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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0684600 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0684600.3 |
| Related isoforms 5 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | HEAT repeat family protein, expressed; TAIR: AT2G36810.2 ARM repeat superfamily protein; Swiss-Prot: sp|F4IP13|SHGR6_ARATH Protein SHOOT GRAVITROPISM 6; TrEMBL-Plants: tr|A0A151TV93|A0A151TV93_CAJCA HEAT repeat-containing protein 7A isogeny; Found in the gene: LotjaGi1g1v0684600 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:125136989..125158939) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CCTCATTTGCTTGTAGTTAATTGTGGTTATGGCCTCACACTGTTACTTGGTTGGTTCATCTGGAGAGTTGTTCATTGAAT ATGTCGTCCGGCATTGCGCTCACACAGATAAATATCGGAGTGATCTTGAGATCACACCAAATAAGAGAACAGAGGTACAA TCTTTTCGCTTTTCGTGTTCCCTCAACAAAAACCTCAAAAAAAATTGCGAGTGATGTACATATCTTTGAATTAACGAGGG TGGGTTATCATGATTCTTAAGTATGGTTTTACTTTTGAGCTTATTGTTTTAAGGACGTGGGTATATTTGGTTATTTTCTC GGATAAATTATTCCTATTTTCTTCAGCGTCTTCCGTGTTTTCAGGGCTATTCTATGTTGATTTCATTGTAAGGCTTCCTT GGAGGAGCTCCTTCCACATGCTATTCTCTTTTTTCCTTTTTTAATTTAATGGTTATCCTAGACTTTAACTTTCTTTCATC ATAAAATTTGTTCTTTTATTGAAAGCGAGAACAGTGACATTAATATTTCTGTACGGTTCTAGCATGCTTTTATCTATTGT AAACCCCTAGCTCTTTGTTGTTCACTTGTTCTCTTCAGATGAAAATTGGAGCAGTTACTCCGGGGGAGTTAAGAGCAGTT TGTGAAAAAGGTCTCCTTTTGGTTACTATTACTATTCCTGAAATGGAGGTAAAATTATGTACTGATTTTGTGGTAGTGGT TTCACTTGTGTCCTGGGTCCTATTATTTGTTTTAGTTCCCTATTTGGTAATTTGCCAATAAAATGACTTGAGTTGATATT GGATTTTTACAGCACATACTTTGGCCTTTTCTCTTGAGGATGATTATTCCACGGACCTACACCGGTGCTGTTGCCACGGT AAATGTTCTACATGTAGCAAAATGTCTGTAGGGTAGTTCAATTATATCCTCATATGTTTGACTGATTTTATTAATCCATG 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GGCAAACCTTGTAATTGCATGATAGGCTAACTGAACCGGTCATTGTCATATATTAGCTTCTTAATATTACAGCAAGCTCG TTTCATTCCAATGATTGTTTTTCCAAGGTACATGCTGCTGTTCCTCGTCTGGTTTTGCATCTTCATGATGAAGATTTTAG TGTCCGACTAGCCTGTCGGGTAATTAACCACCATCTTGGATTTTCTAGAATTGGAGATTTGTGAATAAACATCTGACATG ATAATTATTTCTTTCTGAAACATACTGGCTAGCAGAATACTCTGAAACGAGTTTGCCCATTGATGGAAATTGAAGGATTG ATCGCCCTGGTAAACACACACAGTTTCCTTTCTGATCACCGGTATGGTTTAAGAGATTGTAAAATTGCATAGTTTTGCAA TTATTTTCAGAGGGCTTAAAGGCTCAATTAGGCCCTATAATTGTAAAGGCAATCAAATCCGGTCCCTGTAAAATTTTCGC ATCAAATTGGATCCCTAAATTTCTTTTTTTAATCCAATTAAGGACAAAGTGTGCCAACAGCTGATGTGGCTCGATTTTTA