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LotjaGi1g1v0479500.2

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi1g1v0479500
Transcript ID LotjaGi1g1v0479500.2
Related isoforms 3
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Quinoprotein amine dehydrogenase, beta chain-like RIC1-like guanyl-nucleotide exchange factor; TAIR: AT3G61480.2 Quinoprotein amine dehydrogenase, beta chain-like; RIC1-like guanyl-nucleotide exchange factor; Swiss-Prot: sp|Q69ZJ7|RIC1_MOUSE RAB6A-GEF complex partner protein 1; TrEMBL-Plants: tr|K7MUC8|K7MUC8_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0479500
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr1:99160023..99172085) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

ATGTATATGGCATATGGGTGGCCTCAGGTCATCCCTCTTGAGCAAGGACTGTGTCCCTCAGCACAGAAGATTGTGTATCT CAAACTCATCAATCGAGTGTTGCTTGTTGTCTCCCCCACTCACTTTGAACTTTGGAGCTCTTCCCAGGTACATGGATCCG TGCATTTTTTTTATTCTATCTTTGGATTTTTGTGTGGAGTTTTGTTTTTTAGGGAAAATTTGAAATGGGTTTTCGTGGAA ATGAGTTTCTGCAATGTGGGTATGTTGGAGTTTGCATGTGAATTTATGATGTGGGCATTGGGATTTGTGCGTAGATTCAA TTGTATGGTGGAGTTTTTGTATAAAATTTAACTTTTTTGGGGAAAATATGAACTGGGTCTTGAAGGAGCTTAGTTTCTGT AATGTGGGCATTTGGAGTTTGTGTATAATATTGAGGAGAATGTTGAAGTGGGTTTCATGGTGCAATGGGTTGAATTGCTG TGATTTTTGGGGTGGAAGATGGTGTTTGTGGTCTTAACAGTGTTTTTGGATTTTCTGTTGGTTCAGCATAGAGTGAGATT GGGGAAGTACAAGAGAGATTCAGATTCATTGCAGAGGGAAGGAGAAAACTTGCAGGCCGTGTGGAGCCCTGATGCCAAAT TAATTGCTATTCTTGTAAGTTTGCTAGCTTGTTGGTATGTGATTATCAGTGTGATTTATGAAATGGACAACCAATTTTTT ATACATTCCAGCTCTCTGTTACATCTTTAATTTGCTTCGTGAACTGTTTGATTATTCTTTAAGTTGTACACATGTTTCGT TACCTGTTTTTTGTTGTAAAAAATTGAACGTTGGTTATAAATTTTGTAGGCTGCATGCAAATGAAATACTATTATTCATG TTAGCAAGCGGGCACTGAAATTTTCTGATTAGTAGTGGGCTATGTTGTGAGATGAGACCCATTTTGATTAGATTAGATTT ATTGGATTCAGATCAGCTTGTATTCGAACTCAGGACAATTGGAACTTGTTACTTGCATATTTTCTAGCTTTACCGTGATA TCAGTTTATTCCTATTCATATCCTATTTTTAAGGCATTCTAACATCAATTTCATCTCATGCCTTTATTTTGTTCACACTG CTAAGAATTCATTTCTTACAATTAATATTGCGTTTTAAGTATCTTATTTCATTCCTGTCATCCTGTGAGCGACAAATTGC TGGTTATGTTCCTGATTCCTCTGGATTTCTCTGTTTGCAGACATCTTCTTTCTATCTTCACATTTTCAAGGTCCAATTCT TGGATAAAAGAATACACATTGGTGGGAAACAACCCTCTGCTTTGTGCCTAGCTACTATATCTCTTCTGCTTTCTGAGCAA