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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi5g1v0117900 |
| Transcript ID | LotjaGi5g1v0117900.1 |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Tic22 family protein; TAIR: AT5G62650.1 Tic22-like family protein; Swiss-Prot: sp|C0QHM6|PNP_DESAH Polyribonucleotide nucleotidyltransferase; TrEMBL-Plants: tr|V7C5I6|V7C5I6_PHAVU Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi5g1v0117900 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr5:24331194..24348130) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
GTGAGATCATTTTACTAGTTGCTATATCGATCTATCATCACTTATTCAAAGTCCCGAACCGAGCCACGCAAACTCTGTGA ATTCCTTCCTCAAAGTCCCGAACCGGAACCCGTCGTCCATGCTCTCTGCATGGCTCTGCCGTCCGAACCTCACCGTCGCC GCCGCAGCAACAACCCCATCTCTTCATTCCTCGAAACCACCGCTTCCAACTTCGCCTCTCTCTTCAATCCTCAAATCCCT TCTTCCCCTTTAACCCTCACGAAATCACAACCGCACCCACCCTCCTCTATCTCCCTCCCTCTCTTCTTCGCGCCGCCCCT CTCCACCCCGACGGTTGATTCCTCCTCCGCCGCCGCCGCAGAGCACTCTCGCCCAGCCGCCAAATCGGTGAGGGTCACGA GGCTCAGTACGAATGGGAAGGGTGGTGGGCCCGCCTTCGTGGGGCAGGTCTTCAGCATGTGCGACCTCTCTGGAACCGGC CTCATGGCTGTTTCCACCCACTTTGACATTCCCTTCATCTCCAAAAGGTTTCTCTTATCTCACCTCTCTGTTCTTCTATT CCTTATGTTCAATTAAATTCAAGCATATGCAGGTTTTTTTTTTGTTAGAAATAATTATATTATACAAAATCATTCATGTG CCTCTTACCTAACAACTTAAGTCAACAACTTAAGCTTTGGGGATAATTCGTTCTTTGACATGGTATCAGAGCCTATGGCG AAGCGGTCTAGAGTTCGATCCTTATGCATTGTGCATTAGGTGAGCCTGTGCATTGTTCACGCTTCAAGCTCAAACAAGCT CTTGCGTGAGGGGTCGTGTTAGAAGTAATAATACAAAACCATTCATGTGCCTCTTACCTTACAACTTAAGCTTTGGGGAT AATTGGTGACAGTTTTCACTTAGCAATAGTGTCGAATTCAGATGCTAAGAGTAAGGTAATCTGATATCAATGCATGTACC 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AGCCGGATCCCTTTCTTCCAAAAATTACAATGGTTGGTCTGTCAACAGAGGAAACAGGCCAGATGAGTAAAGCTAGTTTG AAAAAAACAATGGAGGATTTGACAAAAGAGTTGGAGAAGACAGAGCAATATAATGTGGCTGGTGTTGGTAGTAATGAGTG CAAAGTAGAAGATAGGGATCCACTATTTGTAGCAAATGTCGGTGATTACTATTCTAGTGTGGGAAGAACAGGATCAGCTC GTTGGATTCGAGGAGGATCCAACTGAAACCTTTTTTTCCCAACAATATTTCATTTCCAGGTAGTTGTGGACATTGGTCTC CAAATAAGATTGAGAAGACCGTGTTAACATTAATATGTTAAAATGTTGGAAACTGGAAATAACCTCATTTGGGGTGTATA CTATAGAAAGTGGTAAGTGGATGCAGCTAGCTTGAGAATATGTCTGATCAGTTTTGTAAATGATTATGTAATTCATCTTT GTTGACCATTTTGTTGACTTCTGGGAAGTTGAATAAAACTTGTTACATAAAAACTGGGAGCTATGTATATATACTAGGCT GTGATAAATAAAACTGAATTACACATACTACTCTAGAATTTTGGATTATCACTTGAG
