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LotjaGi1g1v0529600.2

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi1g1v0529600
Transcript ID LotjaGi1g1v0529600.2
Related isoforms 2
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Importin-like protein; TAIR: AT2G31660.1 ARM repeat superfamily protein; Swiss-Prot: sp|F4IRR2|SAD2_ARATH Importin beta-like SAD2; TrEMBL-Plants: tr|I1N4Z0|I1N4Z0_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0529600
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr1:105661663..105679091) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

ATGGATCTTCCTAGTCTCGCTGTTATACTCCAAGCCGCTCTTAGCCCCAATCCCGAAGAACGCAAAGCAGCTGAGCAGAG CTTGGATCAGGTAGTTAGTTCTCACTTCTTCATTTCTTGAATTTCGGATTTGCTGATCGTATTGCTGCTTTGTGTTGATT CAATGTTGCACTGCCTTAATTCCATGAATTTATCTTGATTCATGTTGATTATGCTGTTTATTTGCATTAGTGTTCATTTA TGGGTGCTAATTGGGTGTAGCAGTGGTTTTAATTTGATGAAATTTCAATTTCAACTTTTAATTTTTTTGAAATTTTGTGA TGTACAGTTCCAGTATGCACCTCAGCATCTGGTGAGACTGTTGCAAATTATTGTGGACAATAACTGTGACATGGGTGTGA GACAAGTGGCTAGCATTCATTTCAAGAACTTTATTGCCAAGAATTGGTCTCCTCTTGACTCCGGTATATGCGCGCCGCCG CACTTTATTGTAGTTGGTGATTAAGATTAGAGAATGAATTTCTGAAGTCCTTTTGTTTAATTGATCATACTGTTCTTTAT TTGCTGATATAGATGCCCCACAGAAGATATTGCAGAGTGATAAAGATGTAGTGAGGAATCATATTCTCACGTTTGTTACT CAAGTTCCTCCTTTGTTGAGGTACAATTGTTCATTTGTTGCTGCCTGTTGTTTGTTAGCAACTTTCTGTGTTCGCGTTTT ATCTGATTATTTCCGTTGTATTGACTTGTGTGCCTTTCTCGCATGTTTGTTGGGTTTATAGGGTGCAACTCGGTGAGTGC CTGAAAACAGTTATACATTCTGATTATCCTGAACAGTGGCCTCATCTTCTTGATTGGGTGAAGCATAACTTACAGGATCA ACAAGTCTATGGTGCCTTATTTGTGCTGCGTATTCTTTCTAGAAAATACGAGTAAGTTTGAATTTATTTTATTTTAACTG 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CAGATCCATTGAGGTTTGAGAACCTCACTCAGACACTTGAATTCAAATATCAAGCGCTTGCTAATGGCGTTGCTCAACAT GCTGAGCTGAGACGAGCTGAAATTGAGAAGGAAAAATTAGAGAAGTCATCAGTTGGCACAGCTTCTTAA 

