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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0311400 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0311400.1 |
| Related isoforms 2 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Transmembrane protein, putative; TAIR: AT5G09995.2 transmembrane protein; Swiss-Prot: sp|B1YUL5|SYS_BURA4 Serine--tRNA ligase; TrEMBL-Plants: tr|I3SAY3|I3SAY3_LOTJA Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0311400 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:75552598..75569480) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CTAGATTTGAGTATGGCACAAGTTGAAATAATCCTTGTTCCCGAACAGTGGTAAAGACAAAAGAAAGTTTATTATTCGAC GAAAAAGAAGAAAGAAGGAAAGTGAAATAGGTAGCATCTTTTTCTTTCTAAACGGAATATGTTCCTCCCAAAACCAAACC CTAGAACAGGATAGTGCAGTGAAACGCATGATTGAGTAGTATTGACTCATCAACATTCAACAACGCTGTCTGTCCACCAC CACTGCCAGCAACGGGTGGCCCCTGTAATCCCACAGTTCCAAGTACCACTACCAGTCATTTCAACCGGTGGCTTTCAACA AGTTCTCGACACGTGTCGGTCACTTAGGTTTCCAGTCAGCGCACACACACGCCCCTTCACCTTTTCTGGTTCGTTCGTTC GTTGTTGTTCTTGTTCCCTTTTCCTTCGCCCCCAAACTTTTTGGCGAAAAACATTATTATTTTATTAACATTATTATCGA AATTGACTCCTCCCTCTGAAAATTCCACCTTCTCTCTTTCACAGTGTGACTGTCACCACCAATAGTTTGGAATCGAATCG AAACCCTAGCAACCTTCCGCCGCCGCCACCGCCGCCGTTTGCAGCGGCATGAACCTCTTTTGTAAGATTGATTGATTCTC CTTTATCTTGTTTATTTTTTGTTTATTTAGTAACACTAACTTCATAGCCTCTTCATGTTATTCTCGACTCGCTAACGCGT TTTGTTTCAATTTATGGGGCGATTTGGAAAAAAATTCGTAGCTACCATCAAAATCTTAAACCTTCCATGTATTTCCCCCC CTTGTTATGCTTATATTCCGCGAAAGCTGATGTGGATTTTTTTTTGGAATTTTGTGATTTTTTGTTTTTGGTAGAGATTT GTTGTTTGTGTGTTTTTGAGTTGTTGTTCATTTCTGCTAAATTTTTTCGAGCATATTGTGAATTTCTGATTGTAAGCTTT 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TTGTCTTTTTGGGTCATTTCTTGCCTTCCAGGTATCGCATCTCTCTATTATCTCGATGCAAACAGCGAGGAATGTATGCA ATGTGCATGTGGGTTGCCCAGTTGTTACTGGTTCTGAGCAATATGGATTCAGTGTTCATCTACATCCCTGAATATTATCT GGAAGCATTGGTAAATAAGCATTTTCCCCTTGGTTTAGATTTAACTGCAGTTTTGACTCACTCACCTGCAGAGCTCAAAG TATCTTCACTACTTATCTGCTTCATTAAACTAGTTTCTTTTTCTTTTGTTGGGTGGGGGGGGGGGGGTCCTGTTACTTAG CCTGCCCCAATTAATTTGCTTAAGCTTAAGTGTGCTTTAACTCATATTACATTTTCTCAGCATTTGTTTCTTGAAAGAGC ATTTCTTATGGAATAGTTTCTCTTGGCATTAATATTTTGTCGTTCGTACAGGTTGATTGCTTTCATGTGTTGCGGAAAAG TGATCCTCCATTTGTTCCTTCCACAATTTTGATCAAGCAAGGACTCACTTCATTTGTGCGTAACCTTTCCCATCTCTATT TTTTCATTCTTCATTTTTTATATTAGATTTTTGCTAGATGTAAGTGTACACTTAATATTGTGTGGAGAACTGTGGGCAGT TCTTTTTGGCCATTATCATATATTTTTCATTATGATATCTTCTAACCTATTTGCAACAACACAAACCTTATCTCACTAAG TGAGGCCTGACTATATGGATCACCTGACGTCATTGCACTCAATCAAAATCAAAATTTGTGGGATATTATTGACCATCAGG TTTCTTTTAACAATATTTTCCGATGTTATTTTTTGCCTCCCTTTATCCCTCTTCACAGTACTAAGAACCATGTTATCAAC CATTCTCCCAGGTGCCTCCGAAGGTCTTCTTTGTACATGCCTGTACCACCTTAACCGATTTTCCGCCATCGTCTCCTCGA 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CTCCGTCAAATCATTCCACTGTGCATCACCCAGGTGCCGCACCAACCAGACCACCTCTCTCCATTGTCGCCTCACCATAA AAAGGCAGCAAGTTTGTCTTGGCCAAACTATCATCCTCCCCCCTCTCCAACATGATGTGCGCTACTGCGCTTTGTACTTT GTTACTACAAGATCCTGTGATGTGTCATGAAGCAATTAGGGAGCGACCACCCTTCTCAATCGCGCTCTAAAATTGGTTCT