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LotjaGi6g1v0116800.3

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi6g1v0116800
Transcript ID LotjaGi6g1v0116800.3
Related isoforms 2
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Rab3 GTPase-activating protein catalytic subunit; TAIR: AT5G58510.1 Rab3 GTPase-activating protein catalytic protein; Swiss-Prot: sp|Q15042|RB3GP_HUMAN Rab3 GTPase-activating protein catalytic subunit; TrEMBL-Plants: tr|A0A072UXW3|A0A072UXW3_MEDTR Rab3 GTPase-activating protein catalytic subunit; Found in the gene: LotjaGi6g1v0116800
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr6:29547636..29571943) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

GCGTCCTCCTCCGCAAGCAAGAAGATCCCAGCTGCTGATGCTACTGACGACGACGAACACACCGAAGTGGAAGATGAAGA AGAAGAAGAAACTGTATGTTTTCGAAACAAAAAAAGATCGAATCAAAATTAATTTGAGATGTGCTAATTCGTTCACATGT TGATTGATGCAGCCTGAGCATTTTGATGATTTCACCCTCGCTTCTTCCTGGGAACGGTGTGTCTGTGTATTCCAGATTCA CATTACTGCCAAAGAAGATTTAATTGGTTTAATTTTTGTTGTTAATGGTTTGTTTTTTCATAGGTTTATTTCTGAAATTG AAGCTGTTTGTCGGCTTTGGACGTCTGATGGTCCAAAAAATTTATTGGTAAGCATTGGAAGTGAATGAATTTGGCATAAC TTGGTAATGGTGGAAAAGGTTGGGGTTGAAACTTGTAAGAATGAAAACTTCATGCCAATTTCATCTTGGACCTGAATGAA AAATCCTGTTTCTCTATCCCAGGAAAAAGGGGCAGTTCACTTGGAGTATTCTGGTAATTTGTACAAGGTGAAATCTGAAT TGAAGTATGCCATGAAAAGTTACTGCATGGAGTACTATTTTGAGACCAAACCTGATGGTACTTTTATAACCCGTTTTTTT ATTAGATGGTAAATGCTTAGTAGGTTGAGGTTGGAATTCATGAATTTTTGTTGTAGTTTAATCTATCTTGGCATCTAATT GATGCAGGCAAACCTGCGGACTGGAATTTTGATTTGCATGATGTGCAGTTATGTTTCGGTGTAAAGGAGTTTTTGGTATG GCTTAATGACGTGTCTTTCCTTGTACTGGAATTTTACTGGTTTCACTAAGGTTAAGGAAACACTTCTTCTCATGTATTTT CCTAGGTGATTGCTCCTCAGAGTGCAAGTGGTGTGGTTCTTGATCCGCCAGAGGCTAGCAAGCTCTTGAGTGCTGTTGCA 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CAGACCTCTTACAGGTGACAAAGTTAAATAAAGAGACTAAGCTGTTTCTAATGCACATTTATAAATACTATTATCGTTGT ATTACATTCCCTTTTTTTCAGTTTAATATTGTTAATAAAATATAAAAACTGTTAGTTCAGTCAGACTTTTAAAGACTTTA GGATATGGATATTACAGAAACAATGTTGTGAATTGTCACTAAATGGACATTCCTTGTACTTTTGGATCTTCACTATCATT