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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi1g1v0743700 |
| Transcript ID | LotjaGi1g1v0743700.1 |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Sister-chromatide cohesion protein 3; TAIR: AT2G47980.1 sister-chromatid cohesion protein 3; Swiss-Prot: sp|O82265|SCC3_ARATH Sister-chromatid cohesion protein 3; TrEMBL-Plants: tr|A0A0S3S0I9|A0A0S3S0I9_PHAAN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi1g1v0743700 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr1:131718077..131729279) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
ATTAATTAATTAATATTTAACACTAACACAGTTTTTATGCTGATCAAGTAAACAATCAAACACAAAAAAAAGGTATAAAA AGCAGTTGAAAAATTGGAGGTCTTGCGTAGTAAATAGCTGTCATTTGGCGGGAGAATTCTTAATCCCTATTTCCAGTGCT AAAAATCAAACCCCTCTTTATAATTTCTCTCCCGAAATCGAAATCGCAGTGTTGCAGTCCTGCAGAAGAAGCTCTAGGTC ATGGAAGATCCAGCTCCACCCTCCTCCGAAGCCTCCACGCGCCGCCCCGTCAGTTTCATTTCTCACCGTCCACCGCAACT TCTCATTCAATTTCTACTTCTTCTTCTTACAAATTGTGCTGTGATTCGATCTAACTTTGTTTTTGCTGCTTTGGTTCGAG CAGAAGAGGGGAAGGCCTCCGAAGCAACGCCTAAAGGAAAACGACGCCGCCGAGCAAGCTGAGCGAGAGAGCTCGCCGGA TGATTTAGAAGAGCCACGCCCGAGACCCAAGCGGAATCGTGCTCACGAAGGAACTTCCAGTATGGCTGCCAAACTCGCTG AACAGACCTTGATTGGTAAACTCAACACTCTTCTCTACTTCCCTTACAGTTCAATTAGTCGAATATTTAGGGTTTGGAAT GAACTTAGCTGTTATTTTAGCATGTTTGTTATTACCGTGGATCTTCTTGTTCTGCTTTAAGTAAGTTCTTAATTTAGCTT GTTGTAGATTTTGTTATGCAGTAACTGGTTTGCGGCTCATTTTGGTTGTTGTATGATTTTCTGCAGAGGCGGTCAACGGT AACGGCAAACTGATTCCTCATGTGGTCAAATTTTGGGTCGAACGCTATGAAAAGGATCCGAAACCTGCCATGTTTGAACT CTTGACTATGCTGTTTGAGGTAATACAAATTGCATGAGCAGTTAAAAAGTTTAAAGGAGTGCTAGAGATTAGACATCTTT ATTTTTTTCATGCAAAATTTAAGGGGTTAGGAATTCTTACTGATATGGGGAACTGAAATGTTTAATGGTTCAGGCATGTG GAGCCAAGTATTGTGACAGGAGTGATCTACTGGATGATACTGATGTTGATGATGTTGTAGTTGCTCTTGTCAACTGTTCT AAAAGGGTATACAGCATACTAATACAACATATTTTCTTTTATTTTTGTTTGCTGTTTGTCACTTTCTCTATATTATTAAG TATTAACTTCATGGCTGTAGACATTTATCCTCTCCTTTTTTTATCATTGACATTCTAGGGTGAAGTTGAAGATTATCTAA ATTCCAAAAAGAAGGATCATAAAAACTTCAAAGAGAATCTAAGTTCATTCTGGGATAACTTGGTTCGTGAATGCCAGCAC GGACCATTGTTTGACCAGGTTTTATTCGACAAGTGCATGGACTATATCATTGCACTGTCATGGTTAGTTTGATTGCCTAA