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LotjaGi1g1v0479500.3

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi1g1v0479500
Transcript ID LotjaGi1g1v0479500.3
Related isoforms 3
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Quinoprotein amine dehydrogenase, beta chain-like RIC1-like guanyl-nucleotide exchange factor; TAIR: AT3G61480.2 Quinoprotein amine dehydrogenase, beta chain-like; RIC1-like guanyl-nucleotide exchange factor; Swiss-Prot: sp|Q69ZJ7|RIC1_MOUSE RAB6A-GEF complex partner protein 1; TrEMBL-Plants: tr|K7MUC8|K7MUC8_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0479500
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr1:99160036..99172076) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

ATGGGTGGCCTCAGGTCATCCCTCTTGAGCAAGGACTGTGTCCCTCAGCACAGAAGATTGTGTATCTCAAACTCATCAAT CGAGTGTTGCTTGTTGTCTCCCCCACTCACTTTGAACTTTGGAGCTCTTCCCAGGTACATGGATCCGTGCATTTTTTTTA TTCTATCTTTGGATTTTTGTGTGGAGTTTTGTTTTTTAGGGAAAATTTGAAATGGGTTTTCGTGGAAATGAGTTTCTGCA ATGTGGGTATGTTGGAGTTTGCATGTGAATTTATGATGTGGGCATTGGGATTTGTGCGTAGATTCAATTGTATGGTGGAG TTTTTGTATAAAATTTAACTTTTTTGGGGAAAATATGAACTGGGTCTTGAAGGAGCTTAGTTTCTGTAATGTGGGCATTT GGAGTTTGTGTATAATATTGAGGAGAATGTTGAAGTGGGTTTCATGGTGCAATGGGTTGAATTGCTGTGATTTTTGGGGT GGAAGATGGTGTTTGTGGTCTTAACAGTGTTTTTGGATTTTCTGTTGGTTCAGCATAGAGTGAGATTGGGGAAGTACAAG AGAGATTCAGATTCATTGCAGAGGGAAGGAGAAAACTTGCAGGCCGTGTGGAGCCCTGATGCCAAATTAATTGCTATTCT TGTAAGTTTGCTAGCTTGTTGGTATGTGATTATCAGTGTGATTTATGAAATGGACAACCAATTTTTTATACATTCCAGCT CTCTGTTACATCTTTAATTTGCTTCGTGAACTGTTTGATTATTCTTTAAGTTGTACACATGTTTCGTTACCTGTTTTTTG TTGTAAAAAATTGAACGTTGGTTATAAATTTTGTAGGCTGCATGCAAATGAAATACTATTATTCATGTTAGCAAGCGGGC ACTGAAATTTTCTGATTAGTAGTGGGCTATGTTGTGAGATGAGACCCATTTTGATTAGATTAGATTTATTGGATTCAGAT 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AATTTGTTTTTGTCGTGGCTGTTTAACTTTCATGCCAATTTCCTCAGGCCGAATGTAAACAAGAACCAGAACTCAGTTCT CAAACATGGAAAAAGCACTCTTTTGGAGAAGACCTGTGATCTGATCCGAAATTTTCCAGAGTACCTTGATGTTGTTGTTA GTGTCGCAAGAAAAACTGATGGTCGTCATTGGGCAGATTTGTTCTCTGCTGCTGGAAGATCAACAGAGTATGTCTTTGAA