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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0343700 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0343700.1 |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | F-box protein, putative; TAIR: AT1G69630.1 F-box/RNI-like superfamily protein; Swiss-Prot: sp|Q9FWZ1|FBL13_ARATH F-box/LRR-repeat protein 13; TrEMBL-Plants: tr|G7J4J0|G7J4J0_MEDTR Cytochrome C biogenesis protein ccsA, putative; Found in the gene: LotjaGi1g1v0343700 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:80765262..80776861) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
GATTTTGCACGGAAAATGAAAAAACCACTATCATTGCAATTAAAAACACTCATGTGTTATGTGGAAAATGCACTAATACC TTTTTGAAATGAAAAAAAAAGCGAATGAAAGGTTGACATACACTTGAGAATGGACCGAACTTGACGTATATTTAATTAGT TTTGCGGTCCATTCATAAAAAACAAACCCTAGCAGAGCTAAAAAAAATGAGAGCGGCGCTACCTCCCTTCCTCTCCCCGA TGGGAGTTGGGGGTTTCCTCCCTGTCGGGGTCTTTTTACACTCTTTATGAGAACATTTTCTCTTCTACTTTGTGAGAGTC TCTATCCTTCTATAGGATCTTTCTCATATTTTGTTTTAAAATTTATTTTCGTCTAACCCCTCTCCCTTCTAACATCTCCT CCTATGTGCCTAAGCTATCACTACCACTAGAGCTCCATATGGTGGTTATTTGTTGGGTTCAAATTGCAGAGTCTAGTAGC CTCAATGCTGGCTAGAAATTGATAAAAAGAAAGGTTTATTAGTGCAGACCAGAGAATGAAGCAGAATGAAACAACTGACA TATTAAGGTAATATAAATTTGATGTTGGAATCTCGACGTTTTCTATTATGTATGATTTCAACTCCAATATGTTTATGTGT TGTTGTTGATCAGTGATTTCACATTTTTTTTAGTTATCGAAATGTGCGACCAAAGCAGTATTAATATAAAATTTGTGTGT TTCATCTAGTGTCATGTTGCTTCCTGTAGAGTTTGATTACTTTTATTTGTTTGTAAGGGTTATTTGACTTGGATTGGTCC TTTTGTGGTTACACAAGGAAAACTAACATAAAGCACAGAATAATGTTGTGTGCCCCATCTAATTCCACCTCCACCTTCTT TAAATGTAAAGAGAAATGAGAGAAATAAGTGATATGATATGTGATGTGATAGGAAATATAGAGAGAGATAGGAAGAAAAA 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TCTTTACCACATTTTTTTTGAATTTGGGATGCCTTCATGATAAAATTATTTATAAGTTTCAATGATAAAGGTAGACAATT TCAAAAAAAAAAGAAAATGATAAAGGTAGACAAATTTGTTGAGGAAGTGGTTTTGGAAACTGAGTTTTGTAAAAATATTT TTGTTTATTTGAATGGTGCATATTCTCTAATTAAAGTTTGTGATTTGGTCGAATCAGAAGAAAAGAAAAACGTATAGTAG GCTTGTTTGAAAAGAAAAACCCTAGTTTGTGATGTTCGAGAAAAAGTAGCTATCTAGTACTATTAATATTTGAATTGAAA GTTGACATTGAAGTTAAGGGCCCGTTTGGTGACCAGGACATGATAGGATATGACAGGATAGTAATCATATTCTGTTATTT GTTGCACCAGCATGATAGGATAACATTATCCTGTCTCCTATCATATCATGTCCATCATGTGTAAAAGTTATCCTGAGGGA GGAGTTAGGATAGAACATGATAGGATATTATTTATATATTTTCTTCCAGTATCCTAACTCCAAATTAAATTATATTAATT AATAAATATAAAAATATTAATTTAAATAAAATAAAAATAAATAAAATTATTATTTATAAATAGTAAAATAGACTACAAAT ATTGATGTATTAATAGTAATAGACTAATTTAATATTTTTCATCTCCTATTATTTAAAATTTAATAATAATTTAAATATAA