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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0637600 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0637600.1 |
| Related isoforms 4 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Transportin-3; TAIR: AT1G12930.1 ARM repeat superfamily protein; Swiss-Prot: sp|Q8GUL2|MOS14_ARATH Transportin MOS14; TrEMBL-Plants: tr|A0A151QYH4|A0A151QYH4_CAJCA Transportin-3; Found in the gene: LotjaGi1g1v0637600 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:119269765..119293947) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
GTACGGTAAAAAAAAGTGTTGCCTTGCCTGGTTGTTTTATTTTTAAAGGATTTTTTATTTTATTTTATTTATAAAGCCAA AAGAGGTAGTAAGTGAGTGGGAAACAAGGGTTGGTGTATATAATAATAATAGTGTGGGTCACATTAACATAGGAGCAAAG GCAAACCCTGACCCTAACTGGTGTTTCATCTCCCATAGCCGTCCGATGAAAGAGGGGAACAACGGTTAACAGATTCAGTT TCATTCACTGGCGTCGCTTCCTCCTTCCTTCCACCTTCCAATTCCATCATCATTCTCTTCCTCTTTTTCCTATTTTAATT TATTTATTCTTCACCCACCCACCACTCAGAAAATAGAGAGAAAAAAAAAAATAAAAATAAAAAAGACAGTGAGCGAGTGA GTGTGAGTGAGAAAGAGGAGATGGAATTGGCAATGAAGGTAGCTGAGGCCGTCCATGTGTTGAACCACGATACCCAATCG TGCAACCGCGTCGCAGCCAATCAGTGGCTCGTTCAGTTCCAACAAACTCACGCCGCCTGGGACGTCGCCACCAACATCCT CACCGCCGATCGCCGCCACACCACCAATTTCGAGGTCGAGTTCTTCGCCGCACAGATTCTCAAACGCAAGGTGTCCCCTC TTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTAGCATTGTGTTGATTTTAGCCTCACCAATTAGAACAAACTTGGAAAATTGTAATTGA ATTGATTTTGTCAGTTAATACGTTGTCTTGTCATCAGTGGAAAATGGAAAAAAAGTGTATGTTTTCTTCTTCCGGTCAAA CTTGCAGAAACTTCCAAATTGTGACGAGTTTAGTGGTAACTTGCTGCCAATATATAATATCTCAAGATTTGAAGCTCAAA AAATAGAAATTCATGGAAACTTCAGGACCGACGCTTCAGCTGTTCGGCATACGGCCATAATTTTTTTTGATTGGCAAATG 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CDS sequence (LotjaGi1g1v0637600.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGAATTGGCAATGAAGGTAGCTGAGGCCGTCCATGTGTTGAACCACGATACCCAATCGTGCAACCGCGTCGCAGCCAA TCAGTGGCTCGTTCAGTTCCAACAAACTCACGCCGCCTGGGACGTCGCCACCAACATCCTCACCGCCGATCGCCGCCACA CCACCAATTTCGAGGTCGAGTTCTTCGCCGCACAGATTCTCAAACGCAAGATACAAAATGAAGGTTATCAACTGCAATTG GGAGCTAAGGATGCTTTGTTAAATGCTCTTCTTCTTGCAGTCCAAAGATTCAGTAGTGGCCCTCCCCAGCTCTTAACGCA