GGATTCTGGTTTTGGAAAATTATATTTACACACGATAACTTATGTGCTTCTGTATCTATGTAGCACCCCTCCGAGAGTTT ACCGTCAAGTTGCTTCATTGATCGGTCTTTGGTTGGTCACCTCATACATAACTATTGCGAACATGCTTGGTGCACAAAGA GAGACTACCCGTAGACAATTGGATGCTGAAAAAAAGAAAAAATCCGAGGGGCCTCGGATGGAATCACTAAATAAAAGGTT TTCGGATACGCATGAGAAAATAACATTGTTGGAGGAGATGATGCGCAAGATATTTACTGGGTAGGCGTTTTCTACAATAC TAAGAAGCTATTTTTTTTTGAAGGAAAAGAAAACACTGTTTCATCATGAATATTGCCATTATTGTGGCTATATATCTAAC ATGTTCATTTAATGCTTTTTTGAAGCTTATTTGTCCATCGCTACAGAGACATTGACCCCAATATTAGAATGTCATGCATT 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ACTGAAACAAAATATATAAAATAGTAATGATTATTTTTAAGAATTTCTGAAAAGTTGTGGCTTGTTCAACAAGTTTTTAC TCTAGGCCACTCTGGGTCCAACATGTTGACCTTGGCTTACAGGCGCAGTCATTCACCTGATTTTTGTGCAAGTGCACTTG TGGTGTATACTTTACATTTTCTGTTGGGCAATGTTTGTTGTATCTCTGTTGCCTTTTCCTTTGCTATTATTTTGTTCATG TAAAATATATCCCCTAGCATGAAATTTTTAAGCTATGATAAGCTAACAATGAGTGCATTATGGAGTATATGTAGTTCCCA CATTCAGAGCAACTAAGATTGTGATTAAAGTTTTTTACTTTTATTCTTTGATGGGTAATCTTTGACTGGGTTTTTTGCAC TACTTATATAGAAAGTTATTAGTTATCTGACAAATGATAAAACAATTAAGGAATTTAGGTTTGCCACTTCGATACTGCTC ATTGGTCATGGACGGTACATGATTTAATTTACAATATAGCAAATTTTCCCAACTGTAGCAAATAAGGAAAATGTTAATAT TAATACTCACGGCTCTAATTAAAAAGGTTTGGTTGACTATATAGGTCAGAAATCAAAGTTAAGGTTTTGTTAGATGTGAA ATGATGGCTTTGACATTGTTGTGTCGTACTGGCAGTTAAAGTGAATATCAAGTGCAGGAAGGCATATTATTTTACTAACA GTTTCAATTATGATTTGCGTGTCGGTTCTTTTAAATTGATTATTCTTGTGGGTTTTTTTAGAGCCGTTTGCAGTTTTTTT AAATATCTAGGTTTTCCCTGTTTATTACTTGGTCATGCACTTGTATTAGTTCCACTGAATGAGCTCTTTTCTGGAGATAA TGTTGAATGTTGATTTCTTCTTATATGAGAGAAGCAGTTCAACTTTGCAATTGCCTCAGGCTATAGCTTTATAACCTTTA TATTATGAAAAGAATGTATTGTTTGGGACTGGTAATCATAATATTTTGGCTGACAATTGATTGAAGTTGAACACTGCAGT GCATGTGAACTCAGTTTTCCTTTAACCACATCTTTCAATAAATTTTTATTTTTTACAAAATTAATGATAACTAAATGACT TCAATTATTTTCTTTCCTTTTCTTAGTAATGGATATATTTAATGTAAGGACTGACAGAGATATTCATTTTCAGATGAGAA AGAAGGGGTTTCTATTAGGCGTAGGGGTCGTCCCCGTAAAAGGCAAAACATACCAGCAAAGAAGCTTTTTGATGATCAGA GTTCAAGTGAAGATGAGGATTCCATTAGTGCATCCGAGCAAGATGGAGGGAGGCAAGAGGAGGACGATGAAGATGCTCCT TTGATACAATCAATCAGATCATCATCTAAGTTAAGGTCGCTTGGAGTCTCTAGGGAGGAAAGCAAAGGTCAGACAGTCAT TGAATTCCGTGAAAGCTATAGATAATTTCTCTGCGTCTAGAACATCAGGGATGTCATATTAGCAACGCTAAGATGTGGAT