AGCATTTTTGAAATAATAATATTTTTAATTTATTTAATTTTTATTATTTATCACCTTTCACAACTCACAACTAAGTGAAA ACCAATTGATTACAAATATTATTTTTTAATAGTAATGGACTAATTTTATATTTTCATTTCCTATTATTTAAAACTATTTA TCTACTTATATAATAATTTATAATTTAAATAAGGGTACTTTTGAAATAATAGTATTCTTAATTTAGTTAACTTTTATTGT 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CTCAAGATGGAAGGATCTATGGAAACGCCTTCCAATCCTTACTTTACACTCATCAGATTTTTCAACTTATAAGGATTTCA ACAAATTTGTGCCTAAGATTTTGACCCTTCGTGATGGCTCAATTTCCTTGGAAGAACTTGATTTTGAGCATCAGGGTATC ATCCGGCCTCACCTCATCAAAAGGGTCATAAACTATGTCGTTTCCCACAATGTCCAGCGATTGAAGCTCGATGTCACATG CGACAGGACGCTCGTGATGCCTCATATTTTCACATGCCATACTTTAACATCTCTTAAGCTCACAATTGGCGGTAGAAGTA TGATTGACAATTTCAGTTCATTGCCCGAATCTGTGAATTTGCCAGCATTAACCACCTTGTATCTGAGAAATTTCAAATTT TCCTCAAGCAACAGCAACGACCGTGCCGACCCATTTTCTGCGTTTAAGAGGTTGAATAGTTTGACCATTGAGGGATTTTA CCTCCCGGATGGAAGAATCCTCTGCATATCAAGCGCAACGCTTGTCAATTTATCTATTTGTAACTATGCTTGGGCTCCCA GAGACTTCTACAAAGTTGAGCTATCCACACCATGTCTTCATAGGCTTACTTGCTACGGTAATCCTACTTATTATCTATGT GGGAGTGGTCTTTCTTCAGTTAAGGAAGTTTACATGGATATCGATTTGAATTGGACCATGGATAAACCGGAGTTTCCTTT GATTCTACTTAGCTGGCTGCAGAATCTTGTTGATATGACATCATTGTCTGTTACTACAAATACTCTTCAGGTATCTATCT AATTTAGCATGTTTTGAGGCTATGTTAACAAATTTTTGTTAAAAAGTCAATTGACAGCTTCAATTATCTAATTCACCCTC ATTGCTTAGGTTCTATTCTTAGTTCCTGACTTTTTGAAGATTAAGCTCCCTACATTGGCTAACTTGAAGATATTCAAAAT AAAAAAGGTGCGACTTTCAGAAGCTCTGAGAGGCATGGTGATAAAGAGGATGGAGAGACAGATGGTAACCACTAAGTCAC GGATACAAGCTATCAGGTTAGTGCTTGAAATTGGCAAGTGGAAAGCAAGGAACGAGCCATTTGCACCTTTCCCTGAAGGA TTCTCAAAGTTCTTAGATTTACAAGTACTGCCGTTTGGAACTATAGTTGAAACCGAACGTCGCTAATGTGAATTTGGCAT TCAACTTTTTGAATAAGGTAACATGGTTTGGTTTTTACTTCCTTCCCCTTTTTTTTGCTAGTTCTCTTTTCTTATATAAC TGATTATTAAGTTTAATAGGTAATGCAATACTATAGTATCCTACCTCAGTTTAAGTTCATGCGTGGAAGTTGCTTGTCTT GACTCTTGAGGTTAATGAAGGTTTATGAGAACAAAGAAATAACTAATTCTTAGACGTTGAAATTTTCAGAAATTTTCTTC ACTCTTACTTGTTAAAATTTTCAGCACTTAACATTCTTGTAAAGAATTGGATAACTTGACCAAGTCCACATGGTTGATTA GTCATAGCATATGTATGCATAGTTGTCCTCCCATTTTCTGAACTTACTTATTCTGCCACAAGCGCGCATTATGTGCATCA CTGTTGATGCTACAGGGGATGGTAGTGAACTTTATGAAAATGCATTTAACTTTAAAAAGTTAAGTGTGTACTTTTAGTGT TTTTTTTAAGTGTGCCATTTGGCAACAAAGATGAATCAACAGGTAACCTATGATTTGTTTCGTGCTGTAGGATATGGAGG CAGTGTCGAAGGTGATTAAACGAAGGATTGACGAGAAGCTTAAGGCGGCAAAGGAAGAGATTTATGACTTCTTCGCCACG ATGGTTGCGAAGAAATCTTTGTTTTATCATCTCATTATCTAGTATTCTTTTGAATTATAACTTCTTTCTTAGTTTTGTTG AAGCACTTGGGTGTAAGGATTATTATTTTGAATTTGTTTTTATATTTATATATTGGGTACTATACATTGATATTATTTTG
