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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi2g1v0128600 |
| Transcript ID | LotjaGi2g1v0128600.3 |
| Related isoforms 3 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Polypyrimidine tract-binding-like protein; TAIR: AT1G43190.1 polypyrimidine tract-binding protein 3; Swiss-Prot: sp|Q6ICX4|PTBP3_ARATH Polypyrimidine tract-binding protein homolog 3; TrEMBL-Plants: tr|I1JDD2|I1JDD2_SOYBN Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi2g1v0128600 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr2:47070561..47099304) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
GCAACCTTGATTGTAGGGGTACTTATATTTATTGCGTTTTATTATTAGGAAACCGCCCCACACTCCAAGGCTCTGACAAG CTTCACGTGCTTTCGGTGTTTTTTTCTTCCTAGCTTAGTCAGTGCTTGTGTTGTCTTGTCCTAGGCTTGGTTTTTTTCTC CCATAGCTTTAATATTGATGAGTAGGGCCATATGTCTTCTGTTTTTGACCTTGACCGGTCTATCTTTCCCTGCAGTGTCA TCAATTGTACTTTCTGGCCTCTGGCCTTCATGAATGAAATTGCATTCTCTCTCTGCGCGTCCCTCACTTGCTCTCTTCAG CCAGGTTCTCTCTTTCTCTCTTCATATCTGCTTCTCAGTGTTAGCATCTCATTGGCAATTGTTTTTTCACCTCTTTGTTT GAGAACGCCCCACGATTTATCTCGAATGCTGATATATTGTGAACTGGGTTTTGTAAAGAAATTGGAATGGGTGCATATTG TATAGCTATCCTTTTTTGTATTAATTTTTTTAGGGTTGTTGTTGAGTTTCAGAGTGAGCATTTTCATGCATATGCCTAAA CGTGACTAGGGAACTGTTGGAGTTTGATCATTGAAGCTACCCTATATGTTGACTATTGAGTGTTTTGTGTTCTGTTGCTA TAGGTAATTTGCGATGGCTGAACCTTCTAAGGTCATTCACGTTCGAAATGTGGGGCATGAGATATCTGAAGTAAACTCTC TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGCTTTGCTCTATGATCATGTCGTTTATACTTGTTATTTGATTTTGCAATAAGATGCT GCCATGGCTTTACCTTTTTACCATCGGCTTGTATGCATTTTCTCTAGCTCTGTTATGACTAGAATGGTGATTTTTGTGAT ATTTAATTATTCACTCTTGTCGGGGAAAGTAGCTGTTCTGGACTTATGGAATCAGTTCTGTATTTCGTATTTCTTATATT 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ATCTTGTAAAATTCCACAAAGTTTAAAAAATGCCCTTTTACTGACTCTTAATTGTTCAATGCAATCACTTTCAGTTCCTC TATATAGACGATTAAGGAAATTGCGTCTTTCCAATTCCCAATTTCGGGACGGTTCCTTAACAAAATGCATCTCATGATAC CAAGCTACTACACCTAAAAGCATAGCAACGACACTAGCAACAATGAATGTTATTTGCTCCTGCAATTTTGCCTCTTCTTC TTCATTTCTTTTACGTTTTCGTAAAAGAACTGAAGTGTCAACTACTCTAAGATCCATTTGTTAACTATAAAAAAAACATA TAATAAAACATCAATATCGCATGACACTATAAAGAAAATAGGAAGTAAGAGAAGCTAACTCAATCAGATTCAGAATCAGC TAGTTTAAACATAAAATGGATAAGATGTGATTAAAAAGGACAAGGGATGTGTACAAGCTCACTAAGAAAATGTGAAGAGT TAAGTTAAAACATTCTCTAAATAATAGCGTGGAGCTTAAGAAATATGCTTAAAAATGACAACTGAATGAATTGGTATGGA ACAAACTCCAATAAAAATATAACCAATGCATAATCAATTAAATCAACAGAAGTTAAGTATACTGTTGTAATAAAAGACAA