GTTCCTTTTGCAGTGAAGAATTTGTCCGTGTAGGTTTCTTGCAAGTATTATTTATAGCTTTCTTCGTCTATTTGAATTAA TGCAATTGAACAAAACTACTACAGGAAGAGATTATGGAATATGAATTCGAGTCCCCTTGTTATTGGATAAGATTGTTTTC GTAATTATGGTTTAGAAAATGAAATAATTTTCCGTTTTATGAAACTGGGAAAATATATGTTAGTTACTTAGTTTCTTGGT TATTGTCATGAACCAACCATCACAAATACATTGACTGGTCCACTTACTGTGTGCTGAAACTCATAATTTCATTAAGGAAT GAGGGTGGCATGGGTGGAACTCTAGGTTTTAAATCAACTATTAGGCAAAGACATATTCGTGGTTTTGTGTGTACACACGC ACATGGCATTTTTAAGGGATGTATCCAGTGTGAAATGAGGAACAAATCTCAATTGTTGGATCTAATCATGAATAGTCAAC GATTAAAACATGAAGTCATGTGACTTTTAAAAGTCACGTGACTTTTAAAAGTCACGATTAGAAGACTTTTAATCGTATGA 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ATACTTAGTTGCTAATTTGTTTTTGTCGTGGCTGTTTAACTTTCATGCCAATTTCCTCAGGCCGAATGTAAACAAGAACC AGAACTCAGTTCTCAAACATGGAAAAAGCACTCTTTTGGAGAAGACCTGTGATCTGATCCGAAATTTTCCAGAGTACCTT GATGTTGTTGTTAGTGTCGCAAGAAAAACTGATGGTCGTCATTGGGCAGATTTGTTCTCTGCTGCTGGAAGATCAACAGA GTATGTCTTTGAAACATCTATGCTTTTCATTTTGATTTCAGCTATGATTAATATGTGAAATGTACTCAAGTCTTTAAAAA CATGAAATCATGGAGAATATATAGAAAACACTATTTTCTACAATGTTGACATGACATTCGTTGGGACTTGGGAGAGCTAT TATCTTGTGTGACAATAATTTTCTATCATTTCAGTTATTAAATTTCGTCCTTTTGACAATTTATGTTTCCTTTTTTCTTG CTCCTGAGTTTTAGGCATCATGAATGGACAGATAGAAAGGAAGTGTGAAACTTTTTTATTGCGTGAAAAAGCACTATAGG ACAAATTGGATATGTTATCATAATGAAAATCCTTTTTTTCTGAAAAACCTTTCATAGTTCAGCTTCAACTTTAAGTGAAC CAAGGAAAACTGAACTTCTTGAAAAAAAATTCAAATATTTATTTATCAAATGACTGTTTTTTTTATATATTTTAAGACTT AGCCTAAAAAAAGAATGGACTGATGCCAAATTTAATATTTTTTTGCACGTATCTGACATATAATAAATAGGCTTACCTTT TACTGTTAAAATGATTGCTATGCTGTTTCCTTACTGCAAAGTCATCTGAATTTCATTTCCTTTTTGGCTGTTAGTAGAAG TTATAATGCTTTTTCCACTTCTGTGTTTTCATGTGTAAATGGTTGTTTTTGGTTTCTATATAGATTGTTTGAGGAATGCT TTCAACGTAGATGGTACCGCACTGCAGCTTGCTATATACTTGTAAGAATCACTTCTCTTATATTTCTTCTCTTTCTTACT CCCTCCGTTCCTAATTATAAGACCTAGTTTTACATTTTTCATGTTCCTAAATATAGGACCTTTTACAATAATCTAGCAAA AAGTGTTGTACTATTCCATATATACCCCTTACATTAATTGTTTGTTTTCATTTCCAAAATTTTAATTACCACCTACCATT AATGCAATGATTACTAGTGAGAGAAAATGACAAAGGATACATATGGAAGAATGTATGCATTTTTTTAAAACCAATACACT AATTAGACACATTTAGTGCTTCCTTAATAAACGCAATTTTTTGTATTAGGTCATATAATTAGGAACGGAGGGAGAGGGAG AGGGAGTATATCAGTCTTTCCCTATAAATTACTATTATTTATTTAATATTTGACATAATTAGCAAGTTTATATTCATGTC AAGGTTTCTACATTTCTGATTGACACACATTATGATTTGAGAGCTGCATTGCATAATTGGTGAAGAAGGGGAGAATTCCA AAAATTATTTGGTTTTAACTTTTAAGCTTTCTCTCTGGTTAACCAAAATTTCTGTTGTTTGAACCACACATGTTGCACTT