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LotjaGi1g1v0753800.5

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi1g1v0753800
Transcript ID LotjaGi1g1v0753800.5
Related isoforms 6
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Pre-mRNA-splicing factor 38B; TAIR: AT5G37370.1 PRP38 family protein; Swiss-Prot: sp|Q8RWB1|SRL1_ARATH Pre-mRNA splicing factor SR-like 1; TrEMBL-Plants: tr|G7KFW5|G7KFW5_MEDTR Pre-mRNA-splicing factor; Found in the gene: LotjaGi1g1v0753800
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr1:132680853..132692238) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

AGTAAATCAAACTAGTCCCTGATATAATGTAAAGAAAACAGAGAAAGAAAAACAGGTATTTTTATTAATAAAATAATAAC TTCATTCCAATTTAAGAGAAAATAAACAAATCAAGGTGTATTTTTTAAGAGGAAAAAAAACAAAAAATAGAAGGACACCT ATACTTTTTTAGAGAGAAAAGAAAGCAATAGAAGGAAGGAAGCTTAACAATGACATCTCTAGTGGGGCCTGGCTCTTATA TTAAATTCAACTCCTTTTTCTCTGAACCCACTTCATTTTCTTTTCTTTCCTTCATATAATCTCTTTCTCTCACTCTCATA ATACTTTACCAGTCACACTCTGGATTCAGTGCTGACATTTCTCCAAGAAATTCAACAAGCAAAAGCTTTCTGTTCTCCAG AAAATTCCACCCCTCATTGTGTGTTAACTTGCAAGCTAACACATGGGAAGACACTCTTGCTGTAAAAAGCAAAAGCTTAG GAAGGGTCTGTGGTCACCTGAGGAGGATGAAATTTTTTTGAGACATATAACTATGTATGATCATTGATGTTGGAGTTCAG TTCCTAAGCAAGCAGGTACTCCAACTCTTCCTCCTTTACAGCATGTTTGGTTTCACAGTGAAATGTTCTAGTGTCAAATT CTAATTACTAATTAGAACTTACATGTCTTTAACTTATGACCTAGGAGGACAATAACATCATCAACTAACATGATGGATTG CTCAATCTAAGACTACTGAGTCACATAAATCCTATAACAATCCCTTAAAACCTTTTACAATCCACATTAAATCAAATCCT AATAAACTAAAGATTTTAGCCCAAAATATAATGAGCCAAATCTCAACACATTCAAATCAACCTCAAGTTGGCCATCAGAA AATCTAATGGGAATGTAATCTATGCTCATGGGGGTAAGGATTTCATGGACTTACTCTTAAGTTTCCTTACATTACCCTTA 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CAGAGAAGTTCCCCATCAAGGAGGAGGATTTCCAGCGATATGATGAGTGGGTTGATTGAAGAACTATGATCACATTTTTG CACTCAAAACAATTAATTTTCTTTCCTCACTGTGTATCCCATTTTTGTGTTAAATAGGGATTTTCTGACTGTTGAGCATC TCCTGGATCATACATAAATAACAGCGTGCTATATGTTGTAATAGAATTTCGTGCGCTGCCGCCAATCTAGTGAAGCAGTA TAGCCGAAGAGTTAAGGCTCCTTTGGGATTTGGGGCTGCTTCATTCTTGTCTCAGTCTATGAACATGTCTGGTGCTGTGG GTGGCAAGTCCTTCATTGCTTCTGCAAGGATAACGGGTGGTCCCTCTGTGGATGAGGTGATATATCAAGTTCTTATCTTT CTGGAATATTTTACCTTTATTGCTTTTCTTCAAAATTCCCCTTTTAAATATGAGTTTGGTTGACTTTTCTTTGTGTTTAT CTTCCTCCACTTAAGAAACAATGTTATTAACTCAGACCCAATGATGTTTATGCTCCTTTAATCAATTGGCAGTATGTATT ATATAATTAAAAATCTTGCCTCATTGCCCTTAATTAGAAGTTTGATGGTCTTTTGGTGTTGATAACTGGATAATGAATAG GTCATATACTCAGTACAGAGGTGATGTTTGCCTCATTATTCAAGCTCTGAAATAAGGAGGATATGGACTGGTGTGTAGAA CAATTCAAGCAATGCAAAAGAGTTATTTTGTCAAGTGTTGCACTCTTTTTGCTCAACTGATCCATCTGCTATGTTGTCAA