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LotjaGi1g1v0318800.2

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi1g1v0318800
Transcript ID LotjaGi1g1v0318800.2
Related isoforms 3
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description NAC domain protein; TAIR: AT5G64060.1 NAC domain containing protein 103; Swiss-Prot: sp|Q9FY82|NAC82_ARATH NAC domain-containing protein 82; TrEMBL-Plants: tr|G7JBJ4|G7JBJ4_MEDTR NAC domain class transcription factor; Found in the gene: LotjaGi1g1v0318800
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr1:76785756..76794680) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

ACAGAAACAAACCAACCCCTTACCCAAGCAACCAACACAATTTTCCATTTTCTAAAAATAAATAAAAAAAAAAACCCAAT CCGCGTGCCTATAAATAAAACCCTACACTAACCAGTGTCACTCTCTTGTGTCATTTCCAAAATTCCAACGATTTCGAAAT CGGAGTGCGAGGCTTGTGCTTCCTCCTTCTCCTCCTTCTCTGGTAAGCTTCCTCTCTGTTCTCCGATGAACTGCGATTTC ACGCGATCATGAAACATTGAAACCCTTGTTTCTCAAACGAACTTCAATTTCAATTTGCAATGTTAGGGTTTCCACTGTGC CGATGACTTTTCTTCTCACAAAGGCATCGTCATCATCCATTGTGGGCTTCCAGTTCCGCCGCCATTGCTCCTCCTTCATG AGCCGCCGCAGACTCTGGTGTTCCTGGGATTTCTTCTTCCGCCACTGGACTTGACTCACCCCATTTTTAGGGTTGTTTAA ATTTTTCACGCTCATTATTTGCTGCTTATTGCTTTTCCTTCTTCTTCTTGTTGGTTTGGTTTGCTGCTACGGACACAAAT TTCACTGTTGGTGAGGAAGTGTTGTTGGATTCCGGTGTTGTTGTTGTTGGTTAAGGTCGTTCGTTAGTTTCTGAAGCACT TCCTCTTTGGGTTTTTTGTTTTGTTGTTTTTTGCTTTTTTTTTCTCCTTTCAATGGCCGATACAAAATTGATTCCAGGGT TTCGTTTTCATCCCACTGATGTTGAGCTGATTATGTACTTTCTGAAGAGGAAGATCCTCGGTCGAAAGTTCCCTTTTGAT GTCATTGCTGAACTTGACATTTACAAGTATGCTCCGTGGGATCTTCCAGGTTTGTCTCCATTCTTTGCCTGCTATTAGAG TGGTGTAGTGTAATGTAGTGTGTAGTATAGTGTGGCTTCCCGTAGAAATGAAATGATCTAATTTTTTGTTGGTTAGTAGT 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GATTGCAGCATATTTCTTCTATAAAGTAAGATTGCTAACCCTTTTAATATTAATTCATCGTTCATTGAGTGCTGACAATA TGCCACAATCAATTCAATTTTTTTTGTAAACCTTAGCATACTGGGAATGGGGGATAATGTTGCTTAGTTTTGAATTTTAG AACTGATTAGTGTCGAGCTTGGGTACCAATTGTCAAATATTGCCACCAATAGTCATGGTTGGCTCAAGTACTTGCTTTTC AGATTCTGGTCACACAAAATATGATTTCAATTTTGATGGTAAAAAGCTCACTTTTCATGATAGATTATAGATATTGCCTA AAGTTATGATCGGTGCATTGCCTAAAGGATATGTGAATCTAATATGTAATATGAACATGTAGCAAAAGAAGGGTACTGCT ACCACCAGATTTTCCTTGAACCATTGAGTTGTTTAGTTTTGTTTACAAATTCAAATTGTTGTTATTTTCTAGACTTCATA AATATGTCATTCACATGGTGTTTCTTCTAGATCTCCATCTTTGGAATAATGATGGATAGATTTAAGTTTAACCATATTGA AATTACACTATCTACAAGTCCCAAATGCCAAGTTCCCGTTTGCACTGTTTTCCACTGTCCACCAAACACTTAAGACCAAG TTTTCATTTACATTATATTGCACTATTATGGTGCGAGTTTTTTCCCCCCAGCCCTTTCAGATTGGATCGGGCTTTTCGGA