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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0753800 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0753800.3 |
| Related isoforms 6 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Pre-mRNA-splicing factor 38B; TAIR: AT5G37370.1 PRP38 family protein; Swiss-Prot: sp|Q8RWB1|SRL1_ARATH Pre-mRNA splicing factor SR-like 1; TrEMBL-Plants: tr|W1NQE5|W1NQE5_AMBTC Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0753800 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:132680765..132692236) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
TAAATCAAACTAGTCCCTGATATAATGTAAAGAAAACAGAGAAAGAAAAACAGGTATTTTTATTAATAAAATAATAACTT CATTCCAATTTAAGAGAAAATAAACAAATCAAGGTGTATTTTTTAAGAGGAAAAAAAACAAAAAATAGAAGGACACCTAT ACTTTTTTAGAGAGAAAAGAAAGCAATAGAAGGAAGGAAGCTTAACAATGACATCTCTAGTGGGGCCTGGCTCTTATATT AAATTCAACTCCTTTTTCTCTGAACCCACTTCATTTTCTTTTCTTTCCTTCATATAATCTCTTTCTCTCACTCTCATAAT ACTTTACCAGTCACACTCTGGATTCAGTGCTGACATTTCTCCAAGAAATTCAACAAGCAAAAGCTTTCTGTTCTCCAGAA AATTCCACCCCTCATTGTGTGTTAACTTGCAAGCTAACACATGGGAAGACACTCTTGCTGTAAAAAGCAAAAGCTTAGGA AGGGTCTGTGGTCACCTGAGGAGGATGAAATTTTTTTGAGACATATAACTATGTATGATCATTGATGTTGGAGTTCAGTT CCTAAGCAAGCAGGTACTCCAACTCTTCCTCCTTTACAGCATGTTTGGTTTCACAGTGAAATGTTCTAGTGTCAAATTCT AATTACTAATTAGAACTTACATGTCTTTAACTTATGACCTAGGAGGACAATAACATCATCAACTAACATGATGGATTGCT CAATCTAAGACTACTGAGTCACATAAATCCTATAACAATCCCTTAAAACCTTTTACAATCCACATTAAATCAAATCCTAA TAAACTAAAGATTTTAGCCCAAAATATAATGAGCCAAATCTCAACACATTCAAATCAACCTCAAGTTGGCCATCAGAAAA TCTAATGGGAATGTAATCTATGCTCATGGGGGTAAGGATTTCATGGACTTACTCTTAAGTTTCCTTACATTACCCTTAGG 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GAGAAGTTCCCCATCAAGGAGGAGGATTTCCAGCGATATGATGAGTGGGTTGATTGAAGAACTATGATCACATTTTTGCA CTCAAAACAATTAATTTTCTTTCCTCACTGTGTATCCCATTTTTGTGTTAAATAGGGATTTTCTGACTGTTGAGCATCTC CTGGATCATACATAAATAACAGCGTGCTATATGTTGTAATAGAATTTCGTGCGCTGCCGCCAATCTAGTGAAGCAGTATA GCCGAAGAGTTAAGGCTCCTTTGGGATTTGGGGCTGCTTCATTCTTGTCTCAGTCTATGAACATGTCTGGTGCTGTGGGT GGCAAGTCCTTCATTGCTTCTGCAAGGATAACGGGTGGTCCCTCTGTGGATGAGGTGATATATCAAGTTCTTATCTTTCT GGAATATTTTACCTTTATTGCTTTTCTTCAAAATTCCCCTTTTAAATATGAGTTTGGTTGACTTTTCTTTGTGTTTATCT TCCTCCACTTAAGAAACAATGTTATTAACTCAGACCCAATGATGTTTATGCTCCTTTAATCAATTGGCAGTATGTATTAT ATAATTAAAAATCTTGCCTCATTGCCCTTAATTAGAAGTTTGATGGTCTTTTGGTGTTGATAACTGGATAATGAATAGGT CATATACTCAGTACAGAGGTGATGTTTGCCTCATTATTCAAGCTCTGAAATAAGGAGGATATGGACTGGTGTGTAGAACA ATTCAAGCAATGCAAAAGAGTTATTTTGTCAAGTGTTGCACTCTTTTTGCTCAACTGATCCATCTGCTATGTTGTCAACA