CDS sequence (LotjaGi1g1v0343700.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGTCTGATTCAATGGATGAGAGGTTGATTCCACCGAAGGCGAAGCGAGGAAGGAGCAATGAGAGTGAAATTGAAGAAGA GAACAAGGACTGGTTCAGTGAGTTATCTGATTGCATTCTCCTTCAAATTCTGTCATTTCTGGAATTTAAAACTGCTGTTC AAACATGTGTGTTATCCTCAAGATGGAAGGATCTATGGAAACGCCTTCCAATCCTTACTTTACACTCATCAGATTTTTCA ACTTATAAGGATTTCAACAAATTTGTGCCTAAGATTTTGACCCTTCGTGATGGCTCAATTTCCTTGGAAGAACTTGATTT TGAGCATCAGGGTATCATCCGGCCTCACCTCATCAAAAGGGTCATAAACTATGTCGTTTCCCACAATGTCCAGCGATTGA AGCTCGATGTCACATGCGACAGGACGCTCGTGATGCCTCATATTTTCACATGCCATACTTTAACATCTCTTAAGCTCACA ATTGGCGGTAGAAGTATGATTGACAATTTCAGTTCATTGCCCGAATCTGTGAATTTGCCAGCATTAACCACCTTGTATCT GAGAAATTTCAAATTTTCCTCAAGCAACAGCAACGACCGTGCCGACCCATTTTCTGCGTTTAAGAGGTTGAATAGTTTGA CCATTGAGGGATTTTACCTCCCGGATGGAAGAATCCTCTGCATATCAAGCGCAACGCTTGTCAATTTATCTATTTGTAAC TATGCTTGGGCTCCCAGAGACTTCTACAAAGTTGAGCTATCCACACCATGTCTTCATAGGCTTACTTGCTACGGTAATCC TACTTATTATCTATGTGGGAGTGGTCTTTCTTCAGTTAAGGAAGTTTACATGGATATCGATTTGAATTGGACCATGGATA AACCGGAGTTTCCTTTGATTCTACTTAGCTGGCTGCAGAATCTTGTTGATATGACATCATTGTCTGTTACTACAAATACT CTTCAGGTTCTATTCTTAGTTCCTGACTTTTTGAAGATTAAGCTCCCTACATTGGCTAACTTGAAGATATTCAAAATAAA AAAGGTGCGACTTTCAGAAGCTCTGAGAGGCATGGTGATAAAGAGGATGGAGAGACAGATGGTAACCACTAAGTCACGGA TACAAGCTATCAGGTTAGTGCTTGAAATTGGCAAGTGGAAAGCAAGGAACGAGCCATTTGCACCTTTCCCTGAAGGATTC TCAAAGTTCTTAGATTTACAAGTACTGCCGTTTGGAACTATAGTTGAAACCGAACGTCGCTAA
Protein sequence (LotjaGi1g1v0343700.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MSDSMDERLIPPKAKRGRSNESEIEEENKDWFSELSDCILLQILSFLEFKTAVQTCVLSSRWKDLWKRLPILTLHSSDFS TYKDFNKFVPKILTLRDGSISLEELDFEHQGIIRPHLIKRVINYVVSHNVQRLKLDVTCDRTLVMPHIFTCHTLTSLKLT IGGRSMIDNFSSLPESVNLPALTTLYLRNFKFSSSNSNDRADPFSAFKRLNSLTIEGFYLPDGRILCISSATLVNLSICN YAWAPRDFYKVELSTPCLHRLTCYGNPTYYLCGSGLSSVKEVYMDIDLNWTMDKPEFPLILLSWLQNLVDMTSLSVTTNT LQVLFLVPDFLKIKLPTLANLKIFKIKKVRLSEALRGMVIKRMERQMVTTKSRIQAIRLVLEIGKWKARNEPFAPFPEGF SKFLDLQVLPFGTIVETERR
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| MobiDBLite | 1 | 22 | 22 | - | – | |
| PANTHER | 27 | 358 | 332 | 4.3E-67 | – | |
| PANTHER | 27 | 358 | 332 | 4.3E-67 | – | |
| Gene3D | 27 | 379 | 353 | 6.7E-17 | ||
| SUPERFAMILY | 28 | 73 | 46 | 1.57E-10 | ||
| Pfam | 31 | 72 | 42 | 2.4E-6 | ||
| SUPERFAMILY | 92 | 346 | 255 | 6.12E-6 | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Protein binding | Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules). |
Expression pattern of LotjaGi1g1v0343700.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…