GCCTAGTCAGCTTTTCCACATGGCATTTTGATTTTTTTTAAAATTGAAAATTTTGAATTCTTAATTTTTTTAATTCCAAC TCATAACATTAAAAAAAAACCTAATCTAATCTAAAAAAAACCTAACCTAATCAGAAAAAAAAAAAAATCTCACCACTTAA ACATCTTCATCATCATTCATCTTCAAAACCAGAAATTCACCACTTAAACATCTTCATTCATCTTTATTCTCATTCATCTT CAAATCTTTATTCTCATTCATCTTCAAATCCATAAATTTAAGAACCCATAAATTTATCCTCCTCTTCATCCTCATTCATC TTCAAATCACTAACTAACCTAAACACCAAACTAAATTAAAATTCCTAAATACCTAAATAACCCCAAACCCCTTAAGATAA ATCCCCCTTCCTCTTCTATTCTGCAAATTTGCAAAATTCCATTGTGAAAAAATTACAGTGAAGAGAAAGAAGGATCAGAT CTAGGAAACAGTAAAAAAATGAAACATTGGCACAACCACAAACAAGTTAAGAGCGACAGAAAGTTTTCAACTAAGTGGCA ATGCTCCACCGCTCCAACATGCAAAACCTTCCAATGAATTAAGCATCTAAACTCCCTCACAATTGAAGAAGTCCACAACC AGGCTTTCCCTTGAATTAAGCTCAATAAGTTGTCCCAATCTAGATTTTCGTTAGAAAACACCAGTCTATTTCGCAAACAA CCGAAATCAACCCTCCATTGGAAACATCTAACTCATCCACGTACAAATCCTCAGTGCTCCGGAAAACCGCGTGCAGCCAG ACCACCGCGGTGCCGACGAGGAGCGACATGAGGACGCTGAGCCAGATCTCGGTGAGGACGAGCGCAACAACCGTGACTAC CCAGAGCGCGATGAGGAGGAAACGGTGGTCGACGGTGCGGGAGCGGACTACGACAGGGCGGTCGCGAAAGAAGAAGAGGA AGAACCAGGCGAGGAAGCCGGTGAGGTTGGGGAAGGAGGTGTTTTTGGGGGAGGAGAAGGTTTTAGCCCATATCTCGATT GGGTCTTGTTTGAGCAGAGAGTGAGGGTCTTGCTCTTGTTCTTCATCTGGTTTGCTGGGTTGGTGGTGAAGGGTGTGGAA AGGAAAATGGATCTTCTTAAATTAGGTTTTCAGATTAGGTTTAGTTTTTTTTTTAGATTAAGTTTTTTTTAATGAGTTGG AATTAGTTTGTATTAAAAAAAAAAGATAAAAGCCACCTGTCAATGATGACAGTGTAAAAATTAAGACACATCAGACCCAG TCACACTTTGGACCCAATTAGATTAAAAAAAAAAATTAGGGACCCAATTTGATGCGAAAATTTTACAAGGATCAGATTTG ATTCCCTTTACAATTTCAGGGACCAATAGAGTATTTAAGCCTTTTCAGAGTTTTCTTTTGAAAAAATATTACATCTGTCT TTTTTTGTGTTTTTAGAAGTGACTATGAGGACTTTCTCCGAGACATTGCAAAGCAGTTCATTCAGCATCTTCCATCCAGA GTTGATACTTATATGGCTTCTACAGTGCAGGTTCTTATTCACTTTGCTGGGTTGCTGCTATACAACATAACTAATTAATT TCAATTCATGCGTGCTTTTTACTATAACATGAAATCAGTCATGACTTTATACTAGCTGAAATTGAGATCATATCAAGGGG TGCTCTTTTATTTTCTTTTGTTGCGGTCTTCCATTCTGGAACAGTTCCGCTCTCTTTGGATCCTATGGATTGTTATCTTT TTTGTTTTTTCCATTTTAGTTAAAATGGACTCTAATGTTTTTTTTATAACACGCAAAATTACAGCTGTACGGTTCTAATT TGGATATTGTCCTGCTTAAGTTATCTCTAAGTTTCACTTTTCTTTATTGGAAGAGTTATCTGCAACTGTTCTAGGTTTAA TCGTACTGTTCCTCATCTCTTCATTTTGTCATATTTTATTACTCCAAAACTTGCGATACACTTCTTTTGTGGTAGTGAGC ATGATCTTTTGACTCTGTCTGTCCTTTGTATATCTTGGAATGTATCTGATTCCTGCTAAATTTATCTAGATTTTCTTTTC ATGGACTTTCTACTTGATTATTTTCACCGTTGAGACTATTATGAAACATGGAATAATTCTAAAGTAATAAAGTCTAGACT TCAATTTTTCATGGATTTTCTACTTGATTATTTTCACTGTTGAGAGTATTATTAAACATGGAATAATTCTAAAGTAATAA