ATTGATCTTAGAGCTAGAATTTAGATATTCATACTACGGCTTAAAATATATGTGCGTGACTGATTTTGGAAACAATTTTT GCTTTACAAGCTAAAGATCATTTGACATGATGTTGAGTATCGTTGTAGTGCTTGCTTGATCTTTGCCATTGTGGCCTTGT AGGTACAAAACAGTCATTTTATAGTGTACATGCTTACCTAATAAGCTGCTAGTTTTTTCTCAGCGGTAGGAGAATTTTCT TTAAATGACTTGTCTTGGAAACTTAGTGATTCAACCATGTTTTGTCAAACTTTTCTGACCAAGTATGCAACTTAATTGGA GATTGCAACCTTCCTAAATTTCTCTTCAGAAGATAGAGATTATTGATTGTCAGTGTTATCTTATGCTGCTTTGATTTTTC TTCTAAAGCTAATCGTTAATATTGTCACATGTTAGAAGTACGATCGTCTAGTCTCTTCCCCATCCGGGAAAAAGAAACTA ACTGTACATTTCTCTAAACTGTTGTCACTGTCTTTCATTGTGCAGGGGCCTCAAGCTAGCTTCGCGAAGTTGTAGGTGAC GAGTGTATTTGGAAATGGATTCTGCATGTATTGATTACTATAGTTGTTAAGTTTAGGAATGCTAGTATGTAATTCGACTT GCTGATTGTATATGATAATTGTACTAAAAAGATTGCTAGCTTTACATTATGGTTGTCACCATTATCTGATCTTATACTGA AAATTATGAAGTATAGCGCTTTTGTGATTTGATCTCATTGATTGCTCTTTACTTCTAAGGTTTTACGATTAGTAATAATA ACTAATTAGCTTGGGTAAATCACCAAAGATGTACCTTGGGTAAAATCACTCTGCTGAGGTGCCCAATAATATTTCAACAC GTGTTTTAGCAAATGCTAGCTTATGACACCTAAGACTATGGTGATTTTAAATAAACCCCCAAAAAATATACTGAATAATG TTTAAGAATTCTCCATAGTTTACATTTAAGATTTTCTGCCCGCTGTTCATGAAATATAATTTTAGACTGATTTTGAAAAA AAA
CDS sequence (LotjaGi1g1v0743700.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGAAGATCCAGCTCCACCCTCCTCCGAAGCCTCCACGCGCCGCCCCAAGAGGGGAAGGCCTCCGAAGCAACGCCTAAA GGAAAACGACGCCGCCGAGCAAGCTGAGCGAGAGAGCTCGCCGGATGATTTAGAAGAGCCACGCCCGAGACCCAAGCGGA ATCGTGCTCACGAAGGAACTTCCAGTATGGCTGCCAAACTCGCTGAACAGACCTTGATTGAGGCGGTCAACGGTAACGGC AAACTGATTCCTCATGTGGTCAAATTTTGGGTCGAACGCTATGAAAAGGATCCGAAACCTGCCATGTTTGAACTCTTGAC TATGCTGTTTGAGGCATGTGGAGCCAAGTATTGTGACAGGAGTGATCTACTGGATGATACTGATGTTGATGATGTTGTAG TTGCTCTTGTCAACTGTTCTAAAAGGGGTGAAGTTGAAGATTATCTAAATTCCAAAAAGAAGGATCATAAAAACTTCAAA GAGAATCTAAGTTCATTCTGGGATAACTTGGTTCGTGAATGCCAGCACGGACCATTGTTTGACCAGGTTTTATTCGACAA GTGCATGGACTATATCATTGCACTGTCATGCACCCCTCCGAGAGTTTACCGTCAAGTTGCTTCATTGATCGGTCTTTGGT TGGTCACCTCATACATAACTATTGCGAACATGCTTGGTGCACAAAGAGAGACTACCCGTAGACAATTGGATGCTGAAAAA AAGAAAAAATCCGAGGGGCCTCGGATGGAATCACTAAATAAAAGGTTTTCGGATACGCATGAGAAAATAACATTGTTGGA GGAGATGATGCGCAAGATATTTACTGGCTTATTTGTCCATCGCTACAGAGACATTGACCCCAATATTAGAATGTCATGCA TTGAGTCACTGGGTGCATGGATCCTGTCATACCCATCCCTTTTCCTGCAGGATTTGTACTTGAAATATCTTGGTTGGACC