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LotjaGi2g1v0073400.1

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi2g1v0073400
Transcript ID LotjaGi2g1v0073400.1
Related isoforms 1
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description Translin family protein; TAIR: AT2G03780.1 Translin family protein; Swiss-Prot: sp|Q99598|TSNAX_HUMAN Translin-associated protein X; TrEMBL-Plants: tr|I3SA77|I3SA77_LOTJA Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi2g1v0073400
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr2:18792361..18809837) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

AATAAACTTGATTGATGTGCAGCGATTAGGTGTCCGTTGGGGAACTCCACAGACAGATGTTGCATTCGTTCCCATCATCA CTTCACATTCACAGAGTTTCTCTATTCATGGCAGCATCAAAACCTCAACGCCTCTTCCAAAGTCTCTTTCTCTTTCTCCC TCTGATGTTCATGTTTTCAATTATTTTTTGTTTATTAATTCTGTGTTTTCGCGAGTTTCAGGGACCGACGTTCAGAGCTC ACCAAAAAGGGCAAGAACCATGGCCACTGCCACTACCACTACCACTGAGTCCGCCGCAATGAGAGACTCTTTCGCCAAAT ATGCTCAATATCTCAACGACCTTGTAATGTTTTCTTCTTTTCTGAAATTTCATTGCGAGGTAGTTAATTGTCAAAATCAA TGAGAAATTAGGTTAAGGGTTAATCTTTTTTTTTTCAAGCTATGAATCAATGTTAGTTTCAGTTCCTAATTTGGAGTGCA TTGCATTCTTCCCCTTTTAAGAGTTGTGTTTTGTAATATGTAGAAACATAGTTTACAATATTTGAATTTTTTAAGTGATG AGTAAGCTTACAATATGGTGGTTGCATACTAGTTCATGATATTAGTTGTATGTTGAGACTTTTTAACCTTCAATTTTGTA GAATGAGAAACGAGAAAGAGTGGTCAAAGCGAGTCGTGATGTAACAATGAATAGCAAAAAGGTCATATTTCAAGTGCACA GGTAACCTAGCGCATTTCCGCTCCCGTCTCTCTCTGTTTGTAAAATGATTTTTGCTTGGATTAGTTTCTCCTTCCAAATT TATCTGTACTTTAATTAGTCATCTGAATCAACTTAGTTTATATCTTGAAACGTATGTACTGTGATGTGTTAATTTTCTAT TATGGTAAGCGAATCTTAATTGCTTTACGCTCACTTTCAAAATTTATACTTCATCCTTCCCCCTCTCCGTTAAAAATTTG 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TCGAGCTGGTCCTATCTCATCCAGTAGTTCATCAATCACTGGAATAGGAAACTTATTAGGTATTGTAACCTTGTTTAGTG CTCTATAATCAACACAAAACCTCCAGCTCCCATCCTTCTTCCTTACTAAGATCACAGGGCTTGAATAGGGACTAATACTT GGTCTAATAATCCCTGCATCGAGCATTTCAGTAACTAATTTCTCTATTTCATTTTTCTGATAGTGGGGATATCTGTACGA CCTGATGTTAGGAATTGATGCTCCTTCTTGTAAATGGATGGCATGGTCATGTCTCCTCCTAGGTGGCAAAACAGTAGGTG ATTCAAACAAAACTGGAAATTGATTCAATACTGATTGCAACTCTGCTGGTGTCTCCTCCTTGGTTGCCAGTTCTTGTTCT AACATCTGACAGTGCAACACATATCCTTCCCCTTGCTGAAGTGATTTAATTGCAGAATTAATTGAGACTCCTCTCTTCAA TAATTCTGGTTCTCCCTTCAACAACACCTTCTGGCCTCCAACCTTGAATTTCAAAGTCAATTTCTCAAAGTTTGCCTTAA TATCACCCAATCCAGCGAGCCATTCTAATCCCAAAACCACATCCACTCCCCTCAGCTCAAAGAGGTAAAAATCTTGCACC ACTTCTATGCCCGGTATCAACACACTAACCTTCCTGCACACTCCACTCCCCTGCACCTTGTGCCCATCACCTACTTCCAC AGTAGAGGTAGAGGTTTCAGTAATCACCAACCCCAATTGTTTGGCCATTGCTTTAGAGATAAAATTGTGAGTTGCCCCAC AATCTATTAGGACCACAATAGTTGTACCATTCAGAATTCCCCACACTTTGAGGGACTTCCTTGTAGAAATTCCTTGGATG CTGTATAAGGAAAGTTGCTTGAGTTCAATTGCTTCCTCAATCTCCTCTTGTGTCTCACTTAGGGTTTCTATATCCTCCTC 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ACCTTAAGGCATTAGGTGTATGAGTCATCTCACTCACAAACCGCTTAAAGTTATTTTTATCTTTCAATGTGAGACTTACT CACACTTGATACCACAACAAATTTGTCATCAAAACAATAAAAGCTACTAAGATATAATTCTAATAATCCATTAGAAGAGT CTTCATAATTACTAATTTAATTGGACTTTTACTCGAC 

