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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi4g1v0083200 |
| Transcript ID | LotjaGi4g1v0083200.3 |
| Related isoforms 4 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Nck-associated protein 1; TAIR: AT2G35110.2 transcription activator; Swiss-Prot: sp|Q5S2C4|NCKP1_ARATH Protein NAP1; TrEMBL-Plants: tr|B7ZGK2|B7ZGK2_LOTJA Nck-associated protein 1; Found in the gene: LotjaGi4g1v0083200 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr4:10884663..10903396) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
ATGGCAAGGTCAAGGCAAAAGTTAATAAACCAGGATTCGTCGCTGTCACCTACCGCGGCGAGATCGAGGGAGTTGGATGG TCCGTCGCGATGGGCGGACTACCTTGGACCTGATGTGTCCTCTCCAGTGTCGTCTACCAGCTCCAGGAATTTGTTTCATG ATGGACAGTCTCAGGGAAACACACCGTCGTCGCAGTCCGGCAAGGGTCTTAACATGCAGTGGGTTGTCCAGCTCACTGAA GTTGCTGAGGGTCTTATGGCTAAGATGTATAGGTTAAATCAGCTTTTGGATTATCCGGATCCTGTTAATCATGTGTTTTC GGACGGGTTTTGGAAAGCCGGTGTGTTCCCTAACCATCCTAGAGTCTGCGTGTTGCTGTCGAAGAAATTTCCAGAACACT CCAGCAAGTTGCAGATTGAACGCGTAAGAAGTGATGTCTGATATGCTTTACATTTTCAATGTTAATTAAGGTCTCTGTGG TTTTTAATATTTTGGAAGAAAACGAATGCAGATAGATAAGATTGCTTGGGACTCGATGCAAGATCATGCAGAACTTCATT TACAGAGCTTGGAACCATGGGTGCAGGTGCTACTTCTATACTGGTTCTTCCATTTATTCCCCATTCATAAACTGCAAGCA GTTAATTGAAGGTTTTTCAGTTTTCAATTCCAACTGCATGCCCTCATGTTAGATATAGAAGAACCATTCATGTGACTTCA TCCTACGACTTAAAACTTTTATGTTAGTTTGATCATGATATAGTGTCAAATTCTCTATGATCACACGCTCTAGATTTTTA TTCTTATTGCAACATTTCTTCTCAGTAGAAATAAAATTTCATTGTATGGTTGGATGGACTTGTGCATTATCTACTCTATC GGAAGACGAAAGCATTATTCCAATAGAGACAAGAGTGGTTGACACTACACCAAGAACAAATCTATGGCTTGCGCGCATGA 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CTTCTGGTGCCATACTTGAAGAAGGCGCTCCCTTGATACATTCACTGCTAGCTGGGATGGTTAAGCATCTACCTGATGGA GTACCAGAAAAGGAAGAGATCAGGAGAATGAGATCAGTAGCAAATACTGCAGGTGTTGTAAGTGATCATGATTCAATTTG GGTAAGATCAATTTTAGAGGAAGTTGGTGGTGCAAGTGATGGGTCATGGAGCTTGTTACCTTACTTATTTGCCACGTTCA TGACATCTAATATTTGGTCCACAACAGCATTTAATGTTGACACAGAGGGTTTTAGTAACAATATCCATTGCTTGGCAAGG TCAGTTTGTTATCTTTCAGCTGAAATTACTAATGTTAAGTATCTGTAAACACTGTGGAGCTTAACTTAATACTTTACAAT GATTTGAAGTTTTTGTTTGCATGCTTATAATTTGGCCCCATGTCATTGGATTAACTCCTATCTAGTAATTATGCGGTGAT TGAGCTGGAAATTATTCATTTATGTAGTGTTTTGATGCCATCGTGTAAATTTATTTTTGACACCATTTGTCTCACTAACA ATGTAATACTTCCGGGCAGGTGCATTTCTGCAGTAATTGCCGGAAGTGAGTTTGTCAGATTGGAACGTGAATATCAGCAT CGACAATCTTTAACAAATGGGCATGCCGAGGGAATGGATCCTGAATTAGCAAGTCATACGTCAGCTGAAGCAAGTATCAA