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LotjaGi1g1v0460900.1

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi1g1v0460900
Transcript ID LotjaGi1g1v0460900.1
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 33A; TAIR: AT3G23590.1 REF4-related 1; Swiss-Prot: sp|Q9LUG9|MD33A_ARATH Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 33A; TrEMBL-Plants: tr|G7KZ72|G7KZ72_MEDTR Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 33A; Found in the gene: LotjaGi1g1v0460900
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr1:96497412..96514192) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

CCTCAGCCAACAAAACAAGCAAGGAACACACCTTCACTTCCAAACCCAACCAAACCCCCAGTCTTCGCACTCAGAATTTC AGTTGCAAAACTGTTCAATCACCTTCCCACTCCTCACAATCCACTTAACCACCAACCACCACCGTCCACCGCCGGAAATG GAATCGTCAGAGTGGAACAATCAAGTGGAGGAAGGAGTATTACGGCGGGCGAAGCAGTGGCAGCAACGGAGCGAGCCACC GTCGGCATGGGTGACGGAATTGGTCGAATATCTCACCGGCAACGGCGTCGCGCTGCCGAGTCCGGAGTTAGCGGAGCTTC TGGTTTCCCAAATGTGCTTCGAGAAGGATCACCCTTCGATGTGGAAGTTCATGAGCCACGCCCTTTCTTCTCGCCTTGTT TTCCCTCTTCAGATACTCTCGCTGCTTTCTTCGAAGGTTATTCCTCGGCGACGCTCTCATCCTCATGCCTATGCTCTCTT TCTTCCGCTTCTGGACCAGCATGTGTTTTCATTTCAACCTACTGGTTCAGTTTCGTGCAATCTCAGGTTTGCCCTAACCT ATGCTCACTGTAATCGCTGATTAATATGAGTGATTAGGTTGATTTATGATGTGTTTGAAAGAGTTGCGTGAATGCTTAAG CAGATGCTATGTATGGGAAATTTTGAGCTTATTTCTCAAATAAGTTTATGAACATGTATGTGAGAAATGCTTATGGATGT AAGTAATGGTTTATGGTTACGTCGTCGTGATTCTTGATATAGCGGGAAATTACGGACATATGTGGTTGATGTGGCTGCAG TTGTCGTCGCGATGTGGTTGCGGATTGCAATTTAAAACCGTGCTTAAGTTTCTGATTAAACTGATTACTGAAACCCATTT TAAGTGTATTTTAATTGCGGTCACGGTAACAGTCAGTCAATTGCTGTTGTGGTGTGGTTGCGGATTGCAATTTAAGACCG 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CDS sequence (LotjaGi1g1v0460900.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGGAATCGTCAGAGTGGAACAATCAAGTGGAGGAAGGAGTATTACGGCGGGCGAAGCAGTGGCAGCAACGGAGCGAGCC ACCGTCGGCATGGGTGACGGAATTGGTCGAATATCTCACCGGCAACGGCGTCGCGCTGCCGAGTCCGGAGTTAGCGGAGC TTCTGGTTTCCCAAATGTGCTTCGAGAAGGATCACCCTTCGATGTGGAAGTTCATGAGCCACGCCCTTTCTTCTCGCCTT GTTTTCCCTCTTCAGATACTCTCGCTGCTTTCTTCGAAGGTTATTCCTCGGCGACGCTCTCATCCTCATGCCTATGCTCT CTTTCTTCCGCTTCTGGACCAGCATGTGTTTTCATTTCAACCTACTGGTTCAGTTTCGTGCAATCTCAGGATAATAAGTT CTGTTGACTCTTCACTCCAGCTTTCTGAAACATATAAAATTCATGATCTGGAGCTAGGGCATGTATTTGTGCTGTTCTTT