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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0014500 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0014500.1 |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Transposon Ty3-G Gag-Pol polyprotein; TAIR: AT3G50990.1 Peroxidase superfamily protein; Swiss-Prot: sp|Q99315|YG31B_YEAST Transposon Ty3-G Gag-Pol polyprotein; TrEMBL-Plants: tr|A0A151SMT1|A0A151SMT1_CAJCA Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0014500 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:1885406..1925078) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
GTTGACATGAATGAATGAAAGATATGAATCATTTTGTAATAAAAATAAACGGTAACATTTGATTTTGTTGTGAAAAATAA ATAAATAGAAAGCATAGAAAGTACGGGAAGATGAAAGAGTATAAATAGAGATAACGGAAACTTTGCAGAAGGAAAGGAAG AGGGTTTTGCATTGCAAGAGTGAAGAGTGAGTGAGTGAGTGTCAAGAGTGAAGAGTGAAGCGTGAAGGAAGAGTGAAGAT CATCGCCGGCCGCAACAACCAGAGCGTTTCTTTCTCTCTATTTTCCTTTCTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCT TCTTCTTCTTCTACGGTAACATTAACGGTAACGTTAACTTGAGAGAGAGGGTTTCGAATCAAACAGAGAGAGAGAGAGAG GGTTTCGCCTCAAACAGAGTGGGTTTCTTTTCTTTGCTTCAAGAATGCAAAGAAATTGATCAAGAATCGTTCAATTGGAA GAATAATGGATGTGATCAAGATGCAGCAGAAATTGCTGCTTATGAAGTTGAGGAAATAGGTATTCTATGGAATTCAAAAC TGCTACATTTTTTCTTATTTTGGTTTCCTTACCCACATGGTTCATGATAGTCTAAATAATTTATCCTAAGGTTTTAAAGT CTTCTTGCCTTTTTGCAGGAGTTGAACACTTGCTTAGAGATGTGAAGGATACAATCATTAGCACCCTCGCAACAGAGGTG CTCTTCTTGATACTTGTTATATTAATATTTCTTCTGTATTTCGCCACGGATGCTTTCGCATTATGTTTGCATTATAGCAT GTCATACTCATCATATCCCTTCTCATGTTTTATCTATCTTAGCCCACTTTCTTTTGGAATTTCAATGTTCATACTCTAGG GACCCTATTTGTTTGATATGATTAGCCCTTTCTGAAGAGTGATCAATAGAGAACTGATAATTAGCAAAGACTTTCCTGAT 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GAATCCTGCATTTATCTTGTGTACCCGGGCACAAAACACATGCAAGGTGCTATAATTAACTAAGGTTACTTTAGAGTCCA TTCTAGTTATTGTGTTCAATTCTTGTCTTGTTATTTTGTGTCTGTGTTCAGATGCCCTTATGGAAATGTTTTCTGTTTGT TTTCAGCTCCACTGAATTGTAGCTATTCTAGGCACAAGTGATCGATTTCTTGAAGTATTTTTGACCAATTCAGGAAGGCG ACAAAGGCGCACCTCACCGATCTCTTATGTTCTCTAAAATGTTAGTCATATTTTTCATTTTATTCCCCTCCCCCCCCTCA CTCGCTTCTTCTCTCTCTTCTTTATTTTTGATTCTTGAAGTACTTTTCTTGCAGGTTGTCAACAATGGAGATTTAATTAT