALKSDFKFSSAEASPFKSISDNNINPNENIEGLTIHDCSRKASPINKNLKSQMNVD HDAVPDSLSMFSESDMMSGVEDGLVHKPKIERKLSKPSTGKRKNGYLNNGDSDHPSTHVEQYANLKQSFGDSSSGVTSQD SIHKRRPNTDSESLGCIQIQTPLMNAEYSHTHTSKYTSLLPPFSVSRSEHDGHPSPSFKDPSYASNMDISHGHPLEAAAL KTNDNSRNPCLFHDTELLSGGFKSENIQSSTPFKSPGPAQKVGHRFEDENEGHSEVGGTSIGFSQEIESSNVQENSSMSP ALDKVSHQTNSFCQLQQIMDQLDIKTKLCIRDSLYRLAKSAEPRHNDTNASGQMGDDVDMAQDANRYCSFYSFVYFLVSR TSTTRQNHHLHIGILMQKKNHVC
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 1 | 470 | 470 | 1.6E-239 | – | |
| PANTHER | 1 | 470 | 470 | 1.6E-239 | ||
| MobiDBLite | 185 | 255 | 71 | - | – | |
| MobiDBLite | 201 | 242 | 42 | - | – | |
| MobiDBLite | 343 | 364 | 22 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Biological process | Regulation of transcription, DNA-templated | Any process that modulates the frequency, rate or extent of cellular DNA-templated transcription. | ||
| Biological process | Circadian rhythm | Any biological process in an organism that recurs with a regularity of approximately 24 hours. |
Expression pattern of LotjaGi4g1v0165200.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…