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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi2g1v0100700 |
| Transcript ID | LotjaGi2g1v0100700.1 |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | F-box protein; TAIR: AT4G10400.1 F-box/RNI-like/FBD-like domains-containing protein; Swiss-Prot: sp|Q9SV82|FBD40_ARATH FBD-associated F-box protein At4g10400; TrEMBL-Plants: tr|V7C5W5|V7C5W5_PHAVU Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi2g1v0100700 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr2:33454179..33472096) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
GAAAAATGAGTGGGTGTTTTCGTTTGGCAGAATAAGGGTTCAGCACACAGTCTCCTCCGTCACCCATCGTCGCTCTCTGT CGTGTCGTTCACGCGCAACTCTAACGGAGTGTGATCTCATATTCACTGCATTGAGCCAATCGAAGTGAGTTTCTTCTACC TATGTTTCTTGCATTTTGTTGTTTCAATATTTCTTGTTCTTGTTCCATTGAATGATTGATTTCACCGATAGTTTTTCTGT GTTCTACGCATTGTGATGGTGAATGATTGGATATCTGTTTTATCATGATTATCAGTAGGTGTTCAAGGGAGTGAAGTTGA AAGTTTGAGTTTCTTTTTTAATCTTTCTTTTTCTTCTAGTTTTTTAAGAGGACACGGGGGTTTAGGAATCTGGGTATTGG AGCATCCAATTTTTTTATTAATTTAGATTCACTGATTTCAAAGATGGGTTTCTTGCCAATTCGGTTCGGGTTGAGGAGGG ACCTTCGGGGCTTGATAGTTTTCTAGGTTCTCCTGCTTTTGTGCCGCGTTCTTGATTAACAACTGATAGGTTTTTTTACC CTTTATTTTCTATTATTTTGATGATGTAGGCACAAATTTTGATGGTCTTAATATTTTCATTTACTCTCTATTTTGAGAAA AAAAAAAAAGAAGAATCTAGAACTCAGAACTTCAGTTAGGAATTAGGATAGTATACTCTGTTTTTGTCATTATCCAGAGT CTCTCCACCAAGACAAGTGTTAGGAATTAATACCTTAAAATCTAATTTTCAAGCTAAATTTCACCTTAATTAACCCTAAA ACACTAGGACCTTGGGAGGTCCAGCTAAATTTGAAGCAATCTTCCTTGACTTTCAATAAACAATATTTTTGGTGAACAAT ATTGTTGAATGCAACTCATAGTATCTGAGCTTAGTTTCCCTGACACTGACAGAGTAGGGTAGCTTGTCCTTCAAGGAATG 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CTACCAGAAGGAAACGCTGATCATAAAGAGTACAAACATTTTAGGTGGGTTTTCTTTCACATATAACGTGGTCAACTTCA AAGAATAAAATACTAAGGGCAATTTAGTTTATTCTTAAATTACTGGAAACTGGAAAGGTCATATATTATATTCAACTTGA TTTGCTTTCTAATCCCTTATGTGTTTTATCAGAAAATGGTGAGCAACAAAGTGAAGCTCTTGCTCTAGCTAACGCGACAG AGAAGGCACTGCAGTTGCGGGAGAACTGTAATTCTCTAATCAAAGGGGATGCTAGATCAGGAGCAGAATTTTTCAGGAAT CGATCTTATCATGGTCTGAATATGCCCAGCGAAAACACCTCCCCAGAACCATATTTCAAAGGAAGGAGTGGAAGGGCATC TGGATATGAGGATGAGAAGAACAAACATGACAATTTGTGATTAATGGCTACGAGATGTAATCATATATTATATTTCATTG TTTCTCTCCTTTTCGAATTTATAGCAAAGGAGAGAAAAAAACAATTTTGTTTTTATTATCATCATTATAATTAATGCCAC TCATAAATCTTTCATAATATTATTGTCTGTTTTTTTTAAAGTTTTGCGTTTCAGCCCCTGCTCTTTACAAAATCAATA
