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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi3g1v0080800 |
| Transcript ID | LotjaGi3g1v0080800.2 |
| Related isoforms 2 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | BURP domain protein RD22; TAIR: AT5G25610.1 BURP domain-containing protein; Swiss-Prot: sp|Q08298|RD22_ARATH BURP domain protein RD22; TrEMBL-Plants: tr|A0A067LNK9|A0A067LNK9_JATCU Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi3g1v0080800 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr3:8970637..8988924) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
TCTCCATAAAAAGCTCATCTAGTTTGCACATCTCAGTGTCAAGTTTTCTTCTATAATATTCTCTCAGTTTCACTCCCTAA ACCAAATGGAGTTTCCACACCTAGGCTTCCTTTCAGCCTTTTTTTGTGTAAGCTTATAAGTTATAACTGATCGATTTCCT TAAATCCAGTTGATCCTTCGTAATAAAATAAACTATTTTTTGTATAAGTGTATATATTTATTGTAATATTTCATCAAATA ATGTCTTCATTTTAATTGTTGTGAAAAAACAAATCAATTTAATTGGAAACTTTTAATTTGCAGCTTGCTCTGGTTGGATA TCATGTTCAAGCATCGCTACCCGCCGAAGATTATTGGAAATCCCTGTGGCCCAATACTCCCATGCCTAAAGCTCTAAAGG ATCTTACGCAGTCTGGTTAATCTCTACATACACCCTCTCATTTAATCATGTGTTCTTCACACTTTGTGATATTTGTGGTT TGATTAATGTTACACGCGTCAAACTAAATGAGTATAGTTTGTGAAGACTAACGGTACTCAAGGAAGTAAACATTACATAA CAAAACGGAACGAGATATAATAAGATGGAACTGGATAATAATAGTTCGTGTGTCGTATTTGGTGATTCCAAGTCTAACAG AACAATAATTTTAATTACATATATAACTCTAAATGTTTAATATTTGATTGAGGATAAAAAATTGAACTCAATTGAATATG GATAATCTTTTGTCCACACCTCATTTATCAGGTGTGAAGAGGTGGATGAAGAGAGATAGAAACAAATGAGAGAAAAAATA AAAATGTGACAGATGATTTGATTGATAGAGAAGAGAGAAATACATAGAAAACGAAGTTGGAAAAGAATTGGATGTGTGTG AATCATAACTCATTGAATATTATGCATACAAACTGTTTGTTATTGCTTATTTCATTAAATAATGACTTATTTCTTTAAAA 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CCGGATAGCGGCGCGTAGCGGCCGACCCCAAAAGTGGGATAGCGGGAT
CDS sequence (LotjaGi3g1v0080800.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGAGTTTCCACACCTAGGCTTCCTTTCAGCCTTTTTTTGTCTTGCTCTGGTTGGATATCATGTTCAAGCATCGCTACC CGCCGAAGATTATTGGAAATCCCTGTGGCCCAATACTCCCATGCCTAAAGCTCTAAAGGATCTTACGCAGTCTGATTCTG AGTGGGGAAATTGGAGGGCAAGTGGAAGGACTCATGCTAGGGTAGGCAACAAGCTGATGAATGTTGACCCCTATAACAGG GCAGCCAACAAAGACCCTAAAAAACATAAATTTCATGATAAATTCAATCTCAGTGTCACATTCTTCTTGGAACATGACCT TCAACCTGGCAAAAAATTTAATTTGGACTTCACAAAGCTTTCGGATGAGTTTACTTTCTTACCCGACAAAGTATCGAAAT CGATCCCTTTTTCCAGTAACAGGTTCTCAGAAATTCTGAATCACTTCAATATAGAAGCCAAGTCAAGTGACGCAGAGACG TTGAAACATACACTAGACACATGCGAGTTACCTGGTATTGACGGAGAGGACAAGTACTGTGCCACATCTCTGGAGTCAGT AGTCAATTTCACAGTCTCAAAGCTTGGAAAGAACATCAGGTTGGTTTCATCAACTGTGCTGTTGGAAAAGGAAACCCAGA AGAAGAAGCCACAGCAATATAGTGTTTTGAAGGGCGTGCAGAAATTAGGGGACAAAGCAGTGGCATGCCATAAGATGAAT TACCTATATGCTGTGTTTTATTGCCATAAGGTTGCTACAAGGTCCTACTCTGTTCCACTGGTGGCCTCTGATGGGACAAA AGCTAAAGCATTAGCAGTTTGTCACACAGATACTGAACAATGGAGTAACAACAGTATTGGATTAAAGCAGCTTAAGATTA AGCCGGGAACTCTTCCTGTTTGCCATTTTGTTGCAGCTGATAGCCTTCTCTGGATACCCAATTAA
Protein sequence (LotjaGi3g1v0080800.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MEFPHLGFLSAFFCLALVGYHVQASLPAEDYWKSLWPNTPMPKALKDLTQSDSEWGNWRASGRTHARVGNKLMNVDPYNR AANKDPKKHKFHDKFNLSVTFFLEHDLQPGKKFNLDFTKLSDEFTFLPDKVSKSIPFSSNRFSEILNHFNIEAKSSDAET LKHTLDTCELPGIDGEDKYCATSLESVVNFTVSKLGKNIRLVSSTVLLEKETQKKKPQQYSVLKGVQKLGDKAVACHKMN YLYAVFYCHKVATRSYSVPLVASDGTKAKALAVCHTDTEQWSNNSIGLKQLKIKPGTLPVCHFVAADSLLWIPN
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Phobius | 1 | 24 | 24 | - | – | |
| Phobius | 1 | 5 | 5 | - | – | |
| SignalP_EUK | 1 | 24 | 24 | - | – | |
| Phobius | 6 | 17 | 12 | - | – | |
| PANTHER | 12 | 313 | 302 | 4.9E-98 | – | |
| PANTHER | 12 | 313 | 302 | 4.9E-98 | – | |
| Phobius | 18 | 24 | 7 | - | – | |
| Phobius | 25 | 314 | 290 | - | – | |
| SMART | 99 | 314 | 216 | 2.6E-64 | ||
| Pfam | 101 | 312 | 212 | 3.6E-71 | ||
| ProSiteProfiles | 101 | 314 | 214 | 73.861 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi3g1v0080800.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…