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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi5g1v0359100 |
| Transcript ID | LotjaGi5g1v0359100.1 |
| Related isoforms 1 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | centrosomal protein of 135 kDa-like protein; TAIR: AT5G13560.1 structural maintenance of chromosomes protein; Swiss-Prot: sp|Q4QRL3|CC88B_MOUSE Coiled-coil domain-containing protein 88B; TrEMBL-Plants: tr|A0A072VRW6|A0A072VRW6_MEDTR Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi5g1v0359100 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr5:67364001..67380866) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
AAAATATATAAAAAACAAAAGCAGAAACGACGTCGTATTTCTTGTTTCTAAAGTAGAGGACACATCCGTCAACGTCTTCT TCATCCTCGAGAAGAAAAACACCAGAGATCACTGTTACCATAGTTGTTTCCATCCAATTCTTCAAACCCTAATTTCAATT TCATCCCAATTTCAATTTCAATTTCAAAATCCCTTACTCAAATCAATCAAATCACACCCGAAATCAAAACCATGTCGTGG CTGAGATCTGCAGTCAACAAAGCGGTGGAAGTTGGAAACAAGAACAACCTCACTCGCACCGTCAAGAACTACGCCGACTC CGTCGTTCAACACGCCGGCCATGCCGTTGCCGAAGGCGCCAAAATCCTTCAGGATCGCATTGTAAACATTTCATTTCATT TCCTTTTCTAATTCAACTTTTTTTGTTTTTGTTGGTGTGTGATATTTTGATAACTATGATTGTTTCTGTGTATGTGTGTG TGTGCGCCGCCGTGCAGGCTTCTCGGAATTATAGAAGCGTTGCGGTGACAGTTAAAAGATTGGAAGAAGCTGCTATCTCA TGTAGGGGACCTGAGAGAGTGCAGTTGCTCAGAAGATGGCTTATTGTACTTAAAGAGATTGAGAATATGTCTGCGGCGTT GGCTGAAGGTAAAGAGAAGACTCTGGAGGAGCACCTTGCTATTGAAGAGGAAAAGGAGAATCCTAAGAGACCATCACTGG TTAGTTATAAACCTTCTTGCATACTCTGCATGCATGCAATTATCTTAGTTAGAAGTTTTTACCTGAGGTTTTTGTGTTTG TTATTCTACTGGTTTCTTTCAGGTTCTTTATTACGATTCTGACATGGGAGGAGTACCGTTAAGTTTTCGTGATGTTTTTC TTCAAAGTCAGGCATTGGAGGGCATAACATTATCTATGGTATGTCCAATCAATGTTAATTATTGTGCACAATTTTGGTAA 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CDS sequence (LotjaGi5g1v0359100.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGTCGTGGCTGAGATCTGCAGTCAACAAAGCGGTGGAAGTTGGAAACAAGAACAACCTCACTCGCACCGTCAAGAACTA CGCCGACTCCGTCGTTCAACACGCCGGCCATGCCGTTGCCGAAGGCGCCAAAATCCTTCAGGATCGCATTGCTTCTCGGA ATTATAGAAGCGTTGCGGTGACAGTTAAAAGATTGGAAGAAGCTGCTATCTCATGTAGGGGACCTGAGAGAGTGCAGTTG CTCAGAAGATGGCTTATTGTACTTAAAGAGATTGAGAATATGTCTGCGGCGTTGGCTGAAGGTAAAGAGAAGACTCTGGA GGAGCACCTTGCTATTGAAGAGGAAAAGGAGAATCCTAAGAGACCATCACTGGTTCTTTATTACGATTCTGACATGGGAG GAGTACCGTTAAGTTTTCGTGATGTTTTTCTTCAAAGTCAGGCATTGGAGGGCATAACATTATCTATGATTATTGAAGCT CCTAATGAGGAAGAGGTTTCCCTTCTCCTTGAGATGTTTGGGCTTTGTCTTACTGGGCGAAAAGAAGTTCATAATGCTGT AGTAAGTAGCTTACAAGATCTGGCAACAGCTTTTTCAAGCTATCAAGATGAAGTACTGGTGAAGCGTGAGGAATTGCTTC AGTTTGCACAAGGCGCTATGTCTGGGTTGAAAATCAATTATGATCTTGCTAGAATAGATGCTGAAGCTTCTACCCTTAAG AAAAAACTCAATGAGATAACAACTTCTGAAGTGCTTTTAAACAAAGGCGATTATAAAGCTGCTGAGGAAACAACAGCAAC