GATTTGTCTTGCACTATCTGCTCTCATACTTCAAGTTGTTGCACATGGAAACCCGATTGAGCAGCTTTTTTACAGTCTCC AGAATCTGCAGAGCCAGGATGGTGGCAATATGGCTGTCCTCGAGATGCTCACTGTCCTCCCAGAGGAAGTTGTTGACAGC CAACGTATTGACTCTAAAATGAGTTCATTGCACAAAAGCCACTATACCCAGGAGCTTCTCTCCCATACGTCTATGGTTCT TGAGTTCTTGCGGCAGCAATCTGAAATAAATTCTGATGGTTCTGTGCAACATCATGAAAGGAACAAGAAAATTTTGCGCT GCTTTTTGAGCTGGATTAGGGCAGGTTGCTTCTCCGAGATTTCTTCAGGAACATTACCAGCTCACCCACTTCTAAATTTT GTATTCAACTCCTTACAGGTTCCTTTGACATTTGATCTGGCCATTGAAGTTCTTGTTGAACTTGGGACTAAACATGAGGG ATTGCCCCAAATTTTGTTATGCAGAGTACATTACCTGAAGGAAGTACTTCTTTTTCCAGCTCTGACTAGGGGAGACATGA AAGTAATTGGTGGCGTAGCGTGCCTCTTGTCAGAAATTGGGCAGGCTGCTCCATCTCTAATTGTCGAAGCAAATGCAGAA GCCCTTGCACTGGCAGATGCGCTCCTGAGCTGTGTAGCATTTCCATGTGAAGATTGGGAGATTGCAGACTCAACCCTGCA GTTTTGGTCTACTCTTGCGAGCTATATACTTGGAATTGATGAAGATGACAGAGAAAGTAGAAAACACGCGGAAGACATTT TTTCACCTGTGTTCTCAGCATTACTTGATTCACTGTTATTGCGTTCTCAGGTGGATGACTCTACATATAATGATGAGGGA AGAGTGATTGATTTACCTGATGGGCTTGTCCATTTCAGAATGAACCTAGTAGAACTTTTGGTGGATATATGTCATATGTT AGGATCTTCTATATTTATGCAAAAGCTCTTTATTGGTAGGTGGGCATCTCAGAATCCATCAATCCCTTGGAAGGAAGTGG AAAGCAAGCTTTTTGCGCTTAATGCTGCTGCCGATGTGATCATACAGGATGGCCAAAGTTACGGTTTCTCTGTAATCATG CAGTTGGTGACCATGTTGTCCACTAAGCCTTCTGATGGCTTAAAGGGTTTCATTTGCATTGTATACAGATCTCTAGCGGA TGCTATTGGTTCTTATTCCAAGTGGGTATCTGCTTTTAAGGAAAATTTTAGACCCTTGCTATTATTTCTTGCTATTGGGA TTTCAGAGCCTCTTTCTTCAAATGCTTGCGCATCTGCCCTGCGTAAAATCTGTGAAGATGCTTCAGTAGTAATTTATGAA CCTTCAAATTTGGAGATTTTAATGTGGATTGGAGAGGGCCTCGAGAAGTGGCATTTATCATTGGAAGATGAGGAAGAAGT TATGCAGGCAATAAGTTTGGTCCTTGGTTCTGTTCCCAATCAAGAACTAAAGAGCAACTTATTGGCTAGATTGCTTTCAT CCAGTTATGAAGCTATTGGGAAGCTTGTTGATCCAGATAAGAGCCTTTCTCTTAAACAGAACCCTGCTTCTTACACACAA ATTTTGAGTGCAGCCTCTAGAGGATTGCACAGAATGGGAACTATATTCAGTCATCTTCCCATATCGGTGGCGACTGAACC TGAGGCAGATGAATTAATACTTTCACTGCTTAGAGTTTTCTGGCCCATCTTGGAGAAAATTTTTAGTTCTGAGCATATGG AGAGTGGCAATTTATCCATAGCAGCTTGCCGGGCCCTTTCACTAGCTATTCAATCTTCAGGTCAGCATTTTGTGACACTA CTGCCCAAAGTGTTAGATTGGCTTTCCACAAATTTTGTTTCATTCCAAAGTCATGAGTGTTATATAAGAACTGCTTCCAT TGTCATTGAAGAATTTGGTCACCGAGAGGAGTATGGACCTTTATTTGTCACCATGTTTGAAAGATTTACCCATGCAACTT CTGTAATGGCTCTAACTTCCTCTTACATATGTGACCAAGAACCTGACTTGGTGGAGGCCTACACCAATTTCACATCCACG