CTGAATGACAAAAATGCTGGTGTGAGAAAGGCTTCTATAAGCGCTCTGCAAAATCTTTATGAGGTGGATGATAACGTGCC AACACTTGGTTTATTTACTGAAAGATTTTCTGGCCGGATGATTGAGCTTGCTGATGACATTGATGTTTCTGTAGCCGTTT CTGCCATAGATCTTGTTAAACAACTGCTAAGACATCAACTTATTCCTGAAGATGACTTGGGTTCTTTGTATGATTTGTTG GTTGTTGATCCCCCAGAGATCAGGCATGCCATTGGAGGATTAGTGTATGATCACCTGATTGCTCAAAAATTTAATAGCTT CCAATCAGGATCAAGAGGTGAAAATGACAATTCTTCTGAGGTCCAGCTTAAGAGAATGTTGCGAATTCTGGAGGAGTTCC CTCAAGATCAAATTTTGAGTCTATATGTGATTGATGATGTATGGGATTACATGAAAGCTATAAAGGATTGGAAGTGTATT ATATCCATGCTCCTTGATGACAATCCATTGCATGAGCTCTCTGATAGTGATGCAACAAACTTGGTGCGGCTCTTGTGTGC ATCTGTGAAAAAGGCTGTTGGAGAGAGGATTCTTACTGCTACTGATAATAGAAAGCAATACTTCACCAAAGCCCAAAAAG AAGTGTTTGGAAACAATAAACAGGATATAACTGTTGCTATGATGAAAAGTTACCCATTACTCTTGCAGAAGTTTATTTCA GACAAGGCAAAAGTGTCATCGCTGGTTGAGATTGTTTTGTATATGAACCTTGAGTTGTATTCCTTGAAGAGGCAAGAACA GAATTTCAAAAATGTCCTCCAGCTCATAAAAGAGGCATTTTTTAAGCATGGTGACAAGGACACTCTAAGAGCTTGTGTGA TGGCAATCAACTTTTGTTGCATAGGAAGTCAAGGGGAGTTGCAAGATTTTGCGCGTAATAAATTAAAGGAACTTGAGTAT GAAGTTATTACTAAGCTGAAATCTGCAATTAAAGAAGTAGTGGATGGTGGTGATGAATATTCTCTTCTTGTAAACTTGAA GAGGTTGCATGAACTCCAAGTGTCTAGATCTGTGCCTATTAATATCCTATATGAAGACATTGTCATGGTGCTACGTGAAT TTAGGAATTTGGAGGATGAGGTCGTTTGTTTCCTTCTTCTGAACTTGTATTTGCATCTGGCTTGGGGTGTGCAGTCTATA AGAAATGAAGAAAATATTTCTACAGCATCCTTAACTTCTCTCGTTTCTAAGCGTGATACCTTGTTACAAGAACTTGAATA CTTTCTCAACTTGGCTCCTGACAGCAAGGAAGGGGGTAAACTTGGAAGTGAACTTGCTTGCAGGGTATGCTGTATACTTG CAGAAATGTGGATCGTATTTAGGACATCAAATTTCAGCAAGACAAAGCTGGAAAGGTTAGGATATCAGCCAGATGCTCAC GTGCTTCAAAAGTACTGGGAACTTTGTCAACAACAGCTTAATATTTCAGATGAGGCAGACGATGAAGATGTTAACAAAGA GTATGCTGAGGAGACAAATAGAGATGCTGTTATGATTGCTGCTGGAAAGCTTATCTATAGTGATGTTGTTCCAAAGGAGT ACCTTGCTTCTGAGATTGTTTCTCATTTTTTAATGCATGGGACAAGTGTGTCTGAGATTGTAAAGCATCTGATCACAGTT CTAAAGAAAAAAGATGCTGATCTGGCTACCATTTTTGTGGAAGCACTTAAAAAGGCATACCATAGGAGTGAGAATGTTTC CGCAGAAAACAACTCTTTCTCAGAATGTAAAAATCTGGCTGCTCAGCTTTCTGGAACATTTATAGGTGCCGCCCGGAACA AGCACCGGTCAGACATTTTAAAAATTGTCACCCGTGGTATTGAATATGCTTTTGCAGATGCTCCAAAACAGTTGTCTTTT CTGGAAGCGGCAGTACTCCATTTTGTGTCAAAACTCCCTGCACCAGATGTGTTGGAAATTATGACGAATGTTCAGACACG AACAGAATATGTCAATACAGAGGAAAATCCCAGTGGCTGGCGGCCCTATCATACGTTTATTGATAACTTGAGAGACAAGT ATGCAAAGAATGAAGGCTTTCAAGATGAGAAAGAAGGGGTTTCTATTAGGCGTAGGGGTCGTCCCCGTAAAAGGCAAAAC ATACCAGCAAAGAAGCTTTTTGATGATCAGAGTTCAAGTGAAGATGAGGATTCCATTAGTGCATCCGAGCAAGATGGAGG GAGGCAAGAGGAGGACGATGAAGATGCTCCTTTGATACAATCAATCAGATCATCATCTAAGTTAAGGTCGCTTGGAGTCT CTAGGGAGGAAAGCAAAGGGGCCTCAAGCTAG