TATTTGGTATTTGTATTAAATGTTACAGGCTTGCTTAACAAGACTTAATGGTTTCCTTAGTTTCTGTCTGCAAACTGGTG ATGCGAATCTATACACACACACACACATATATATATATATATATATATATACTTATATACTCATATGATCAAGTTCATTT CATCTCAAATGTAACAGGTAATTGCTAAACTTGAAGGTCCAGCTGTTAGTCAGTACTGTGCTTTACGATTATTGCAGGTT CGAGTTCAATTACTTCAATTAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTAATTCTAGCCACATAAATGATGTGAATTATCAACTTAATG 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TATGCGCTAAAAGGTGTCCTGATGTCTATTCATTGTTGTGCTTCCCTACTTTTCATTGATAAAAAAAAATTTGTACAGAA AAAAGCTCATAATGCTGAAATAAACCTTGTCATGATTAAGATTTCAGAAGGGTGTTAATTCACTTCTGAAGCCAATTTTG AATTTTGTAATGATTCAAAGTATTTGATCATTTGGAGGAGCTTTCTATATTTATTATAATTTTTTTTCTTTAGCTTTGTT TTGCTCCATTAACGAACACTATCTTTATCTTGTGTTATCAGCTTCAAATGGAAACATTACAGAGCCGGTTGGATGCTGAT TTTCTCCTTGCTCATATGTGCTCTGTCAAATTTAAGGAATGGATAGTTGTCCTGGCTACCCTCTTAAGACGTTCTGAGGT ATGTTCGGGGTTCATTGCACTGAGATCTGAAATTATGGTGACAACATTTCATCAACAGTCCTGTTAAAATAATAGGGATA GAATGGAAAGCAGAGAAAGAGAAAGAAATTCTGAATAATGTGATTATATATTAGATGAGATAA 

CDS sequence (LotjaGi1g1v0479500.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGTATATGGCATATGGGTGGCCTCAGGTCATCCCTCTTGAGCAAGGACTGTGTCCCTCAGCACAGAAGATTGTGTATCT CAAACTCATCAATCGAGTGTTGCTTGTTGTCTCCCCCACTCACTTTGAACTTTGGAGCTCTTCCCAGCATAGAGTGAGAT TGGGGAAGTACAAGAGAGATTCAGATTCATTGCAGAGGGAAGGAGAAAACTTGCAGGCCGTGTGGAGCCCTGATGCCAAA TTAATTGCTATTCTTACATCTTCTTTCTATCTTCACATTTTCAAGGTCCAATTCTTGGATAAAAGAATACACATTGGTGG GAAACAACCCTCTGCTTTGTGCCTAGCTACTATATCTCTTCTGCTTTCTGAGCAAGTTCCTTTTGCAGTGAAGAATTTGT CCGTGAGCAATATTGTTAGTGATAACAAACATATGCTGCTTGGACTTTCTGATGGAACATTGTACAGTATGTCTTGGAAG GGGGAGTTCTATGGGGCTTTTAAATTTGATCCATATCCTCGTGCTAACTTTGGCGACTCTCAAACACCACAATATCTAGA GAATGGTCTTTCTCCTAAAAGCCTACCGAAAGTTTCTATGTCCAATCACATTAGTCCTAGAAGTGCTGAAATCAATCAGC TTGAACTCTGCCTTTCATTGAGGTTGCTATTTGTCTTGTATTCTGATGGGCAACTTGTCTCGTGTTCCATAAGTAAGAAA GGTTTAAAGCAAGTTGACTGTATTGAAGCAGAAAAGAGGTTGGCTTGTGGGGATGCTGTGTGTGCTTCTGTTGCCCCTGA TCAGCAGATTCTTGCTGTTGGTACCAGAAGAGGAATAGTTGAGTTGTATGATTTGGCTGAATCAACATCACTTATGCGTG CGGTCTCTTTGTATGACTGGGGATATTCAATGGATGACACTGGCCCTGTTAGTTACATTGCTTGGACACCTGATAATTCT GCTTTTGCTGTTGGGTGGAAGTTAAGAGGGCTTACAGTTTGGTCTGTTTCTGGGTGTCGCTTGATGTCTACAATCCGACA