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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi6g1v0352200 |
| Transcript ID | LotjaGi6g1v0352200.1 |
| Related isoforms 3 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Metacaspase-1; TAIR: AT1G02170.1 metacaspase 1; Swiss-Prot: sp|Q7XJE6|MCA1_ARATH Metacaspase-1; TrEMBL-Plants: tr|G7IPJ0|G7IPJ0_MEDTR ICE-like protease (Caspase) p20 domain protein; Found in the gene: LotjaGi6g1v0352200 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr6:66424586..66443374) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
AATCATAACATTATGATCTAAATTAACTGAAATCTTACCTTATAATATCACATGAGTATCACAAATTGGCAATCCATAAT TTACAATTATTTACATATATAACCCAATATTGATAAATGATCCAACATTTGCAACCCAATTCAACTATAAATTGAATTAA CTATATTTAGGAAGAAGCATAGTTTGGGAAAGATGCAAACATAGGGGGTAAATCCAATGATGACATCAAACTCCTTGACC TCCATTGAATTTGCAAAGAGCTAAGGTACCCTCACTTCAGCATGAGATTCTGATGGTCTCTAACCACGCTACGTCTTATT CTTTTCAACTTGACATGTGTCATCGCTGAAAATGAATATTATTCCAAGTTTACCTATCAATTCATGAATTTATATTTATA TTTTTGAAGCTTATATGCTGAATTTTTTTGAAAATAGCATCTTAATATTATATTTCACACACTATCTCACTTTGTAAATG TAACATATTGAAAATTATCTTAATTCACGCCGGTTCTAAATCTATTAACCTAATATTATTTTCAATTTTAGTCCTTCATG CAAAATGGCAATATTCAAAAACTAAATATAAGTCAATTCTATGTTTTGATAGTTAAATAACTATATATAATCATGGTTTT TGCTTACCATGAGGAATTCAATTGAATTCAATTGAACTTCTTCCATTCTTAACTGCCTCAATCATTCTAACAACTTCTTC CATTCTAGGGCTTGACCCATCTGTACATTTACGCACAATCCGACGCATAAGATCCAATTGAACTTCATTAATGTCTGCTA GCTCTACATCAAATAACACAAGTAGCCCCCGTGACGTAAACCTTAAAAAACTTTCATAAGCCAAACTATACGGAAAAACT CTAACCAGTATTTGAACAAGAATCGCACTGAAGCTATAAACATCAGAGCCCTGAGTGATCTGCCTGGAATTAGTAACTTC 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TCATCTTGCTTTCCTCAATTTCATCTAGCCCCATTTCTTTAGCTTCCTTCAACAAGAATGCTGCAAGGACAAATCATTCC AATTGTTTGTTAGACAACATATATAATGTAATTGACCTCTAAAGTTAATATATAACTAGAAAAATCCCTTCCATTTCAGG ATTTATCTTAGGAATAACTCATCAATCAATAATCTAATTGTTAGAGAACTTATATAATTGACTAATCCGGTGATCTCGCT CCATTCATTGGAATGGCTCGCTACATGTCACGAAATGTGCTTCATTCCAATGAATGGAGCCCAGACCTCATAGTGAATAG ACACCTAATGGTCAGGTGAGGAACCACCACGCAACACCTCGAAGAAAAAAAATTTTTAATTTCACATTATTATTAATATC ATCACACAAGAAAAAATTTAATCAAATAATTTATTTTACCTGCAAGTTTGACCAGGGTAGTCTGCAAACGCGGGTCGGCG GAAAGAGCGAGGAATCCCAAATTGGACGCCGTCGACCACCGCTGAATAGCTTCATCGGCGCATCCACAAGCCGCCATCTT CTGAGCCAGCCACAACAGCTCCGCCGCCAGCTTCTCCGCCGGAACACCAGACAAATTCCCCTCTCCTCCTCCACCTCCAA TTACCCTCACCCTCCAACCACCAACAGCCTTCACCACACGCCTCAACCTCACCCCGTAGCACTCTCCGTCCTCCCCTTCC CCCTCCCCTACCGTCGCTTCCAGCTGCTTCATCGTCCTCACAAACGCCGCCGACATGACCCCACGGTTCACCTCACGCAG CGCGTGGACCCCACCCTGGTGATTATCATCGATGATGCTCTCCGCCAGAGAGCGAACCACCTGATACTTCCTTGAACTGA CGGGGATGTCGTTCAGCGCCGAGAGAAGCTGCGACAGCGCGCGCCCGATTGCGGTGTCGTTGCGTGGAGCGTAGGGTGGT