TTCAACATTATCATTGCTTTGATTGATAGCACATTGGATGACTGGGGATTACAAGTGACCTTCGATGAAAGATCGTGTTT AGTCCCTACTGGTGACCAGTATATGGAAATTGATCACAATGTGACGCACAATTTTAAAAAAAGTGAATATCATGAGCAGA TAAGGAAGAGAAATTCTTTCACGGCCTTAGAGGTATTGGAAAGATTAACTGCAAGCAGAAAAGCAACTATTCTTCTGCAG TCTGTTCTCTTGAACATGCCTGAAAAATTCAATTGCCTCCGGCAGAGGCTTCAATTTCTTGAATCCCTTGAATTAGGATC ATCAGAGTTAAAATTAGTGAACCCAGTCCTCACAAAAATGTCTGCAAACATCCGTGGAGTTTCTAATTTTGATTACTGCC TCAATAAGCATCAGCTGGTTGGGAAGCTTGTTGATGTTGGACCCTGCAAGACATTGTTGAGATACAGCTATAGATCTTTT CAGTCTCCTTGTTGGGTTCCTTTAGATATTTATATGGAGAATGCTATGGATTCTAGACAAATTCCTATCAAATCTTCAAT TGATGTGCTTACAGAACAAATCAAGACCCTTCAAATAATTAACCAGGCTAGCTGGCAAGAAACTTTTCTAGCTCTTTGGC TTTCAGCCCTTCGGCTTGTGCAGCGAGAGCGTGATCCTCCTGAAGGTCCGATTCCTCATCTTGAGGCCCGTCTATGCGTG CTTTTATCTATTGTTCCCTTGGCAATTGTGAATGTTCTAAAGGAAGACTCCAAACACAATCCGTCTTCTGTTCAAATGTC TATGGAATCAGGATACAGTCATGAAATGAAGAATGATGGTTCTGGGAAACTTGGACTGATTTCATCGGTTGAAGTCCTTG GACACTTTTCTAGCCTCCTATGCCCTCCTGCATTAGTTGTTGATCCAGCCAACCAGGCAGCTAGAAAAGCAGCGAGATTC ATTTATAATTCAACAAACAAAAATGGTGAACCTGTAACTGGAATTCATGCTAATTCTAATACAAAAGCAGGCGGGAACTT GAGGCATCTAATAGTGGAAGCTTGTATAGCAAGGAATTTAATGGACACATCAGTGTACTTCTGGCCTGGTTATGTGTCTA CATCTGTTATGTCTTCGTCAGATTCATCATCACTTGAAAAATCTCCATGGTTAACATTTATGGAAGGAACACCATTGAAC AACTCCCTTATAAATTCCCTTACGGTGACGCCTGCCTCAAGCCTGGCGGAGATTGAGAAGTTATACTTTATTGCATTAAA TGGAACAGAGGTGGAAAGGCCTGCAGCCGCTAAGATTCTGTGCAGTGCATCCCTCAGTCGTGGATGGTATATCCAGGAAC ACGTGGTTCACTATGTGGTCAAGCTTCTTGCTTCTCCGGTGCCTCTTGGTCATTCTGGATCTTGGAGCCTCTTGGTTGAT AATATGTCCATGCTTAGTGCTGTTCTCCGTGGAGCTTCCAGTGTTGATACTGTTCATATACTTTCTTTACACGGTGTAGT CCCCACAGTTGCTGCATCTTTATTGCCCCTTTGTGAGGCATTTGGCTCAATTACACCGAATTCAATTAACACAGGAGATG AGCCTTCAACATCAACATACATGGCGTACATGGCTTTTTCTCTAGCATTTCTTTTCCTTATTCGTTTGTGGAAATTCTGT AGACCCCCTCTTGACCAAGGCATCACCGAAGAAGGAATTGCGGTTGGAGGTTTGGAGTATCTTTTGTCATTGCACAATAA TCGTGTCATGTCTTCCCAAGACAAGTTAGAAAGCAATCAAAGTCTCTTTGAGTCTGCATCTGTGAAACCAGTATGTATTG ATTCATTTCCAAAATTACGGGCCTTGTATTGTCAATACAAATCTTGTGTTGCTTCAGCCCTTTCTGGTCTTTCTACGGGA AATTCCATTCATCAAACTGCTACTTTGATCTTAAGCATGATTTACCAGAAGTTGACTAAAGGTGGTATTCCATCCAGTAA TTCTTCATCACCAACTAGCAGTAATGCATGTAGCTCCCTCATAAATTCTGGTGAGGAGGCTTTTCAAAGGCCTGTGCTTC