AATAGGTTTAAGTTCTGTATCTTCTCCAATTGCTAAGCCAAACCCTGACTGTAAATATGAACCATTGATGGGTGGTACCT CACTGATGCAGTGGGATGAATATGGATATAGACTTTATGCTATTGAAGAGGGATCTTCAGAGAGAATCCTTTCTTTCTCA TTTGGAAAATGCTGTCTTAGCAGAGGTGTTTCAGGCACTACATATATCCGGCAAGTGATTTATGGGGAAGACCGGTTACT CATCGTGCAGTCAGAAGAGACTGACGAACTTAAGATGCTACATCTTAAACTTCCAGTTTCTTATATTTCACAAAACTGGC CTGTTCAACATGTGGCAGCTAGCCAGGATGGAATGTACTTAGCTGTTGCTGGTCTTCATGGTTTGATATTGTATGATATA CGATTGAAAAGATGGAGAGTATTTGGAGATGTTACCCAGGAACAAAAGATTCAGTGTAAAGGTTTGTTATGGCTGGGGAA GATTGTTGTTGTCTGCAACCATATTGATTCTTCCAACACGTATGAATTGCTCTTTTACCCAAGATATCACCTTGATCAAA GCTCATTGCTCTGTCGAAAACCATTGCTTGCTAAACCAATGGTGATGGATGTGTACCAAGATTATATACTGGTCACATAT AGACCATTTGATGTCCACATATTCTATGTGAAGTTGCTTGGTGAACTAACTCCATCAGGAAATCCAGATTTACAGCTTTC TGCAGTACGAGAACTTTCAATTATGACTGCCAAGAGCCATCCTGCAGCAATGCGCTTCATTCCTGATCAACTTCCAAGAG AATCTATTTCAAACAATTACATTTCATCTTCATCAGACTCATTAACAAAAGAGCCAGCAAGATGTTTGATATTGAGGACA AATGGCGAGCTTTCGCTTCTTGATTTGGATGATGGACGGGAGAGAAATCTTACTGATTCAGTTGAACTATTTTGGGTCAC CTGTGGTCAGTCTGAGGATAAAACAAATTTGATTGAGGAAGTCTCATGGTTAGATTATGGTCATCGAGGCATGCAGGTTT GGTATCCATCTCCAGGCACCAATTCTTTTAAGCAGGAGGATTTCTTGCAGTTGGATCCGGAGCTGGAGTTTGATCGTGAA GTATACCCTTTGGGACTTCTTCCAAATGCTGGTGTAGTTGTTGGTGTTTCCCAGAGATTGTCATTTTCAGCAAGTGCAGA ATTCCCATGTTTTGAGCCATCTCCTCAAGCGCAAACAATATTGCACTGCCTTCTCCGCCATCTTCTTCAGAGGGACAAAA TTGAGGAAGCTTTAAGGCTGGCGGAGCTATCAGCAGAGAAGCCTCATTTTTCACATTGTCTAGAGTGGCTTCTTTTTACA GTATTTGAAGCTGATATATCCAGGCCGAATGTAAACAAGAACCAGAACTCAGTTCTCAAACATGGAAAAAGCACTCTTTT GGAGAAGACCTGTGATCTGATCCGAAATTTTCCAGAGTACCTTGATGTTGTTGTTAGTGTCGCAAGAAAAACTGATGGTC GTCATTGGGCAGATTTGTTCTCTGCTGCTGGAAGATCAACAGAATTGTTTGAGGAATGCTTTCAACGTAGATGGTACCGC ACTGCAGCTTGCTATATACTTGTAATTGCTAAACTTGAAGGTCCAGCTGTTAGTCAGTACTGTGCTTTACGATTATTGCA GGCAACACTTGATGAATCTTTATATGAGCTTGCTGGGGAATTGGTAAGGTTCTTGCTAAGATCCGGTAGGGAATATGATC AAGCATCCAACGATTCAGATAATTTTTCTCCCAGATTTTTAGGCTATTTTCTTTTTCGTTCTAGTGAGCGGAAGCAAGCA TTGGATAAAAGTTCTTCATTCAAGGAGCAAAGTGCTCATGTTACCTCGGTTAAGAATATTTTAGAAAATCATGCTAGTTA CCTGATGTCAGGCAAAGAGCTTTCCAAGCTTGTTGCATTTGTAAAAGGCACTCAGTTTGATTTAGTGGAGTATCTACAAC GCGAAAGATATGGAAGTGCTCGGCTGGACAGTTTTGCTTCAGGGTTTGAACTAATAAGCCAAAAGCTTCAAATGGAAACA TTACAGAGCCGGTTGGATGCTGATTTTCTCCTTGCTCATATGTGCTCTGTCAAATTTAAGGAATGGATAGTTGTCCTGGC TACCCTCTTAAGACGTTCTGAGGTATGTTCGGGGTTCATTGCACTGAGATCTGAAATTATGGTGACAACATTTCATCAAC AGTCCTGTTAA 