GCTAGAGGCTTTAAAAGTTGCCCTTGCACAGATTAGAGTTTGTTCCAGACTGGAAGGGTTGTTGCTGAAGAAAAAAGATT TGAACAATGGAGACTCTCCTGAGATTCATGCCCATAAGGTTGACAAGCTGAAGGTCTTAACGGAATCTCTTGCTAATTCT GCTGCTAAAGCTGAAAAGCGTATTTTAGACAACAGAGTACAAAAAGAGGAGGCATTAAAAGTTCGTGTGAGTAAAGTCAG TGAAGCTAGTGAAAAGGAGAAGGAACTGGCTGCTGAGATATCTGATCTCCAACGGAAAAAAGAAGATCTTGAAGCTGAAT TGAAAAAGGTTAATTCTTCTTTGGCTGCTGCTCAAGCACGATTATCGAATGTGAAAGAAGAGAGAGATCAGTTTGAGGAA GCAAACAACCAGATAGTTGAACATCTGAAGATAAAGGAAGATGAACTTTCAAAATCAATTAGCTCATGTAGGATAGAAGC AGATGTTATCAAAACCTGGATTAATTTTCTGGAAGATACCTGGGTTCTTCAGCGTTCAAATGCGGAAATTAACGAGAAGC AGGTCAATGATGAATTGGAGAGACATGAGGACTATTTTGTGGACTTGGCCATTCAACTCCTAACTGCTTATCAGAAAGAG TTAGATCCTTGTGTTAACCATATTGAAACATTTGTTGTGAACCTGAAGAATTTAAGTCTGAGGTTAGAGATGTCGTCCAA TGCAGATACTGAGGATTCAAAAGTTTTAAGTCCCAGGAGGAATCTTGAGGAGGAATATTTGACCTATGAAGCAAAGATTA TTACCACCTTCAGTGTAGTGGATAACATGAAACAACAGTTTTATTCTCAACAAGGAAAGATTTCCAGGAAAGATGAAGAC AGAGTCAAAGAGCTGTTTGATGCCATTGAAAAGATACGGACTCAATTTGAGTCTATTGAGAGACCAGTTCTCGAAATTGA GAGCCCAAGCGCGCACACTGAAAGTTCACTAACTGAGAAAAAGTCGGACGAAACACCTTCACCTTCTGCTCCGGCCCAAG GTACACCTTCACCTTCTGCTTCAGCCCGAGATACTGACTTTTTAAAGCCAGAGACAGATGAACAGCCAAAATCATCTTCA GTTTCAGCAGGTCAGGTATTGGACCATGAAGCTGAATTAGCTAAGCTGGAATCTGAGTTTGGAAAGGTCAGTCATGATTA CTCTACAGAGGAAATTGGTGATTGGGAATTTGATGAGCTTGAAAGAGAATTGGATTCTGGCAATTCAGCAACAAGTAGCA ACAAGTAG
Protein sequence (LotjaGi5g1v0359100.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MSWLRSAVNKAVEVGNKNNLTRTVKNYADSVVQHAGHAVAEGAKILQDRIASRNYRSVAVTVKRLEEAAISCRGPERVQL LRRWLIVLKEIENMSAALAEGKEKTLEEHLAIEEEKENPKRPSLVLYYDSDMGGVPLSFRDVFLQSQALEGITLSMIIEA PNEEEVSLLLEMFGLCLTGRKEVHNAVVSSLQDLATAFSSYQDEVLVKREELLQFAQGAMSGLKINYDLARIDAEASTLK KKLNEITTSEVLLNKGDYKAAEETTATLEALKVALAQIRVCSRLEGLLLKKKDLNNGDSPEIHAHKVDKLKVLTESLANS AAKAEKRILDNRVQKEEALKVRVSKVSEASEKEKELAAEISDLQRKKEDLEAELKKVNSSLAAAQARLSNVKEERDQFEE ANNQIVEHLKIKEDELSKSISSCRIEADVIKTWINFLEDTWVLQRSNAEINEKQVNDELERHEDYFVDLAIQLLTAYQKE LDPCVNHIETFVVNLKNLSLRLEMSSNADTEDSKVLSPRRNLEEEYLTYEAKIITTFSVVDNMKQQFYSQQGKISRKDED RVKELFDAIEKIRTQFESIERPVLEIESPSAHTESSLTEKKSDETPSPSAPAQGTPSPSASARDTDFLKPETDEQPKSSS VSAGQVLDHEAELAKLESEFGKVSHDYSTEEIGDWEFDELERELDSGNSATSSNK
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 1 | 691 | 691 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 1 | 691 | 691 | 0.0 | – | |
| Coils | 319 | 339 | 21 | - | – | |
| Coils | 346 | 411 | 66 | - | – | |
| MobiDBLite | 583 | 695 | 113 | - | – | |
| MobiDBLite | 602 | 622 | 21 | - | – | |
| MobiDBLite | 650 | 671 | 22 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi5g1v0359100.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…