CTGCATGGGAAGTAATGGAAGCTATTCCTTTTGTCCTGGAAGCGATTTTAACTGCTTGTGTTCATGGGAGGCTGTCATCA CGTGACTTGACAACAGGTCTGAGAAACCTTGTGGATTTTCTTCCAGCATCGCTTGCTACCATTATTGATTATTTTACATC AGAAGTTACTCGTGGTGTTTGGAAACTAGTTCCAATGAATGGAATAGATTGGCCTAGTCCAGCAGCGGTTCTTCAATCAG TTGAGTCAGAAATAAAAGCTATATTAACTCATGTTGGCGTTGATGTTCCAAAATATTCTTCTGGAGGTTCACAAGTAATG CTTCCTCTACCAATGGCAGCTCTTGTCAGTTTATCGATTACTTTTAAACTGGACAAGAGCCTGGAATACATCCATGCAAT TACTGGAGCTGCTTTGGAAAATTGTGCATCAGGTTGCCCTTGGCCTAGCATGCCAATAATTGGCTCTCTGTGGGCCCAAA AGGTCCGCCGCTGGCACAACTTCATTGTTGTATCGGGTTCCCGTTCTGTGTTCAGACACAACAATGAATCTGTTGCTCAG CTGTTGAGAAGTTGCTTCACCTCATACCTTGGAACATTGTGCGTTTCGAACTCAAAGCTTACTGCTGAGTGTAATGTGAA TGGCCTGTTGGGTAGTTCCATCACTGCTCCTGGTGCCTGTCCTTATGTCGCTCCCGGATTCCTTTTTCTTCGATCCTGTC GCAATATACACAATGTGCTGTATCTAAATGATGTACTTGTGGGTCTTGTGACAGAGTATTCTAATGAATTAGCTGGCAGA AGGGCCGGTCCTGGCTCTCGCCACCTAAAATCCACTGGAGCATCACTGTCCCTAGCTGCTCAAAGTGCAAAAGAGGTAGC AATGCTTGGTTCATGTCTCTTATGTGCAGCAGGTGGTATCCAACTGGTTCAGGAATTGTATAAGGAGACTATTCCTACCT GGCTGCTGTCGTCAAGGGACACAAAGCAGAATAATGATAGTGTTGTGTCTTATATTCTTGAGGGTTATGCTATGGCATAT CTGTTGATAATGACAGGGTCAATGATATGGGGTGTTGGTACCAAGTTACCATCATCGACATCCACGAGAAGGAATCGCAT CATTAGGGTCCACTTGGACTTCTTGGCAGAAGTCATGGAGAGGAAAATTTCAATCAGCTGCAATCCAATTACATGGAAAA CTTATGTCTGCTGTTTAGTGAGATTAATGGTTAGTCTTGCACCAGCATGGGTTCAAGATGTGAAGGTGGACACTTTGAGG AAATTGGCGCGCGGATTAAGCAGATGGAATGAACATGAACTGGCACTTTCTCTGCTACAAAGAGGGAGGACAGCTGCCAT GGGAGCTCTTGCTGAACTTGTCAATATGATTTAG 

Protein sequence (LotjaGi1g1v0460900.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MESSEWNNQVEEGVLRRAKQWQQRSEPPSAWVTELVEYLTGNGVALPSPELAELLVSQMCFEKDHPSMWKFMSHALSSRL VFPLQILSLLSSKVIPRRRSHPHAYALFLPLLDQHVFSFQPTGSVSCNLRIISSVDSSLQLSETYKIHDLELGHVFVLFF FNIIIALIDSTLDDWGLQVTFDERSCLVPTGDQYMEIDHNVTHNFKKSEYHEQIRKRNSFTALEVLERLTASRKATILLQ SVLLNMPEKFNCLRQRLQFLESLELGSSELKLVNPVLTKMSANIRGVSNFDYCLNKHQLVGKLVDVGPCKTLLRYSYRSF QSPCWVPLDIYMENAMDSRQIPIKSSIDVLTEQIKTLQIINQASWQETFLALWLSALRLVQRERDPPEGPIPHLEARLCV LLSIVPLAIVNVLKEDSKHNPSSVQMSMESGYSHEMKNDGSGKLGLISSVEVLGHFSSLLCPPALVVDPANQAARKAARF IYNSTNKNGEPVTGIHANSNTKAGGNLRHLIVEACIARNLMDTSVYFWPGYVSTSVMSSSDSSSLEKSPWLTFMEGTPLN NSLINSLTVTPASSLAEIEKLYFIALNGTEVERPAAAKILCSASLSRGWYIQEHVVHYVVKLLASPVPLGHSGSWSLLVD NMSMLSAVLRGASSVDTVHILSLHGVVPTVAASLLPLCEAFGSITPNSINTGDEPSTSTYMAYMAFSLAFLFLIRLWKFC