TGATGGCTAAAGTCTTGTTTTCCACTTGTTGCTTGAAATTTGATGAATATTTAATTGTATTTTTATTTTCTAATTCTTTG CACCATATTCACATTTTGCAGATACTTAAAAATGTGGAATGGCCAGGGCAGTTCCCCTTCAAGGAGGAGGATTTTCAGCG ATATCATGAGTAAGTTGATTGAAGAATTATGATTACATTTCCCCCTCAAAGCAATTAACTTGCTTTAATATCCGCAGTGT GTTGTAAATTTGTTTGTGCAAAATAGGAAGCTTCTGACGGATGAACAACTCCTGTATCATACATAAAGGACAACTAACCC TGTTCGTAATTGAATTTTGTGCACATTATGGAATCTTGACCTAGCAATTTATGGATTATGCAGTACAATTCCTTGTTACT GGGAAGACATGTTGGCATGCGTTTTATCTTCAAAATTTATTTCCTTAAGGAAGTTATGATTCTGAACTAAACAGATCTTT CTATTTCCTTTATCTGTATATGATCGTTATCAATTACTAAAGTTACTATCAACTATAATGGGTTTACAATCTCTGTTATA TCAATATTGTAGAATTTAGGTAATGAAGCATGAGTTAAATGTGAAAGATAACTACTTTCTATTAATATGTGGAATTATGT CCCCGAAGGTTAGCTCAAGTGGTAAGAGCTAGGGGACATAAGGGTTTGGGAGGGTGAAGGGTCCAGGGTTCGAACCCTGA GGATGACTAATTTACTAACATTACTAACAACTGACATTTGCCTATAAAAAAAAGTATGTGGAATTATGTTATTGAAGCTA ATGTTTTGCTTTTGTTCATGTCCTTACTTTTTATACTTTCGGATAATGGTAATTTGAGTGTTGAGCTTTCTTGGGGTGCC TAAAAGCTTTCCGTTTTTTGAGTATGCAAGTGCCTAAAACGAGATAGTTAATCAAGTGAACGATGACCCTAAAGTCGCGA GAATGTTAATTTCAATTGTGGACCCTTGTTTCCTTTGTTTTTGTCCCTGTGTGTTTATACTTTCGGATGATGGTAATTTG AGGGTTGAGCCTTCTTGGGGTGCCTAAAGGCTTCCCCTTTTTGAGTATGCAAGGCCCTAAAATGAGACGGTTAATCATGT GAACGATGATCTAAAGTCGCGAGAATGCTAATTTCGATTATGGGCCCTTGTTGCCTTTGTCCCGGTCTCTGCTTTTTATC ATTTCGGATGATGATGGGAATTTGAGGGATGGGCCTTCTTGGGGTGCCTATAGGCTTCCCCTTTTGAGGATGCAAGTCAC TAAAACTAGTCAGTTAATCATGTAAACGAGACAGTTGATCATCCTGGAGCAAAAGGATGATACACCACCAGCATCTGTGT GCTCTCTGAGTCCTCTCACCAGTTCTGGGTTTGGGCATTGGGGGTACTTGGCTATTTTTGTTCCCATTGCAGGACCATCA CTTCCAGAAAATGCTTTCTTGATGTAATCCTTCTCCAAACCAAGGTTTTCACTCATGAGCCCAGATAAGTCCTCTGCCAG TTGAATGAGTTTTTCAATGTACTGTTCCATTGTTTGCCTACATGCATTTACATATCCTTGTATCAGGTTATGTGCATCTT AAGATTGAGAATTGTGCATTCCACTATGTTTGTGTGTTTGTTTGAGAGAAAGAGATAGAGATTTTGAGTTGACTAACCGA AGCTCCTCAGAGGTTTGAAATCTGCTTGATGTTAGAGGTAGGACGATGCCAAATGAAGAAAGCACTTCCCCAATCTATAT CAGAAGCATTCTGTTTTTTCTCCAAGCTCTTTGCTTTCTCAGACTCGTAGAAGCTTTGCTTCAGGTTTTCCTCATAGTGA GTGTTAATCAGCTGCTTCACCTTCTCCATCAGGTTCTTGTCAATTCCATGGTTTTCAATCTGCATAAACAATCTATGACA GGGATAGCCATTTCTGTGCGAAAGATTTTGTTTGCTGAAGAGATATAACTACTAACTCGACAGGGTATATATAGGGCTAC AAAATGATTTAAAACTCTCTTAACACTCTAACTAGAAGCTACTTAAAGTAATTTGAAAGTTTACAATTGTTAGAAAAGAC TTAAAGTGATTGGATATTTTGTTAAGAGTGCCTTTAGAATGACACATCCAAGCAAATTTTGCTATGTTCAGATCATTTAC ATTTTTTATCATTTGTTTGGATCAGCAACTAGATTTTTGCTTGTAAACCAAGTCTTTAACTTACTGCTTTTGGAGTCTAA TTTCACATGTGGGTATCTCTAAATACATAGCTTTGGGATAAACTCTCAAATTGAGAGTGATGATTAGGTAATACTTTTAT AAAGTAGTGACTCGTGATTCAAATCTCTTAACAAGTTAGCTCACACTTCTCTAATCAACTAATGTTTAGGTAGTCCAATA