GTCCACGCTGCAGTTATTCGTGAAATTCTCTGCAGAGATCATACTGGATTCTTGGAGTGAAACACAAAGGTAAAATACAT ATGATTTTTGCTTAAATCACAAATGGTTGTTTACTATATACACTCATATTAATTAGGTAGGATAATGCTGCCATATATTA TGGCAGAATTTCATCTGTGGCTCCACATAAACTTTTTTTCCCTTTCACTTTGTTGATTCCTCTAAGATGCGTTATGTTTG GATTTATGTGCAGAGCTCATCTTGTTGCCCAGCTCATCTTCCTAGACCAGCTTTGTGAGATTTCACCATACCTTCCACGA AGCTCACTGGAAACCCATGTTCCCTACGCCATTCTCCGTTCAATATACAGCCAATACTATGCAGACACTCCATCCACTCC ATTGGCAATGCTGAATGCATCACCGCGTCATTCACCAGCTATACTGCTAGCGCATGCTTCTCCTGGGCTGAGGCATCCTC GTGGAGACTCCACACCACCGTATTATGGCAATGATTCCGGATACTTCAAAGGCGGCTCATCATCACATAGTCAGGAGCAC CTCTATGATGCTGATATTGGCAGCATAAGAAACACTCGTCGTTCCGGGCCATTGGATTATAGTGCAAGCCGTAACAGGGT CAAATCTGTTGAAGGCTCAACTTCTGGGAGTACTGGGCCTAGTCCACTTCCTAGATTTGCAGTATCTAGATCTGGTCCAT TAGCATATAAGTAG
CDS sequence (LotjaGi4g1v0083200.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGCAAGGTCAAGGCAAAAGTTAATAAACCAGGATTCGTCGCTGTCACCTACCGCGGCGAGATCGAGGGAGTTGGATGG TCCGTCGCGATGGGCGGACTACCTTGGACCTGATGTGTCCTCTCCAGTGTCGTCTACCAGCTCCAGGAATTTGTTTCATG ATGGACAGTCTCAGGGAAACACACCGTCGTCGCAGTCCGGCAAGGGTCTTAACATGCAGTGGGTTGTCCAGCTCACTGAA GTTGCTGAGGGTCTTATGGCTAAGATGTATAGGTTAAATCAGCTTTTGGATTATCCGGATCCTGTTAATCATGTGTTTTC GGACGGGTTTTGGAAAGCCGGTGTGTTCCCTAACCATCCTAGAGTCTGCGTGTTGCTGTCGAAGAAATTTCCAGAACACT CCAGCAAGTTGCAGATTGAACGCATAGATAAGATTGCTTGGGACTCGATGCAAGATCATGCAGAACTTCATTTACAGAGC TTGGAACCATGGGTGCAGCTGCTTCTTGACTTGATGGTATTCCGTGAACAAGCCCTGCGACTTATATTGGATCTTAGTAG TACAGTAATTACGTTGTTGCCCCATCAGAATTCTCTCATACTACATGCATTTATGGATCTCTTTTGCTCCTTTGTGCGGG TTAACCTGTTTTCCGAGAAGATGCCGAGAAAGATGTTGCTACAGACATATAACCTTCTACATGTAATGTCAAGAAATGAG CGGGACTGTGATTTTTATCATCGCTTGGTTCAGTTCATTGATTCTTATGATCCACCTCTAAAAGGCCTACAGGAAGACCT AAATTTTGTGAGCCCTCGTATTGGAGAGGTACTAGAAGCTGTAGGCCCTATAATATTTCTATCAACAGACACTAGGAAAC TTAGAAATGAGGGGTTTTTAAGTCCATATCACCCTCGGTATCCAGATATACTCACTAATTCTGCTCATCCGCTGAGAGCA CAAGATCTAGCAAATGTAACTGCATATCGAGAATGGGTGTTATTTGGGTATCTTGTCTGCCCTGATGAGCTGCGTCGTGT CACTAGCATTGATATTGCTTTGGTTGTATTGAAGGAGAATCTAGTCCTCACATTATTCAGAGATGAGTACATACTTTTGC ATGAGGATTACCAGTTGTACGTTCTGCCTCGGATATTAGAATCCAAGAAGATGGCAAAATCTGGGCGTACTAAGCAAAAA GAAGCGGATTTGGAATATAATGTTGCGAAGCAGGTTGAGAAAATGATAAGTGAAGTGCATGAGCAAGCAATATTATCTTG TGATGCCATACATCGTGAAAGGAGAATTTTACTGAAACAAGAGATTGGGAGAATGGTGCTGTTTTTTACTGATCAGCCCA GTCTACTGGCCCCTAACATCCAGATGGTGTTTTCTGCCTTGGCTTTAGCGCAATGTGAAGTGATCTGGTTTTTCCAACAT GTAGGAGTTGCATCGTCAAAGTCTAAAACTACTCGTGTGGTACCAGTGGACATAGATCCAAATGATCCAACCATTGGATT