RPPLDQGITEEGIAVGGLEYLLSLHNNRVMSSQDKLESNQSLFESASVKPVCIDSFPKLRALYCQYKSCVASALSGLSTG NSIHQTATLILSMIYQKLTKGGIPSSNSSSPTSSNACSSLINSGEEAFQRPVLPAWEVMEAIPFVLEAILTACVHGRLSS RDLTTGLRNLVDFLPASLATIIDYFTSEVTRGVWKLVPMNGIDWPSPAAVLQSVESEIKAILTHVGVDVPKYSSGGSQVM LPLPMAALVSLSITFKLDKSLEYIHAITGAALENCASGCPWPSMPIIGSLWAQKVRRWHNFIVVSGSRSVFRHNNESVAQ LLRSCFTSYLGTLCVSNSKLTAECNVNGLLGSSITAPGACPYVAPGFLFLRSCRNIHNVLYLNDVLVGLVTEYSNELAGR RAGPGSRHLKSTGASLSLAAQSAKEVAMLGSCLLCAAGGIQLVQELYKETIPTWLLSSRDTKQNNDSVVSYILEGYAMAY LLIMTGSMIWGVGTKLPSSTSTRRNRIIRVHLDFLAEVMERKISISCNPITWKTYVCCLVRLMVSLAPAWVQDVKVDTLR KLARGLSRWNEHELALSLLQRGRTAAMGALAELVNMI 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
Phobius 1 70 70 -
PANTHER 18 1314 1297 0.0
PANTHER 18 1314 1297 0.0
Phobius 71 90 20 -
Phobius 91 149 59 -
Phobius 150 168 19 -
Phobius 169 699 531 -
Phobius 700 717 18 -
Phobius 718 1145 428 -
Phobius 1146 1164 19 -
Phobius 1165 1196 32 -
Phobius 1197 1216 20 -
Phobius 1217 1317 101 -

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Cellular component Mediator complex A protein complex that interacts with the carboxy-terminal domain of the largest subunit of RNA polymerase II and plays an active role in transducing the signal from a transcription factor to the transcriptional machinery. The mediator complex is required for activation of transcription of most protein-coding genes, but can also act as a transcriptional corepressor. The Saccharomyces complex contains several identifiable subcomplexes: a head domain comprising Srb2, -4, and -5, Med6, -8, and -11, and Rox3 proteins; a middle domain comprising Med1, -4, and -7, Nut1 and -2, Cse2, Rgr1, Soh1, and Srb7 proteins; a tail consisting of Gal11p, Med2p, Pgd1p, and Sin4p; and a regulatory subcomplex comprising Ssn2, -3, and -8, and Srb8 proteins. Metazoan mediator complexes have similar modular structures and include homologs of yeast Srb and Med proteins.
Biological process Regulation of phenylpropanoid metabolic process Any process that modulates the frequency, rate or extent of phenylpropanoid metabolic process.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi1g1v0460900.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…