CCCTAAATGGTCCAGTCTACGAAATTTCATTGCTAAAGACCACCGACCCGTTGAAGAAATGGATATCCCAAATTTGTCTT AGGTTTATTTGAAATATTCGCTAAGGTTTCAAAATCTATCTACCTCATTTTTAATAAATACCTAGGTGGTTGATTTCTAT TTCGAATGGCATCCCCAAATCTGCCTTTGATTGGCTTTGGGTTTGAGTTCTGTACCTCATCTTTCTCTTCATTGATTTTC TCCTAATTTCTCCATATTCATCTGATGGTGGAGAATTTTGGGCAGTTAACTCCATTAGGAGTCTGTTCTTCAATTTTCTG TTGATTTGCTGAAAAATTGTTCATTTGAGCTTTTGGTATTATTTATTTATGCAATTCGTTATTTGTTGGTTCAGGGCCAA AAAATTGAAGATTGAAGCAATCATTCGGAAATCAATGATCAGGAAGTACCGGGGTGAAATTGCTTAGGGAAAGGTCTATA AAATTATCTATTTTGTCTTGGTGACCAATGGTGGAGTGGGGTTGGCCAACCTCACATGAATTCAAGATACTCTTCAATGA CAGGACAAGGATAGTCCCTGATGAATCTGCTCCTATTTTTTGTGTACCTAAATCTTTTATTGTGGTGATGATAACACAGT GTGATAGTGAATAATAAAAAGGCGTGAAGGTGGTTCTATAACTGGGGGGATTAACACATTTGCTATATAGAAATTTTTTT AGAGTCAAACACTTCATATTGCACAATCTTGGAGCTATTCTTGGTTCCAAGACAAATGATTATAATTCTTTATATGGTCT AAGATCTCATAGTAGTCTTTACGTGGATGGTCATATGGCTTCAAGAGATGCAGTCATATGGCATAAAGCCAGTATCTCAT CTTATTTTATCATGCTATTAAGTGATCTTGAAATGGTTATAGAAATTTTAGTTTAGATCTTTCAAATCTAATAGTCAATG TTCACAGCAAATTGATGGTAATTGATGACCGTGTAGCTTTTACTAGATCATCTAATGTAAAAAACCGGAGTTTGCTTGGA TTAAGAGACTTTGATGTACACTTAATATCTTATTTGTGTCACTATAGTCTGCTATTTCTAAAAGAATATGTAATTATGAT ATAAATTTAATCTGATTGTCGCTGTCTACCCGCCACATGTACCTTGGGTGATTGGAGCATCACAAATTTGAATTAAAAAG ATATTATGCTACTTTCTTATGAGTGTTTAGTTTCTTTCTTTAATATATTTTTCTCCATTTGATGGATTTTGTTTTCCTCT TCTTTTTATACATCTTATTTTATTAACAAGGTTTTATTTTATAAGAAAAACACTGAAAATTTTGCATTTGCATTGCTTTA TAATAAAGAGAGGTTATGCAATACGGTACCTTAATAGTAAAATAAGATTTAAGATACTGAAGTTATTTCAAAAAAAAATA CTGAAGTTCAAACTTTTAATTGAATTTAAGACATTACTAATTTCTTTTAATGTTAATTGACCAATTTCATTTTTACCAAA GGCTTTGAGTGCAAACACAAGGTTTTGATGTCACTGATATCCTTTTATGATAATGAGGTAAATTTGGTTATGTCATTCTT ATGCTATAAGTCTCTTAGAAATTTGTTTATGTCTTTGGTTTATAAATTTGACTCCACTAAAGTGAGTGTACTCTCAATGA TTAGTTCCTATGAGCATGAATCATGTCTCTGCACCACATTAATTACATTAAAAGATTGAGTCCCTTGTCTTTGTTGGAGC ATGGCTGTGGGAAATTTCATGCATATGCTGCAGTGGTTTGCTTGATTCAGAGGCTGGTTGATCAGCATTGGGTGGTTAAG TTTGAGCACATTCTCCGTGAGGGCAACTCGGTTGCGGATGCCTTAGCTAAGGAGGGTGCTCGTGGGGATTGCCGGATGCG GTGCTTGGATGCTCCTCCGTTGGCTGCTGTTCCTCTTCTTGCGGATGACTACCGTGGCACCTTATTTATGAGGTGCTAGT GTTCTGTCTTTTGTTTTTCTTTAAGCTGATTTGTACCAAAAAAAAAGATTGAGTCTTATGATGTTACAAAATATTTCCTT TCTTTTATGCGTATTAATGAGTCTCTCCCTACCGTTCGAGGCTTTTTTTTTTCTTTTGGTCAAAGTCTCATTGTCATTAA AAGGAGCCCAAGGGCACTCGAGCCAAACCGGCCCATGCCTCCAAGAAAGCAAAACTGCCCATTGTTGAACACTCCTGAAG ACTAAAAATTAATTGTATCCATTTCATTACTTTGATGGCCTTTTTGTTTTTTGGCCCAATGTAAATTCTGCAATCTCTAT CCAAAAACAATCTCCTACCAGTCATACCTAATTGGCCCAATAACTTTTATTTCATATATTATATTTATTTGTGACTTTAC TTGCCATGTACATCCAATATTGTGCATAATATCATTCATATAGAG 

