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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0102200 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0102200.1 |
| Related isoforms 1 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Homogentisate phytyltransferase; TAIR: AT2G18950.1 homogentisate phytyltransferase 1; Swiss-Prot: sp|B9A1Q4|G4DT_SOYBN Glycinol 4-dimethylallyltransferase; TrEMBL-Plants: tr|K7LZY0|K7LZY0_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0102200 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:15568724..15588443) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
GCACACAAGAGGATATAACCTTGCACTGCATGCTACAAGTGTTGTGGGTGGTTTCAGTGTGAAAATGATGCAGTCGTTTC TTGTTGGATCTTTGCCTAATGCATGCATCTTCATTCACCACCGATATCTTCTATCTTTGACGCAGTCTTTGATTGATAAC AAAGACATTTGATTTTCCATTAACTCAGATATTTGATTTTCATTGACCAACAATCTGATCCCCCAATTCAAAGTTTGACT TTAAGACATAATTATGAAGTTAAATTTAGTCTATAAATTATATGTGTCATTAGAAGAGGAACTGCACACAAGAGGATATA ACCTTGCACTGCATGCTAAAAGTGTTGTTGGTGGTTTCAGTGTGTAAATGATGCAGTCGTTTCTTGTTGGATCTTTGCCT AATGCATCTTCATTCACCACCGGTATTTATATGTTTTTTTCATTCACCCTGTTACTTAATTTCATCTTCCATTTCATCAA TTTAATTTTTATTTCAAAATTATTTGCTGACTCTAACCATTGGTAATTGAAGGTGGAAATCTCTGGCAGAGTACTAAGCA TGGCGCCAATAAGAATAAATACTATGAAAGTATGTGTCACATATCCCTCTTTTCCTTTATTTACTTGACTATACTTGAGC ATGATCAATCTAACAAATTTTTTCTATTCATCATGCAAATTCCTTATCCGCGAGTAATGATATATACACATCTCATTTTC TCTTCCATCTTATTTTCATACATTTTTTTTTCCTATTTCTTTCTGCATTTTCTGCTACATAACAAATTATATTGCTCATT TCTCTCTTTTTCCTTCTTTTTTACCTAAGGTGGAGGTGGAAATTGATTGTTAACAACTTAACATATAAGAGTGCAGTTGT GATATCCAAAGCATGTTGTTAGCAATTGGTAGAGAAAATACTTTTAGTTTGTGGGTGGCTTTTGGATTAGGATCTCCTGC 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GAGTATGTTCATAAATCCCAACAAAGCTGGTTTTCCCCTGCTATATACTCTTTTATTGTCACTAACTATTCTTTTTCAGG TGTTTTGGATTTCTGTTTCCCTTTTTGAATTGGCTTTTGGTATCGCTCTCATGGTGGGAGCAACATCATCTTACATGTGG AGTAAAGTTGTCATGGTAATATATACTTATTGCATAAGTATGTCCAATTTTTACTCTCAAATTAATAAAATATTTCCCTA AATTTTTTTATTGGTTGCATAAAATATTCCAACTTGTTATCTTGATTGTAGCGTCAAGGTAAAAATTGATCTTTTCAGGA GCGGGTATCTAGATCTTCCTTGAGGATAATTTAACCACATTTTACATGGAGTAATCATATTTAAGATTAATGAGTTGAGA ATTTCATAATTTATTCTTTATTTTTTGTAAATAATTTTATTTATCCACTAGGGGTTAAGTTACTCAAAGGAGACTTTCTT TTAGGAGAAAGCTTAGGTCTATTGTTTTACATATTGATTCATTTGAATATAAACTTGTTTAAACTTTCCAACTATATTTG AAGCTAATTATTTGATGCCAATGTATCAGGTTTTGGGAAATATTGTTCTTGCTTCAGTTGTCTGGCACCGTGCTAAAAAT GTAAATTTGGGAAACAAAGCTTCCATGGCATCATTCTACATGCTCATATGGAAGGTAATCATTTTCCTTAAAGGCTGTGT