AGTCTAGACTTCAATCCAATGCTTTGTGAATAAATTTTCTTTCTGTTTAAATCTAACGTCATGAGAATTTAGCTGTTTGC TTTGTTGATGAGGCAGGCTTTTGATGCACCATGGCCTATAATTCAGGCAAATGCTATGTACATGTGTGGTAGCATGCTCT CTCTATCAGACAATCAGCATATTTTAGCTGACTACCATACACAGGTATTTCCTGGATATGCTTTTGCTCTGGCATTTCTG TTAAAATTGAAGTTTCACCAGATCTGTATCCTCTTTAGGTATTTGGTATGCTGGTGGGAAAAATGAGTCAATCTCCTGAT GCTATTGTTAGAGCAACATGTTCTTCTGCTCTGGGCTTGTTGCTGAAGTCCTCCAATTCATGTTCGTGGAGAGCTGTTCA TCTTGATCGGGAAGACTCGACAATAAGGAACCATGATGCGGAGTCTACGTGAACTACAAATTCAAAAAGGTATAATCAGA GTCATGATGAGCCATGAGCTTGAAGCACCCGAGAATTGGCCGAACGGATTAGTCTGCTGCTCCTGCATATTTGTGGGGTT CATGTGCAAGTCATTTACCTACCGGTAGATACGATATGTACAGTGTTTGGTGCCTCTAACCACCTCCTTTGTAGTAAAGT CATTTGTGGGGTTCATGTGCAAGTCTTTTGTTGTAAAGTTTGATAAAGGACCTCCAATTTCTTTCCTTTTCTTTCTTTCT TTAATGTACATGAATACAGTTCATGTTAATTGTTTGTATTGTTGTATATTAGTTAAACTTCATGGAAATAAAACATCACT GTATGGGTATATTTTTAGTTGGCTTAATTGCACATTTGGTACCCCACTTTTACATTTCCCATGATTTTGGTCCCTAACAA AATTTAATTGCATAACGCATCCCCCACGAAT
CDS sequence (LotjaGi1g1v0684600.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGAAAATTGGAGCAGTTACTCCGGGGGAGTTAAGAGCAGTTTGTGAAAAAGGTCTCCTTTTGGTTACTATTACTATTCC TGAAATGGAGCACATACTTTGGCCTTTTCTCTTGAGGATGATTATTCCACGGACCTACACCGGTGCTGTTGCCACGGTTT GCAGGTGCATCTCGGAATTGTGGCGGCATAGATCTTATGGCAATGATATGTTGAGTGAGTGCAAAACCCGTCCTGATATA CCAACTGCACAGGAACTTCTTGCCCGTTTGGTGGTGCTTTTGCATGATCCACTAGCAAGGGAGCAATTGGCCACTCAGAT TTTGACAGTTCTATGTCTTGTGGCACCTCTATTTCCAAGAAATATCAATTTGTTTTGGCAAGACGAGATTCCAAAGATGA AGGCATATGTTTGTGATACAGAAGACTTGAAGCAGGATCCGTCTTATCAAGACACTTGGGATGACATGATAATACACTTT CTTGCAGAATCTTTGGACGTAATTCAAGATGCAGATTGGGTTATGTCTCTTGGAAATATTTTTGCCAAGCATTATGAACT TTATACATCTGATGATGAACATGCTGGACTGCTTCACCGGTGTTTGGGCATTCTGCTTCAAAGGGTTAATGACAGGGCTT ATGTCCGTGATAAAATAGATTGGATGTATAAGCAGGCAAACATTGCAATTCCAACAAATAGGCTTGGGTTGGCAAAAGCA ATGGGATTGGTTGCTGCATCCCACTTGGATACAGTGTTGGATAAGCTGAAGGATATTCTAGACAATGTTGGACAAAGCAT ATTCCAGAGGATACTGTCATTGTTCTCTGATAATTTCAGAACAGAAGAGTCTGATGACATACATGCTGCTTTGGCTCTAA TGTATGGATATGCTGCAAAGTATGCCCCATCAACAGTTATTGAAGCCAGAATAAATGCCCTTATTGGCACCAATATGCTC TCAAGGCTTCTTCATGTGCGTCACCCCATAGCCAAGCAAGCTGTCATCACAGCAATAGATTTACTAGGTAATGCTGTCAT TAATGCTGCTGAAAGTGGTTCACCATTTCCATTGAAAAGAAGGGATCAACTACTAGATTTTATTTTAACTTTAATGGGCC GGGATGACAATGATGGCTTTGCTGATTACAATGAACTTTTGCGTACTCAGGCCCTTGCTATAAGTGCCTGCACTACGTTG GTCTCCGTTGAGCCAAAACTAACGGTTGAAACTCGAAACCATGTAATGAAGGCGACATTGGGGTTCTTTGCAATACAAAA