TGAATATGGTTAATTTATGAATATATTGCTTGCCATTCTAGAACTCTAATAAAAGCTCTCAGTAGAATTTATACATTTCA TTTATTAATTTGTTACTTAGCATTGCCCTTTTTTTGCAGAATTTTTCTGCTCAGCTGGAAAGGGATATCTTAAACTCAGG TTATAGCTTATAACATTTTTTACTAGCACCAGATAATTATTAATCACGTCTCAAATTTGTTTTTTTTTTCCTATGATAAA ATCTTGTCAATTCTGATTTCTGGAAGCAGATATTAAAAAATAAAGTAAATACTGAAGCATGTACGAAAAGGTCGTGATGC TTTATAATAGGTGCCAGATTAAATGAGCTACGCCATTTACTAAAAGGGAATGATATTTTCTACCTAGTTGTCAATTATGA CTTGTGAGTAATTAATGGTTCATTAGTTTAAAGTTTTGTAAAATTAAGTTTAATAAACTTAGGTTTATTATAATTAAGTT TGAGAGAATGAATTTATGTTTTGAAATGCAATTGTAAAAGTAAATTTTAAAAAATTTCCTTTTGTTTGGATAGTAAGATA GAATTACTTTTGAGGTGTAAATTAGATATATATTATGGGACTCACACTTAGAATGGATTCTTCTTAATGGAAAAGTAAAG AGTTGTCTCTTTTGTTAAACGTAAGTAGTAAAGAGTTATCTCTTTTGTTAAACGTAAGTTAAGTCCCTTGTAAACATATT TTTATCTAATAGAAAATAGCTACCCAAACACAATTCATCTTAAACAATTAATTTTACTCCAAAATGTAGTTATTCTAAAC TGAAACCGTAAAACAGACTCTTAAGGGTTAAGATTTGCAAAATGAAACTGTTAATCCTAAAAGTGAATTTTTATGTTAAA AGAGATTTCTATAAAAATTATTGAGTGCTGTGACATTAGATTACTTATGCTTGTATTAGGGGAGTCTGATACACACGGAC TATACAAATGAGCTTATTTTTTCTTTTTTGATTCATTGTTGTTTGTTAATGATGTATGCCAAGATTCTTCAATATAAGGC GTGTGACAGACCAATAATGTCTTTGATGCTATTAGATATGTCATCATTTAAAGCTGCAAATCCAGATGCTACTTTTGAAG ATTTTATTAGGTGGCATTCTCCCGGGGATTGGGAAGCGGATAATGACTCTGAGGTCGCAGGATCATCATCATCCAGTGCT CTTGACATTAATAAGTCAAAAGATGATTGGCCTCCACGAGGGCGGCTTTCTAAGAGAATGTCTGAGCATGGAAATTTGTG GAGAAAGATTTGGGATAGCGCACCTTCTCTTCCTGCTTCTGAACAGAAGCCTCTTCTTGACCCAAATAGAGAAGGAGAAA AGGTACTTATTTTTGTAAGAAATTTAAATTTTCTTGTTTTCACCGTGTTGATTCATATTGTGAAAAATTCGACAAAAGTT TTTATATTTTGACTGTTGATTGTCTAACATAAGCTTCCTCTCATTGTGGGCTTGGGATCAGCTACTTAATGCAACATAGG TAGGTTTTATCATTAGAAATGATTTGCAATAGGTGATCACAGTGTTCATGCAGCCAACTCCACCTATTGGGAAAAAAGGC TTTTTGTTTGGTGAAATAGATTGTTATGGCCTCTGCGAAATTCACACTAGAACTAGAATAGCATGATTTTTGTTACTTGG GTTGGTTCTCATGTTGACGATACAATTAAACCATTTAAACTTTGTCGTCATTTCATCCAATTTCATTTTAGATGGATCTG TTGTTCATTTGTTTGGTTGTCTGCATTTTAGCTAAGTATGTGTGGGCCAACTTGTCGGACCCGATGTTGTAACATCTTGC CTATGACATCTGTCCTGGAGTATCTGCTGTTAGTTGGTTTTTAAGCTATCTGTGAAGCTTCGTATTCAAGTTAGGTTTTT GCTGGAAGCTTCTGTGCGCCGTCAAGGAATATTCTGTGGTGTATTTAAACCCGGTTAAGGGGGTTTAATTTGAAGATATT