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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0479500 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0479500.1 |
| Related isoforms 3 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Quinoprotein amine dehydrogenase, beta chain-like RIC1-like guanyl-nucleotide exchange factor; TAIR: AT3G61480.2 Quinoprotein amine dehydrogenase, beta chain-like; RIC1-like guanyl-nucleotide exchange factor; Swiss-Prot: sp|Q69ZJ7|RIC1_MOUSE RAB6A-GEF complex partner protein 1; TrEMBL-Plants: tr|K7MUC8|K7MUC8_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0479500 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:99159776..99173754) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
GCAGAAACGAAAATTTATTTTATTTTATTTTTCAGTGTTGGGTTGGCATTGTAGTTGAACTCGGTTCTTCCCAATCCCAA ATCCAAATCGTGGATCCAAGCTGAAACATTTGCATCAATGCTTGTGATCTTGGTTTCGCAATTCCTCACACCCATCTACA GATTCTAGATCTATGATCGATTGCAGTGATCTGAAGCGAATCTGAGAAGAAGAACAACAACAACGACAAAGAAAGGAGAA GAAGAAGATGTATATGGCATATGGGTGGCCTCAGGTCATCCCTCTTGAGCAAGGACTGTGTCCCTCAGCACAGAAGATTG TGTATCTCAAACTCATCAATCGAGTGTTGCTTGTTGTCTCCCCCACTCACTTTGAACTTTGGAGCTCTTCCCAGGTACAT GGATCCGTGCATTTTTTTTATTCTATCTTTGGATTTTTGTGTGGAGTTTTGTTTTTTAGGGAAAATTTGAAATGGGTTTT CGTGGAAATGAGTTTCTGCAATGTGGGTATGTTGGAGTTTGCATGTGAATTTATGATGTGGGCATTGGGATTTGTGCGTA GATTCAATTGTATGGTGGAGTTTTTGTATAAAATTTAACTTTTTTGGGGAAAATATGAACTGGGTCTTGAAGGAGCTTAG TTTCTGTAATGTGGGCATTTGGAGTTTGTGTATAATATTGAGGAGAATGTTGAAGTGGGTTTCATGGTGCAATGGGTTGA ATTGCTGTGATTTTTGGGGTGGAAGATGGTGTTTGTGGTCTTAACAGTGTTTTTGGATTTTCTGTTGGTTCAGCATAGAG TGAGATTGGGGAAGTACAAGAGAGATTCAGATTCATTGCAGAGGGAAGGAGAAAACTTGCAGGCCGTGTGGAGCCCTGAT GCCAAATTAATTGCTATTCTTGTAAGTTTGCTAGCTTGTTGGTATGTGATTATCAGTGTGATTTATGAAATGGACAACCA 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CDS sequence (LotjaGi1g1v0479500.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGTATATGGCATATGGGTGGCCTCAGGTCATCCCTCTTGAGCAAGGACTGTGTCCCTCAGCACAGAAGATTGTGTATCT CAAACTCATCAATCGAGTGTTGCTTGTTGTCTCCCCCACTCACTTTGAACTTTGGAGCTCTTCCCAGCATAGAGTGAGAT TGGGGAAGTACAAGAGAGATTCAGATTCATTGCAGAGGGAAGGAGAAAACTTGCAGGCCGTGTGGAGCCCTGATGCCAAA TTAATTGCTATTCTTACATCTTCTTTCTATCTTCACATTTTCAAGGTCCAATTCTTGGATAAAAGAATACACATTGGTGG GAAACAACCCTCTGCTTTGTGCCTAGCTACTATATCTCTTCTGCTTTCTGAGCAAGTTCCTTTTGCAGTGAAGAATTTGT CCGTGAGCAATATTGTTAGTGATAACAAACATATGCTGCTTGGACTTTCTGATGGAACATTGTACAGTATGTCTTGGAAG GGGGAGTTCTATGGGGCTTTTAAATTTGATCCATATCCTCGTGCTAACTTTGGCGACTCTCAAACACCACAATATCTAGA