CDS sequence (LotjaGi1g1v0529600.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGCATGCCCCACAGAAGATATTGCAGAGTGATAAAGATGTAGTGAGGAATCATATTCTCACGTTTGTTACTCAAGTTCC TCCTTTGTTGAGGGTGCAACTCGGTGAGTGCCTGAAAACAGTTATACATTCTGATTATCCTGAACAGTGGCCTCATCTTC TTGATTGGGTGAAGCATAACTTACAGGATCAACAAGTCTATGGTGCCTTATTTGTGCTGCGTATTCTTTCTAGAAAATAC GAGTTCAAGTCAGATGAGGAGAGGACTCCGGTTTATCGCATTGTTGAGGAAACGTTTCCCCACCTTCTCGATATATTCAA CAGGCTTGTCCAAATTGTTAATCCATCACTTGAAGTAGCAGATTTAATCAAGCTTATCTGTAAAATTTTCTGGTCCTCCA TTTATTTAGAGATTCCAAAGCTGTTGTTTGATCAAAATATCTTCAATGCTTGGATGATACTTTTTCTAAATGTATTGGAG AGGCCTGTCCCCTTGGAAGGTCAACCTATGGATCCCGAGCTCAGAAAATCATGGGGTTGGTGGAAGGTCAAGAAGTGGAC AGTTCACATTCTAAATAGGCTCTACACTCGTTTTGGTGACTTAAAGCTGCAAAACCCCGAAAACAAAGCCTTTGCTCAGA TGTTTCAGAAGCATTATGCAGGGAAGATCTTAGAGTGTCACTTAAATCTGTTGAATGTTATTCGCGTCGGGGGCTATTTA CCTGACAGAGTTATCAACTTGATCCTTCAATATCTAAGCAACAGTATTTCAAGGAATAGTATGTATACTCTGCTGCAGCC TCGGCTTGATGTCCTCCTTTTTGAAATAGTTTTTCCCCTCATGTGCTTCAATGATAACGATCAAAAGCTTTGGGAGGAAG ATCCACATGAGTATGTAAGGAAAGGCTATGACATAATTGAAGATTTGTATAGTCCTAGGACTGCGTCTATGGATTTTGTG AGTGAGTTGGTTCGAAAACGCGGGAAAGAAAATCTTCATAAGTTCATTCAATTCATAGTTGAAATTTTCAGAAGGTATGA TGAAGCTTCCATAGAATACAAGCCGTATAGACAGAAAGATGGTGCTCTTCTTGCTATTGGTGCACTTTGTGACAAATTGA AGCAGTCCGAGCCGTACAAATCTGAACTTGAGCGTATGTTAGTGCAACATGTCTTTCCTGAGTTTAACAGTCCTGTTGGC CACCTTAGAGCTAAGGCAGCATGGGTTGCAGGACAATATGCCCATATTAACTTCTCAGATCAGAACAATTTCCGGAGGGC ATTGCAGTGTGTTGTATCCAGAATGCAAGATCCCGAACTTCCTGTGCGTGTGGATTCTGTTTTTGCTTTGCGTTCTTTTA TTGAAGCTTGCAAAGATTTGAATGAAATCCGTCCTATTCTTCCTCAGCTCCTTGATGAGTTTTTCAAACTTATGAATGAG GTTGAGAATGAGGACCTTGTATTTACTTTGGAGACTATTGTGGACAAGTTTGGGGAAGAAATGGCACCTTATGCACTTGG GCTGTGCCAAAATTTGGCAGCTGCATTTTGGAGATGTATGAACACTGCAGAAGCTGATGATGAAGCTGATGATCCAGGTG CTCTAGCTGCAGTTGGTTGTTTACGTGCTATTAGCACAATCCTTGAATCAGTGAGCAGGCTTCCTCACCTTTTTGTTCAA ATTGAGCCAACCTTGCTTCCGATAATGCGAAGAATGTTAACAACTGATGGTCAAGAGGTTTTTGAAGAAGTTCTGGAGAT TGTATCATATATGACCTTTTTCTCTCCAACAATATCATTGGATATGTGGACTCTTTGGCCGTTGATGATGGAAGCACTGG CAGATTGGGCAATTGATTTCTTTCCAAACATTTTAGTTCCTTTGGACAACTATATTTCAAGGGGAACTGCCCATTTCCTT ACTTGCAAAGAACCCGACTATCAACAGAGTCTATGGAACATGATTTCATCTATAATGGCTGATAAGAATATGGAGGATAA TGATATTGTACCAGCTCCAAAGCTTATTGAAGTTGTCTTCCAGAATTGCAGAGGGCAGGTGGACCATTGGGTTGAGCCGT ATCTCCGAATTACGGTTGAACGCTTGCATCGGACTGAAAAATCATATTTGAAATGTCTTTTCTTTCAAGTGATTGCAGAT GCTCTATACTACAATGCTGTGCTGACTCTCAGCATACTGCAAAAGTTAGGTGTTGCATCAGAAATATTCCATGTTTGGTT TCATTTGCTGGAACAAGTCAAGAAGAGCGGTTTGCGTGCTAATTTCAAAAGGGAACATGAGAAGAAAGTGTGCTGCCTTG GTTTAACATCATTACTGGCACTCCCAGCTGATCAGTTACCAGGGGAGGCTTTAGGCCGGGTGTTCCGGGCCACTCTTGAA CTTTTAGCTGCATACAAGGATCAAGTTGCAGAGGCTGCGAAAGAGGAAGAAGCTGAAGATGATGATGATATGGATGGCTT TCAGACTGATGATGACGATGAGGATGGCAGTGGTTTTGACAAGGAAATGGGAGTTGATGGTGATGATGGGGATGAAGCTG ATGCTATCACGCTTAGAAAGTTGGCTGAACAGGCGAAGTCATTCCGGCCCCATGATTCAGATGACGATGATTCAGATGAT GACTTTAGTGATGATGAAGAGTTGCAGTCCCCAATTGACGAGGTGGATCCTTTTATTTTCTTTGTGGATGCAATCAAAGT GATACAATCTTCAGATCCATTGAGGTTTGAGAACCTCACTCAGACACTTGAATTCAAATATCAAGCGCTTGCTAATGGCG TTGCTCAACATGCTGAGCTGAGACGAGCTGAAATTGAGAAGGAAAAATTAGAGAAGTCATCAGTTGGCACAGCTTCTTAA 