TATGGAACTTGAAATCTGCTTAATTATTGATTGGTCGAGGATCCTCTGCAGATTTGTTACTTAGTTGTTTTCTTTTAGCA ACTTCTTGATTTGTGTATGGACCGTGTGATCTTTCAAGCCCAATGAAGACAAGGCCTGGAGGACTATATATGAAGAACTC AAGACCTAGTCTCGTGGTAGAGAACATATCATTGTATTAGGGTTTTCATCGAGTTCATACTTAAGGGGAGACCTAAGTAA TACTCCACGGGTAGAGATAGGTAGAAGAGGTAGTTGAACTGGGGCAGTTCCTGTGAAACCTTTTATGTACAATTTCTCTA TAATAGTGGATTATCAACCCTGCAGACGTAGGTGATATTGCACCAAACTGGGTGAACAATTTCCTGTGTCTTTTTATTGT TTTCCAGTTGATTACCTTGTTGCTTTATCTGTTGTGCTGTCAGTAATGTTGTACAAAATGTTTTAGACATCTGGTAGAAC ATCTGTGTTATACCTGCCAGAATTTCAGGATCAATTGATGGTCTTAATGAAAAGAAGAAGACACCCCCCCCCCTATGGAC ATTTCAGAATTTATCTTGATTTAGCGGTTTGATCCATATTAAAGACATGGCCAGTTTCTCGTGGAATTCGAGATGGAAAA GTAATAGAAGCTCTTAAACGCATGGATAATGGAAAAACAGTGAGTCTTGATGATATTCCCATTGAAGTTTGGAAATGTAT AGGAGACCTATTGGTTGGCTCTGGCTCCCCATGTTTGAGATTTTGAGATGTAAACAAATGTAAGATGCGAGGAGTAGAAG TACCTTGGTCCCTATATATAAAAAAACAAGGGGGATATTAATTGCGGTAGCTTTAGAGGTATAAAACATATGAACCACAC TATGAAATTAAGGGACAAAGATGATTGAACATAGGCTAAGGGAAGAGACTAGGATAACAGAGAATCAATTTGATTTTATG CTAGAAAGGTCTACAATAGAAGATCTACCTCCTACAAAGGATGATGGGAAGGTACCAACGTAAAACAAAGAGATTTGCAT AGGGTTTTTATTGACTTGGAAAAAACAAGATCGTGTGCTAAGGGAAGTGTTGTGGAAGGTTATGGAAAAGAAAAGTGTTC GAGTGGCTTATGCTCAAGCTATACAAGACATGTATAACAGGGGAAACTACAAGTGTGGAAACTCGTGGTGGCGCGACTAT TGACTTCCTTAGAACTTATAAGGATAGGTTTACATCCAGGCTCAACCTTGAGTCTGTACATGTTTAATCTGGTTATGGAT ATGCTTACCACAGTATACAAAAGAAGCATTCCTAACTGCATGATGTTTGCAGGTGATAGTTCTATTTGAAGAACAATCGA AGTGGTTAATTCTAAACTTGAGATTTGGAGAAAGACTTAGGAATCTAAGGGTTATCAAGTAGCAGGAGTAAGACAGAATT CATGCATTGCAATTTTAGTAAGAGTGTAAGACAGATGTTAGAAGTTTTTGGAACTAAAAATTGGGAACGATATCATACCA CATGTTTCACAGTTTAAGTACTTGGGATCTATTATACAAAATAATGGGGAATTTCACAAAGATGTTACATAAAGAATTCA AGCTGAGTGGTTAAAGTGGAGTAAAGCATCAAGAGTTATTTGTGACCGCAAAGTACCTACCAAACGCAAAGAAAAGTTTT ACCAAACTGCAAGACTTGCTATCCTCTATGGTAGTGAATGTTGTGATTTAACGAGACAACATGAGGAAAATGTTGGAGCA ACATAAATGAGAATGTTAAGATGGATGAGTGGACACACTAGAAAGGACAAGATATACAATAATCGTATAAGAGGAGGTTA CGATGGTTCAGACATGTATAAAGAAGACCTCTGGAGGCGCTGGTGAGAAGAGTTGATAACATGGTTCTTAGTCCTGTGAA GAGGGGTCAAGAGAGGCCAAAAAGATCATTGGAAAATATTTTTGAAAGGGACCTCATGGTCTATAATATCCCACAATTAT