ACATCTATGCTTTTCATTTTGATTTCAGCTATGATTAATATGTGAAATGTACTCAAGTCTTTAAAAACATGAAATCATGG AGAATATATAGAAAACACTATTTTCTACAATGTTGACATGACATTCGTTGGGACTTGGGAGAGCTATTATCTTGTGTGAC AATAATTTTCTATCATTTCAGTTATTAAATTTCGTCCTTTTGACAATTTATGTTTCCTTTTTTCTTGCTCCTGAGTTTTA GGCATCATGAATGGACAGATAGAAAGGAAGTGTGAAACTTTTTTATTGCGTGAAAAAGCACTATAGGACAAATTGGATAT GTTATCATAATGAAAATCCTTTTTTTCTGAAAAACCTTTCATAGTTCAGCTTCAACTTTAAGTGAACCAAGGAAAACTGA ACTTCTTGAAAAAAAATTCAAATATTTATTTATCAAATGACTGTTTTTTTTATATATTTTAAGACTTAGCCTAAAAAAAG AATGGACTGATGCCAAATTTAATATTTTTTTGCACGTATCTGACATATAATAAATAGGCTTACCTTTTACTGTTAAAATG ATTGCTATGCTGTTTCCTTACTGCAAAGTCATCTGAATTTCATTTCCTTTTTGGCTGTTAGTAGAAGTTATAATGCTTTT TCCACTTCTGTGTTTTCATGTGTAAATGGTTGTTTTTGGTTTCTATATAGATTGTTTGAGGAATGCTTTCAACGTAGATG GTACCGCACTGCAGCTTGCTATATACTTGTAAGAATCACTTCTCTTATATTTCTTCTCTTTCTTACTCCCTCCGTTCCTA ATTATAAGACCTAGTTTTACATTTTTCATGTTCCTAAATATAGGACCTTTTACAATAATCTAGCAAAAAGTGTTGTACTA TTCCATATATACCCCTTACATTAATTGTTTGTTTTCATTTCCAAAATTTTAATTACCACCTACCATTAATGCAATGATTA CTAGTGAGAGAAAATGACAAAGGATACATATGGAAGAATGTATGCATTTTTTTAAAACCAATACACTAATTAGACACATT TAGTGCTTCCTTAATAAACGCAATTTTTTGTATTAGGTCATATAATTAGGAACGGAGGGAGAGGGAGAGGGAGTATATCA GTCTTTCCCTATAAATTACTATTATTTATTTAATATTTGACATAATTAGCAAGTTTATATTCATGTCAAGGTTTCTACAT TTCTGATTGACACACATTATGATTTGAGAGCTGCATTGCATAATTGGTGAAGAAGGGGAGAATTCCAAAAATTATTTGGT TTTAACTTTTAAGCTTTCTCTCTGGTTAACCAAAATTTCTGTTGTTTGAACCACACATGTTGCACTTTATTTGGTATTTG TATTAAATGTTACAGGCTTGCTTAACAAGACTTAATGGTTTCCTTAGTTTCTGTCTGCAAACTGGTGATGCGAATCTATA CACACACACACACATATATATATATATATATATATATACTTATATACTCATATGATCAAGTTCATTTCATCTCAAATGTA ACAGGTAATTGCTAAACTTGAAGGTCCAGCTGTTAGTCAGTACTGTGCTTTACGATTATTGCAGGTTCGAGTTCAATTAC TTCAATTAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTAATTCTAGCCACATAAATGATGTGAATTATCAACTTAATGCAGGCAACACTTG ATGAATCTTTATATGAGCTTGCTGGGGAATTGGTATTGTCTTGAAGCACTATCTGATTATCATTTTAGCTGGTCAAGCAA TATACAATAGATCATGACCTTTTCCTTTTACTTAACTATTTGGTTTTGGGTCCTTAGGTAAGGTTCTTGCTAAGATCCGG TAGGGAATATGATCAAGCATCCAACGATTCAGATAATTTTTCTCCCAGATTTTTAGGCTATTTTCTTTTTCGTTCTAGTG AGCGGAAGCAAGCATTGGATAAAAGGTTAATTTACTCTACATTGAATTGATTGTTCTGTTGTCCCAGAGCATTGAAGTTC