Protein sequence (LotjaGi1g1v0743700.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MEDPAPPSSEASTRRPKRGRPPKQRLKENDAAEQAERESSPDDLEEPRPRPKRNRAHEGTSSMAAKLAEQTLIEAVNGNG KLIPHVVKFWVERYEKDPKPAMFELLTMLFEACGAKYCDRSDLLDDTDVDDVVVALVNCSKRGEVEDYLNSKKKDHKNFK ENLSSFWDNLVRECQHGPLFDQVLFDKCMDYIIALSCTPPRVYRQVASLIGLWLVTSYITIANMLGAQRETTRRQLDAEK KKKSEGPRMESLNKRFSDTHEKITLLEEMMRKIFTGLFVHRYRDIDPNIRMSCIESLGAWILSYPSLFLQDLYLKYLGWT LNDKNAGVRKASISALQNLYEVDDNVPTLGLFTERFSGRMIELADDIDVSVAVSAIDLVKQLLRHQLIPEDDLGSLYDLL VVDPPEIRHAIGGLVYDHLIAQKFNSFQSGSRGENDNSSEVQLKRMLRILEEFPQDQILSLYVIDDVWDYMKAIKDWKCI ISMLLDDNPLHELSDSDATNLVRLLCASVKKAVGERILTATDNRKQYFTKAQKEVFGNNKQDITVAMMKSYPLLLQKFIS DKAKVSSLVEIVLYMNLELYSLKRQEQNFKNVLQLIKEAFFKHGDKDTLRACVMAINFCCIGSQGELQDFARNKLKELEY EVITKLKSAIKEVVDGGDEYSLLVNLKRLHELQVSRSVPINILYEDIVMVLREFRNLEDEVVCFLLLNLYLHLAWGVQSI RNEENISTASLTSLVSKRDTLLQELEYFLNLAPDSKEGGKLGSELACRVCCILAEMWIVFRTSNFSKTKLERLGYQPDAH VLQKYWELCQQQLNISDEADDEDVNKEYAEETNRDAVMIAAGKLIYSDVVPKEYLASEIVSHFLMHGTSVSEIVKHLITV LKKKDADLATIFVEALKKAYHRSENVSAENNSFSECKNLAAQLSGTFIGAARNKHRSDILKIVTRGIEYAFADAPKQLSF LEAAVLHFVSKLPAPDVLEIMTNVQTRTEYVNTEENPSGWRPYHTFIDNLRDKYAKNEGFQDEKEGVSIRRRGRPRKRQN IPAKKLFDDQSSSEDEDSISASEQDGGRQEEDDEDAPLIQSIRSSSKLRSLGVSREESKGASS
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| MobiDBLite | 1 | 63 | 63 | - | – | |
| PANTHER | 10 | 1091 | 1082 | 0.0 | ||
| PANTHER | 10 | 1091 | 1082 | 0.0 | – | |
| MobiDBLite | 13 | 59 | 47 | - | – | |
| Pfam | 146 | 254 | 109 | 1.7E-28 | ||
| Gene3D | 238 | 354 | 117 | 1.9E-5 | ||
| SUPERFAMILY | 242 | 896 | 655 | 1.34E-15 | ||
| ProSiteProfiles | 278 | 363 | 86 | 32.723 | ||
| MobiDBLite | 1017 | 1103 | 87 | - | – | |
| MobiDBLite | 1079 | 1103 | 25 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi1g1v0743700.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…