TTGTTTGTGATCGAGCGCAATGTTGTCAGGTGATCCATATAGCTGCCCTTAGCTGGATAATGCTTTGGTTGCTGTTTTTT TTTTTGTATCATTATTTAGCGGTAATCATCTTCACTTTCTTGTTGAAATAAATTTGACCTGTGCTTGCTAGTAACAAGGA GAGAGGCACTAAGTAGGACAAGATGCATCCAAATCAAGAACTCTTAATTATTCGGGTGAAGTAATGTTCCATAAAAGGGA AAATATAGTCCTATAAAAGGGAAAATATATCGTAGATCATAAATGATTAATTACAACTAAAAAGACGATCATTGAGTATG ATGATCCATTGAGGTAGAACTGAGCTTGATATTTAAGTCAATTTGATGAAGTGATCTTGGTCCTAAAAGCTAGGCTGGTA AGTGAGAGCCTCAGCTTTAAATTAGAGCTTGGTTTTTGAGACTAAGCAGATTTAGAGCTCACGCAATTGCGTTATTTCTG TCAGTTTGTTTGGGCAGCCATCAAAATCATGAGGATAAACTGATGTAGAAAAAAGTTTGTATTTCACTCTATCTGATTGA TTAAAAGGTAGTATAAATAGGGAATTAGGTCAACAATTGTACACTAGTATAAATAAGGAAGATAATCTCTATCTCTTAAA TAGCAGCTGACTAACATAGTGTGGTCAACATTTTCTGCACGAACTCATCTTTCTTGACATGTGCCTTTTTGGGTAAAGTG TTCACCTAGGCTATGCCTTAAAGGTTGGTCATTTGGTGAGTGGAGGGCCATGCACGGAAGACGGTTAAAAGGTTAAATTG TTCTTGTACTTTCTTAAAGGATATTAATATTTATTAAAGGAAATTGGTACTATAGATTTGTGCATAAAGGAGGAAGAGGA AGACTGACTACTTGTGCTTTTTTGGATTGCTTTAGACATGCTGTTCTCCTACGTATATCTTGTTATCTACTATAATTTTC ATATTCTCGATTTTCCAGGTTCTTCATTATCTTGAAACTTTACAGCCACATGTATTGCTTGAGCAAATGGTGTGTACTGC CTTCAGAGCAGCAGCCGATACACTAAGTCAGACTAGTTACGGGGAATTGAAACAGATGGATACCAAGATGCAGCAACTAT ACCTTACCATAGCACCTGCTTTGAGGCCTTTGCAAGGTATCTCGATATTCATTAAATTTTCTACTCTCTAAAAAGAATAA TTTTTAACGCATTTCCATTTTGTTACAGTAAACCGCTTGTCTGCAGACAGTGAGACCATTGAAGACTTAAGAAGACTAAG TGTTGTTTTCGAAAATGTGGAGAAATTACTTACTCTTGCAGCTTCTCTTCATCGCAAGCTTGTACGAGCACCACGCCTCT CCAGAGAAATTTTCAGTGATTACTACAGCTTCTACATTCCAACAATGGGAACAGGCTTGTCAGAAGACATTGAAAAGGTG AAAGGTTTCGATGCCTTGAAATGCCTTGCTAAAAAAATCTTTCCCTGCATTGGACTGACATGTATCTCCACTTTCTTTCA TTTCCGCGTAGGAGTTTGACAAGAAACAAGTAGTAAAGGACCGTGAGAGGGAAGTCTTGTCAAATATGTTTGTTCCTCCC ACAGCTAACCAGTCTTGGAGGAAGGTTTTGAGCATGGGAAATCTTCTCAATGGTCATGAACCTATCCTCAGGGAGATTAT TTTTTCGCTGCGCGACAGATGGAATGGTAATCACTATGCAGCTCGTGGTGGTAGTGTTTCTCAACAAGAAATTGAAACTT ACAGAATGTACATATGTGGAACCTCTAATGACTTACGGGTAGCACTTTCTGTTGTCTCGTGTGATTAA 