Protein sequence (LotjaGi1g1v0479500.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MYMAYGWPQVIPLEQGLCPSAQKIVYLKLINRVLLVVSPTHFELWSSSQHRVRLGKYKRDSDSLQREGENLQAVWSPDAK LIAILTSSFYLHIFKVQFLDKRIHIGGKQPSALCLATISLLLSEQVPFAVKNLSVSNIVSDNKHMLLGLSDGTLYSMSWK GEFYGAFKFDPYPRANFGDSQTPQYLENGLSPKSLPKVSMSNHISPRSAEINQLELCLSLRLLFVLYSDGQLVSCSISKK GLKQVDCIEAEKRLACGDAVCASVAPDQQILAVGTRRGIVELYDLAESTSLMRAVSLYDWGYSMDDTGPVSYIAWTPDNS AFAVGWKLRGLTVWSVSGCRLMSTIRQIGLSSVSSPIAKPNPDCKYEPLMGGTSLMQWDEYGYRLYAIEEGSSERILSFS FGKCCLSRGVSGTTYIRQVIYGEDRLLIVQSEETDELKMLHLKLPVSYISQNWPVQHVAASQDGMYLAVAGLHGLILYDI RLKRWRVFGDVTQEQKIQCKGLLWLGKIVVVCNHIDSSNTYELLFYPRYHLDQSSLLCRKPLLAKPMVMDVYQDYILVTY RPFDVHIFYVKLLGELTPSGNPDLQLSAVRELSIMTAKSHPAAMRFIPDQLPRESISNNYISSSSDSLTKEPARCLILRT NGELSLLDLDDGRERNLTDSVELFWVTCGQSEDKTNLIEEVSWLDYGHRGMQVWYPSPGTNSFKQEDFLQLDPELEFDRE VYPLGLLPNAGVVVGVSQRLSFSASAEFPCFEPSPQAQTILHCLLRHLLQRDKIEEALRLAELSAEKPHFSHCLEWLLFT VFEADISRPNVNKNQNSVLKHGKSTLLEKTCDLIRNFPEYLDVVVSVARKTDGRHWADLFSAAGRSTELFEECFQRRWYR TAACYILVIAKLEGPAVSQYCALRLLQATLDESLYELAGELVRFLLRSGREYDQASNDSDNFSPRFLGYFLFRSSERKQA LDKSSSFKEQSAHVTSVKNILENHASYLMSGKELSKLVAFVKGTQFDLVEYLQRERYGSARLDSFASGFELISQKLQMET LQSRLDADFLLAHMCSVKFKEWIVVLATLLRRSEVCSGFIALRSEIMVTTFHQQSC 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
PANTHER 1 1080 1080 0.0
SUPERFAMILY 73 659 587 1.14E-18
Gene3D 75 444 370 1.9E-11
Pfam 679 931 253 7.4E-69

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function Protein binding Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules).
Biological process Intracellular protein transport The directed movement of proteins in a cell, including the movement of proteins between specific compartments or structures within a cell, such as organelles of a eukaryotic cell.
Cellular component RIC1-RGP1 guanyl-nucleotide exchange factor complex A protein complex that acts as a nucleotide exchange factor for the GTPase Ypt6p, and is required for fusion of endosome-derived vesicles with the Golgi.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi1g1v0479500.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…