GAATGGTCTTTCTCCTAAAAGCCTACCGAAAGTTTCTATGTCCAATCACATTAGTCCTAGAAGTGCTGAAATCAATCAGC TTGAACTCTGCCTTTCATTGAGGTTGCTATTTGTCTTGTATTCTGATGGGCAACTTGTCTCGTGTTCCATAAGTAAGAAA GGTTTAAAGCAAGTTGACTGTATTGAAGCAGAAAAGAGGTTGGCTTGTGGGGATGCTGTGTGTGCTTCTGTTGCCCCTGA TCAGCAGATTCTTGCTGTTGGTACCAGAAGAGGAATAGTTGAGTTGTATGATTTGGCTGAATCAACATCACTTATGCGTG CGGTCTCTTTGTATGACTGGGGATATTCAATGGATGACACTGGCCCTGTTAGTTACATTGCTTGGACACCTGATAATTCT GCTTTTGCTGTTGGGTGGAAGTTAAGAGGGCTTACAGTTTGGTCTGTTTCTGGGTGTCGCTTGATGTCTACAATCCGACA AATAGGTTTAAGTTCTGTATCTTCTCCAATTGCTAAGCCAAACCCTGACTGTAAATATGAACCATTGATGGGTGGTACCT CACTGATGCAGTGGGATGAATATGGATATAGACTTTATGCTATTGAAGAGGGATCTTCAGAGAGAATCCTTTCTTTCTCA TTTGGAAAATGCTGTCTTAGCAGAGGTGTTTCAGGCACTACATATATCCGGCAAGTGATTTATGGGGAAGACCGGTTACT CATCGTGCAGTCAGAAGAGACTGACGAACTTAAGATGCTACATCTTAAACTTCCAGTTTCTTATATTTCACAAAACTGGC CTGTTCAACATGTGGCAGCTAGCCAGGATGGAATGTACTTAGCTGTTGCTGGTCTTCATGGTTTGATATTGTATGATATA CGATTGAAAAGATGGAGAGTATTTGGAGATGTTACCCAGGAACAAAAGATTCAGTGTAAAGGTTTGTTATGGCTGGGGAA GATTGTTGTTGTCTGCAACCATATTGATTCTTCCAACACGTATGAATTGCTCTTTTACCCAAGATATCACCTTGATCAAA GCTCATTGCTCTGTCGAAAACCATTGCTTGCTAAACCAATGGTGATGGATGTGTACCAAGATTATATACTGGTCACATAT AGACCATTTGATGTCCACATATTCTATGTGAAGTTGCTTGGTGAACTAACTCCATCAGGAAATCCAGATTTACAGCTTTC TGCAGTACGAGAACTTTCAATTATGACTGCCAAGAGCCATCCTGCAGCAATGCGCTTCATTCCTGATCAACTTCCAAGAG AATCTATTTCAAACAATTACATTTCATCTTCATCAGACTCATTAACAAAAGAGCCAGCAAGATGTTTGATATTGAGGACA AATGGCGAGCTTTCGCTTCTTGATTTGGATGATGGACGGGAGAGAAATCTTACTGATTCAGTTGAACTATTTTGGGTCAC CTGTGGTCAGTCTGAGGATAAAACAAATTTGATTGAGGAAGTCTCATGGTTAGATTATGGTCATCGAGGCATGCAGGTTT GGTATCCATCTCCAGGCACCAATTCTTTTAAGCAGGAGGATTTCTTGCAGTTGGATCCGGAGCTGGAGTTTGATCGTGAA GTATACCCTTTGGGACTTCTTCCAAATGCTGGTGTAGTTGTTGGTGTTTCCCAGAGATTGTCATTTTCAGCAAGTGCAGA ATTCCCATGTTTTGAGCCATCTCCTCAAGCGCAAACAATATTGCACTGCCTTCTCCGCCATCTTCTTCAGAGGGACAAAA TTGAGGAAGCTTTAAGGCTGGCGGAGCTATCAGCAGAGAAGCCTCATTTTTCACATTGTCTAGAGTGGCTTCTTTTTACA GTATTTGAAGCTGATATATCCAGGCCGAATGTAAACAAGAACCAGAACTCAGTTCTCAAACATGGAAAAAGCACTCTTTT GGAGAAGACCTGTGATCTGATCCGAAATTTTCCAGAGTACCTTGATGTTGTTGTTAGTGTCGCAAGAAAAACTGATGGTC GTCATTGGGCAGATTTGTTCTCTGCTGCTGGAAGATCAACAGAATTGTTTGAGGAATGCTTTCAACGTAGATGGTACCGC ACTGCAGCTTGCTATATACTTGTAATTGCTAAACTTGAAGGTCCAGCTGTTAGTCAGTACTGTGCTTTACGATTATTGCA GGCAACACTTGATGAATCTTTATATGAGCTTGCTGGGGAATTGGTAAGGTTCTTGCTAAGATCCGGTAGGGAATATGATC AAGCATCCAACGATTCAGATAATTTTTCTCCCAGATTTTTAGGCTATTTTCTTTTTCGTTCTAGTGAGCGGAAGCAAGCA TTGGATAAAAGTTCTTCATTCAAGGAGCAAAGTGCTCATGTTACCTCGGTTAAGAATATTTTAGAAAATCATGCTAGTTA