GCAATCATACTAACAATTAACTTTCTTGTGAGCAGTTCTTCATTCAAGGAGCAAAGTGCTCATGTTACCTCGGTTAAGAA TATTTTAGAAAATCATGCTAGTTACCTGATGTCAGGCAAAGAGCTTTCCAAGCTTGTTGCATTTGTAAAAGGCACTCAGT TTGATTTAGTGGTAAGAAAGCCTTGCTGATTAACCTGTTCTAATCCCCTTAAGATAATTTTCTTCTAGTGTTTAAACTGA TCAATGGATGACTATCAATTGTAGGAGTATCTACAACGCGAAAGATATGGAAGTGCTCGGCTGGACAGTTTTGCTTCAGG GTTTGAACTAATAAGCCAAAAGGTTTCATATTTTAAAATTTGGAAAACAAAACTTCCATTCTGACTATTCCATGGACTTC ATTTATTTGGTTTTAAATTTCAGTGGCCTATTATTGCTTTCCCTCTTTATACAGGGGATGTTGGATGATGCATAAAATGT TTTCCTTAATGTTTTATTTGCTGAAGTCCTAGTTATATACACTTGGGGGAAGCTATGTCTTTAGCCTGGTATAACGGTGC CCTTTTGGTTTTTAGGCTTTGATTTACTAGTTAGTTTTGCTGGTATAACCTAACAAATGTGATCAGTTATGCGCTAAAAG GTGTCCTGATGTCTATTCATTGTTGTGCTTCCCTACTTTTCATTGATAAAAAAAAATTTGTACAGAAAAAAGCTCATAAT GCTGAAATAAACCTTGTCATGATTAAGATTTCAGAAGGGTGTTAATTCACTTCTGAAGCCAATTTTGAATTTTGTAATGA TTCAAAGTATTTGATCATTTGGAGGAGCTTTCTATATTTATTATAATTTTTTTTCTTTAGCTTTGTTTTGCTCCATTAAC GAACACTATCTTTATCTTGTGTTATCAGCTTCAAATGGAAACATTACAGAGCCGGTTGGATGCTGATTTTCTCCTTGCTC ATATGTGCTCTGTCAAATTTAAGGAATGGATAGTTGTCCTGGCTACCCTCTTAAGACGTTCTGAGGTATGTTCGGGGTTC ATTGCACTGAGATCTGAAATTATGGTGACAACATTTCATCAACAGTCCTGTTAAAATAATAGGGATAGAATGGAAAGCAG AGAAAGAGAAAGAAATTCTGAATAATGTGATTATATATTAG 

CDS sequence (LotjaGi1g1v0479500.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGCTGCTTGGACTTTCTGATGGAACATTGTACAGTATGTCTTGGAAGGGGGAGTTCTATGGGGCTTTTAAATTTGATCC ATATCCTCGTGCTAACTTTGGCGACTCTCAAACACCACAATATCTAGAGAATGGTCTTTCTCCTAAAAGCCTACCGAAAG TTTCTATGTCCAATCACATTAGTCCTAGAAGTGCTGAAATCAATCAGCTTGAACTCTGCCTTTCATTGAGGTTGCTATTT GTCTTGTATTCTGATGGGCAACTTGTCTCGTGTTCCATAAGTAAGAAAGGTTTAAAGCAAGTTGACTGTATTGAAGCAGA AAAGAGGTTGGCTTGTGGGGATGCTGTGTGTGCTTCTGTTGCCCCTGATCAGCAGATTCTTGCTGTTGGTACCAGAAGAG GAATAGTTGAGTTGTATGATTTGGCTGAATCAACATCACTTATGCGTGCGGTCTCTTTGTATGACTGGGGATATTCAATG GATGACACTGGCCCTGTTAGTTACATTGCTTGGACACCTGATAATTCTGCTTTTGCTGTTGGGTGGAAGTTAAGAGGGCT TACAGTTTGGTCTGTTTCTGGGTGTCGCTTGATGTCTACAATCCGACAAATAGGTTTAAGTTCTGTATCTTCTCCAATTG CTAAGCCAAACCCTGACTGTAAATATGAACCATTGATGGGTGGTACCTCACTGATGCAGTGGGATGAATATGGATATAGA