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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi2g1v0065200 |
| Transcript ID | LotjaGi2g1v0065200.1 |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Cactin; TAIR: AT1G03910.1 cactus-binding carboxy-terminal, cactin; Swiss-Prot: sp|F4I2J8|CATIN_ARATH Cactin; TrEMBL-Plants: tr|A0A151TV86|A0A151TV86_CAJCA Uncharacterized protein C19orf29 isogeny; Found in the gene: LotjaGi2g1v0065200 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr2:15191297..15208459) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
GTAAAAAAATAGTTAAATAAAAGGATATTATTTAAGGAACCAAAATAAAAAGGAACACAATCAATCCTCAAAGATATGTT TTTTTTAAGGAACACAATCCTCGAAGATTTGCTTAGAAAATACGCGAAAACAATATTTAGCGGCAACGACTATATTTTTC TCCTTTGATATATAAAGATTGATCTATGTTGCTCTCTCATAAATCGACCGACACACACAAACAAGCGAGGGTTGCTGTTT CTGATTGCAATTTGCGCCTCCACTCCTCTTTCGAATTCCACCATTGTTGCTGTGCTTGCTGATCAGTTGTCGTACTTGTA TTGTATGTCTCTTCATCTTAATCATCATGTCTTTGTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTTAGTTTAATTTTCTGATCATGGGTT TGTTGTTAATTTTCATGTTTTTGCCTTTCTTTTCATCTGTTTGTTTCATCATGTATTCTTTTCGAGTTTTGGTGTCTTTT TCTTGATGGGTTTTTTCGAATGTTTTATTTTTTCATGAATGAATATGATGGAGCTTTACTTGACGCATTGACAGTTGAAG TGAAAACTATGTTATGGGACTGGTTTTGGGGGTTTTAAATTTCTGGATAGTGGGGTGCCCAAATGTGTTTGCCTCTGTTA TTCTTCTATTCCTATTTCTCTTTATTTATTTGGCCTCCTATTCCTATGCCTCTAAGTGTGAGTCAAGTTGTGATGTGAAT GGAGTTTCATTGTTAATTTACATCTCTCATAATATTCTAAAATACATTTTTTATTTTCTGCAGCAGACTAGATTCACGGA AAAGTTTTACATTTTGCAAATGGAACGCAAACGTAGAACTAATCGTCGGTCAGGTGTGGCGGAAGATGAGATACTGAAGA AGGCAATGAGAGTGGTGAAAAAACTGAAGACGAAGTCCGGTTATTCCAACGACTCAAATCCATTTGGTGACTCTAATCTG 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GCCTACGTTTCCGGGCTGCTGCAGACCTTTTATAGAAATGAAAAATATACACTGTGTTTACAAACACTTACACTCTATCA CAAACCCACAACCCAATTACACCCAAGAATATCTCTCACTAAGATTTTCTCACTCTGGGATTTTTCTCAGACGGCTGAAA TGCTCTCAATGTTGGAATGAATATTTCCTTTGCTTGCATTCCTATTTATAGGAGCTGAAACCGTGTGAAAACACTTATGT GTGTATGCATCATCATGTTCAACCTTGGCTGCACCGTCTCTTCTCTGACAATGCATTAATAACCTATACAATAGCCATTG TAATTCTTCAACAAAGGAGGCATCGTCTCCTTATGATTCATTGCAGAGCATTCTTGCTTGCTTAAGTTTCCAAGGCTAGC ATATGGAGTGGGTGGCAAGGATATAGTATAGAGTCTTTGACCAACAGTGGTGGCTAGCGTGAAGAAGAGATTCGCCTTGG GATAAAATTGGCAATTGATCGTGGCTACCAACAGTTGCAAGTGGAATCTGATGTTTGCAAGTCATAAATGCAATTAAGAA TAGCACTCCTCAGAACTCATACTCGGACTCATTGTGGAGGAAATAAGAAGACTTGCCGGCTCTTTTGAGTTCATTTCTTC TAGTCATGTAGCTAGGAATGCTAATAAATTGGTACATAGTTTAGCCAAATTCTCTTTGCAAAACGAGGAGGACGCTGTTT GGTCTTCTGCGGCCTTTTCGTCTTGTTTCCATGCTTGTACTTTGTCGGATATTCTTCCGCGTATTTTTAATTGAATGATT CAATTTACTGTAAAAAAAATATCTTTATACTCTATGAAATAAT