TTTATTCGTTCCTGTAACAAGGATACTCTTTCAGCATGTGGTTCTCTTCTTGAAGTTTCTATCCAGAAAGCAGCTATATG TTGCACAGCCATGCACCGCGGTGCTGCGCTAGCTGCGATGTCATATTTATCTTGTTTCTTAGATGTGGGCCTTGTCTCTT TGTTAGAGTGTATGAATTGTATTATTGAGGAGTCATTCAACAACACGGCCATTCATGTCATATCTCACAGCGGAGAGGGG CTTGTATCTAATGTGGTGTATGCTTTACTCGGTGTGTCTGCTATGTCGCGGGTTCATAAGTGTGCAACAATTTTGCAACA ACTGGCGGCAATTTGTACTTTATCCGAAAGAACAACATGGAAGGCTATACTTTGCTGGCAGACTTTTCACGGGTGGCTGC AATCAGCGGTTCAGGCTCTTCCTGTGGAATACCTAAACCATGGAGAAGCAGAAACCATAGTTCCACTCTGGTCAAAGGCC CTTACTGATGCAGCTACTGATTATATTGAGAGCAAGAACTCTGATGGAGTGAAGAGTAATTTTGGACACATGCAAGGAAA GGGTGGGAGAGTTTTGAAGCGTCTGGTTCGGGAATTCGCTGATGCTCATCGAAATATTCCAAATCTGACTTGA
Protein sequence (LotjaGi1g1v0637600.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MELAMKVAEAVHVLNHDTQSCNRVAANQWLVQFQQTHAAWDVATNILTADRRHTTNFEVEFFAAQILKRKIQNEGYQLQL GAKDALLNALLLAVQRFSSGPPQLLTQICLALSALILQVVAHGNPIEQLFYSLQNLQSQDGGNMAVLEMLTVLPEEVVDS QRIDSKMSSLHKSHYTQELLSHTSMVLEFLRQQSEINSDGSVQHHERNKKILRCFLSWIRAGCFSEISSGTLPAHPLLNF VFNSLQVPLTFDLAIEVLVELGTKHEGLPQILLCRVHYLKEVLLFPALTRGDMKVIGGVACLLSEIGQAAPSLIVEANAE ALALADALLSCVAFPCEDWEIADSTLQFWSTLASYILGIDEDDRESRKHAEDIFSPVFSALLDSLLLRSQVDDSTYNDEG RVIDLPDGLVHFRMNLVELLVDICHMLGSSIFMQKLFIGRWASQNPSIPWKEVESKLFALNAAADVIIQDGQSYGFSVIM QLVTMLSTKPSDGLKGFICIVYRSLADAIGSYSKWVSAFKENFRPLLLFLAIGISEPLSSNACASALRKICEDASVVIYE PSNLEILMWIGEGLEKWHLSLEDEEEVMQAISLVLGSVPNQELKSNLLARLLSSSYEAIGKLVDPDKSLSLKQNPASYTQ ILSAASRGLHRMGTIFSHLPISVATEPEADELILSLLRVFWPILEKIFSSEHMESGNLSIAACRALSLAIQSSGQHFVTL LPKVLDWLSTNFVSFQSHECYIRTASIVIEEFGHREEYGPLFVTMFERFTHATSVMALTSSYICDQEPDLVEAYTNFTST FIRSCNKDTLSACGSLLEVSIQKAAICCTAMHRGAALAAMSYLSCFLDVGLVSLLECMNCIIEESFNNTAIHVISHSGEG LVSNVVYALLGVSAMSRVHKCATILQQLAAICTLSERTTWKAILCWQTFHGWLQSAVQALPVEYLNHGEAETIVPLWSKA LTDAATDYIESKNSDGVKSNFGHMQGKGGRVLKRLVREFADAHRNIPNLT
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| SUPERFAMILY | 1 | 811 | 811 | 1.28E-46 | ||
| Gene3D | 3 | 981 | 979 | 4.3E-196 | ||
| PANTHER | 6 | 1008 | 1003 | 6.5E-216 | – | |
| Pfam | 101 | 258 | 158 | 6.6E-22 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi1g1v0637600.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…