ACAATTTGAAAAATATTCAATATCAGAGTTAGTATTGTTTAAAATAAATTGGTTACCGATAATCAATTTTTTTCAGGATT TGAGTGTTAGAATATGATATAAAATCATTCATGTGGTCATTAGTTAATATTATAAACTTTTAAGATAATTGGTTGCTTGA CATAATATTATTCAAGCCTCTATGACCAATTAATCTAGAGTTTAATCCCTACAGTCCGGTCCAATTCTTCTAACATTGGG AAAGAAGGTTATTTGATTTATTATCACTTTCTAATTCGAATTGGAATACAAAACACAAGGTCGAGTAGCTATATATTATT TTCAATTTTTTTTCTCTAAATTAAGTCTTTACTATCTTTTCTAGGTGTTGCATGATTTGTTCAAATTGTTTTCCCTGCAG ATATTATTCGCAGCGTACATGCTCATGCCTTTAGCTAGATAAGGAATACATTTGCAAAGTCAACTTGAGAATTAGTCAAC TTGGTCATGCCAGCCATGAGTCTGGACATTAGTTTTAAATTTTCAGTGAGTGAAGAATTAAATAATTATTTTAAGATTGG TATTAGTGTGTTGCTATAAGTGCTAAATTCATTGGTTTTTGTACATGTTATTATAATGAAATTAAAACTAAGTAACTCTT GCTTAAGCATTGTTATTAATATTTTATTTCTGTTAATTTTTGGGCACTCTCACAGCTTATTTTCATCATTAGATGTTGTT TACCGTGATATTTAGTAAACAAACATTTTCCGAGTTCGAC
CDS sequence (LotjaGi1g1v0102200.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGATGCAGTCGTTTCTTGTTGGATCTTTGCCTAATGCATCTTCATTCACCACCGGTGGAAATCTCTGGCAGAGTACTAA GCATGGCGCCAATAAGAATAAATACTATGAAAGTGGAAATCTCTTGCGGAGTAAGCATCGCATGAATAAGAATAATTGCT ATACAAGTTCTTATGCACCTAAAGCTTCTCAAAACAAAGGAAACCCTCAAGAAGAATATAAACTTTTGAGGTTTCATGAG CCAAGTTTAAACTGTCAATTTAAATGCATTAAAAGAGGGTCTACATACCAAGAATACAATCAAAAATATGTTTTGAAAGC AGCTTCTACACAACCTTTCGAGCCAGAACCTCATCCGTTTGATTCCAAAAACACTTTGGACTCGGGCAAAAATATCTTCG TTGCTTTATACAAGTTTATCTCTCCATATGCAATTTTTGTCCGGATGTTAAGCACGATTTCTGCATCTCTCCTCGCAGTG GAGACATTATCAGATATCTCTCCACTATTTTTCATTGGTGTATTCCAGGTTATGGTGGCTCACCTATTTATGGGTATTTA TGTTGGTGGCGTGAATCAATTATTTGATATTGGAATAGATAAGGTAAACAAACCATATCTTCCATTGGCATCCGGGAAAT TGTCATTTACAACTGGTGTCATTATTGTCACATGTTGTTTACTTTTGAGCTTTTCGCTTGGCTGGATGTTCGGTTCTTGG CCATTGATTTGGTCTCTACTCTTAAGTTGTGCAGTTTGGACTTCTTATTCAGCCAACGTGCCCTTATTGAGATGGAAGGG ACATCCAGTTTCAGCAGCATTGTCCATTGTTGCTACTTATGCAGTTATATTTCCAATTCCAGATTTTCTTCATATGCAGA CTTTTGTGTTCAAGAGGCCACCTGTCTTTCCTAGATCATTGACTTTTGTTACAGTATTCATGAGTTTATACTCTATGGGT ATAGCATTGTTGAAGGATATACCTGATGTTGAAGGAGATAAAAAATTTGGGATCTATTCTTTTCCAGCACGTTTTGGTAA AAAACGAGTGTTTTGGATTTCTGTTTCCCTTTTTGAATTGGCTTTTGGTATCGCTCTCATGGTGGGAGCAACATCATCTT ACATGTGGAGTAAAGTTGTCATGGTTTTGGGAAATATTGTTCTTGCTTCAGTTGTCTGGCACCGTGCTAAAAATGTAAAT TTGGGAAACAAAGCTTCCATGGCATCATTCTACATGCTCATATGGAAGATATTATTCGCAGCGTACATGCTCATGCCTTT AGCTAGATAA