ATTTTACCTTCCCCTCTTCACCTAGCTCCATCATGAGCTTAGTCCTTTGCGATACACCATGGATCATTGCCCTATCCTTT GTCGTGCCTCAACCACTACGGGTCATTACTCATGAACCACGATGTATCGTTGACCAACTGTGGGTTTGCGTCATGATATC ATAGCGATATCATACCCCGTGGCATGTCTCATCACTACTCGGTTGCTTAGTTCCCGAAAATTTGAAACTTTTTTATTCTA AATGTCATCTTCTCCCTCTCAACAAATTATGAAGCTGGCCTTTAGGTACTTTGTTTTGTCTGTATTCTTACTTTTAGGGT TCCAACTGCTATTATCATGGCTTATCATATGTTGTGGCCACAAGTTCTGACCTTCTTTCTGTTACCTGGGTTTAGGGATT TGGCTACTGTCATCGTTTACCCATCTACAGTCGCCAACAGTCAAATCGTCAGAAGGCAAAGGCATGTGCCTCATTACTTC TGTCATTTGTGCTTGTTGCTAGGAGCATTAACCATTGTAAGTGTAAGCCCACTTTCTACAGGCGTCAAGTGCTAAAGTTT ATACACCCTTGTCCATCTTAGATGCTATCAACCAACCAGTCCATTATCCGCTGGGCACATGTGTCACTTACCAGCTTCGA TGATTTCATTGTTTCTTCTATATTGGTTGTTGACTTATCTTGGTTTTCTTATGCCCCAATTTGACTTTTGGGTCTGTTAG TTGTGATATCTCATTTGACATCCACTGTTTGTTGTCTATAGAGACAACTGCCTATGGCTCCTATTCTCGTAAAGCACCTT GTTTGGTCTCGTGGTTGTTGGTTCCACTTCCTTGTTTAGCTCTAATTAGATGCTTTTATGGTAAGTTTGAGTGCTTTATC TTATGAGTTTCATGGCTAGGATTTACACCAAGATGCTGTATTTTCTCTAGTTTGGGCCAAGATGGTTTACTGTTGTATCA CTCTTGTTTTGTGTTTGGATGTATTATTCCTGGTCTTTCACCCTCATTGGCAGGGCGGAGGCAGGAATTCATCTCTAGGG GGGCTAAGATTGAATATCATAAAAAAAAGCTAAGCATCACCAATAATGCGTCATGTGTGTGTGGATAAAGGAGATGAAAG ACATTCACTTATATTACTATTAAGAATACTTTTAAGTTATGTTTAATGTCTTTTATTAAGGGTTCATTTACTATACACAA AAAAATCTTTGTGTAAGGTTGCACAAGTCTCACTTTAACTTGCTATTGTAGGTTCTCAGTCACCTATATTTTTAATTAAA AAA
CDS sequence (LotjaGi1g1v0311400.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGCAGAGTTCCCTGCAATTCCAATCTTCAAACCCCGGCGTAGTTCCGAGCTGGAAGAATGCTTTCACCGGCAACATCCA CGCACAACGCAACCTCTTGTGCACAAAACGCCACACCCTTCCCAAACCCTTGTGCTCTCTCACCGTACAATCTCATCAAC CACCGCATTACACCTCCACCGTTGGATCTTCACCACCGCTTCATCTCTCTCATTGGAACCTCACACAGCGTCATCTCACC GTTCTCCAAGTCTTCGCCTGCGTGACAGGGATATGTGCAACGTGGCTGTTTTGCTCTGCGATTCCGGCGCTTCTGGCTTT CAAGAGAGCAGCAGAATCAATGGAGAAGCTGATGGATGCCACCAGGGAGGAGCTTCCCAACACCATGGCTGCAATTCGAT TATCCGGCATGGAAATCAGTGACTTAACCACTGAGCTCAGTGATATAGGCCAAGAGATTACCCATGGCGTTAGAAGCTCC ACTCGCGCGGTTCGCTTGGCGGAGCAGAGGCTGCGCCGGTTCACCACTGTGCCTCCTCCTTCTTCAGCTTCATTCCAGGG AACGAGCATCCAAAAGATTGAGGCTGACCCGGGTGCACCTGCGGTAGCCAGAGCTGCAAGGGGTGTGAGAGAGGGCATTG TCAAGGGTCGTGCTATCTTGCAAATGTTTTTCACCCTCGCCCGATATTCCAAGTTTGCTCTCAACTATATCACTGGACGT AGATAA
Protein sequence (LotjaGi1g1v0311400.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MQSSLQFQSSNPGVVPSWKNAFTGNIHAQRNLLCTKRHTLPKPLCSLTVQSHQPPHYTSTVGSSPPLHLSHWNLTQRHLT VLQVFACVTGICATWLFCSAIPALLAFKRAAESMEKLMDATREELPNTMAAIRLSGMEISDLTTELSDIGQEITHGVRSS TRAVRLAEQRLRRFTTVPPPSSASFQGTSIQKIEADPGAPAVARAARGVREGIVKGRAILQMFFTLARYSKFALNYITGR R
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Phobius | 1 | 80 | 80 | - | – | |
| PANTHER | 4 | 240 | 237 | 2.5E-92 | – | |
| PANTHER | 4 | 240 | 237 | 2.5E-92 | – | |
| Phobius | 81 | 107 | 27 | - | – | |
| TMHMM | 84 | 106 | 23 | - | – | |
| Coils | 104 | 124 | 21 | - | – | |
| Phobius | 108 | 241 | 134 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi1g1v0311400.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
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