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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi4g1v0404500 |
| Transcript ID | LotjaGi4g1v0404500.2 |
| Related isoforms 2 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Mitochondrial carrier protein, putative; TAIR: AT4G39460.1 S-adenosylmethionine carrier 1; Swiss-Prot: sp|Q94AG6|SAMC1_ARATH S-adenosylmethionine carrier 1, chloroplastic/mitochondrial; TrEMBL-Plants: tr|I1K4S4|I1K4S4_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi4g1v0404500 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr4:78090554..78108087) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CTTGCAAGTTGCAAGCAAGAAGTAGGGCGGGTAGGTAGTTCATGTAATTGGTGCTGCGCAATCTTCCGCAGCGTTTTATC CGTGACTCTCATCTCTTCCGCTTCCACCACTCCGTTCACTTCACCGATAACCGCTCTCTTTCTCTCTTCTCTTCAGAGCA CATTGCAAACAGGTTCTGTTACATTCGTTTTCGCACTTCACCGATGCTTAGTTTGTTAGATAGTAACTGATTCGGTTAGT TTGTTGTTTGTGCAGTGGCGGTGCCGCCGTTGGACCTTGATGGGTCCCCTTTCGCTGTCCGTCATGCTGCAGGACTCTGC CATTTCATCACCAGGTAGGTGATGGTTAACACATTTACTTTTGTGTATTTTGCATGTGTCTGTGAATTGAAGATGCTGGT TATTTGGATTCGATATGCGAGGTTTATAGTTAGGGTTAGGGTATGTCTAGAGGCTCAATTTGTGAATGCAATTTGATTTT CTTATGATTGGCAGTTGCACTAAGGTGATTTTTATGGTTTGCAAAATAATTGTAATGTTTGTGAATATCTTGGATTCTAG TGATTGAATTTTGGCATTTTTTAAATTTAATGACTTATCCGGAAACATCGGCACTTTTTCAGCTTTGGGAACTGAAATGC GAGTTATGATTTGGGAAAAAGGAAAACAAAACTTTGTTAATTGTTAGTGTATTTGTTAGTTTAGTGAATGCTATATAACA GACATTTGTTATTTTAGCATTCTGTCTGCTGTTTGGTTGAGGTATCTGCTTCTCATTTTAGCTGGATGTTTGGTTTTGCA GATGCTTGTACTAAGAGAAAACAGAACATGCTTCTGAGAAATTCTTTTGCATCAGTTACCATTGGAGAGGAGAAGCCCTT TGACTTCTTACGCACTTTATTTGGTATGTGCAAGATCTCCTTTGGTGTTCCTAGTGAAGAAGTTTGTCATTATTGTTTTG 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CDS sequence (LotjaGi4g1v0404500.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGAAACAGAAATTGCTGAGGATATTTCCTGAAAATCTGAGTGCTTTTGCTCATTTAACCGCAGGTGCCATAGGGGGCAT TGCCGCTTCATTGGTTCGTGTCCCGACTGAGGTTGTTAAGCAACGAATGCAAACTGGGCAGTTTGCTTCAGCTTCTGGTG CTGTTCGATTTATTGCTGCTAAGGAGGGCTTTAAAGGATTTTATGCCGGGTATCGGTCGTTTTTATTGCGGGATTTGCCT TTTGATGCCATTCAGTTTTGCATCTATGAGCAGATTCGATTAGGTTATATGCTTGCGGCACGAAGAAATCTGAATGATCC AGAAAATGCAGTTATTGGTGCATTTGCAGGTGCACTAACTGGAGCTATAACTACCCCCCTTGATGTCATCAAGACAAGGT TAATGGTTCAGGGATCTGCAAACCAGTATAAGGGAATCGTTGATTGTGTTCAAACCATTATGAAGGAAGAGGGACCTCGT GCCTTTCTGAAGGGCATTGGGCCAAGGGTACTATGGATAGGCATAGGTGGTTCAATATTCTTTGGTGTCCTTGAGAGTTC AAAACGTTTTCTTGTGGAGAGGCGTCCTACACTAGCTCAGCACTCAAAGTCAGAAAGAAACAAAGATTAA
Protein sequence (LotjaGi4g1v0404500.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MKQKLLRIFPENLSAFAHLTAGAIGGIAASLVRVPTEVVKQRMQTGQFASASGAVRFIAAKEGFKGFYAGYRSFLLRDLP FDAIQFCIYEQIRLGYMLAARRNLNDPENAVIGAFAGALTGAITTPLDVIKTRLMVQGSANQYKGIVDCVQTIMKEEGPR AFLKGIGPRVLWIGIGGSIFFGVLESSKRFLVERRPTLAQHSKSERNKD
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Gene3D | 1 | 207 | 207 | 3.2E-50 | ||
| Phobius | 1 | 28 | 28 | - | – | |
| Phobius | 1 | 12 | 12 | - | – | |
| PANTHER | 2 | 197 | 196 | 7.5E-117 | – | |
| PANTHER | 2 | 197 | 196 | 7.5E-117 | – | |
| SUPERFAMILY | 11 | 185 | 175 | 1.24E-48 | ||
| Phobius | 13 | 24 | 12 | - | – | |
| Pfam | 13 | 94 | 82 | 9.6E-16 | ||
| ProSiteProfiles | 13 | 95 | 83 | 21.119 | ||
| TMHMM | 15 | 34 | 20 | - | – | |
| Phobius | 25 | 28 | 4 | - | – | |
| Phobius | 29 | 209 | 181 | - | – | |
| ProSiteProfiles | 104 | 190 | 87 | 25.624 | ||
| Pfam | 108 | 193 | 86 | 1.5E-24 | ||
| TMHMM | 111 | 130 | 20 | - | – | |
| TMHMM | 165 | 184 | 20 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi4g1v0404500.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…