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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0684600 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0684600.4 |
| Related isoforms 5 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | HEAT repeat family protein, expressed; TAIR: AT2G36810.2 ARM repeat superfamily protein; Swiss-Prot: sp|F4IP13|SHGR6_ARATH Protein SHOOT GRAVITROPISM 6; TrEMBL-Plants: tr|K7MZ41|K7MZ41_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0684600 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:125137077..125168417) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
ATTAAACTTAAAAAAGAGTTTATTTCCTGGCAAGGCAACACAGAACAGAACCAGCGCAGCAACTATTTATGTTGCTCACG CTTCTCCTCTCTTCTTCTGTGTTCCTTCATTTCTCAGAATCATTGCATCTTCCTTTCTTCCATCCATGGCTTCCTCAACC TCCATTCCTGCACCTGGTACTTCCTTCCTTCTTCTTCTTCTTCCATTGCGATTTTCTCCTTCATTTCCTCCTCTGATCTC TCTCAACTCTCGTTCCGCTCTTTTTTTTTTTTTTGCAGAGGCCGTTCAGGTTCTCCTATCACTTCTTGCTGATGATTCCT CCTCCGTCAGAGAAGCCTCCATGTCCTCTCTCAAGGACCTTTCCGCCCTGTAATTAACCGTCACCGCTTTCTCTTTCCTC ATAATTCCGGTTGAATTCGGTCACCTCACGGTGTTTCTGTGATTTTTGTAGGAATCCTCTTCTCATTCTCGAATGCTGTG CGGCGGTTTCGCGCGGAGGACGCCGGGTGAGAATTTGCTAATCCTTTCGGTTGGATGGAAATTTGGAGAGAATTTGCTGC TAATTTCTTTTTTCTGTTTTTTTTTTGGTGTTTCAGCGATTTGGCAACATGGCTGGAGTTTTTGAAGTGATGGCGTTTGG AGTTCGAGCTCTTGATAAACGAGATGTTGACTCTGCTTTCATGGCAAAGCTTGCCAAGATTGCTACTGCTGAGATGATAT CCTCCTCTAAGGTATGCAGTTCTGTTTTCAGTAGCTCCACTAGTGCTTATGTGGTGTGATTTCACTTTGCATGTAGTGAT TCAGTGTTTGAAATTTAGCTGTCTAATTTTTGTGAGCAAATTGCTTAGCAGCCATTTCATTCATTTTTGACTTAGGAAGT TAGTTTGCTGGGAATTGAGGGGGTAGCAAGTCTGCATAGAAACAATGATCGGGATTTTGTTTGGGTGTCAAAGTTGAGCT 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CDS sequence (LotjaGi1g1v0684600.4) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
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ATGTCTCTTGGAAATATTTTTGCCAAGCATTATGAACTTTATACATCTGATGATGAACATGCTGGACTGCTTCACCGGTG TTTGGGCATTCTGCTTCAAAGGGTTAATGACAGGGCTTATGTCCGTGATAAAATAGATTGGATGTATAAGCAGGCAAACA TTGCAATTCCAACAAATAGGCTTGGGTTGGCAAAAGCAATGGGATTGGTTGCTGCATCCCACTTGGATACAGTGTTGGAT AAGCTGAAGGATATTCTAGACAATGTTGGACAAAGCATATTCCAGAGGATACTGTCATTGTTCTCTGATAATTTCAGAAC AGAAGAGTCTGATGACATACATGCTGCTTTGGCTCTAATGTATGGATATGCTGCAAAGTATGCCCCATCAACAGTTATTG AAGCCAGAATAAATGCCCTTATTGGCACCAATATGCTCTCAAGGCTTCTTCATGTGCGTCACCCCATAGCCAAGCAAGCT GTCATCACAGCAATAGATTTACTAGGTAATGCTGTCATTAATGCTGCTGAAAGTGGTTCACCATTTCCATTGAAAAGAAG GGATCAACTACTAGATTTTATTTTAACTTTAATGGGCCGGGATGACAATGATGGCTTTGCTGATTACAATGAACTTTTGC