Protein sequence (LotjaGi1g1v0529600.2) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MHAPQKILQSDKDVVRNHILTFVTQVPPLLRVQLGECLKTVIHSDYPEQWPHLLDWVKHNLQDQQVYGALFVLRILSRKY EFKSDEERTPVYRIVEETFPHLLDIFNRLVQIVNPSLEVADLIKLICKIFWSSIYLEIPKLLFDQNIFNAWMILFLNVLE RPVPLEGQPMDPELRKSWGWWKVKKWTVHILNRLYTRFGDLKLQNPENKAFAQMFQKHYAGKILECHLNLLNVIRVGGYL PDRVINLILQYLSNSISRNSMYTLLQPRLDVLLFEIVFPLMCFNDNDQKLWEEDPHEYVRKGYDIIEDLYSPRTASMDFV SELVRKRGKENLHKFIQFIVEIFRRYDEASIEYKPYRQKDGALLAIGALCDKLKQSEPYKSELERMLVQHVFPEFNSPVG HLRAKAAWVAGQYAHINFSDQNNFRRALQCVVSRMQDPELPVRVDSVFALRSFIEACKDLNEIRPILPQLLDEFFKLMNE VENEDLVFTLETIVDKFGEEMAPYALGLCQNLAAAFWRCMNTAEADDEADDPGALAAVGCLRAISTILESVSRLPHLFVQ IEPTLLPIMRRMLTTDGQEVFEEVLEIVSYMTFFSPTISLDMWTLWPLMMEALADWAIDFFPNILVPLDNYISRGTAHFL TCKEPDYQQSLWNMISSIMADKNMEDNDIVPAPKLIEVVFQNCRGQVDHWVEPYLRITVERLHRTEKSYLKCLFFQVIAD ALYYNAVLTLSILQKLGVASEIFHVWFHLLEQVKKSGLRANFKREHEKKVCCLGLTSLLALPADQLPGEALGRVFRATLE LLAAYKDQVAEAAKEEEAEDDDDMDGFQTDDDDEDGSGFDKEMGVDGDDGDEADAITLRKLAEQAKSFRPHDSDDDDSDD DFSDDEELQSPIDEVDPFIFFVDAIKVIQSSDPLRFENLTQTLEFKYQALANGVAQHAELRRAEIEKEKLEKSSVGTAS 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
Gene3D 2 897 896 3.0E-196
PANTHER 4 942 939 0.0
PANTHER 4 942 939 0.0
SUPERFAMILY 7 932 926 8.83E-120
Pfam 79 372 294 3.7E-8
Coils 802 822 21 -
MobiDBLite 812 851 40 -
MobiDBLite 814 851 38 -
MobiDBLite 864 889 26 -
MobiDBLite 874 889 16 -

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Biological process Intracellular protein transport The directed movement of proteins in a cell, including the movement of proteins between specific compartments or structures within a cell, such as organelles of a eukaryotic cell.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi1g1v0529600.2, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…