CTTTATGCTATTGAAGAGGGATCTTCAGAGAGAATCCTTTCTTTCTCATTTGGAAAATGCTGTCTTAGCAGAGGTGTTTC AGGCACTACATATATCCGGCAAGTGATTTATGGGGAAGACCGGTTACTCATCGTGCAGTCAGAAGAGACTGACGAACTTA AGATGCTACATCTTAAACTTCCAGTTTCTTATATTTCACAAAACTGGCCTGTTCAACATGTGGCAGCTAGCCAGGATGGA ATGTACTTAGCTGTTGCTGGTCTTCATGGTTTGATATTGTATGATATACGATTGAAAAGATGGAGAGTATTTGGAGATGT TACCCAGGAACAAAAGATTCAGTGTAAAGGTTTGTTATGGCTGGGGAAGATTGTTGTTGTCTGCAACCATATTGATTCTT CCAACACGTATGAATTGCTCTTTTACCCAAGATATCACCTTGATCAAAGCTCATTGCTCTGTCGAAAACCATTGCTTGCT AAACCAATGGTGATGGATGTGTACCAAGATTATATACTGGTCACATATAGACCATTTGATGTCCACATATTCTATGTGAA GTTGCTTGGTGAACTAACTCCATCAGGAAATCCAGATTTACAGCTTTCTGCAGTACGAGAACTTTCAATTATGACTGCCA AGAGCCATCCTGCAGCAATGCGCTTCATTCCTGATCAACTTCCAAGAGAATCTATTTCAAACAATTACATTTCATCTTCA TCAGACTCATTAACAAAAGAGCCAGCAAGATGTTTGATATTGAGGACAAATGGCGAGCTTTCGCTTCTTGATTTGGATGA TGGACGGGAGAGAAATCTTACTGATTCAGTTGAACTATTTTGGGTCACCTGTGGTCAGTCTGAGGATAAAACAAATTTGA TTGAGGAAGTCTCATGGTTAGATTATGGTCATCGAGGCATGCAGGTTTGGTATCCATCTCCAGGCACCAATTCTTTTAAG CAGGAGGATTTCTTGCAGTTGGATCCGGAGCTGGAGTTTGATCGTGAAGTATACCCTTTGGGACTTCTTCCAAATGCTGG TGTAGTTGTTGGTGTTTCCCAGAGATTGTCATTTTCAGCAAGTGCAGAATTCCCATGTTTTGAGCCATCTCCTCAAGCGC AAACAATATTGCACTGCCTTCTCCGCCATCTTCTTCAGAGGGACAAAATTGAGGAAGCTTTAAGGCTGGCGGAGCTATCA GCAGAGAAGCCTCATTTTTCACATTGTCTAGAGTGGCTTCTTTTTACAGTATTTGAAGCTGATATATCCAGGCCGAATGT AAACAAGAACCAGAACTCAGTTCTCAAACATGGAAAAAGCACTCTTTTGGAGAAGACCTGTGATCTGATCCGAAATTTTC CAGAGTACCTTGATGTTGTTGTTAGTGTCGCAAGAAAAACTGATGGTCGTCATTGGGCAGATTTGTTCTCTGCTGCTGGA AGATCAACAGAATTGTTTGAGGAATGCTTTCAACGTAGATGGTACCGCACTGCAGCTTGCTATATACTTGTAATTGCTAA ACTTGAAGGTCCAGCTGTTAGTCAGTACTGTGCTTTACGATTATTGCAGGCAACACTTGATGAATCTTTATATGAGCTTG CTGGGGAATTGGTAAGGTTCTTGCTAAGATCCGGTAGGGAATATGATCAAGCATCCAACGATTCAGATAATTTTTCTCCC AGATTTTTAGGCTATTTTCTTTTTCGTTCTAGTGAGCGGAAGCAAGCATTGGATAAAAGTTCTTCATTCAAGGAGCAAAG TGCTCATGTTACCTCGGTTAAGAATATTTTAGAAAATCATGCTAGTTACCTGATGTCAGGCAAAGAGCTTTCCAAGCTTG TTGCATTTGTAAAAGGCACTCAGTTTGATTTAGTGGAGTATCTACAACGCGAAAGATATGGAAGTGCTCGGCTGGACAGT TTTGCTTCAGGGTTTGAACTAATAAGCCAAAAGCTTCAAATGGAAACATTACAGAGCCGGTTGGATGCTGATTTTCTCCT TGCTCATATGTGCTCTGTCAAATTTAAGGAATGGATAGTTGTCCTGGCTACCCTCTTAAGACGTTCTGAGGTATGTTCGG GGTTCATTGCACTGAGATCTGAAATTATGGTGACAACATTTCATCAACAGTCCTGTTAA 