CDS sequence (LotjaGi2g1v0065200.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGAACGCAAACGTAGAACTAATCGTCGGTCAGGTGTGGCGGAAGATGAGATACTGAAGAAGGCAATGAGAGTGGTGAA AAAACTGAAGACGAAGTCCGGTTATTCCAACGACTCAAATCCATTTGGTGACTCTAATCTGAATGACAAGTTTCTTTGGC TGAAGAAAGTTGAGCGCGACCTTTCTCTAGGTGTTGCTTTTTCTATTAAGGGAGAGAAGGAGAGACAAAGAGTTAGAAAG ATGGAAATTGAAAAACAGAAAAAGAGAAAACAACACAAGGCAATGGAGAAAGCACAACATGAAGAACAAATGGCATTGCT AGCCAGAGCACGTGCTCGAGCTGAGTTCCAAGACTGGGAACAAAAGGAACAGGACTTTGATTTTCATCAAAGCAAAGTGA GGTCAGAGATTAGATTGCGTGAAGGGCGTGCCAGGCCAATCGACGTCCTAGCCCAGCACCTCAATGGCTCTGATGATTTC GATATCAAAATACCATATATGATCTTCAAGGGTTTGACTGTGAAAGAATTGAATGAGCTTCGTGATGACATCAAAATGCA TCTGGATTTTGACAGGGCAACACCCACCCATGTAAAATATTGGGAGGCTCTCCATGTGGTATGTGATTGGGAGCTAGGTG AAGCCAGAAGAACCGCTGCTGCACAAGAAAGGGGTCTGCATTCCAGTGTTGAGCCAGATGTGAAGAGCCTTTTGCTGGGG AGGTCACTTGCAGAGTTGGATGCTTTACAGATTCATATTGACTCAGAGATGCGTACTGGTAGAGCAAAGGTGGTTGAGTA CTGGGAAGCCATTTTAAAACATCTCCACATATACAAGGCCAAGGCTTGTTTACAAGAAATTCATGCTAAAATGCGGCGTA AGCATTTGCAACTAAGTCAAGATAAATTGACCACCGCGATACCTGAAGAAGTTGAAGATGAGGCTGGACCATTGTCACCA CAATTGTTGCATGTTGACCACAATGAGGATGAGGAAGCTATTGACCCTGAACAGGACAGGGCTATACTGGAGCGGAAACA TTTGCTTGTATTACAACAGTGCCAAACTCGAATTGCAGCTCCATCTGATGATCATTTTGAGATGAAGGCCATAAAAGTTA TGGGACCTATGGAAGATGGAGATGCACTGTTTGGATCTGCTGCTCAAGTTAATCTAGATTCACAGGTTTATTGGGGGCAT GACAAAGACAGGCCTAGGAAGCCCAAGTACTTCAACCGTGTTCACACTGGATATGAGTGGAATAAATATAATCGGACTCA CTATGACCATGACAACCCGCCTCCAAAGATTGTGCAGGGTTACAAATTCAACATTTTTTATCCTGATCTTGTTGATAATG GAAAAGCCCCGACATATTCTATTGAGAAAGATGGCAGCAGCAATGGGGAGACCTGCATCATAAAATTCCATGCAGGTCCG CCATATGAGGACTTATCTTTTCGCATTGTAAACCACGAATGGGAGTTCTCTCAGAAGAAAGGTTTCAAGGTCACATTCGA ACATGGAATCTTCCATCTCTACTTCAACTTCAAACGTTACAGCTACCGCAGATAG
Protein sequence (LotjaGi2g1v0065200.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MERKRRTNRRSGVAEDEILKKAMRVVKKLKTKSGYSNDSNPFGDSNLNDKFLWLKKVERDLSLGVAFSIKGEKERQRVRK MEIEKQKKRKQHKAMEKAQHEEQMALLARARARAEFQDWEQKEQDFDFHQSKVRSEIRLREGRARPIDVLAQHLNGSDDF DIKIPYMIFKGLTVKELNELRDDIKMHLDFDRATPTHVKYWEALHVVCDWELGEARRTAAAQERGLHSSVEPDVKSLLLG RSLAELDALQIHIDSEMRTGRAKVVEYWEAILKHLHIYKAKACLQEIHAKMRRKHLQLSQDKLTTAIPEEVEDEAGPLSP QLLHVDHNEDEEAIDPEQDRAILERKHLLVLQQCQTRIAAPSDDHFEMKAIKVMGPMEDGDALFGSAAQVNLDSQVYWGH DKDRPRKPKYFNRVHTGYEWNKYNRTHYDHDNPPPKIVQGYKFNIFYPDLVDNGKAPTYSIEKDGSSNGETCIIKFHAGP PYEDLSFRIVNHEWEFSQKKGFKVTFEHGIFHLYFNFKRYSYRR
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 19 | 301 | 283 | 2.5E-248 | – | |
| PANTHER | 19 | 301 | 283 | 2.5E-248 | – | |
| Coils | 71 | 103 | 33 | - | – | |
| Pfam | 109 | 288 | 180 | 5.9E-52 | ||
| PANTHER | 309 | 524 | 216 | 2.5E-248 | – | |
| PANTHER | 309 | 524 | 216 | 2.5E-248 | – | |
| SMART | 399 | 524 | 126 | 8.9E-74 | – | |
| Pfam | 400 | 524 | 125 | 5.8E-57 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Protein binding | Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules). |
Expression pattern of LotjaGi2g1v0065200.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…