CDS sequence (LotjaGi6g1v0116800.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGAAAAGTTACTGCATGGAGTACTATTTTGAGACCAAACCTGATGGCAAACCTGCGGACTGGAATTTTGATTTGCATGA TGTGCAGTTATGTTTCGGTGTAAAGGAGTTTTTGGTGATTGCTCCTCAGAGTGCAAGTGGTGTGGTTCTTGATCCGCCAG AGGCTAGCAAGCTCTTGAGTGCTGTTGCAATTGCTTTGTCAAATTGTTCAAGTTTATGGCCAGCATTTGTTCCAGTTCAT GATCCTTCTCGGAAAGCTTATATTGGAATTCAGAGCATGGGTACTGTATTTACTAGAAGGTTTGAAGCAGATCGAATTGG CAGTCAAGTTCCAATAAAACTTATGCATTTGGAGGGGCTGTACGAATTATTTGTATCGAAGTTTGCGTACTCCACATTGG ATCTATCCGTTCATGATTTTAAAGTCCGATTTGCAATGAAGCTAACATTCAGAACACTTCCCTATGATGATGACTATATG AAAGGTTTTGGTGAAAAAATTACCAAATCTGGAGAAAACCTTACTGGGGAAATGTCCAATGGGAAACAGTGGGATGATGA TTGTTCTTGGAGTGAGTGGTATTCTGCAGAAGATCCTGTCAAAGGTTTTGAATTGATCACAATATGGTCAGAGAAGATGG TTGAAAGTTCTATGGAAATGGCTGAATTGGAAAATGCTTCCCCTCATGAAGCAGAGAAGTGGTTGATCTCTTTAAGGCCT GAAGGTCCCAAGGGGAATCGGATTGGATTTGCATCCCAGTTGCATCTTCTTGTTGATGCATTGGAAATGTCATTTGAGGC CCAATTTATAGAAGATTTTGTTTCAGTTGAAAATCCAGGTTCTGATAATTTGAAATCATCAATGGTCATACCTTCACCAG CAGTTAGAGATCGTGTGCTGAAAGAATTGTTTATTGAGGGTGTACAATTGTCAAAATTTGCTGATGACAGACATAAGACT TCTCGAGCTATAAAAGGCGCACCACTTGAATCTCTCTTTGCACAATTTTGTTTACATTCTCTTTGGTTTGGAAACTGCAA TATACGAGCTATTGCTGTGCTATGGATAGAGTTTGTTCGAGAGGTTAGGTGGTGTTGGGAAGAGTCACAACCATTACCCA GGATGCCAGCCAATGGAACAATTGACCTTTCAACTTGTTTGATTAACCAGAAACTTCAGATGCTAGCAATATGCATCGAG AAGAAGTGTCAGCTAAATGAAGACTTTCAAGATTGTATTGGAAGTTTGGATCATATAGATTCTATGACTGAGGAAGAAAG TGTGATTGGGAATGACTCGTTCAATAAACAGACACTCAGTGAGGGTTTTTCTGGGAAAGTTGACAGAGAGCCTGAAGATG TAAACCTGTTTAATGATAAAAAATCTTCAGACTTCACCAGGAGAGGTTCAGCTGGTATCGTTGATTCTATGATGCTTCTC AAGTCATATCAAAGTATGCATGCCCCATACACACAGGAAGCACCTCTTATGACAGAAGACATGCACGAGGAGCGGCTCCA GGCTGTTGAAGCCTTTGGTGATTCGTTTAATTTTTCTGCTCAGCTGGAAAGGGATATCTTAAACTCAGATATGTCATCAT TTAAAGCTGCAAATCCAGATGCTACTTTTGAAGATTTTATTAGGTGGCATTCTCCCGGGGATTGGGAAGCGGATAATGAC TCTGAGGTCGCAGGATCATCATCATCCAGTGCTCTTGACATTAATAAGTCAAAAGATGATTGGCCTCCACGAGGGCGGCT TTCTAAGAGAATGTCTGAGCATGGAAATTTGTGGAGAAAGATTTGGGATAGCGCACCTTCTCTTCCTGCTTCTGAACAGA AGCCTCTTCTTGACCCAAATAGAGAAGGAGAAAAGGTTCTTCATTATCTTGAAACTTTACAGCCACATGTATTGCTTGAG CAAATGGTGTGTACTGCCTTCAGAGCAGCAGCCGATACACTAAGTCAGACTAGTTACGGGGAATTGAAACAGATGGATAC