Protein sequence (LotjaGi1g1v0102200.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MMQSFLVGSLPNASSFTTGGNLWQSTKHGANKNKYYESGNLLRSKHRMNKNNCYTSSYAPKASQNKGNPQEEYKLLRFHE PSLNCQFKCIKRGSTYQEYNQKYVLKAASTQPFEPEPHPFDSKNTLDSGKNIFVALYKFISPYAIFVRMLSTISASLLAV ETLSDISPLFFIGVFQVMVAHLFMGIYVGGVNQLFDIGIDKVNKPYLPLASGKLSFTTGVIIVTCCLLLSFSLGWMFGSW PLIWSLLLSCAVWTSYSANVPLLRWKGHPVSAALSIVATYAVIFPIPDFLHMQTFVFKRPPVFPRSLTFVTVFMSLYSMG IALLKDIPDVEGDKKFGIYSFPARFGKKRVFWISVSLFELAFGIALMVGATSSYMWSKVVMVLGNIVLASVVWHRAKNVN LGNKASMASFYMLIWKILFAAYMLMPLAR
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Phobius | 1 | 139 | 139 | - | – | |
| PANTHER | 25 | 429 | 405 | 8.9E-153 | – | |
| PANTHER | 25 | 429 | 405 | 8.9E-153 | – | |
| TMHMM | 132 | 154 | 23 | - | – | |
| CDD | 136 | 426 | 291 | 1.70833E-111 | – | |
| Gene3D | 139 | 284 | 146 | 1.3E-5 | – | |
| Phobius | 140 | 160 | 21 | - | – | |
| Pfam | 152 | 417 | 266 | 1.8E-33 | ||
| Phobius | 161 | 165 | 5 | - | – | |
| Phobius | 166 | 195 | 30 | - | – | |
| TMHMM | 169 | 191 | 23 | - | – | |
| Phobius | 196 | 215 | 20 | - | – | |
| TMHMM | 214 | 236 | 23 | - | – | |
| Phobius | 216 | 237 | 22 | - | – | |
| Phobius | 238 | 242 | 5 | - | – | |
| TMHMM | 241 | 263 | 23 | - | – | |
| Phobius | 243 | 263 | 21 | - | – | |
| Phobius | 264 | 269 | 6 | - | – | |
| Phobius | 270 | 287 | 18 | - | – | |
| TMHMM | 270 | 292 | 23 | - | – | |
| Phobius | 288 | 306 | 19 | - | – | |
| TMHMM | 302 | 324 | 23 | - | – | |
| Gene3D | 307 | 428 | 122 | 3.1E-8 | – | |
| Phobius | 307 | 324 | 18 | - | – | |
| Phobius | 325 | 349 | 25 | - | – | |
| Phobius | 350 | 368 | 19 | - | – | |
| TMHMM | 350 | 369 | 20 | - | – | |
| Phobius | 369 | 373 | 5 | - | – | |
| TMHMM | 374 | 393 | 20 | - | – | |
| Phobius | 374 | 393 | 20 | - | – | |
| Phobius | 394 | 404 | 11 | - | – | |
| Phobius | 405 | 425 | 21 | - | – | |
| TMHMM | 406 | 428 | 23 | - | – | |
| Phobius | 426 | 429 | 4 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Cellular component | Integral component of membrane | The component of a membrane consisting of the gene products and protein complexes having at least some part of their peptide sequence embedded in the hydrophobic region of the membrane. | ||
| Molecular function | Transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups | Catalysis of the transfer of an alkyl or aryl (but not methyl) group from one compound (donor) to another (acceptor). |
Expression pattern of LotjaGi1g1v0102200.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…