CATGATGGCTAAAGTCTTGTTTTCCACTTGTTGCTTGAAATTTGATGAATATTTAATTGTATTTTTATTTTCTAATTCTT TGCACCATATTCACATTTTGCAGATACTTAAAAATGTGGAATGGCCAGGGCAGTTCCCCTTCAAGGAGGAGGATTTTCAG CGATATCATGAGTAAGTTGATTGAAGAATTATGATTACATTTCCCCCTCAAAGCAATTAACTTGCTTTAATATCCGCAGT GTGTTGTAAATTTGTTTGTGCAAAATAGGAAGCTTCTGACGGATGAACAACTCCTGTATCATACATAAAGGACAACTAAC CCTGTTCGTAATTGAATTTTGTGCACATTATGGAATCTTGACCTAGCAATTTATGGATTATGCAGTACAATTCCTTGTTA CTGGGAAGACATGTTGGCATGCGTTTTATCTTCAAAATTTATTTCCTTAAGGAAGTTATGATTCTGAACTAAACAGATCT TTCTATTTCCTTTATCTGTATATGATCGTTATCAATTACTAAAGTTACTATCAACTATAATGGGTTTACAATCTCTGTTA TATCAATATTGTAGAATTTAGGTAATGAAGCATGAGTTAAATGTGAAAGATAACTACTTTCTATTAATATGTGGAATTAT GTCCCCGAAGGTTAGCTCAAGTGGTAAGAGCTAGGGGACATAAGGGTTTGGGAGGGTGAAGGGTCCAGGGTTCGAACCCT GAGGATGACTAATTTACTAACATTACTAACAACTGACATTTGCCTATAAAAAAAAGTATGTGGAATTATGTTATTGAAGC TAATGTTTTGCTTTTGTTCATGTCCTTACTTTTTATACTTTCGGATAATGGTAATTTGAGTGTTGAGCTTTCTTGGGGTG CCTAAAAGCTTTCCGTTTTTTGAGTATGCAAGTGCCTAAAACGAGATAGTTAATCAAGTGAACGATGACCCTAAAGTCGC GAGAATGTTAATTTCAATTGTGGACCCTTGTTTCCTTTGTTTTTGTCCCTGTGTGTTTATACTTTCGGATGATGGTAATT TGAGGGTTGAGCCTTCTTGGGGTGCCTAAAGGCTTCCCCTTTTTGAGTATGCAAGGCCCTAAAATGAGACGGTTAATCAT GTGAACGATGATCTAAAGTCGCGAGAATGCTAATTTCGATTATGGGCCCTTGTTGCCTTTGTCCCGGTCTCTGCTTTTTA TCATTTCGGATGATGATGGGAATTTGAGGGATGGGCCTTCTTGGGGTGCCTATAGGCTTCCCCTTTTGAGGATGCAAGTC ACTAAAACTAGTCAGTTAATCATGTAAACGAGACAGTTGATCATCCTGGAGCAAAAGGATGATACACCACCAGCATCTGT GTGCTCTCTGAGTCCTCTCACCAGTTCTGGGTTTGGGCATTGGGGGTACTTGGCTATTTTTGTTCCCATTGCAGGACCAT CACTTCCAGAAAATGCTTTCTTGATGTAATCCTTCTCCAAACCAAGGTTTTCACTCATGAGCCCAGATAAGTCCTCTGCC AGTTGAATGAGTTTTTCAATGTACTGTTCCATTGTTTGCCTACATGCATTTACATATCCTTGTATCAGGTTATGTGCATC TTAAGATTGAGAATTGTGCATTCCACTATGTTTGTGTGTTTGTTTGAGAGAAAGAGATAGAGATTTTGAGTTGACTAACC GAAGCTCCTCAGAGGTTTGAAATCTGCTTGATGTTAGAGGTAGGACGATGCCAAATGAAGAAAGCACTTCCCCAATCTAT ATCAGAAGCATTCTGTTTTTTCTCCAAGCTCTTTGCTTTCTCAGACTCGTAGAAGCTTTGCTTCAGGTTTTCCTCATAGT GAGTGTTAATCAGCTGCTTCACCTTCTCCATCAGGTTCTTGTCAATTCCATGGTTTTCAATCTGCATAAACAATCTATGA CAGGGATAGCCATTTCTGTGCGAAAGATTTTGTTTGCTGAAGAGATATAACTACTAACTCGACAGGGTATATATAGGGCT ACAAAATGATTTAAAACTCTCTTAACACTCTAACTAGAAGCTACTTAAAGTAATTTGAAAGTTTACAATTGTTAGAAAAG ACTTAAAGTGATTGGATATTTTGTTAAGAGTGCCTTTAGAATGACACATCCAAGCAAATTTTGCTATGTTCAGATCATTT ACATTTTTTATCATTTGTTTGGATCAGCAACTAGATTTTTGCTTGTAAACCAAGTCTTTAACTTACTGCTTTTGGAGTCT AATTTCACATGTGGGTATCTCTAAATACATAGCTTTGGGATAAACTCTCAAATTGAGAGTGATGATTAGGTAATACTTTT ATAAAGTAGTGACTCGTGATTCAAATCTCTTAACAAGTTAGCTCACACTTCTCTAATCAACTAATGTTTAGGTAGTCCAA