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LotjaGi6g1v0228500.1

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi6g1v0228500
Transcript ID LotjaGi6g1v0228500.1
Related isoforms 1
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Serine/arginine repetitive matrix protein 2 isoform 1; TAIR: AT4G29790.1 serine/arginine repetitive matrix protein; Swiss-Prot: sp|C6BYK9|ISPG_DESAD 4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl diphosphate synthase (flavodoxin); TrEMBL-Plants: tr|A0A0B2RAW0|A0A0B2RAW0_GLYSO Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi6g1v0228500
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr6:53443344..53454881) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

AATACATTGCCGATCAAAACACCCTCAGAGCCTCTTCGCCCACCATGGCTTCGTAGGATTTGGAGCTCCGAGCAATATCA AATTCTCCCACGCTGTTTCGATTTTTTCCCCCCAATTTTCCCAAATTCGCAACACCATTTCAAGATTCAAGGTATATCAT TGTTTCTGCGCATCACAAAATTTGATTTTGCTGTTTAATTCAACTTCTAGGGTTTTGATTTTGGGATTTTTATTGCTTTT CCGCGTTTTCAAGGTAGTTCCTAATTTCAATTTTTCATTTTTATGTATTGATTTGAAATTTAGGGTTTCTGTATGTTCTT ACTCCTCTCTGTATCTGTTTTATTTTTTTTATGAACTTTCTAACGAACTAAAATTGAGGTTGTAGAGGAAAAATAGTGTC TTTATGCTTGGTTTTGTCAGAACATGAGTTAGAGAAGTTATGTTCAATGTTGTTGTTGATAGCTGCATGTTTTTCCATTT TAGTTTTTTTATTTTTTATAATATGGTTATTATCAGAACAATTTATGTAGTAAAATTTGAAATGAAAAAAACATTCTTTG AGCAAAAGGAAACTTAGGAAATGGAGGCATAAGCAAATGTTAATATAGGAGCAGGAATATGATGATGAAGTGTAGTTAAT GAGGTCAAGATTTGTGTTTGAAGTTCAGATGGTAACTTGGTAGTTGCAGCAATTAGTGTTTGAAGTGGAGAAGGTATGTT ATGAACTTTCTGTAGTAATTGGATTGCATAGAGTTGTTATTATTTGTCAATATAATTTAGATTTCATCTAGATGCATTAT CGAGCATTTATGCCAATCGAATTGCATTTCTGTATGTAGTTATTAGACTTCCATAAGACAAGTTTAGTTGTGCATTGATT GATTATGGGGTCAATCAATATGACTTGCTTGAGTGTTGAGATGAGCTTGCTTGTCTGTTGTCTGTTGATTTTCTTGTGGT 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TTGTTTGATTCCCTTCTTAGTTTTCTGAATTCAAAAATCATTTTCAAAAACAATTTTCAAAACCTGTTTGTCAGAAGAAG AAAAGAAAAGAACAGTTTGAACGAGATGTTTTGCATTGTTGAAAGACCTGTGAATTGAAAACTAAAAACAAAAACAGAAA ACATCTCTGAAATGTTTTGGGATTTTAGTTTTAAAACCGTAGATAAGAACTGTTTTAACAGTTTTTAGCAAACAGGCTTT