CDS sequence (LotjaGi2g1v0073400.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGTTGCATTCGTTCCCATCATCACTTCACATTCACAGAGTTTCTCTATTCATGGCAGCATCAAAACCTCAACGCCTCTT CCAAAGGACCGACGTTCAGAGCTCACCAAAAAGGGCAAGAACCATGGCCACTGCCACTACCACTACCACTGAGTCCGCCG CAATGAGAGACTCTTTCGCCAAATATGCTCAATATCTCAACGACCTTAATGAGAAACGAGAAAGAGTGGTCAAAGCGAGT CGTGATGTAACAATGAATAGCAAAAAGGTCATATTTCAAGTGCACAGGATGAGTAAATACAATAAATTGGAGGTGCTTGA GAAAGCAGAAAAGGATTTAGCAGCTGTGAGAGATCAGCACATATCACGACTAGTCCGAGAATTACAGGGAACAGATTTTT GGAAGCTAAGACGAGCATACTCACCTGGGATACAGGAGTATGTCGAAGCAGCTACATTCTGCAGTTTCTGTACAAGTGGA ACTCTTTTGAAGCTTGATGAGATAAATAACACATTGTTACCACTTAGTGATTCTTCCCTTCAGCCTCTGCAGATAAACAT CCTGGACTATCTATTAGGGCTTGCAGATTTGACCGGAGAGCTGATGCGCTTGGCAATTGGTCGGATTTCTGATGGTGAAA TTCAATTTGCTGAGAAGATATGCAGATTTGTACGTGATATATACAGGGAGCTTACACTTGTAGTGCCACATATGGATGAT AGTTCTGATATGAAAACAAAGATGGATGTAATGCTCCAAAGTGTCATGAAAATAGAGAATGCTTGCTTTAGCGTTCATGT GAGAGGATCAGAGTATACTGGACTTCTCGGATCAGATGATCCAAACTCATTCTTAGTGGGAGTTCCGGATATTGAACTAT GA 

Protein sequence (LotjaGi2g1v0073400.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MLHSFPSSLHIHRVSLFMAASKPQRLFQRTDVQSSPKRARTMATATTTTTESAAMRDSFAKYAQYLNDLNEKRERVVKAS RDVTMNSKKVIFQVHRMSKYNKLEVLEKAEKDLAAVRDQHISRLVRELQGTDFWKLRRAYSPGIQEYVEAATFCSFCTSG TLLKLDEINNTLLPLSDSSLQPLQINILDYLLGLADLTGELMRLAIGRISDGEIQFAEKICRFVRDIYRELTLVVPHMDD SSDMKTKMDVMLQSVMKIENACFSVHVRGSEYTGLLGSDDPNSFLVGVPDIEL 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
SignalP_GRAM_POSITIVE 1 19 19 -
PANTHER 30 281 252 1.0E-118
PANTHER 30 281 252 1.0E-118
Gene3D 48 184 137 7.7E-42
SUPERFAMILY 55 271 217 2.88E-59
CDD 59 263 205 4.27325E-64
Coils 62 82 21 -
Pfam 72 269 198 4.9E-57
Gene3D 190 274 85 4.6E-30

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

GO term Namespace Name Definition Relationships
Molecular function Sequence-specific DNA binding Interacting selectively and non-covalently with DNA of a specific nucleotide composition, e.g. GC-rich DNA binding, or with a specific sequence motif or type of DNA e.g. promotor binding or rDNA binding.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi2g1v0073400.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…