CDS sequence (LotjaGi2g1v0100700.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGAGCCAAAGTGGAAAAGAGAAATGCTTAATGAAAGAGAAGAAAAAGTGGATAGACTAAGCATGTTGCCTGACTCCAT TTTGTTGTACATTATGACATCTTTGACAACAAAAGAAGCTGTTCATACTTGTATCTTGGGCAAAAGATGGAAGCACCTCT GGAAATATCTTCCAACTTTGATAGCTAGTAATGAACATTTTGAGAGGGCTGAATTTTTCAAGAGGTTTATTTGTAAGGTT TTGCAGCATCGTGATGATCACAGTGCCTTCCATAATATTGCTATTGATCATAATGGTTATATTCATTCTCAAATTTCGGA GAAGATCGTCAGTTATGCTGTATCACATAGTGTCAAGCAATTTACATTTGATGCCTGCTTACGAAGTAAGGGTGCAAGAA ATGCTCTGGTTTTTGGCCCTATATTTTCCATTCGCTCTCTAAAATATCTTGACGTATCATTTCGCAAATCCAATTGGTTG ATAAAGCTTCCACATGCTCTAGACCTTCCGGAGTTGGAGAAATGTCGTTTGAAATATGTTGCATTTTCTTCAAATGATGA TGATGATGATGATGATGATTTTGTGAAGCCATTTTCACTCTGCAAGAAGTTGAGTACTTTAGTGATTGACAATTGCAACA GTGCAAAGGCCCTTTGTGTATCTGGTGATAAACTCACTAATCTAACCATGCGTTTTGGTAAATATATTCTTGATCCTTTC AAAGCTCAGGTTTCTGCTCCCAATCTGAAGTCATTTACTTTTGTGGGTCGTCTTAGTTCCAGAAATAACCATCAACTCTT TGAGCACAATTTAGATTTTCTTGAAGAAGCATGCATTGAAGCTTTGTGCTTTAGATCTCATCTGAAGATTTGTGAAAGGA CTTTGAATAGTTGGATGAAAAGGTTTTGTAATGTACGCTCATTGACAATTTGTGCCAAAACTCTAAAGGATCTTGCTTCA ACCCTTGGTCTTCCGAATTTTGAACCTGCTCGTTTTGCCAACTTAAGGTCATTGATAGTGAAACATGATTGTGGAATACC TGTACTGGATCAAGAATTGGAATACATACTGCAAAACTCTCCACTTGCAGAAACTATGATCATTCAAGCGACACCATCCT ATCAAGAAATGTTTGAGTTGCTGTAA
Protein sequence (LotjaGi2g1v0100700.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MEPKWKREMLNEREEKVDRLSMLPDSILLYIMTSLTTKEAVHTCILGKRWKHLWKYLPTLIASNEHFERAEFFKRFICKV LQHRDDHSAFHNIAIDHNGYIHSQISEKIVSYAVSHSVKQFTFDACLRSKGARNALVFGPIFSIRSLKYLDVSFRKSNWL IKLPHALDLPELEKCRLKYVAFSSNDDDDDDDDFVKPFSLCKKLSTLVIDNCNSAKALCVSGDKLTNLTMRFGKYILDPF KAQVSAPNLKSFTFVGRLSSRNNHQLFEHNLDFLEEACIEALCFRSHLKICERTLNSWMKRFCNVRSLTICAKTLKDLAS TLGLPNFEPARFANLRSLIVKHDCGIPVLDQELEYILQNSPLAETMIIQATPSYQEMFELL
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 14 | 366 | 353 | 1.5E-55 | – | |
| PANTHER | 14 | 366 | 353 | 1.5E-55 | – | |
| SUPERFAMILY | 16 | 62 | 47 | 9.81E-9 | ||
| ProSiteProfiles | 17 | 70 | 54 | 8.544 | ||
| Gene3D | 18 | 276 | 259 | 2.6E-14 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Protein binding | Interacting selectively and non-covalently with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules). |
Expression pattern of LotjaGi2g1v0100700.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…