TTATTGTTGTACACATAATATTTTAACTAATCAAGTGTGTTTGGATACCAGTTGAGTGCAACTTTAATGAATATCTCAAT CTATAAAAAGAGTTTCATCCACTTTTTATGCTGAAGTGCGTGTTAACGTATCCTTACTCTTGTGCGAATGTTATGTATCC CCAAACCAGGGGCTGTGGCAAAGACTGAGGTAACACTCAAAGCAAAACGGAGAAAGGGAAGGTGGAGCTAATCAACCAGT GGGCGGTTTTGGCTGGATACTATTGTAAGTTGTAACATGCTGAATCAGTCCCTAAGCCTAACCGGTGAGACATAAAATTG GAGGGTAATTCATTATTCAATATTCATTAGTTTATACCAACCGCACACTATATGTGAATGTCCTAGAAACTAGAAACCAG GTTTTCATATTTCAATTCACAGAAGAATTCAATGTTCTGTTTTCAGATTTTCCTAATTGTATGCTACCAACAATTCATAG TTCCAAACAAACGCTGTTGATTCTGTAATCTAGCAAGTTACAAAGATGATTTATGGACATTTTTCAGTGTTGTTGGCATC CGATTGATTCGAAGCCTGATTCAATTTGAAAAATAATTCGTACACAGTTTAATTACAGCTCCACCTAATAAGATATAATA GTAGAAGAGAGAAAATGTGTGATATAAACAGATAATGTGATAGGAAAAGAAGAATGAGAAAGAGAAAGAAAATGTAAATG AGATGTAAGAGATAGTTGGTTGGGGCTGTCAACGGACCATCATTTTCTGCAGCATGATGTTCCAGATGTGAGGGGTAAGG GTAGGAAGGCTGTCTCAGCAATATGGATTGCCACCATTGGAGCTATTTGGAATCTGAGAAATGGGGTGCTGTTTAGGGGA GAATCAGTGGACATTGAGAGGGTAGTTGATGGAATTCATTCAGAGTTTGGCTTGGGATCAAAGCCAACGACCCATCCTTT GGAGTTTCAACTTTTGAATGGATTGGGAATCCACGGGTTTGCTTGGAAATGTTGTAAACCGTGCAGATTTTGCCTTAGTT TTTTATGGAATCTCGTGCAACAATGCTGGGTGTGTGATATTGGTTACTTAGTTAGTTGTGCTGGTATTGTAATGTTTTTG TGCTTTGCTTTTACTTGGGTATCTGATAAATTGGTTGCAGATATGGTTTTAAGTAACCATTTGAAGGATTGCATTAGGGG TGGCGTTTTGGCAATGTGAATTTGAGTTGCAGGCTTGGTGTCATGATGGGTCCACTTCATTACAGATGGCATTATTTCTC AATGTGCTTTTTTCTTATTGAAGGCTTTTGGATGTTGAAGTTTCTGGGCAGATTTGGACTGGGTAGTGGAACATTGGATT TTTGGCCTCTAGTCTCTTAGTTCTGTCTTCTAATTCTCCTTGGAGGGTAACTCTAGATTTTAGAAAAAATTGTACTCTTT TTTCCTTTACCGGGTTTTCCTAAGGGTTTTTTTTTATCCTGATAAAGTTTTAATGAGACTTATTTTTTAGAATCTTCTTT CAAGGATGCGGTGGGTTAGGTTATCCTTAGCA
CDS sequence (LotjaGi1g1v0753800.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGAGATACAGACTTCTGGCAGGCCAATTGGGTCCTTGCTAGAGAAAGTCCTTTGTATGATTATTCTGTCATCCGATTA CTTCAAGGAGCTCTATCGCTTAAAAACATACCATGAAGTTATTGATGAGATCTACAATCAAGTTGATCACGTGGAACCAT GGATGACGGGGAATTGTCGTGGTCCTTCAACTTCTTTCTGTCTTCTTTACAAGTTCTTTACAATGAAGCTCACTGTCAAA CAAATGCACGGGCTATTGAAACACCCTGATTCTCCTTACATAAGAGCGATACCGAAAAATGTGTAA
Protein sequence (LotjaGi1g1v0753800.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MEIQTSGRPIGSLLEKVLCMIILSSDYFKELYRLKTYHEVIDEIYNQVDHVEPWMTGNCRGPSTSFCLLYKFFTMKLTVK QMHGLLKHPDSPYIRAIPKNV
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 1 | 97 | 97 | 3.0E-65 | – | |
| PANTHER | 1 | 97 | 97 | 3.0E-65 | ||
| Pfam | 12 | 97 | 86 | 6.3E-29 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi1g1v0753800.3, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…