CCTGATGTCAGGCAAAGAGCTTTCCAAGCTTGTTGCATTTGTAAAAGGCACTCAGTTTGATTTAGTGGAGTATCTACAAC GCGAAAGATATGGAAGTGCTCGGCTGGACAGTTTTGCTTCAGGGTTTGAACTAATAAGCCAAAAGCTTCAAATGGAAACA TTACAGAGCCGGTTGGATGCTGATTTTCTCCTTGCTCATATGTGCTCTGTCAAATTTAAGGAATGGATAGTTGTCCTGGC TACCCTCTTAAGACGTTCTGAGGTTCTTTTTGACTTATTTCGTCACGATGTTCGGTTATGGAAAGCCTACAACACTACAC TTCAGTCACATCCATCATTTACGGAATATCAAGATTTGGTGGAAGACCTGGAAGAGAAACTTGCATCATTTACAAATGAA GAAGAAAAATGA
Protein sequence (LotjaGi1g1v0479500.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MYMAYGWPQVIPLEQGLCPSAQKIVYLKLINRVLLVVSPTHFELWSSSQHRVRLGKYKRDSDSLQREGENLQAVWSPDAK LIAILTSSFYLHIFKVQFLDKRIHIGGKQPSALCLATISLLLSEQVPFAVKNLSVSNIVSDNKHMLLGLSDGTLYSMSWK GEFYGAFKFDPYPRANFGDSQTPQYLENGLSPKSLPKVSMSNHISPRSAEINQLELCLSLRLLFVLYSDGQLVSCSISKK GLKQVDCIEAEKRLACGDAVCASVAPDQQILAVGTRRGIVELYDLAESTSLMRAVSLYDWGYSMDDTGPVSYIAWTPDNS AFAVGWKLRGLTVWSVSGCRLMSTIRQIGLSSVSSPIAKPNPDCKYEPLMGGTSLMQWDEYGYRLYAIEEGSSERILSFS FGKCCLSRGVSGTTYIRQVIYGEDRLLIVQSEETDELKMLHLKLPVSYISQNWPVQHVAASQDGMYLAVAGLHGLILYDI RLKRWRVFGDVTQEQKIQCKGLLWLGKIVVVCNHIDSSNTYELLFYPRYHLDQSSLLCRKPLLAKPMVMDVYQDYILVTY RPFDVHIFYVKLLGELTPSGNPDLQLSAVRELSIMTAKSHPAAMRFIPDQLPRESISNNYISSSSDSLTKEPARCLILRT NGELSLLDLDDGRERNLTDSVELFWVTCGQSEDKTNLIEEVSWLDYGHRGMQVWYPSPGTNSFKQEDFLQLDPELEFDRE VYPLGLLPNAGVVVGVSQRLSFSASAEFPCFEPSPQAQTILHCLLRHLLQRDKIEEALRLAELSAEKPHFSHCLEWLLFT VFEADISRPNVNKNQNSVLKHGKSTLLEKTCDLIRNFPEYLDVVVSVARKTDGRHWADLFSAAGRSTELFEECFQRRWYR TAACYILVIAKLEGPAVSQYCALRLLQATLDESLYELAGELVRFLLRSGREYDQASNDSDNFSPRFLGYFLFRSSERKQA LDKSSSFKEQSAHVTSVKNILENHASYLMSGKELSKLVAFVKGTQFDLVEYLQRERYGSARLDSFASGFELISQKLQMET LQSRLDADFLLAHMCSVKFKEWIVVLATLLRRSEVLFDLFRHDVRLWKAYNTTLQSHPSFTEYQDLVEDLEEKLASFTNE EEK
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 1 | 1117 | 1117 | 0.0 | ||
| SUPERFAMILY | 73 | 659 | 587 | 1.37E-18 | – | |
| Pfam | 679 | 931 | 253 | 7.7E-69 | ||
| Coils | 1100 | 1123 | 24 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Biological process | Intracellular protein transport | The directed movement of proteins in a cell, including the movement of proteins between specific compartments or structures within a cell, such as organelles of a eukaryotic cell. | ||
| Cellular component | RIC1-RGP1 guanyl-nucleotide exchange factor complex | A protein complex that acts as a nucleotide exchange factor for the GTPase Ypt6p, and is required for fusion of endosome-derived vesicles with the Golgi. |
Expression pattern of LotjaGi1g1v0479500.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…