CAAGATGCAGCAACTATACCTTACCATAGCACCTGCTTTGAGGCCTTTGCAAGTAAACCGCTTGTCTGCAGACAGTGAGA CCATTGAAGACTTAAGAAGACTAAGTGTTGTTTTCGAAAATGTGGAGAAATTACTTACTCTTGCAGCTTCTCTTCATCGC AAGCTTGTACGAGCACCACGCCTCTCCAGAGAAATTTTCAGTGATTACTACAGCTTCTACATTCCAACAATGGGAACAGG CTTGTCAGAAGACATTGAAAAGGAGTTTGACAAGAAACAAGTAGTAAAGGACCGTGAGAGGGAAGTCTTGTCAAATATGT TTGTTCCTCCCACAGCTAACCAGTCTTGGAGGAAGGTTTTGAGCATGGGAAATCTTCTCAATGGTCATGAACCTATCCTC AGGGAGATTATTTTTTCGCTGCGCGACAGATGGAATGGTAATCACTATGCAGCTCGTGGTGGTAGTGTTTCTCAACAAGA AATTGAAACTTACAGAATGTACATATGTGGAACCTCTAATGACTTACGGGTAGCACTTTCTGTTGTCTCGTGTGATTAA 

Protein sequence (LotjaGi6g1v0116800.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MKSYCMEYYFETKPDGKPADWNFDLHDVQLCFGVKEFLVIAPQSASGVVLDPPEASKLLSAVAIALSNCSSLWPAFVPVH DPSRKAYIGIQSMGTVFTRRFEADRIGSQVPIKLMHLEGLYELFVSKFAYSTLDLSVHDFKVRFAMKLTFRTLPYDDDYM KGFGEKITKSGENLTGEMSNGKQWDDDCSWSEWYSAEDPVKGFELITIWSEKMVESSMEMAELENASPHEAEKWLISLRP EGPKGNRIGFASQLHLLVDALEMSFEAQFIEDFVSVENPGSDNLKSSMVIPSPAVRDRVLKELFIEGVQLSKFADDRHKT SRAIKGAPLESLFAQFCLHSLWFGNCNIRAIAVLWIEFVREVRWCWEESQPLPRMPANGTIDLSTCLINQKLQMLAICIE KKCQLNEDFQDCIGSLDHIDSMTEEESVIGNDSFNKQTLSEGFSGKVDREPEDVNLFNDKKSSDFTRRGSAGIVDSMMLL KSYQSMHAPYTQEAPLMTEDMHEERLQAVEAFGDSFNFSAQLERDILNSDMSSFKAANPDATFEDFIRWHSPGDWEADND SEVAGSSSSSALDINKSKDDWPPRGRLSKRMSEHGNLWRKIWDSAPSLPASEQKPLLDPNREGEKVLHYLETLQPHVLLE QMVCTAFRAAADTLSQTSYGELKQMDTKMQQLYLTIAPALRPLQVNRLSADSETIEDLRRLSVVFENVEKLLTLAASLHR KLVRAPRLSREIFSDYYSFYIPTMGTGLSEDIEKEFDKKQVVKDREREVLSNMFVPPTANQSWRKVLSMGNLLNGHEPIL REIIFSLRDRWNGNHYAARGGSVSQQEIETYRMYICGTSNDLRVALSVVSCD 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
PANTHER 2 850 849 0.0
PANTHER 2 850 849 0.0
Pfam 466 631 166 2.0E-56
MobiDBLite 557 588 32 -
MobiDBLite 561 575 15 -

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function GTPase activator activity Binds to and increases the activity of a GTPase, an enzyme that catalyzes the hydrolysis of GTP.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi6g1v0116800.3, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…