TCTGTTAGATGGAATGGACCATTTATGTTGCTTGGTGCGCAAATACATTGCAGCAATCCGAGGTTACTCATTGTCGTATC TTTCATCCTGTGCTGGAAGAATTCGGTTTTTACTGGGTACCCCTGGAATGGTGGCTCTTGATATAGATGCTTTTTTGAAA GGACTTCTTCAGCAAATCGTCCACCACCTTGAAAACCTTCCAAAACCACAGGGTGAAAATGTATCTGCTATCACTTGCGA TCTTTCGGATTTTCGCAAGGATTGGCTTTCAATTTTATTGATAGTCACATCTTCCCGTTCATCTATAAACATTAGGCACT TGGAGAAAGCTACAGTTTCCACTGGCAAAGAAGGCTTGTTATCAGAGGGGAATTCTGCGTACAATTGGTCCAGATGTGTT GATGAATTGGAATCCGTACTTTCAAAGCATGGCAGTCTTAGGAAGCTCTACTTTTACCACCAGCATCTCACGGCAGTTTT TAGAAACACAATGTTTGGTCCAGAAGGACGTCCTCAACATTGCTGTGCTTGGCTTGGGATTGCTAGTAGTTTTCCGGAGT GTTCATCTCCCATTGTTCCAGAAGAGGTTACAAAAATTGGCAGGGATGCTGTTCTCTACGTTGAATCTCTGATTGAGTCC ATCATGGGAGGATTGGAAGGATTAATAAATATTCTTGACTCTGAAGGAGGATTTGGCGCCCTAGAGAATCAGCTTTTTCC AGAGCAAGCGGCTTCACATCTGAATTATGCATCAAGAGTTGCCATTCCATCATATAAATCTCCAAAAGGGACTGCTGGTG TTCCCTTACCTGGCCATGAAAGTTATCCTGAAAATAATAATTCTATCAAAATGTTAGAAGCTGCAATGCAGAGGTTGACC AATTTGTGCTCAGTTTTAAATGATATGGAGCCTATTTGTGTTTTAAATCATGTCTTCGTTCTGAGAGAGTACATGAGAGA ATGCATTCTTGGCAATTTCAGAAGAAGATTGCTTGGTGTTCTGAAAACTGATAATGATCTTCAGCGGCCCTCTGTTCTGG AATCACTGATTCAGAGGCATGTTAGCATTATGCATCTTGCTGAGCAGCACATCAGCATGGACATCACTCAGGGTATTCGT GAAGTACTGCTTTCAGAAGCCTTTTCAGGGCCAGTTTCTTCTCTACACTTGTTTGAGAAGCCAACAGACCAGCATACAGG ATCGGCCACTGAATCTGTATGCAATTGGTATATTGAAAACATAATCAAGGATGTATCAGGTGCTGGAATATTGTTTGTTC CAATTCATAAATGCTTCAGGAGTACAAGGCCTGTTGGTGGATATTTTGCAGAATCAGTCACTGATCTCAGAGAACTGCAG GCCTTTGTACGTATTTTTGGTGGCTATGGAGTAGACCGGCTAGACAGAATGCTAAAAGAACATACAGCTGCTCTTTTAAA TTGCATTGACACCACATTGCGATCAAATCGTGATGTGCTAGAAGCAGTTGTTACCAGTTTGCATGCTGGTGATAGAATTG AAAGAGAAGCGTCTATGAGGCAAATAGTTGATCTGGAAACTGTGATTGGCTTTTGTGTTCAAGCTGGCCTAGCCCTGGCT TTTGATAGGCTACTAGCTGAGGCTTCTGGTGCCATACTTGAAGAAGGCGCTCCCTTGATACATTCACTGCTAGCTGGGAT GGTTAAGCATCTACCTGATGGAGTACCAGAAAAGGAAGAGATCAGGAGAATGAGATCAGTAGCAAATACTGCAGGTGTTG TAAGTGATCATGATTCAATTTGGGTAAGATCAATTTTAGAGGAAGTTGGTGGTGCAAGTGATGGGTCATGGAGCTTGTTA CCTTACTTATTTGCCACGTTCATGACATCTAATATTTGGTCCACAACAGCATTTAATGTTGACACAGAGGGTTTTAGTAA CAATATCCATTGCTTGGCAAGGTGCATTTCTGCAGTAATTGCCGGAAGTGAGTTTGTCAGATTGGAACGTGAATATCAGC ATCGACAATCTTTAACAAATGGGCATGCCGAGGGAATGGATCCTGAATTAGCAAGTCATACGTCAGCTGAAGCAAGTATC AAGTCCACGCTGCAGTTATTCGTGAAATTCTCTGCAGAGATCATACTGGATTCTTGGAGTGAAACACAAAGAGCTCATCT TGTTGCCCAGCTCATCTTCCTAGACCAGCTTTGTGAGATTTCACCATACCTTCCACGAAGCTCACTGGAAACCCATGTTC CCTACGCCATTCTCCGTTCAATATACAGCCAATACTATGCAGACACTCCATCCACTCCATTGGCAATGCTGAATGCATCA CCGCGTCATTCACCAGCTATACTGCTAGCGCATGCTTCTCCTGGGCTGAGGCATCCTCGTGGAGACTCCACACCACCGTA TTATGGCAATGATTCCGGATACTTCAAAGGCGGCTCATCATCACATAGTCAGGAGCACCTCTATGATGCTGATATTGGCA GCATAAGAAACACTCGTCGTTCCGGGCCATTGGATTATAGTGCAAGCCGTAACAGGGTCAAATCTGTTGAAGGCTCAACT TCTGGGAGTACTGGGCCTAGTCCACTTCCTAGATTTGCAGTATCTAGATCTGGTCCATTAGCATATAAGTAG