CTTTTTCTAATTCGAAAGCTCACCAGATTGAATTCTTGAAGCACCTTGACAAGTTTGAGCAACTACAAGGGTAAACCTCA CTGCTCTCATCTCTTCTTTTTATCCTTTGTCTTATTTTTCTTTCTTTCCCCTCTGATTCTCTTTCTCTTAGGGTATGGAT GGTGTAGATTCCCTCGCGAACAAGACAACCATGCCGGTGGAGGAAAACCACGATGGTGTCTTAAATCTTTCATGCTGCTC CTTCCTCTAACTGGAATAAAATAAAACGAAAGAGAAGTGAGTGCACTAAACGCTCGGTATGACCGATATAGTCCAGTTTA ATATTCTATTTAGCCCCTGACAATATTTTCTTTTACTTTCTCTAGCTTGCTGGTGTATGTCTTGGAGCAGTGATCCTATT TTAGATCGATAAAGCAATTAGCCTTTCCACGGTAAGTGTCTTTCTTGTATAATGGTGTAGTTATCCTAATTGTTGATTTT TTAAAACTAGAACTCGAGGGGCACTGATACAACAACGGGCCAAGGCATTTTATCGTGTTTAGCCAAAGTTGGAGGCGCAC 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GATCTCTTATGTTCTCTCAAATGTCAGTCACTTAGTCACATTTTTCATTTTATCCCCCCCCAACCCGCTCACTTCTCTCT TCTTTTTTTTTTTTTGTTGATTCTTGATGTGCTTTTCTTGCAGGTTGTCAACAACGGCGATTTAATGAACTTTTTCTAAT TTGAAAGCACACCGGATTGAATTCTTGAAGCACCAAGACAAGTTTGAGTAACTACAAGGGTAAACCTCACTGCTCTCATC TCTTCTTTTTATCCTTAGTCCTATTTTTCTTTCTTTCCCCTCTGATTCTCTTTCTCTTAGGGTATGCATGGTGCAGATTC CCTCTCGAACGAGACAACCAGGCGGGCGGAGGAAAACCACGATGGTGTCATAAATCTTTCATGCGGCTCCTTCCTCTAAC TGAAATAAAATAAAACGAAAGAGAAGTGAGTGCTCTAAACGCTCTGTATGACTGATATAGTCTATTTAACCCCTGGCAAT ATTTTCTTTTACTTTCTTTAGCTTGCCAGTGTACGTCTTGGAGCAATGATCCTATTTTCGAGTGACAAAGCGGTTATCCT TTCCACGGAATGTGTCTTTCTTGTATAACGGTGTAGTTATCCTAAATGAGCCTTCACTACCCTTCATATCTTTCAACATC TTCTTGGTCTCACCTCAAATCCGGCTAAGAGTGAGGTTGTCTATTCCATCCATTGCCCGCATGGCGTCATAAAATCTTAG TCTTGGATCTCTCTTCGCAATGCAATAAAGAAGTCTAAATAGTTACCATTAGCAACTTCCCTTTCTCAGATTTTATTAAA AGATCAAATTGCATCCTTTTTATCTATCAATTCTCGGAAGATCACAGAGGAGGTAAATGATAAAAATATGTAAATTTTGA TTGGAATAAAAACAGAAGAACATGAACCTAAGATTTCATCATACAACATTATCATAACATTGTTACTAACAATACATTTT CACTAATGGTACTTAAATCTTTTTTCTGAAAAAAAATTAAGTAGAAGAAGAAGAAGAATGATTGAGTGATTGAGTGAGTG AGTGAGTGAGAGTGAGTGAGAGATAGATATGTGCATTTTGTGATTGTTTTGAGTTCAACACTTCAATCTATTTGTTGGAA CATGTTGCCATGCATTTTGTCAAAACAACCGATTGTCGAAGCAGATGCCGTGGCATCTGACCTCGTGAAGCTAGGGCATC AGTCCTCAGCTTGTGTTTCTGTTGTGGGCCCTCTGAAGATTTATTGAAGATATGTTTTTTGAGTTACTTGAGGAACAAGT AGCTGTCGAGAAGGGTTTTGAGTGTTGGGTTGTTATTTGTTGAAACAATCTTTGTTAAAAGATTGGTTTCTATCTTTTCT TGTGCAATAAGAAACCGAATCTATCAAGATTGCGTTTTGAATTGCTGTTACTGCAATCTGTTTCTTCAGCCCGTGCCAAC