Protein sequence (LotjaGi1g1v0479500.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MLLGLSDGTLYSMSWKGEFYGAFKFDPYPRANFGDSQTPQYLENGLSPKSLPKVSMSNHISPRSAEINQLELCLSLRLLF VLYSDGQLVSCSISKKGLKQVDCIEAEKRLACGDAVCASVAPDQQILAVGTRRGIVELYDLAESTSLMRAVSLYDWGYSM DDTGPVSYIAWTPDNSAFAVGWKLRGLTVWSVSGCRLMSTIRQIGLSSVSSPIAKPNPDCKYEPLMGGTSLMQWDEYGYR LYAIEEGSSERILSFSFGKCCLSRGVSGTTYIRQVIYGEDRLLIVQSEETDELKMLHLKLPVSYISQNWPVQHVAASQDG MYLAVAGLHGLILYDIRLKRWRVFGDVTQEQKIQCKGLLWLGKIVVVCNHIDSSNTYELLFYPRYHLDQSSLLCRKPLLA KPMVMDVYQDYILVTYRPFDVHIFYVKLLGELTPSGNPDLQLSAVRELSIMTAKSHPAAMRFIPDQLPRESISNNYISSS SDSLTKEPARCLILRTNGELSLLDLDDGRERNLTDSVELFWVTCGQSEDKTNLIEEVSWLDYGHRGMQVWYPSPGTNSFK QEDFLQLDPELEFDREVYPLGLLPNAGVVVGVSQRLSFSASAEFPCFEPSPQAQTILHCLLRHLLQRDKIEEALRLAELS AEKPHFSHCLEWLLFTVFEADISRPNVNKNQNSVLKHGKSTLLEKTCDLIRNFPEYLDVVVSVARKTDGRHWADLFSAAG RSTELFEECFQRRWYRTAACYILVIAKLEGPAVSQYCALRLLQATLDESLYELAGELVRFLLRSGREYDQASNDSDNFSP RFLGYFLFRSSERKQALDKSSSFKEQSAHVTSVKNILENHASYLMSGKELSKLVAFVKGTQFDLVEYLQRERYGSARLDS FASGFELISQKLQMETLQSRLDADFLLAHMCSVKFKEWIVVLATLLRRSEVCSGFIALRSEIMVTTFHQQSC 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
PANTHER 1 936 936 0.0
Gene3D 43 301 259 5.2E-11
SUPERFAMILY 85 515 431 6.28E-18
Pfam 535 787 253 5.8E-69

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function Protein binding Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules).
Biological process Intracellular protein transport The directed movement of proteins in a cell, including the movement of proteins between specific compartments or structures within a cell, such as organelles of a eukaryotic cell.
Cellular component RIC1-RGP1 guanyl-nucleotide exchange factor complex A protein complex that acts as a nucleotide exchange factor for the GTPase Ypt6p, and is required for fusion of endosome-derived vesicles with the Golgi.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi1g1v0479500.3, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…