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LotjaGi5g1v0272600.2

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi5g1v0272600
Transcript ID LotjaGi5g1v0272600.2
Related isoforms 1
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description DNL-type zinc finger protein; TAIR: AT3G54826.1 Zim17-type zinc finger protein; Swiss-Prot: sp|Q0IH40|DNLZ_XENLA DNL-type zinc finger protein; TrEMBL-Plants: tr|I3SDC8|I3SDC8_LOTJA Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi5g1v0272600
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr5:58606035..58617356) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

TTTATTTTTAACCCATGGGCTGAAACAAAAATTAGGGAGCAAGAAAGCACCATGGCCCAAAACACCTTATAATAGCTTGT GACCATTCTCCACCGCCATCGGAGCGGAGCAACAATCGCAGTAACATGGCGACGCCGGCAATCATGTCGCAGTTGCGGAG GCGATTCATCTCAAGCCAAATCCCTAATCACGGCAACTCCATCACTCAAGGCATGCCTTCAATTTTCCTCTACCTCTGCA AAAATTTTGTGTTTGTTTTGTGTGTGTGCTGTTATCGTTGTTGTAGATTTTCTCAACTTCAAGCTTTTTCATACTACCCT TTTGTTGGTTTTAGAAAATTCGGAAATTCCATGGCTACTTCAACTTGTGTATAAAATTTTAGTCCATTCCACTGTTCAAT AATTGATTGGAAGCAAAATAATTAATAAACTATTTTTCATGCATGAATGGTTGGCTTCATATCATTATTGATAGATAATG TTGCAATTAACTGCTAATTCAGTGCTATCTAGACTTGTTATTCTTAACCACCATGAATTTTTTTTTTTTGCTTCAAGTGC TTTCAGTACTACCCTGAATTTGATAAGAGTCTAAAAGCAATGAAGCTTTTGGGGGGAAAACACTTTTAGGGTTTATAAAT ATATTTTAATATTTGGAATTTTGCATCTACTCAAATGTGAAGCAAATGGTGTTTTCAGATTAACAGGAAAGATTAGATAT TGTAAGCTTGAGTTGAACCTGCTCTTAGAATGGTTAATGCTAGTTCAGTTAGCATGCTTTAAATTACCTGTGATAGATGG TTACGACTCCCGGTTATTTTTAAAATACCTCATTTTCGCTGAGTTCAGTTGAGTTATCCATTGGAATTTGGAAGCATATT TGCAGGGAGGTTAATTTTGTGGCGGATGCCTTTGCTAAGAATGCTTTATCCTTGCCTATGATGTTTCACCTGACTTTTGT 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TTCTTGTAGCTGCTCTATCTGCTCAAAGGAGAATGCTGACCCCAGATCAGATCCTGCCATGATGAAAGTCTGATTATCAT GTTTCCTTTGAGACTTGAGAGTGTGATATAAATGAGTGACATAGAAGGAATTCGTGGATTTTCATTGAAACGAAGGCATA TATTAGTATGTGCCTCATTTAGTCGCAGCAAAGAGCTAATATGAGTTTGTTAAGGTTTTCATTATTTTTTTTATCAATGT TCTAGTGAGTTGTCGAATATTTGTGAACTGAAAGTATATTTTAAATACTCTAACTATTTGTTAAAATAATTAACTTTATA TGAGAATATTATATCGAAAAAAAGATTTCATTAAGACTTATAGTCAGCCAAATGACACTTACAAATGACACTCACATATG GAGAAATAGATGAATGAATCCTATTGGAGAGATTATGCAATGCTATAGCATAAACAATACAAATAATAACATAACATGCT CATCAACCAAACCCACTGAAAAAGCTCTATCATGGTACTCTCTAATCCACAAAGTTGAGTATTGATACATCTAGGATATG TTGAAGAGTGGAAGAATGATCTTTATATGAGAAATAAAGTCTAAGAAATAATACTTGGAAATAATTTTTTTAACTATATG CTAACTAGATAACTCAAACCAAACTAACTCATTTACTAGCAAACAATCTTATTAAATTCGGACCGGTAATGTTGATCTAC ACCTCATTGAACAATGCCACATGATGGATGGACGATGTCTCATATGTACAATTTTAAAATTTTAATATTCAAGTTTAATA CATGTTCACAACTATTATTAAAAAAACATAATTTTAGACAACATAAGAGGATAATAAACCTATTTTTCTAATGAAAACTA TCGGGCAAAACTAAATAGTGAAATTTCATCAAGAAAATAAAAATAAAAAGTAATATAAAAAACCTAATGCTTTCATGTGA 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TAAAAATATGATTAAATTTTAAAATTACTTATACTTTTAAGATTATTAATGACGTCCATTTTCATAAATTATTTGAATGA