GCTGCTGACGTGTACTTGTAGAGCTGCTGGTGGTGCTGCTTGACCTTGACGGCGTCGTATTTGTCGAGGAAGAGGAACGA GGGAAGGAAGCGGAGGAGGAAGATGAAGGAGTTGAGGAGAATGAAACGCAGCGTTTGGAGGAGTTTGTATTTCCTAACGA AATAGATGAAGGAGTTGTTGTTGAGAAGAGAAGCTAGAAGGTCACGGAGGAGCGGCGGCAGCGGTAACGGTAACGGTAAC GGGAACGCGCCGCCGTCCATGTTGTTGTTTTTCTTGTTTCCCATTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTTTTGTTGTGTGTT GACATCAAAACCTATTACCTTAACCCATGTTTATAGTGGTAATTGTTAAGGTTGTCTGGCACGTGAGTTGTGATTTGCCT CCTTATTTTGTTTCATTTGAATTAACTAATTACCTAATTAACAACCATTTAATCACTATTAATATGGTAAAGACTAATAA ATATGCTGGTGGTTGTGAAAATATGAATGGTTATGGTTGGGTTGAAACTTGAAAGACAGAAAGGTTTGG
CDS sequence (LotjaGi6g1v0352200.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGAGAAACACTAGGTTGAACATCATCTCTCAGCCCAACCAGGAAGCTGATGCTGATGCTATTTCTAACACAAAACCTTT GGAGTTGCAGTTTCTTACGTCTTCCATACAGAACATCAAAGCTTTGATAAACAATCCTGGGAACGTTTCAGGAAATGGGA ATGGATCATTTTATCTTCATATCCAAAACGTCAACGTGCATCACCCTGGGCATACGGCACCATCACGTCCACTGAGGCCT CCTTCTGCATATGGTCACAAAAGAGCTGTGTTATTCGGAATCAATTACGGTAACACGGCGGCACCGAGGCTTAAAGGTTC TGTGAATAATGCTCAGTGCATGAAAGACTTTTTGATTAACAAGTTGGGTTTCCCTGGTGATTCCATTTGGATGTTCACAG ATGATTCAGAGGAGAAAACTGCAATCCCAACAAAACACAACATGCGAGTTGCCATGAAGTGGTTGGTTGAGGATTGCCAA GCAGGGGACTCCTTGGTGTTTTACTTCTCTGGGCAAGTAGCAAGGGTAAAAGATCATAACGGGGATGAACTTGATGGGTG TGATGAAGCAATCTGCCCTGTAGATTATGAAGACGAGGGGAAGATTCGCGATGATGAAATCAATACCGCAATTGTTAGGC CTCTACCTCATGGTGCCAAACTTCATGCCCTTGTTGATGCATCCTTTAGTGGGACAATTCTTGACTTGCAATTTGTGTAC ACAAAGATGAACTGGATTGGTTATTGGGGATGGAAAGATCATAGACCACGTCGAGGTGATTTCAAAGGCTCAAAAGGAGG TCTAGCAGTTTGCATTTCAGCCTGTGGTGACAATGCAATTTCAGCAGACAAGTCGGCATTGACTCAGACTTTCATCCAAG CAATGCAAGATGCACCTAAATTGACTTATGGGAGCTTGTTGGATGCCATGCGTTCTACAATCTATTCGGCTAAAGCAGGA AAATTTGTCAGGGACATTTTGCAGCAGTATGCTCATGAGCCACAACTGTCTTCTTCTGAAAAGTTCAATATTCATTCAAA GTTGATTCTAATGTGA
Protein sequence (LotjaGi6g1v0352200.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MRNTRLNIISQPNQEADADAISNTKPLELQFLTSSIQNIKALINNPGNVSGNGNGSFYLHIQNVNVHHPGHTAPSRPLRP PSAYGHKRAVLFGINYGNTAAPRLKGSVNNAQCMKDFLINKLGFPGDSIWMFTDDSEEKTAIPTKHNMRVAMKWLVEDCQ AGDSLVFYFSGQVARVKDHNGDELDGCDEAICPVDYEDEGKIRDDEINTAIVRPLPHGAKLHALVDASFSGTILDLQFVY TKMNWIGYWGWKDHRPRRGDFKGSKGGLAVCISACGDNAISADKSALTQTFIQAMQDAPKLTYGSLLDAMRSTIYSAKAG KFVRDILQQYAHEPQLSSSEKFNIHSKLILM
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Gene3D | 33 | 351 | 319 | 3.7E-83 | – | |
| PANTHER | 65 | 351 | 287 | 1.0E-109 | – | |
| PANTHER | 65 | 351 | 287 | 1.0E-109 | – | |
| Pfam | 87 | 341 | 255 | 1.7E-39 | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi6g1v0352200.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…