TCTTTATCTATTTTTTAAAAACTAAAAATTGTTATACAAAACAGTGTTTGGCTTTTGTATGGTGTAAAGCACTTGATCTT TTTAAAAGGGTATCCCTTACAAATATGTTGAGGGATTTGGTATCTTTACTAAGGTGGTGTTTATTATTCCTCGATTATTT TTCTTTTCTCTTTCTTAAAGGACGATTGCTTATCTTCCTTTAACTTTGCATTCTTCTCTCTGACTTAATAAAATTATAAT TTCATAAAAAATATTCTTTAATTGATTTAGACGTTTTATTTGTTCTATACCCAGGGCAACTGTTCGTGATGAATATAATT CAGCTAGTCCTAATTCAAGTGCAAAAATTAATACTATTCGGGCACCACGATCAGGTTCGGGAGTTGCCCCGAAGTTGTCT CCAGTTGTCCACAAAACAGCGGTTCCCAATGATGGGGAACTGTCTCATGGTAGCCCCAAGCCCCCTGCTGGTGCTGGCAC TACCAATCGCAAACGTGCGGCATCAGCACGATCATCTTCCCCACCTGTTGTCAAATGGCAGAGGCCGCAAAAGAGCTCCC GCACTGCCAGAAGAACAAATTTGGTGCCTGTTACTTCAAGTAATGACGATTCCCCTGCTTTGGATTCTGTATCTGATGTG ACTGGCAATGATCTTGGGTTGGGATTTCCCAAACGTTTGACTGGCAGTTCTCCTCAGCAAATCAAATCAAAAGGGGAATC 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GGAATACAATACCTTGGATTTGAATGAAAAGCTTCTCTTGGAGCTTAAAAGCATTGGAATTGCCCCAGAACCAGATGTAT GTTACCTTTCTAAGAACTTCTCTGCTATTTTTCATGAGATCTCATCATTCTTGAACCATGTTAAATATCAGATTTGATAA AACTATTCTGTTGTGTCTATAGTCCGTCCAATTGTCTGCTGACCAGTAGACCTAATGAATTTAATTCAAGATGTTCTGTG TTATTGACTTACTGTGAAATCTTTAGTTTGTCTATGTAATACTTATTTTTTTCACTTTTATTTTTCAAGTCCGGAACGTC ACGAACAGATGATGAAGGAATTTGTCAGGATATCACTAGGTTAGAGGAGGATTACCAAAAACAGGTACGCACCGATGCCA AGTTATAATGTGCTAACTGCTAATCGTTGAGTTTAATTTTTTTTGTTTCAAACAACTTTTTATCTGATGTAATTTTCAAG TAATGGATATTTAAGTATTGATTTCCAAGTTTATGGTAAATATATGGATCTGGTTTAGAACCTGACATCCTGTTCACGAA TATCATTTCAAACTTACTGAAGTTAATGTTGATTTTTGTAATCCATCGTACGCTTTTATTTTCATGTGTATCATAGATGT GCAAGAGGAAAGGCATGCTAGATGGATTGGTGAAATCTGCCTCAGTGGCCAAAGAACTTCAAGAAAAGTAATTTCACTGC CATTTGTGCCCTGATTATTTTCTTAATTTAAACTTTTGTGGCTCATTGTTCTGAATGGAAATATGAAACTTTTGTGGCTC ATTGATACACAGGGATTTTGAACAACGTGCTCTGGACAAACTTCTTGAGATGGCTTATGAGAAAAACAAGGTAACCTTCT TAATGTTCAATATCACTTTTTATATATAACCGTCTCTACAGTTTCAAATAAATTTTTAACATTCCAGCCTAGTCAAGTAT 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TTAATAAATAATGCCAACTAAGGCATAAGGTACTGACAGCTAAGGAAGAGCTAACTGCCAACTCATAGAGGTGTAATTTT TATTGGGTACGAAGTTGATGACCTTGGGAGGGGAAGATGATTTGAATCCCTTTGCCTGAACGTTACTTCAAGTTTTATGT TTTTTTCCTTTTGTACATTGAGTACAGGCTGAATTTTGATATTTAAGTTATGTGTTTTTTTTTCTGCAGGTTATGTGGCT