Protein sequence (LotjaGi4g1v0083200.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MARSRQKLINQDSSLSPTAARSRELDGPSRWADYLGPDVSSPVSSTSSRNLFHDGQSQGNTPSSQSGKGLNMQWVVQLTE VAEGLMAKMYRLNQLLDYPDPVNHVFSDGFWKAGVFPNHPRVCVLLSKKFPEHSSKLQIERIDKIAWDSMQDHAELHLQS LEPWVQLLLDLMVFREQALRLILDLSSTVITLLPHQNSLILHAFMDLFCSFVRVNLFSEKMPRKMLLQTYNLLHVMSRNE RDCDFYHRLVQFIDSYDPPLKGLQEDLNFVSPRIGEVLEAVGPIIFLSTDTRKLRNEGFLSPYHPRYPDILTNSAHPLRA QDLANVTAYREWVLFGYLVCPDELRRVTSIDIALVVLKENLVLTLFRDEYILLHEDYQLYVLPRILESKKMAKSGRTKQK EADLEYNVAKQVEKMISEVHEQAILSCDAIHRERRILLKQEIGRMVLFFTDQPSLLAPNIQMVFSALALAQCEVIWFFQH VGVASSKSKTTRVVPVDIDPNDPTIGFLLDGMDHLCCLVRKYIAAIRGYSLSYLSSCAGRIRFLLGTPGMVALDIDAFLK GLLQQIVHHLENLPKPQGENVSAITCDLSDFRKDWLSILLIVTSSRSSINIRHLEKATVSTGKEGLLSEGNSAYNWSRCV DELESVLSKHGSLRKLYFYHQHLTAVFRNTMFGPEGRPQHCCAWLGIASSFPECSSPIVPEEVTKIGRDAVLYVESLIES IMGGLEGLINILDSEGGFGALENQLFPEQAASHLNYASRVAIPSYKSPKGTAGVPLPGHESYPENNNSIKMLEAAMQRLT NLCSVLNDMEPICVLNHVFVLREYMRECILGNFRRRLLGVLKTDNDLQRPSVLESLIQRHVSIMHLAEQHISMDITQGIR EVLLSEAFSGPVSSLHLFEKPTDQHTGSATESVCNWYIENIIKDVSGAGILFVPIHKCFRSTRPVGGYFAESVTDLRELQ AFVRIFGGYGVDRLDRMLKEHTAALLNCIDTTLRSNRDVLEAVVTSLHAGDRIEREASMRQIVDLETVIGFCVQAGLALA FDRLLAEASGAILEEGAPLIHSLLAGMVKHLPDGVPEKEEIRRMRSVANTAGVVSDHDSIWVRSILEEVGGASDGSWSLL PYLFATFMTSNIWSTTAFNVDTEGFSNNIHCLARCISAVIAGSEFVRLEREYQHRQSLTNGHAEGMDPELASHTSAEASI KSTLQLFVKFSAEIILDSWSETQRAHLVAQLIFLDQLCEISPYLPRSSLETHVPYAILRSIYSQYYADTPSTPLAMLNAS PRHSPAILLAHASPGLRHPRGDSTPPYYGNDSGYFKGGSSSHSQEHLYDADIGSIRNTRRSGPLDYSASRNRVKSVEGST SGSTGPSPLPRFAVSRSGPLAYK
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| MobiDBLite | 1 | 20 | 20 | - | – | |
| MobiDBLite | 1 | 68 | 68 | - | – | |
| MobiDBLite | 39 | 68 | 30 | - | – | |
| PANTHER | 66 | 1271 | 1206 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 66 | 1271 | 1206 | 0.0 | ||
| Pfam | 78 | 1267 | 1190 | 0.0 | ||
| Coils | 789 | 809 | 21 | - | – | |
| MobiDBLite | 1292 | 1383 | 92 | - | – | |
| MobiDBLite | 1352 | 1370 | 19 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi4g1v0083200.3, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…