AAATGTCTTTGGTTTATTTAAAAATTTGTAAAAGGGAACAAGGTCAAAGAAAGAGTTTTAAAAATAAGGAGTACATGGAA TTTTCCCGAAGTCGACATGAACATAATTAGGTTTTATATTTTCATGACCGCTTCTAAACTCACCTTAGCTCTTAACGGAG AGTCTTAGACAATAAAAGGTAAACATATCCCCGAGGCCCCGACCCACTCCTATTGTGGCGCTTTATAATAGTTTTTTTCA TAACTTTTAGCAAAGCGCCACAATAGGAGTGGGTCGGGGCCTCGGGGGTATGTTTACCTTTCATTGTCTATTTCCCTATT GTGGCGCTTTGCTAAAAGTTATGAAAAAAACTATTATAAAAATAATCCAATTTATTTTAAATTCAATCTTCAAGTACATA ATCTTTTTTCTGTCAAGTTTTTTATATTTCCCGTCAAAAAAATTTGTTCAATATTTATTATATTTGGTCAATATTTTATA ATCAAGTTTATCTAGCTATCCATCACATCACACGATATTTTATTTTTAACCCATGGGCTGAAACAAAAATTAGGGAGCAA GAAAGCACCATGGCCCAAAACACCTTATAATAGCTTGTGACCATTCTCCACCGCCATCGGAGCGGAGCAACAATCGCAGT AACATGGCGACGCCGGCAATCATGTCGCAGTTGCGGAGGCGATTCATCTCAAGCCAAATCCCTAATCACGGCAACTCCAT CACTCAAGGCATGCCTTCAATTTTCCTCTACCTCTGCAAAAATTTTGTGTTTGTTTTGTGTGTGTGCTGTTATCGTTGTT GTAGATTTTCTCAACTTCAAGCTTTTTCATACTACCCTTTTGTTGGTTTTAGAAAATTCGGAAATTCCATGGCTACTTCA ACTTGTGTATAAAATTTTAGTCCATTCCACTGTTCAATAATTGATTGGAAGCAAAATAATTAATAAACTATTTTTCATGC ATGAATGGTTGGCTTCATATCATTATTGATAGATAATGTTGCAATTAACTGCTAATTCAGTGCTATCTAGACTTGTTATT CTTAACCACCATGAATTTTTTTTTTTTGCTTCAAGTGCTTTCAGTACTACCCTGAATTTGATAAGAGTCTAAAAGCAATG AAGCTTTTGGGGGGAAAACACTTTTAGGGTTTATAAATATATTTTAATATTTGGAATTTTGCATCTACTCAAATGTGAAG CAAATGGTGTTTTCAGATTAACAGGAAAGATTAGATATTGTAAGCTTGAGTTGAACCTGCTCTTAGAATGGTTAATGCTA GTTCAGTTAGCATGCTTTAAATTACCTGTGATAGATGGTTACGACTCCCGGTTATTTTTAAAATACCTCATTTTCGCTGA GTTCAGTTGAGTTATCCATTGGAATTTGGAAGCATATTTGCAGGGAGGTTAATTTTGTGGCGGATGCCTTTGCTAAGAAT GCTTTATCCTTGCCTATGATGTTTCACCTGACTTTTGTGTAGTTCCATTTATGTTTGATTCTGCAGTACTTTGTGTATGC TGGGCTAGTTTCCCTTGTTTTAGGCTTTTAGCAGCGGTTTTTATATAAACAAAAAAAAAACTGATTTCTTCCTCTTTATT CATTTAGAGGTAAATTATGATTCTGATTAACTTAATGTTCATTTCAAGTTAAAGCCACTTTTGATCATTCACCTAAGAGG ATCTTGTGCATTAAAAAATGGAGATGTTTGTACTATTCTTTCCCATGTGTGGAAGTTTTTCTTATTAATAGGTTATGTTG TTTATTGGCAGCATCCTCTTGGCATTCTTCTATCGGTACAATGTTAGACAGATATGGACTTCATAAAAAGGGGTTCTTCT CTACGGATACAAATCCAGACAAACATGTTTGTGAAGATGCTGACTCCTCAAAGCCTAGTGTGATCCCAGATAATGCTCCT ACATCCATGAGCACTAATGAGAACTCTGAGTCTGGTGTAAAGTTTTCTGCTAACTCCAGTTTGAAAACTTCCTCAAGGCA TGACCTTGCTATGATTTTCACCTGCAAAGTTTGTGAAACGAGATCTATTAAAACAGTTTGTCGTGAATCGTATGAGAAAG GTGTTGTGGTAGCAAGGTGCGGAGGGTGTAATAATCATCACTTGATTGCTGATCACCTTGGATGGTTTGGTGAACCCAGA AGCATCGAGGACTTCCTGGCTGCACGTGGAGAAGATGTAAAGAAAGGTTCAATTGATACACTGAATCTTACACTGGAAGA TATTGCTGGAAAACAGCCTGCATTAGGGTAGCACCTAGATTTTGGAAGGGTCAGGGAATGTAACTTGACTTGGTGTTTGC AACTCAATTCTTCTGTTTCTTGATTATCCTGATACTAAAAAAGTGACATTTTCTTAATTGTTTTTTTGTGCTTACTGAAG TAATGCTTGAGATTATGCATAAACATTAAACAGCCAAATAAAATGCGTCTGCTAGGAAAATTATAACCAAAATCTTGTTT ATCCAGCATTAATTTGTATCCACGGCTCCGCGCGCATGCAAATCACATTTTACTAAGATCAATGTAGTTGTATGTAATTG GGAAGTGAGGAACTGGAGGAAACAACCTAGAAAATAGTTGTG 