TCACGGCAGTGTCCTTCACTATTTAGTCAAAATATGAATAACCATGATATCAATTCACCAGATATTCTTCCAGCTATAAA TAACTCATCCAAACAAACTAGCGGGAAGGAAGATTTTTGGTCAAACAGGGTGAAGAAAAGGGAATTGTCCCTTGATGATG TTGGTGGTACTTCAAGTGCTCCATCAGGAGTTGGCGGTTCGCTATCAAGCAGTGCAAGAGGGAAGAGGAGTGAGAGAGAC AGAGATGGAAAAGGGCAGAGCAGGGAAGTGCTATCCAGAAATGGAAATACCAAAGTTGGCCGGCCAGCATTATCTAATGC TAAGGGAGAAAGGAAACCTAAATCTAAGCCTAAGCAGAAAGCATCTCAGCATTCTGTTTCTGTAAATGGCCTCCTTGGCA AGCTATCAGATCATTCTAAACCAGAGTTGCCTTCTGTTTCGAAGTCTAATGAAATGTCTACTAACAGCAATACCAAGGAA AAGGGTGTGTTTGGCTCGGGTGAATCGGATGACCATGAGCCTATTGATCTCTCGAACCTGCAGCTTCCTGGAATAGATGT ACTTGATGGCCAAGGTCAAGATTTTGGTTCATGGTTGAATATTGATGACGATGGATTGCATGATAATGACTGTATGGGCC TTGAAATTCCCATGGATGACCTTTCAGACTTGAATATGACATTATGATAGTTTAAACTTCTTTGTACAGCAGCTTTCTAT ACCAATGACAACGGAAACAAAGTACTTTTAAGAAATGACTAGTTACATAGGATAGTCTTATGGCTAATCCTGGCCTCAAT TAGGTTATATAGATTCTTTGGTAGACTCCCATCTCCTAGTTGTTTTTTGAGTGACCTTTTCAACTGTTTCGGATTTTGCT AGTGTCGAAGTTCATAACTTCCTCTGTAAAGATCTTTCTGTTGAAGGTACAAGTTAGTGTTCCCAGTGATTATGTTAATA AACATGGTCCTGGTTGTAGCAGTTACAAATCAGACAGTAAGGCCTTTGTACATACATTTGATATTTCTAATAAAATCAGC TTTCATTTACTGAATTGCTCTGGCTGGCTACTCTCCGCTCCCCCCACCCCACCCCCTACACCCCCTAAAGGTTCTATTTG GTCATTTGTGTTTTGCAGATGCACCTTTTCAACATGATTCAGGCTCAAGCACATTTTCCCGAGGCTTTCAATGAAAAATT GAGAACTGATGTAACAGTGACCATCTTCTGTGTTTTACCAAATAATGAGGCACTGCTCTTTACACTTTGTCCAGTTTCTG TCCTGCTTATGATTTGTATATGTGAAACAAGTTCTTGTTACTTATCATCACTCGGCCATCTAATATCTGATTTATTAGCT ACAATTCTAAAGCTGTTTTTTTGGATTGTACATTTTCCTGATTTTTGTAATAATCTGTATAAGGTTGTGCCTGGAAACTT TAAATATCCTTCTAGTTTATTATGACTACAGGGATTCTATTGTTGGGTAAGTTATAGCATCTGAATATTGCAGTGGCAAT GTTGGAAACTTGCATGTTCTGGATAGAGTCCACTTTTCTGAGACATTCATATGCTTTGAATTGTTTTACAAAATGTCCTG GTTCCCATCTTTTATTTCAAAGTTCTCATCTCATTGTTTTTTAAGACAGTTTTCTTGTGGTAAAATTCCATGGCGTATCA ATGCTCAATTAACCTGGA 