CDS sequence (LotjaGi1g1v0318800.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGGCCGATACAAAATTGATTCCAGGGTTTCGTTTTCATCCCACTGATGTTGAGCTGATTATGTACTTTCTGAAGAGGAA GATCCTCGGTCGAAAGTTCCCTTTTGATGTCATTGCTGAACTTGACATTTACAAGTATGCTCCGTGGGATCTTCCAGATA AGTCTGTGCTCAAAACTGGGGATTTGAAATGGTACTTCTTTTGTCCTCGTGGAATGAAATATTCCACTGGAGGGAAGCTG AACAGGGCTACGGAATTTGGGTACTGGAAGACTACTGGGAAGGACAGATCAGTTGAGCACAAAAATCAGGTTGTGGGGAT GATAAGAACCCTGGTATTTCACATCGGCAGAGCCCCTAAGGGAGACCGAACTGATTGGGTTATGCACGAGTTCAGAATTG AACACAAGGACCTGGCTGACAAAGGCATTCCGCAGGATTCCTATGTAATTTGTAGGGTATTCCAAAAGGAGGGCCCTGGA CCCAGGAATGGTGCACAGTATGGAAAACCATTTAATGAGGAAGATTGGGATGAAGATGAGGAAATTGACAGTAAACAATC TATGCCTGTTGCTACTACATCTGCTCCAGGTCCTGTTCTACCCACTGCAAGTCTTGTTGCGGTTACAAATGACATGCATA CCTCTCCAAGTGTATGCATGGGACTGACCTCTGAATTATGTCTATCAGGATTAGTGCCCTCTTGCTCCACACATCCTTCA GCTCCAAATAATCAAGTTGACAAGTTCAAAGAATCTGATAACACAAATTACATGCATGCCTCTCCAAGTGGATGCATGGG GTTGACCTCTGAATCATGTCTATCAGGATTGGTGCCCTCTTGCTCCACACATCCTTCAGCTCCAAACAATCAAGTTGACG AGTTCAAAGAATATGATAACACATTATCCGTGAATGATTACAATGGAAATGAGAAGGTTGATCATCCTGATCTGGCAAAT AATGCTGAAGGTGGACCTTATCAAGATCCAAATGAGATTTTTGGTGAACTAGGGGACCTTGATAGCTTGCTTGGATTGGG TGAAGCAGACCTTAGAGGAGACCCTTTTTCCCGTGGCCAGGAGGATGAATGTACTACAAACGAAATGCTGTCTACGTCCT CGTGGTTTTGCGGTGATGGAGACTTCTTGGAATTGATTGATCTTGATTCTTGA 

Protein sequence (LotjaGi1g1v0318800.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MADTKLIPGFRFHPTDVELIMYFLKRKILGRKFPFDVIAELDIYKYAPWDLPDKSVLKTGDLKWYFFCPRGMKYSTGGKL NRATEFGYWKTTGKDRSVEHKNQVVGMIRTLVFHIGRAPKGDRTDWVMHEFRIEHKDLADKGIPQDSYVICRVFQKEGPG PRNGAQYGKPFNEEDWDEDEEIDSKQSMPVATTSAPGPVLPTASLVAVTNDMHTSPSVCMGLTSELCLSGLVPSCSTHPS APNNQVDKFKESDNTNYMHASPSGCMGLTSESCLSGLVPSCSTHPSAPNNQVDEFKEYDNTLSVNDYNGNEKVDHPDLAN NAEGGPYQDPNEIFGELGDLDSLLGLGEADLRGDPFSRGQEDECTTNEMLSTSSWFCGDGDFLELIDLDS 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
PANTHER 4 316 313 7.3E-95
PANTHER 4 316 313 7.3E-95
SUPERFAMILY 4 156 153 3.14E-58
ProSiteProfiles 6 156 151 53.625
Pfam 8 133 126 5.6E-33
Gene3D 15 159 145 1.6E-52
MobiDBLite 161 181 21 -

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function DNA binding Any molecular function by which a gene product interacts selectively and non-covalently with DNA (deoxyribonucleic acid).
Biological process Regulation of transcription, DNA-templated Any process that modulates the frequency, rate or extent of cellular DNA-templated transcription.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi1g1v0318800.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…