TGACCCAGTTGATGTTGTCAATCCTCTTATAAACAATCTGATTACTCTGTTGTGTGCAATTCTTCTCACTGGTGGGGAGG ATGGAAGAAGTCGAGCAGAGCTGCTACTGCTTATCCTGAGGCAAATTGATCAATTTGTCTCTTCTCCTGTTGAATATCAG AGGAAAAGAGGTTGTCTGGCTGTCCATGAGATGCTTCTCAAATTTCGGATGGTTTGTGTTAGTGGGTACTGTGCACTGGG CTGCCATGGGAGTTGTGTACATAACAAGCAAATTGACCATACTCTATATGGGAATTTTTCAAAGCTGCCATCTGCATTTG TATTGCCAAGTCGTGAGGCTTTGTGCTTGGGAGATAGGGTAATAATGTACCTTCCACGTTGTGCAGACACAAATTCTGAT GTACGAAAAATATCAGCACAAATTCTTGATCAACTCTTCAGTATTTCTCTTTCACTTCCAAAACCTGCTGGTTTTTCTAT ATCTGCTGAAGATATAGAATTGTCATACATTGCTTTGTCTTCTCTTGGAGATGTTATAGCCATATTGAGAAATGATACCT CCATTGATCCATCAGAAGTTTTCAACAGGATTGTTTCTTCCCTCTGTGTTTTACTGACAAAGGATGAGGCAATTATCTCT CTCTCTCTCTCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGGGGGGGGGGGTCATGTTATGGTTGATAACACTGTTGACACTCTTGTGCA GCTGGTTGCTATGCTGCATGGTTGCTCAGCAGCTATATGTGATAAGATCAAGCAGTCAGCTGAAGGTGCTATTCAAGCTG TTATTGAGTTAGTTACAAAGAGAGGGAGTGAACTGACTGAGATTGATATCTCAAGGACAACCCAATCATTGATCTCTGCC ACCGTGCATGCAACTGATAAGCATTTGCGAGTGGAAACTCTAGGTGCTATTGCTTCTTTGGCTGAAAATACTAGTCCGAA ATCTGTTTTTGATGAAGTTCTGGCTACTGCTGGAAGAGATACAGTCACAAAGGATATATCAAGGTTACGTGGTGGATGGC CCATGCAGGACGCATTCTATGCATTTTCTCAGCACATGGTACTGTCAGCTTTGTTTCTAGAACATTTGATATCTGTCCTT AGCCAGATTCCTATTCTTAAAAGTGACGCGGATAGAGTTGAGGATAGCCAGGTGGACAATTATACAGAGGATGGCAAACT GGAAGCTGCAATTCTCGCTCTTACTGCTTTCTTCAAAGGTGGCGGGAAAGTCGGAAAAAGGGCTGTTGAGCAAAACTATG CTTCTGTTCTTTCTGAGCTTATGCTGCTACTTGGAAGCTGTCATGGTCTAACTTACTCTGGTCAGCATGGACCATTGCGG AATCTTCTAACTGCATTTCAGGCATTCTGTGAATGTGTTGGCGACCTTGAGATGGGCAAGATTTTAGCTAGAGATGGGGA ACTATCTGAAAATGAGCGGTGGATTAATCTCATTGGAGACTTAGCAGGATGCATATCTATTAAGCGGCCAAAAGAGGTAC AAAATATTTGTCTATTTTTGAATAAATCATTGGATCGACAGCAGAAATACCAAAGAGAAGCTGCAGCTGCTGCATTGTCA GAATTTGTTCGTTATAGTGGTGGACTTGGTTCGCTTTTGGAGCAAATGGTTGAGGTTTTATGTCGACGCGTAACAGATGA GTCTTCTACTGTTCGGCGTTTTTGTTTGAGAGGATTAGTCCAGATCCCATTGATTCATATTTCGAAGTATACGACTCAAA TCTTGGGTGTTATACTAGCTCTGTTAGATGATTCTGATGAATCTGTACAATTAACTGCAGTATCATGCTTACTGATGATT CTTGAATCTTCACCTAAAGATGCAGTTGAGCCCATATTGCTTAATCTTTCAATACGGCTTCGAAATCTTCAAACAAGCAT GAATGCAAAGATGCGAGCCAGTTCTTTTGCAGTATTTGGAGCACTAAGCAATTATGGAGTTGGTGCACTAAAAGAGGCAT TTGTTGAGCAGGTACATGCTGCTGTTCCTCGTCTGGTTTTGCATCTTCATGATGAAGATTTTAGTGTCCGACTAGCCTGT CGGAATACTCTGAAACGAGTTTGCCCATTGATGGAAATTGAAGGATTGATCGCCCTGGTAAACACACACAGTTTCCTTTC