CDS sequence (LotjaGi6g1v0228500.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGGCAACATCCGCCAAGTTTGATCTATCTTCCAGAAGCCCAGATAGACCATTGTACACTGGGCTGCGTGGATCCCACGT AGCTGGTTCCTTAGATAGATCGGGTAGCTTTCGTGAAAGCATAGAAAATCCAAATCTGTCGACTCTTCCAAACATGTCTA GAAGCAGTTCTTCAGCAACACAAGGGGATGTAATGAGCTTCTTCAATTGTGTGCGTTTCGATCAAAAGTTGGTAGCTCCA GAGCATAAGTCTAATCGTCAAACAGATTATAAACGACATGTCAGTGCTGCTTTTGGAGTTTCACCTGATGAATCTGCTTC TAGTTCTGTAAAAGGCAAGCAATTGCCATCCCCAGCACCAGAAGATATCAAACGACTCAGGGATGGTTTACACGCAAACT TTAGAAGGGCAAGGGAGCGTGCTAAAATGTTCAGTGAAGCCTTATCTAGATTCAACAAAGATTTCCCAAATATAACTTCA AAGAAGAGATCTCGGGCCGAAAGTTTTTCTACTGACCGTTCTAGTTTCATGTTAAGTGATCGGTCTGTCTTGGGGCCGAG CATAAGTAAGGTTGGAGTTCAAGGTCATCCTGTCACAGGTGGTTTTGAACACGAGCAGCAAAAGTTAGAAGAAAGAACCA AAACTGTTGTCCCAAACAAGCGCACTAGAACTTCTTTGGTTGATATAAAGATGGATGTGCGGACTACTTCTCTTGTCAGG CCATCTGGGACTGTAGACAGAGATAAAGAAATGCTACGGGTTGTCAATAATGGCGCGGTCCAGGGTGAGGAACGAACTTT ACCGATTGGAGGTGATGGTTGGGAAAAGTCAAAAATGAAGAAGAAGCGTTCTGGCATCAAACCGGATGGATCTTCAAGTC CAGCATTGACAAAACCTGTTAATATTTTCCAGGAAACTAAACAAGGAATTCAACAAAGACTAACTACTGATTCTCGGTCG AAATTGAGTAGTGATTCTCATTCTTTCAGGCCAGGAGTTTCTAATGGATCTGTCGGAGCTGGAAAACCAGACGCCATCTC TCAACAAACTGGGTTGGGGATACGCGTCTCTACCCCTAAAATTGATCTGGACAACAATTCTGCTGTCAATGAGAGGCGGG ATCGTACTGTCCATTCAGACAAGGAAAGGGTGAATTTCAGAGCTGTTAACAAGGCAACTGTTCGTGATGAATATAATTCA GCTAGTCCTAATTCAAGTGCAAAAATTAATACTATTCGGGCACCACGATCAGGTTCGGGAGTTGCCCCGAAGTTGTCTCC AGTTGTCCACAAAACAGCGGTTCCCAATGATGGGGAACTGTCTCATGGTAGCCCCAAGCCCCCTGCTGGTGCTGGCACTA CCAATCGCAAACGTGCGGCATCAGCACGATCATCTTCCCCACCTGTTGTCAAATGGCAGAGGCCGCAAAAGAGCTCCCGC ACTGCCAGAAGAACAAATTTGGTGCCTGTTACTTCAAGTAATGACGATTCCCCTGCTTTGGATTCTGTATCTGATGTGAC TGGCAATGATCTTGGGTTGGGATTTCCCAAACGTTTGACTGGCAGTTCTCCTCAGCAAATCAAATCAAAAGGGGAATCTG TATCTTCAGCTGCCTTATCTGAAAGTGAAGAGTCAGGGGTGGCTGAGATTAAATCTAAAGAGAAGGGAAGGAAGCCAGAA GAGATAGATCATAAAGCTGGACAAAGTGTTCAAAAGGTTTCTAACTCGGTCCTTCCAACAAGAAAAGGTAAATTTGCCTC CGGGAACGAGCCTGGAGATGGGGTTCGGAGGCAAGGGAGGACAGGGCGCAATTCTCCTGCCACAAGGTCACTGATGCCAA AGTCATCAGAGAAGCTCGGAAACATAAAGCAACTTAGAAGTTCAAGACAAGGATTTGAGAAGAGTGAAAGCAGGGCAGGT CGTCCACCAACTAGGAAACTTTCTGATCGTAAGGCATATGCACGTCAAAAGCATACAGCTCTTAATGCATCAGCAGATAT TCTTGATGATGGACAAGCAGAGCTATTGGCTGCTGTAAAGGGTGTTATCAGCTCTGCTCATGCTTTTCCTACCCAATTCT GGAGGCAGATGGAGTCTTTCTTCAGTTTGATAACTGAGGAGGATATTACTTACTGGAAACAACAGACAAATATTGAATCA AGCCCATTGATGCCAACTCCAGTACCTTCAAATATAGATGATTGTGAAGCTGTTGTTAATGGATTTGGGTTGGCTAGATG