CCTAAAGCACATGCTACCGCTGCTGAAGTCTATAAAAGGATGAAGACCTAAAACGTGAAGTGTACCGAAGCTGATAAGAG AGATCGTGTGTTTTAGGATTTGTTATTGTGCTTCGTCCTTGTTATTTGTGAATCCTCTTTGCTCACTGATTCTATAAAGC AAAGAAGGGTTCTGTGTTGTTTGATTATATTCAAACTCTGATTGTTATTGTGTTTACCAATCACTGTGGCAGTGATTGAG AGAAAGTGAGAGGGGCTCTCATACTTAGGTTGGGATTCTAAGTAGAAATACACTGGGTAGATTAGGAAGTGAACTATGAA CTGAGTTGTTCATGAGTGTCTGTAATTCCTGAGTCTTGAGATAGTGGATTTCCTTTCTTTGGGTGCAAACCCTCCAGACG TAGGTGAAAGTTTTCACTGAACTGGGTTAACAATTACTGTGTGTTATTGTTTCTGTTGTTAAGTTTTGTTTTCAGTTAAG CCGTTGTCGAACCTCTTGTCCTAGCATCGTGCAGGACAATTGTATCAGAGGGAACCTGAATTTACACTATTGTTTATTAT ATATAGAACCTTCTAGCCTATGGCTTCTGAAATGTGCTCATAATTGAATGTTTGGAAGAGTCATTTGGGACTTTTGAATT GCTCAGAGAAACTTAAACTTTTAATCATTTTAAACATTCTATGATTCTAAAATCAGAAAATATTAAGTTCAATGTATTTT TTGGATAAGTCTCAAGAATTAAGGAACATAGTAAGTCTTGATTCTATTAAAAGATTAAGTTGCTTTTCAAGAG
CDS sequence (LotjaGi1g1v0014500.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGCGAGCCCAAGCTAATGCTAAGCGTGTGGATAAGTCTTTTGAAGTAGGGGAATGGGTCTTCGTCAAGCTTCGAGCTCA TCGACAGCAGTCTGTGGTAACTCGCGTGTTTGCTAAATTAGCAGCACGTTACTACGGTCCCTATCCTATAGTAGCTCGCG TGGGTGCTGTGGCCTACCGTTTGAAGTTGCCGGAGACTTCGCGGGTTCACCCCGTTTTTCATGTTTCCGTGCTGAAAAAA GCCATAGGAAACTATGAGGTGGCTCCGGAGTTGCCTGAGGAGCTGGAAGGGGAAATCCCTGAGACAGTCCAACCAGTTAA TGTGTTAGCTACTAGGTCCTTACTGGTTCAAGGGGACAACATTTCTCAAGTGCTTATTCAGTGGGAAGGCAAGTCAATTG AAGATGCTACGTGGGAAGACTCACTTACCATTCAGAGTCAGTTTCCGGGGTTCAACCTTGAGGACAAGGTTGCAGTTCTA GGAGCCGGCATTGTTAGGAACGTGAGCCAGGTGTCAAGGCCACAAGATAGATTGGCTCATCAGGAGGAGGTGGGTCCTAA GGTTTGGAGAGTATATTCGAGGAAGGGTAAGAAAGAGACTAGTGGCTAA
Protein sequence (LotjaGi1g1v0014500.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MRAQANAKRVDKSFEVGEWVFVKLRAHRQQSVVTRVFAKLAARYYGPYPIVARVGAVAYRLKLPETSRVHPVFHVSVLKK AIGNYEVAPELPEELEGEIPETVQPVNVLATRSLLVQGDNISQVLIQWEGKSIEDATWEDSLTIQSQFPGFNLEDKVAVL GAGIVRNVSQVSRPQDRLAHQEEVGPKVWRVYSRKGKKETSG
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 20 | 175 | 156 | 2.9E-43 | – | |
| PANTHER | 20 | 175 | 156 | 2.9E-43 | – | |
| SUPERFAMILY | 68 | 147 | 80 | 1.37E-8 | ||
| CDD | 103 | 153 | 51 | 1.10771E-7 | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi1g1v0014500.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…