CDS sequence (LotjaGi5g1v0272600.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGGCGACGCCGGCAATCATGTCGCAGTTGCGGAGGCGATTCATCTCAAGCCAAATCCCTAATCACGGCAACTCCATCAC TCAAGCATCCTCTTGGCATTCTTCTATCGGTACAATGTTAGACAGATATGGACTTCATAAAAAGGGGTTCTTCTCTACGG ATACAAATCCAGACAAACATGTTTGTGAAGATGCTGACTCCTCAAAGCCTAGTGTGATCCCAGATAATGCTCCTACATCC ATGAGCACTAATGAGAACTCTGAGTCTGGTGTAAAGTTTTCTGCTAACTCCAGTTTGAAAACTTCCTCAAGGCATGACCT TGCTATGATTTTCACCTGCAAAGTTTGTGAAACGAGATCTATTAAAACAGTTTGTCGTGAATCGTATGAGAAAGGTGTTG TGGTAGCAAGGTGCGGAGGGTGTAATAATCATCACTTGATTGCTGATCACCTTGGATGGTTTGGTGAACCCAGAAGCATC GAGGACTTCCTGGCTGCACGTGGAGAAGATGTAAAGAAAGGTTCAATTGATACACTGAATCTTACACTGGAAGATATTGC TGGAAAACAGCCTGCATTAGGGTAG 

Protein sequence (LotjaGi5g1v0272600.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MATPAIMSQLRRRFISSQIPNHGNSITQASSWHSSIGTMLDRYGLHKKGFFSTDTNPDKHVCEDADSSKPSVIPDNAPTS MSTNENSESGVKFSANSSLKTSSRHDLAMIFTCKVCETRSIKTVCRESYEKGVVVARCGGCNNHHLIADHLGWFGEPRSI EDFLAARGEDVKKGSIDTLNLTLEDIAGKQPALG 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
PANTHER 4 191 188 3.1E-55
PANTHER 4 191 188 3.1E-55
MobiDBLite 63 91 29 -
MobiDBLite 72 91 20 -
ProSiteProfiles 102 194 93 17.426
Pfam 109 169 61 4.7E-26

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function Zinc ion binding Interacting selectively and non-covalently with zinc (Zn) ions.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi5g1v0272600.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…