TGAAAGCGATATTGGACATGGTGCTGAAAGGGGTGCTGGAATTGTTACAGAACAGTTACAACTATCTAAAGGAGATCGTA ATGTAATTCCCCTCAGTCAAAGGATGATATCTGCTTTAATTTCAGAGGAGCGTGGTAGTGAAAATGAAGATTACAAGTTT GATGTGTGTGATAAGGAATTTGAGGCAGATGAGGAGTTGGAACTGAGCAGTTTGGATCCCTACCTACGAGCTAATGATCA GTTTGCATGTCATTCTGCTTACAACGGTTATAGGATAACTGGGAAGCGAAAACATGTTGATACAGAAAATGATATTTCAT CTCCTGACTTGAATTCAAGCCAGCCTACCTTGACCTGTTCAGGGTTGGAATACAATACCTTGGATTTGAATGAAAAGCTT CTCTTGGAGCTTAAAAGCATTGGAATTGCCCCAGAACCAGATTCCGGAACGTCACGAACAGATGATGAAGGAATTTGTCA GGATATCACTAGGTTAGAGGAGGATTACCAAAAACAGATGTGCAAGAGGAAAGGCATGCTAGATGGATTGGTGAAATCTG CCTCAGTGGCCAAAGAACTTCAAGAAAAGGATTTTGAACAACGTGCTCTGGACAAACTTCTTGAGATGGCTTATGAGAAA AACAAGGGCTGTCGGCGTCCAAGTTCCTCAAGTGCAAAAAGTGCAAGCAACAGATTGGCCAAGCAAGCTGCGCTTGAATT TGTTAAGCGTACATTGGAAAGATGTAAACAATTTGAAGATACAGGCAAGAGCTGCTTCAACGAGCCCAAATTCAAGGATA TGTTCCTTGCTGCTTCTTCCCAGCTGAGCGCTGTTCGGCTAGTTGAAGGCACGGAGACTGAATCCACAAAGCCACAAGCT TCTCCCTTTTCTTCTGAAGCAAGAACAGGTTATGTGGCTTCACGGCAGTGTCCTTCACTATTTAGTCAAAATATGAATAA CCATGATATCAATTCACCAGATATTCTTCCAGCTATAAATAACTCATCCAAACAAACTAGCGGGAAGGAAGATTTTTGGT CAAACAGGGTGAAGAAAAGGGAATTGTCCCTTGATGATGTTGGTGGTACTTCAAGTGCTCCATCAGGAGTTGGCGGTTCG CTATCAAGCAGTGCAAGAGGGAAGAGGAGTGAGAGAGACAGAGATGGAAAAGGGCAGAGCAGGGAAGTGCTATCCAGAAA TGGAAATACCAAAGTTGGCCGGCCAGCATTATCTAATGCTAAGGGAGAAAGGAAACCTAAATCTAAGCCTAAGCAGAAAG CATCTCAGCATTCTGTTTCTGTAAATGGCCTCCTTGGCAAGCTATCAGATCATTCTAAACCAGAGTTGCCTTCTGTTTCG AAGTCTAATGAAATGTCTACTAACAGCAATACCAAGGAAAAGGGTGTGTTTGGCTCGGGTGAATCGGATGACCATGAGCC TATTGATCTCTCGAACCTGCAGCTTCCTGGAATAGATGTACTTGATGGCCAAGGTCAAGATTTTGGTTCATGGTTGAATA TTGATGACGATGGATTGCATGATAATGACTGTATGGGCCTTGAAATTCCCATGGATGACCTTTCAGACTTGAATATGACA TTATGA 

Protein sequence (LotjaGi6g1v0228500.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MATSAKFDLSSRSPDRPLYTGLRGSHVAGSLDRSGSFRESIENPNLSTLPNMSRSSSSATQGDVMSFFNCVRFDQKLVAP EHKSNRQTDYKRHVSAAFGVSPDESASSSVKGKQLPSPAPEDIKRLRDGLHANFRRARERAKMFSEALSRFNKDFPNITS KKRSRAESFSTDRSSFMLSDRSVLGPSISKVGVQGHPVTGGFEHEQQKLEERTKTVVPNKRTRTSLVDIKMDVRTTSLVR