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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi5g1v0197400 |
| Transcript ID | LotjaGi5g1v0197400.1 |
| Related isoforms 1 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Tripartite motif-containing 29; TAIR: AT5G23490.1 hypothetical protein; Swiss-Prot: sp|F4IIU4|AIR9_ARATH 187-kDa microtubule-associated protein AIR9; TrEMBL-Plants: tr|K7LK01|K7LK01_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi5g1v0197400 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr5:49347845..49364924) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
TAATAGGAAAGAACCAACTAGGTAGAGCCAAATACAACAATGAAGAAGAGGTCTAATCTAATAAACTTGTATATAAATAT GATTATTATATGTAAGTAGAAGACAAAGCCAACTCGATCCTATGAAATGAAATGAAATGAATCACAACACCAACACCAAA CACACACAAACTTGACCACAACAATCACAGTCACCACTCTCTCTCTCTCTCTTGCATCGTTCACATTCATCATCTCACAC CCTCTTCTTCTCTTCCATTTTCCTCATACCCTTTTGTTTGTTTCTGTCTCCTTTTGTTCTAGGGTTTCAAAAGTCTCCAA CTTGATTCCCAATTCGATTCCATCTCCTCTCGATTGATCCAATTTGATTGAATTGGAATCAATCGTGAATAGCTAAAAAG AACGGTTTTTTTTTTTTGCTGTTTAGGAGTGTTTTGAGGTTCAACAGTTTGTGGGTTGTGGAGAAGAATCTTGGGTAGCT GTGTTGTAGGTTCATGGTATTTGGTGATTGATTGGAGAAGAAGAAGAAGAAGGGCATGGAGAATGGTCACGATGGGAAAT TGGCTGAGAAGTTCTCAGGGTTGGCCATTAACCAGCAGCATGGTCAACAAGGTGTGCATGATCAATCTAACCTTTCTTCT AACCACAATGAGAGCTTGTATCAGGTCATGAAGGCTGTTGAATCTGCTGAGGTTACCATTAAGCAACAGGTACTTATGAT TTCAAATTTTCAATGCATGCTTCGTTTTAAGAATGATTGATTGGGTGCTGCGTGTTCTTCACTTCATTTTTGTTGGCATA GGAAGTTGTATTATTATTTATATGTGTATTGCTATGTTGCTACTCGGTTGATGTTTTTAATGTTTTGATTATAGCTTATT TAATTGTGTTATGTGCCGCGGTGCTTGCTTGGTGTATGGACATGTTTAGTGAATGAAAAGGGTAAGAGACTCAAATTAGG 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GTTATGTTTTTAAATGAAAAAAAAAAAAAATCCTCTTCAAATCTTAAAACAAGTTTGTCCAGAGAACTTATTGGAACTAT TTCAACCTTGTACGTAACTGTTCCATTAGCCATTTTATAGTTTTCAACCCTTATCACCTTGTGCCAGTGTGCTGTATCAG CCATTATCTTTAGGTACCAGAGATGATAGGCTTGTAGTGGATACATGATAAGCTTGATGACGGAGTATAGAGTTGTGATG CATATAGATATGGGTGTTATGTGGATGAGTTTGGTAGATGTTAGGGGGAGCGTGGCAAGGATCACATTCCCTTTTTTTGG TACATCGGAAAGATAATTAGCGCCCTTCAAGAATTGATCTCTGGACCTTCCCCTCCCCAACTTATATGTCCTTATATGCC CTCAGCTCTTACCACTTGAGCTATCATTCAGGGACTGATATGACATTCTTAGGAATATTTTTAATTATAAATTATAAAAC TCAAGTAAGTAAACGATAAAATGTGGCATGATGATTATTTTATTTCTGAGAACAATTTATATTCAAGATTTAGCGTTTTC AACCTTAAACCAAACATGAGAGTATTATTTCCAGCCTCTTTTCTCGGAATTTGTTATATCATAACTTGAAAGAAACACTA TAGTTATGACTACTTTTCTTTTAAAGCAAAATAAATATTTATTAATTGATGAAAACCTTGAGGACAAACCCCTTAATATG GTTCATAAACCCCTGCCCAAAACGTTAGTGAATACTCAAC
CDS sequence (LotjaGi5g1v0197400.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGAGAATGGTCACGATGGGAAATTGGCTGAGAAGTTCTCAGGGTTGGCCATTAACCAGCAGCATGGTCAACAAGGTGT GCATGATCAATCTAACCTTTCTTCTAACCACAATGAGAGCTTGTATCAGGTCATGAAGGCTGTTGAATCTGCTGAGGTTA CCATTAAGCAACAGGCAGAAGAGAATAACCAACTTAGGTGGAAAATTGAGGAACTGGAAAAACATAGGCGCAATGAACAA GTGGATCAAAATTCCCATCCATGGAAGGAGCAAGTTTATGGATCTTATGAAGCTCGTCAATCAATTCCATCATCAGCCAT AAGCAATACAAGTAACTATTCTGGGAGCAGCGAAATAAATGGAACACTGAGAGTACAGCCAAATGAGCGGCTCCCTGTGG AGAATACTGGAAACTCTCAGTTGTCTTCACCATTTACAAGGTCAATCTCTCCAAACAGGCATCTACTAGGAGGAGATCTT GATCCCCAATTTAATCCACCTCGGCAAGGCTTGACGCCAATGGCTGAAACAAATAATTCTAATACCTCATTGCAGCAGGA