CDS sequence (LotjaGi5g1v0117900.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGCTCTGCCGTCCGAACCTCACCGTCGCCGCCGCAGCAACAACCCCATCTCTTCATTCCTCGAAACCACCGCTTCCAA CTTCGCCTCTCTCTTCAATCCTCAAATCCCTTCTTCCCCTTTAACCCTCACGAAATCACAACCGCACCCACCCTCCTCTA TCTCCCTCCCTCTCTTCTTCGCGCCGCCCCTCTCCACCCCGACGGTTGATTCCTCCTCCGCCGCCGCCGCAGAGCACTCT CGCCCAGCCGCCAAATCGGTGAGGGTCACGAGGCTCAGTACGAATGGGAAGGGTGGTGGGCCCGCCTTCGTGGGGCAGGT CTTCAGCATGTGCGACCTCTCTGGAACCGGCCTCATGGCTGTTTCCACCCACTTTGACATTCCCTTCATCTCCAAAAGAA CCCCTGAGTGGCTGAAAAAAGTTTTTGCAGCAATCACCAAGAGCGAGAGGAATGGCCCTGTGTTTCGGTTTTTTATTGAT CTAGGAGATGCAGTTTCATATGTCAAAAAGCTGAATATTCCCAGTGGTGTGGTGGGTGCTTGCCGTCTTGATCTAGCATA TGAACATTTCAAGGAAAAACCTCATTTGTTCCAATTTGTTCCAAATGAGAAGCAGGTCAAGGAAGCCAATAAAATTCTGA AGACAAACCCGCACAATGGTGTCAGGAGAAAAGTCGATGGTGTGCCTGTGTTTAGTGCACAGAACTTAGATATTGCAATC GCAACTACAGATGGGGTTAAATGGTATACTCCTTACTTCTTTGATAAAAAGATGCTCGATAACATTCTTGAAGAAGCTGT TGATCAACATTTCCATACTTTAATCCAAACTCGTAACATGCATCGGCGGCGGGATGTGGTCGATGACAACCTAGCTGCAG AAGTAATTGAGGAAATGGGAGATAGCTTAGGAGATCCTCCAGAGGTTCAAGAATTGCTTGACGAAATGGGCCATCCTAGT ATACCCCTAAGTGTTATATCTAAGGCTGCAGAGCTTCAGTTCCATTATACGGTTGACAAAGTACTCCTGGGTAATAGGTG GTTGCGGAAAGCAACAAGAATACAACCAAAGTTTCCGTATATGGTTGACTCATTTGAAAGAAGAAGTGAAGCTTCTTTTC TGAGACTTACGGAGTCAAGCAGCTGCCTTAATAACCCTAAAGTTGTAGATGATGGGCGACAATCTGAAGCCAAAGATAGC TCTGATTACAATTTGGGTGATAATACTGAAGGAATCAAAGACCCCCGTCCCAAATTAAGGCTACCTTTTGGTGATTGGTT TCATCACCTAAGGCCACAACAAAAGCATGAAAAAGAAGGCTTATCAGCTAATGGTCCAAATAAAGAAGATTCAAAGCCGG ATCCCTTTCTTCCAAAAATTACAATGGTTGGTCTGTCAACAGAGGAAACAGGCCAGATGAGTAAAGCTAGTTTGAAAAAA ACAATGGAGGATTTGACAAAAGAGTTGGAGAAGACAGAGCAATATAATGTGGCTGGTGTTGGTAGTAATGAGTGCAAAGT AGAAGATAGGGATCCACTATTTGTAGCAAATGTCGGTGATTACTATTCTAGTGTGGGAAGAACAGGATCAGCTCGTTGGA TTCGAGGAGGATCCAACTGA
Protein sequence (LotjaGi5g1v0117900.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MALPSEPHRRRRSNNPISSFLETTASNFASLFNPQIPSSPLTLTKSQPHPPSSISLPLFFAPPLSTPTVDSSSAAAAEHS RPAAKSVRVTRLSTNGKGGGPAFVGQVFSMCDLSGTGLMAVSTHFDIPFISKRTPEWLKKVFAAITKSERNGPVFRFFID LGDAVSYVKKLNIPSGVVGACRLDLAYEHFKEKPHLFQFVPNEKQVKEANKILKTNPHNGVRRKVDGVPVFSAQNLDIAI ATTDGVKWYTPYFFDKKMLDNILEEAVDQHFHTLIQTRNMHRRRDVVDDNLAAEVIEEMGDSLGDPPEVQELLDEMGHPS IPLSVISKAAELQFHYTVDKVLLGNRWLRKATRIQPKFPYMVDSFERRSEASFLRLTESSSCLNNPKVVDDGRQSEAKDS SDYNLGDNTEGIKDPRPKLRLPFGDWFHHLRPQQKHEKEGLSANGPNKEDSKPDPFLPKITMVGLSTEETGQMSKASLKK TMEDLTKELEKTEQYNVAGVGSNECKVEDRDPLFVANVGDYYSSVGRTGSARWIRGGSN
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 1 | 538 | 538 | 4.1E-255 | – | |
| Gene3D | 126 | 290 | 165 | 1.4E-20 | – | |
| Pfam | 190 | 268 | 79 | 3.1E-7 | ||
| MobiDBLite | 384 | 417 | 34 | - | – | |
| MobiDBLite | 434 | 457 | 24 | - | – | |
| Coils | 475 | 495 | 21 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Biological process | Protein transport | The directed movement of proteins into, out of or within a cell, or between cells, by means of some agent such as a transporter or pore. |
Expression pattern of LotjaGi5g1v0117900.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…