PSGTVDRDKEMLRVVNNGAVQGEERTLPIGGDGWEKSKMKKKRSGIKPDGSSSPALTKPVNIFQETKQGIQQRLTTDSRS KLSSDSHSFRPGVSNGSVGAGKPDAISQQTGLGIRVSTPKIDLDNNSAVNERRDRTVHSDKERVNFRAVNKATVRDEYNS ASPNSSAKINTIRAPRSGSGVAPKLSPVVHKTAVPNDGELSHGSPKPPAGAGTTNRKRAASARSSSPPVVKWQRPQKSSR TARRTNLVPVTSSNDDSPALDSVSDVTGNDLGLGFPKRLTGSSPQQIKSKGESVSSAALSESEESGVAEIKSKEKGRKPE EIDHKAGQSVQKVSNSVLPTRKGKFASGNEPGDGVRRQGRTGRNSPATRSLMPKSSEKLGNIKQLRSSRQGFEKSESRAG RPPTRKLSDRKAYARQKHTALNASADILDDGQAELLAAVKGVISSAHAFPTQFWRQMESFFSLITEEDITYWKQQTNIES SPLMPTPVPSNIDDCEAVVNGFGLARCESDIGHGAERGAGIVTEQLQLSKGDRNVIPLSQRMISALISEERGSENEDYKF DVCDKEFEADEELELSSLDPYLRANDQFACHSAYNGYRITGKRKHVDTENDISSPDLNSSQPTLTCSGLEYNTLDLNEKL LLELKSIGIAPEPDSGTSRTDDEGICQDITRLEEDYQKQMCKRKGMLDGLVKSASVAKELQEKDFEQRALDKLLEMAYEK NKGCRRPSSSSAKSASNRLAKQAALEFVKRTLERCKQFEDTGKSCFNEPKFKDMFLAASSQLSAVRLVEGTETESTKPQA SPFSSEARTGYVASRQCPSLFSQNMNNHDINSPDILPAINNSSKQTSGKEDFWSNRVKKRELSLDDVGGTSSAPSGVGGS LSSSARGKRSERDRDGKGQSREVLSRNGNTKVGRPALSNAKGERKPKSKPKQKASQHSVSVNGLLGKLSDHSKPELPSVS KSNEMSTNSNTKEKGVFGSGESDDHEPIDLSNLQLPGIDVLDGQGQDFGSWLNIDDDGLHDNDCMGLEIPMDDLSDLNMT L 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
MobiDBLite 1 60 60 -
PANTHER 1 1280 1280 0.0
PANTHER 1 1280 1280 0.0
MobiDBLite 36 60 25 -
MobiDBLite 101 122 22 -
MobiDBLite 264 299 36 -
MobiDBLite 269 287 19 -
MobiDBLite 313 345 33 -
MobiDBLite 313 333 21 -
MobiDBLite 365 384 20 -
MobiDBLite 366 384 19 -
MobiDBLite 397 413 17 -
MobiDBLite 397 655 259 -
MobiDBLite 457 504 48 -
MobiDBLite 519 542 24 -
MobiDBLite 546 567 22 -
MobiDBLite 568 582 15 -
MobiDBLite 601 628 28 -
MobiDBLite 629 655 27 -
MobiDBLite 1029 1049 21 -
MobiDBLite 1063 1090 28 -
MobiDBLite 1063 1229 167 -
MobiDBLite 1091 1105 15 -
MobiDBLite 1108 1125 18 -
MobiDBLite 1126 1141 16 -
MobiDBLite 1195 1216 22 -

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

Unable to find any GO terms for the transcript with the identifier.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi6g1v0228500.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

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