CCTGGCCATTAAGGTTCGGGAACGTGAAGAAGAGATCATTCTATTGAGGAAACACCTTGCAGATTATGCTGCAAAGGAAG CACAAATACGAAATGAAAAGTATGTCTTGGATAAGCGCATTGCATATATGCGTGTGGCCTTTGATCAGCAGCAACAAGAC CTTGTAGATGCCGCATCAAAAGCCTTATCGTACCGGCAGGACGTAATTGAAGAAAATATACGTCTTACATATGCGTTACA GGATGCACAACAAGAAAGATCAACATTTGTTTCATCTTTGGTGCCTCTTCTTGCAGAATACTCTTTGCAGCCTAATGTTC TTGATGCCCAGTCTATTGTTAGCAATGTCAAGGTTTTGTTCAAACATTTGCAGGAGAAACTACTTCTCACTGAGTCGAAG CTAAAGGAATCACAATATCAACTGACGCCTTGGCGCTCAGATATGAACCAGAACCATGCAACTGCTGCTACACAATCACC ATCTCATTCGATTGGTGCACCTTTGGCAACTTCAAATAAAAATGGCCTTGAACTGGTACCTCGGCATATCTATTCTCAAG TAAAGACTCAGGTCTCTGTTGATACTCAGGCAGGCACTGATTGGGGTATGTTGGGTCATCACCAGAGCGGCTTGGGTGGT GGGGTGGCATCAAATGTTGATGCTGATGATTTGGAAAGATATTCACCTCTTGCAAGCAGGAATTCTCCAGCCCATGATGT ACCTTCCCATCTGGTTGTTACTCAGGGGGATACTCGATCTACACATTATGGAGAGGAGATGACTAACAAACAGGTCACAT TCCGTGACCCTGTGAGCAACAGTGAATTTGATGATCCTGATGGAGATGGAAACCTTAGTGAGAAAGAAGCATCTGCTCAC TGGAATTCAGGCAATCCTCCATATTCATCCACTGTTGATGATCCCATTTCCTCATATTCTCCTTATTTACCACCTGTTCT TGAAGAACCTTCTTCTTCATATTCTGAGGCTGCGGATGATGATCCATTACCCGGTATAGAGGGCCTTCAAATTTCAGGAG AAGCCTTTCCAGGAAGGGAACTTCAGGCATGCGGATATTCCATCCATGGAACCACTAGTTGTAATTTTGAGTGGATTCGG CATTTAGATGATGGTTCCTTTCATTATATTGAAGGGGCAAAGCAACCCAACTATCTTGTCACTGCTGATGATGTTGATAC ATTACTTGCCATTGAAGTCCAGCCGCTGGATAACAGGAAACGCAAGGGAGAACCTGTGAGGGTTTTTGCCAATGATAGCA AAAAGATCACTTGTGATCCAGAAATGCAGAGCCAAATAGAGAGAGCTTTTTATAGTGGACATGCTTCATATAAAGTCTCA CTTTCGATTGGATATCTTGATATCTGGGAACCAGCCACATTGGCCATCAAGAAGGAAGGCTACAGTATCAAATGCCATGG ACCAAATGGAGTTGTAATCACAGAAAAATTTTCACCGTCCACCACCGTTTTGATTCCTTATGGACATATTTCAGAGTTTA TTATTGGTTCTACTAGCGCCGAACATCTGTTAAGAGCAGACAACAACTCAACTGATTTTAGTGGTGCTAGAGATGCTATT GTGCTCGTTTTGAGATTATTCATCCTAAAGGCTGGGGAGAAAAAGAGAGTGAAGAAGAAGGGGTTATTCTTTAACAAGTA A
Protein sequence (LotjaGi5g1v0197400.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MENGHDGKLAEKFSGLAINQQHGQQGVHDQSNLSSNHNESLYQVMKAVESAEVTIKQQAEENNQLRWKIEELEKHRRNEQ VDQNSHPWKEQVYGSYEARQSIPSSAISNTSNYSGSSEINGTLRVQPNERLPVENTGNSQLSSPFTRSISPNRHLLGGDL DPQFNPPRQGLTPMAETNNSNTSLQQDLAIKVREREEEIILLRKHLADYAAKEAQIRNEKYVLDKRIAYMRVAFDQQQQD LVDAASKALSYRQDVIEENIRLTYALQDAQQERSTFVSSLVPLLAEYSLQPNVLDAQSIVSNVKVLFKHLQEKLLLTESK LKESQYQLTPWRSDMNQNHATAATQSPSHSIGAPLATSNKNGLELVPRHIYSQVKTQVSVDTQAGTDWGMLGHHQSGLGG GVASNVDADDLERYSPLASRNSPAHDVPSHLVVTQGDTRSTHYGEEMTNKQVTFRDPVSNSEFDDPDGDGNLSEKEASAH WNSGNPPYSSTVDDPISSYSPYLPPVLEEPSSSYSEAADDDPLPGIEGLQISGEAFPGRELQACGYSIHGTTSCNFEWIR HLDDGSFHYIEGAKQPNYLVTADDVDTLLAIEVQPLDNRKRKGEPVRVFANDSKKITCDPEMQSQIERAFYSGHASYKVS LSIGYLDIWEPATLAIKKEGYSIKCHGPNGVVITEKFSPSTTVLIPYGHISEFIIGSTSAEHLLRADNNSTDFSGARDAI VLVLRLFILKAGEKKRVKKKGLFFNK
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 6 | 744 | 739 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 6 | 744 | 739 | 0.0 | – | |
| Coils | 48 | 82 | 35 | - | – | |
| MobiDBLite | 443 | 458 | 16 | - | – | |
| MobiDBLite | 443 | 519 | 77 | - | – | |
| MobiDBLite | 476 | 497 | 22 | - | – | |
| Gene3D | 511 | 603 | 93 | 5.4E-7 | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi5g1v0197400.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…