TATTATTGTTGTACACATAATATTTTAACTAATCAAGTGTGTTTGGATACCAGTTGAGTGCAACTTTAATGAATATCTCA ATCTATAAAAAGAGTTTCATCCACTTTTTATGCTGAAGTGCGTGTTAACGTATCCTTACTCTTGTGCGAATGTTATGTAT CCCCAAACCAGGGGCTGTGGCAAAGACTGAGGTAACACTCAAAGCAAAACGGAGAAAGGGAAGGTGGAGCTAATCAACCA GTGGGCGGTTTTGGCTGGATACTATTGTAAGTTGTAACATGCTGAATCAGTCCCTAAGCCTAACCGGTGAGACATAAAAT TGGAGGGTAATTCATTATTCAATATTCATTAGTTTATACCAACCGCACACTATATGTGAATGTCCTAGAAACTAGAAACC AGGTTTTCATATTTCAATTCACAGAAGAATTCAATGTTCTGTTTTCAGATTTTCCTAATTGTATGCTACCAACAATTCAT AGTTCCAAACAAACGCTGTTGATTCTGTAATCTAGCAAGTTACAAAGATGATTTATGGACATTTTTCAGTGTTGTTGGCA TCCGATTGATTCGAAGCCTGATTCAATTTGAAAAATAATTCGTACACAGTTTAATTACAGCTCCACCTAATAAGATATAA TAGTAGAAGAGAGAAAATGTGTGATATAAACAGATAATGTGATAGGAAAAGAAGAATGAGAAAGAGAAAGAAAATGTAAA TGAGATGTAAGAGATAGTTGGTTGGGGCTGTCAACGGACCATCATTTTCTGCAGCATGATGTTCCAGATGTGAGGGGTAA GGGTAGGAAGGCTGTCTCAGCAATATGGATTGCCACCATTGGAGCTATTTGGAATCTGAGAAATGGGGTGCTGTTTAGGG GAGAATCAGTGGACATTGAGAGGGTAGTTGATGGAATTCATTCAGAGTTTGGCTTGGGATCAAAGCCAACGACCCATCCT TTGGAGTTTCAACTTTTGAATGGATTGGGAATCCACGGGTTTGCTTGGAAATGTTGTAAACCGTGCAGATTTTGCCTTAG TTTTTTATGGAATCTCGTGCAACAATGCTGGGTGTGTGATATTGGTTACTTAGTTAGTTGTGCTGGTATTGTAATGTTTT TGTGCTTTGCTTTTACTTGGGTATCTGATAAATTGGTTGCAGATATGGTTTTAAGTAACCATTTGAAGGATTGCATTAGG GGTGGCGTTTTGGCAATGTGAATTTGAGTTGCAGGCTTGGTGTCATGATGGGTCCACTTCATTACAGATGGCATTATTTC TCAATGTGCTTTTTTCTTATTGAAGGCTTTTGGATGTTGAAGTTTCTGGGCAGATTTGGACTGGGTAGTGGAACATTGGA TTTTTGGCCTCTAGTCTCTTAGTTCTGTCTTCTAATTCTCCTTGGAGGGTAACTCTAGATTTTAGAAAAAATTGTACTCT TTTTTCCTTTACCGGGTTTTCCTAAG 

CDS sequence (LotjaGi1g1v0753800.5) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGGAGATACAGACTTCTGGCAGGCCAATTGGGTCCTTGCTAGAGAAAGTCCTTTGTATGATTATTCTGTCATCCGATTA CTTCAAGGAGCTCTATCGCTTAAAAACATACCATGAAGTTATTGATGAGATCTACAATCAAGTTGATCACGTGGAACCAT GGATGACGGGGAATTGTCGTGGTCCTTCAACTTCTTTCTGTCTTCTTTACAAGTTCTTTACAATGAAGCTCACTGTCAAA CAAATGCACGGGCTATTGAAACACCCTGATTCTCCTTACATAAGAGCGGTATGTAGAGGTTCCTGA 

Protein sequence (LotjaGi1g1v0753800.5) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MEIQTSGRPIGSLLEKVLCMIILSSDYFKELYRLKTYHEVIDEIYNQVDHVEPWMTGNCRGPSTSFCLLYKFFTMKLTVK QMHGLLKHPDSPYIRAVCRGS 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
PANTHER 1 97 97 3.1E-65
PANTHER 1 97 97 3.1E-65
Pfam 12 97 86 6.2E-29

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

Unable to find any GO terms for the transcript with the identifier.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi1g1v0753800.5, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…