GTACTCAGGCCCTTGCTATAAGTGCCTGCACTACGTTGGTCTCCGTTGAGCCAAAACTAACGGTTGAAACTCGAAACCAT GTAATGAAGGCGACATTGGGGTTCTTTGCAATACAAAATGACCCAGTTGATGTTGTCAATCCTCTTATAAACAATCTGAT TACTCTGTTGTGTGCAATTCTTCTCACTGGTGGGGAGGATGGAAGAAGTCGAGCAGAGCTGCTACTGCTTATCCTGAGGC AAATTGATCAATTTGTCTCTTCTCCTGTTGAATATCAGAGGAAAAGAGGTTGTCTGGCTGTCCATGAGATGCTTCTCAAA TTTCGGATGGTTTGTGTTAGTGGGTACTGTGCACTGGGCTGCCATGGGAGTTGTGTACATAACAAGCAAATTGACCATAC TCTATATGGGAATTTTTCAAAGCTGCCATCTGCATTTGTATTGCCAAGTCGTGAGGCTTTGTGCTTGGGAGATAGGGTAA TAATGTACCTTCCACGTTGTGCAGACACAAATTCTGATGTACGAAAAATATCAGCACAAATTCTTGATCAACTCTTCAGT ATTTCTCTTTCACTTCCAAAACCTGCTGGTTTTTCTATATCTGCTGAAGATATAGAATTGTCATACATTGCTTTGTCTTC TCTTGGAGATGTTATAGCCATATTGAGAAATGATACCTCCATTGATCCATCAGAAGTTTTCAACAGGATTGTTTCTTCCC TCTGTGTTTTACTGACAAAGGATGAGCTGGTTGCTATGCTGCATGGTTGCTCAGCAGCTATATGTGATAAGATCAAGCAG TCAGCTGAAGGTGCTATTCAAGCTGTTATTGAGTTAGTTACAAAGAGAGGGAGTGAACTGACTGAGATTGATATCTCAAG GACAACCCAATCATTGATCTCTGCCACCGTGCATGCAACTGATAAGCATTTGCGAGTGGAAACTCTAGGTGCTATTGCTT CTTTGGCTGAAAATACTAGTCCGAAATCTGTTTTTGATGAAGTTCTGGCTACTGCTGGAAGAGATACAGTCACAAAGGAT ATATCAAGGTTACGTGGTGGATGGCCCATGCAGGACGCATTCTATGCATTTTCTCAGCACATGGTACTGTCAGCTTTGTT TCTAGAACATTTGATATCTGTCCTTAGCCAGATTCCTATTCTTAAAAGTGACGCGGATAGAGTTGAGGATAGCCAGGTGG ACAATTATACAGAGGATGGCAAACTGGAAGCTGCAATTCTCGCTCTTACTGCTTTCTTCAAAGGTGGCGGGAAAGTCGGA AAAAGGGCTGTTGAGCAAAACTATGCTTCTGTTCTTTCTGAGCTTATGCTGCTACTTGGAAGCTGTCATGGTCTAACTTA CTCTGGTCAGCATGGACCATTGCGGAATCTTCTAACTGCATTTCAGGCATTCTGTGAATGTGTTGGCGACCTTGAGATGG GCAAGATTTTAGCTAGAGATGGGGAACTATCTGAAAATGAGCGGTGGATTAATCTCATTGGAGACTTAGCAGGATGCATA TCTATTAAGCGGCCAAAAGAGGTACAAAATATTTGTCTATTTTTGAATAAATCATTGGATCGACAGCAGAAATACCAAAG AGAAGCTGCAGCTGCTGCATTGTCAGAATTTGTTCGTTATAGTGGTGGACTTGGTTCGCTTTTGGAGCAAATGGTTGAGG TTTTATGTCGACGCGTAACAGATGAGTCTTCTACTGTTCGGCGTTTTTGTTTGAGAGGATTAGTCCAGATCCCATTGATT CATATTTCGAAGTATACGACTCAAATCTTGGGTGTTATACTAGCTCTGTTAGATGATTCTGATGAATCTGTACAATTAAC TGCAGTATCATGCTTACTGATGATTCTTGAATCTTCACCTAAAGATGCAGTTGAGCCCATATTGCTTAATCTTTCAATAC GGCTTCGAAATCTTCAAACAAGCATGAATGCAAAGATGCGAGCCAGTTCTTTTGCAGTATTTGGAGCACTAAGCAATTAT GGAGTTGGTGCACTAAAAGAGGCATTTGTTGAGCAGGTACATGCTGCTGTTCCTCGTCTGGTTTTGCATCTTCATGATGA AGATTTTAGTGTCCGACTAGCCTGTCGGAATACTCTGAAACGAGTTTGCCCATTGATGGAAATTGAAGGATTGATCGCCC TGGTAAACACACACAGTTTCCTTTCTGATCACCGAAGTGACTATGAGGACTTTCTCCGAGACATTGCAAAGCAGTTCATT CAGCATCTTCCATCCAGAGTTGATACTTATATGGCTTCTACAGTGCAGGCTTTTGATGCACCATGGCCTATAATTCAGGC AAATGCTATGTACATGTGTGGTAGCATGCTCTCTCTATCAGACAATCAGCATATTTTAGCTGACTACCATACACAGGTAT TTGGTATGCTGGTGGGAAAAATGAGTCAATCTCCTGATGCTATTGTTAGAGCAACATGTTCTTCTGCTCTGGGCTTGTTG CTGAAGTCCTCCAATTCATGTTCGTGGAGAGCTGTTCATCTTGATCGGGAAGACTCGACAATAAGGAACCATGATGCGGA GTCTACGTGA