TGATCACCGAAGTGACTATGAGGACTTTCTCCGAGACATTGCAAAGCAGTTCATTCAGCATCTTCCATCCAGAGTTGATA CTTATATGGCTTCTACAGTGCAGGCTTTTGATGCACCATGGCCTATAATTCAGGCAAATGCTATGTACATGTGTGGTAGC ATGCTCTCTCTATCAGACAATCAGCATATTTTAGCTGACTACCATACACAGGTATTTGGTATGCTGGTGGGAAAAATGAG TCAATCTCCTGATGCTATTGTTAGAGCAACATGTTCTTCTGCTCTGGGCTTGTTGCTGAAGTCCTCCAATTCATGTTCGT GGAGAGCTGTTCATCTTGATCGGGAAGACTCGACAATAAGGAACCATGATGCGGAGTCTACGTGA
Protein sequence (LotjaGi1g1v0684600.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MKIGAVTPGELRAVCEKGLLLVTITIPEMEHILWPFLLRMIIPRTYTGAVATVCRCISELWRHRSYGNDMLSECKTRPDI PTAQELLARLVVLLHDPLAREQLATQILTVLCLVAPLFPRNINLFWQDEIPKMKAYVCDTEDLKQDPSYQDTWDDMIIHF LAESLDVIQDADWVMSLGNIFAKHYELYTSDDEHAGLLHRCLGILLQRVNDRAYVRDKIDWMYKQANIAIPTNRLGLAKA MGLVAASHLDTVLDKLKDILDNVGQSIFQRILSLFSDNFRTEESDDIHAALALMYGYAAKYAPSTVIEARINALIGTNML SRLLHVRHPIAKQAVITAIDLLGNAVINAAESGSPFPLKRRDQLLDFILTLMGRDDNDGFADYNELLRTQALAISACTTL VSVEPKLTVETRNHVMKATLGFFAIQNDPVDVVNPLINNLITLLCAILLTGGEDGRSRAELLLLILRQIDQFVSSPVEYQ RKRGCLAVHEMLLKFRMVCVSGYCALGCHGSCVHNKQIDHTLYGNFSKLPSAFVLPSREALCLGDRVIMYLPRCADTNSD VRKISAQILDQLFSISLSLPKPAGFSISAEDIELSYIALSSLGDVIAILRNDTSIDPSEVFNRIVSSLCVLLTKDEAIIS LSLSLCVCVCGGGGHVMVDNTVDTLVQLVAMLHGCSAAICDKIKQSAEGAIQAVIELVTKRGSELTEIDISRTTQSLISA TVHATDKHLRVETLGAIASLAENTSPKSVFDEVLATAGRDTVTKDISRLRGGWPMQDAFYAFSQHMVLSALFLEHLISVL SQIPILKSDADRVEDSQVDNYTEDGKLEAAILALTAFFKGGGKVGKRAVEQNYASVLSELMLLLGSCHGLTYSGQHGPLR NLLTAFQAFCECVGDLEMGKILARDGELSENERWINLIGDLAGCISIKRPKEVQNICLFLNKSLDRQQKYQREAAAAALS EFVRYSGGLGSLLEQMVEVLCRRVTDESSTVRRFCLRGLVQIPLIHISKYTTQILGVILALLDDSDESVQLTAVSCLLMI LESSPKDAVEPILLNLSIRLRNLQTSMNAKMRASSFAVFGALSNYGVGALKEAFVEQVHAAVPRLVLHLHDEDFSVRLAC RNTLKRVCPLMEIEGLIALVNTHSFLSDHRSDYEDFLRDIAKQFIQHLPSRVDTYMASTVQAFDAPWPIIQANAMYMCGS MLSLSDNQHILADYHTQVFGMLVGKMSQSPDAIVRATCSSALGLLLKSSNSCSWRAVHLDREDSTIRNHDAEST
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 7 | 643 | 637 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 7 | 643 | 637 | 0.0 | – | |
| SUPERFAMILY | 94 | 748 | 655 | 3.31E-12 | ||
| SUPERFAMILY | 552 | 1252 | 701 | 5.08E-36 | ||
| PANTHER | 667 | 1246 | 580 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 667 | 1246 | 580 | 0.0 | – | |
| Gene3D | 929 | 1267 | 339 | 1.1E-14 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi1g1v0684600.3, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…