Protein sequence (LotjaGi1g1v0684600.4) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MASSTSIPAPEAVQVLLSLLADDSSSVREASMSSLKDLSALNPLLILECCAAVSRGGRRRFGNMAGVFEVMAFGVRALDK RDVDSAFMAKLAKIATAEMISSSKELNSDWQRAATSLLVAIGSHLPDLVMEEIFLHLSGTNSALQAMVQILAEFASTNPL LFIPRWKGVLSRILPILGSVRDIHRAIFANAFKCWCQAAWQYSIDFPSQFLQDGDVMSFLNSAFELLLRVWAASRDLKVR VASVEALGQMVGLITRTQLKAALPRLVPTILDLYKKDQDISFLATCSLHNLLNASLLSESGPPMLDFEDLTLILSTLLPV ISIHSESQDQSDFSVGLKMYNEVQHCFLAVGLVYPDDLFLFLVNKCRLKEEVLTFGALCVLKHLLPRLSEAWHGKIPLLV EAVKSLFEEQNLGVRKALSELIVVMASHCYLVGSSGELFIEYVVRHCAHTDKYRSDLEITPNKRTEMKIGAVTPGELRAV CEKGLLLVTITIPEMEHILWPFLLRMIIPRTYTGAVATVCRCISELWRHRSYGNDMLSECKTRPDIPTAQELLARLVVLL HDPLAREQLATQILTVLCLVAPLFPRNINLFWQDEIPKMKAYVCDTEDLKQDPSYQDTWDDMIIHFLAESLDVIQDADWV MSLGNIFAKHYELYTSDDEHAGLLHRCLGILLQRVNDRAYVRDKIDWMYKQANIAIPTNRLGLAKAMGLVAASHLDTVLD KLKDILDNVGQSIFQRILSLFSDNFRTEESDDIHAALALMYGYAAKYAPSTVIEARINALIGTNMLSRLLHVRHPIAKQA VITAIDLLGNAVINAAESGSPFPLKRRDQLLDFILTLMGRDDNDGFADYNELLRTQALAISACTTLVSVEPKLTVETRNH VMKATLGFFAIQNDPVDVVNPLINNLITLLCAILLTGGEDGRSRAELLLLILRQIDQFVSSPVEYQRKRGCLAVHEMLLK FRMVCVSGYCALGCHGSCVHNKQIDHTLYGNFSKLPSAFVLPSREALCLGDRVIMYLPRCADTNSDVRKISAQILDQLFS ISLSLPKPAGFSISAEDIELSYIALSSLGDVIAILRNDTSIDPSEVFNRIVSSLCVLLTKDELVAMLHGCSAAICDKIKQ SAEGAIQAVIELVTKRGSELTEIDISRTTQSLISATVHATDKHLRVETLGAIASLAENTSPKSVFDEVLATAGRDTVTKD ISRLRGGWPMQDAFYAFSQHMVLSALFLEHLISVLSQIPILKSDADRVEDSQVDNYTEDGKLEAAILALTAFFKGGGKVG KRAVEQNYASVLSELMLLLGSCHGLTYSGQHGPLRNLLTAFQAFCECVGDLEMGKILARDGELSENERWINLIGDLAGCI SIKRPKEVQNICLFLNKSLDRQQKYQREAAAAALSEFVRYSGGLGSLLEQMVEVLCRRVTDESSTVRRFCLRGLVQIPLI HISKYTTQILGVILALLDDSDESVQLTAVSCLLMILESSPKDAVEPILLNLSIRLRNLQTSMNAKMRASSFAVFGALSNY GVGALKEAFVEQVHAAVPRLVLHLHDEDFSVRLACRNTLKRVCPLMEIEGLIALVNTHSFLSDHRSDYEDFLRDIAKQFI QHLPSRVDTYMASTVQAFDAPWPIIQANAMYMCGSMLSLSDNQHILADYHTQVFGMLVGKMSQSPDAIVRATCSSALGLL LKSSNSCSWRAVHLDREDSTIRNHDAEST
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| SUPERFAMILY | 11 | 728 | 718 | 1.7E-20 | ||
| PANTHER | 41 | 1681 | 1641 | 0.0 | – | |
| PANTHER | 41 | 1681 | 1641 | 0.0 | – | |
| SUPERFAMILY | 551 | 960 | 410 | 5.18E-7 | ||
| SUPERFAMILY | 1020 | 1687 | 668 | 4.32E-34 | ||
| Gene3D | 1360 | 1702 | 343 | 8.4E-15 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi1g1v0684600.4, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…