TAGGCAAAGAGATTTTTTCAGCACAAAAATAAAATATAGATACCCCTGTGTAGCAAATTATTGACCTTCAGAAAAATAGA TTGCAAGCACAGTCCATAAAAAACACTCATTATGGTTTGCTCATCTTTCAAACAAACATGCTTCTAGGACTCAGAAACCT TCAACATCATTTATAAAGTGAAGTGCTCAATATTTAGGCTCAGCATAAGATGTTTACCAAATCTATTTCTCTTTCATTAA ATCAAATTTAAAAAATGTAATGATTATGATACAGACCTACCAGAAGATGCCAACAATATTTTTAAAAGAGAAAGAGAAAG CAACAAGTCCCTTATAGTTCATATTAGTTGCAGTAACTAAGAATATTATTTATCTGTTATGAAAATATATTAGACAAACC AGCAGTATGTAGAAACTGTAAAAAAACACTGCAAGTCAGCGTGAAGACAAATATGATTATTTAGGAAGTGACTGAGGACT GTAGTTATATTCCGAACATGCCTAATTGCCTATTTCAATGGTATGACAAGAAGCTGCAACATAATTTTGGTAGTCATCCT TAGAAGATATAGTGAAGTTTTCAATAACTAAAATATGCAGACAGAAGAAATGCTAAATATTGAGAATTCATACCATTGAT GTCATCCAGAGAGACAAATGATGGGTGTAATTGCACAACAGCTTGGATTAGTCTGGATTTCGCAAGTTCAACCACAACCT TAGCTGAAGGAAAGAAGAGAAAGACTACACTCTGTGAGTTTGATTGCTTAGTTGTGTTCATAATTTCAAACCAAACCAGA AACTACACCTAAGAGAAGCTGAAAGTGCTATATAGTATATCAATATGCAAACAAGAGGAGGGGAAAATTTAAGCATATTT CTTAAACATTTTTAGAGCACTCCTCCTACTTTTGTTCTATGCTTGAGGAATGCAATGCACCTTATTATATATATCTATCA TGCTATTGCTACTTGCTATAAAATTACTCTTTCATCAAACTCCTTCTCTGCGTATTGGGTTTTTGTCCCTTTGTTTATCC CCAAAACCATCCTAATCTAGAAATACACCTACAAAAGCAGACCATCACCATGGAAGCAGATCCAGTTTGAGCAATTCTTA TGTAACTCTAATTATTGTTTTGGTAAAAAAATAGAAACTATTGTCTTCCTCACCTATGTTCATCTGCTTCTGAACCAGGC ACAAAATGGGGAAAAAACATGACAAACCCAGTACACCTATGTTCATCTGCTTCTGAACCAGGCACAAAATGGAGCAAAAA ACATGACAAACCCAGTACACCTATGTTCACACCTATGTTCATCTGCTTCTGAACCAGGCACAAAATGGAGCAAAAAACAT GACAAACCCAGTACTGGCATCAACAAACAAAACTCAAGACAAGAACAAAACAGATATTTCAACTCCAAAAACAAAATCAA ATTCGAAAAAACAACAACAATAATGCAAAATTGGTGAAAGAATCAAGAGATTGTACCTGAATCAAGGGGGAAGAAACTCC ATGAATCGGGAGAGCAAGAACGAGAGAGCGAGATGGCAGAGAGAGTGAGATCGGGAGAGCGAGATTGCAGAGAGGGTGAG ATCGGGATTTGCAGAGAACGAGATTGCAGAGAACGAGATCGCGAGCGAGAGCAAGAGAGCGAGAGTGAGATCGGGAGCGA GAGCGAGAGCGAGATCGGGTGGATTTTCCAATTACTTCCTATTCTGAGGGTATTCTGATTACCCCATAATCCCTTAATTA AATTACCTCTTTTAATTACCAGTATTTTCAGAATTCCACAAATAAATATCCAAACAAGGTATTTCAATTTAAGGGATTTA AAATACCCTCTAGAATTACATTCCCCCCAAAAATCACCCCATCCAAACACAACCTTAGGGTCATGCTCGCAAACACAATT GGAGCCATCAACGACATCACAGAGTTTGTCGTAGCCGAACGGCATATTCCCGGTGCCGGCGAATAGGGCGAGGGCGTCGC GATTGGGAGGGTGAAAGCAGTTAGGTTGTAGAATTGGGGCGTTGGAAAGAATGGATGCACAGCGGCGGCGGTCGTGAATG AACAACGGCGAGGTGGAGGTGATGATTGAAATAAACACAACAGGGAGAGATTAGGGTTTACATGGAAAAGTTTTCAAAAT GTAATTTTGATTTGATTTTCAGTTATAATTTAATTGTTTTACAGTAAATACTTAATTACCTAATGACAATTACATGAAAG TATAGGGACTGAAATTGGGATTTTAGAAAACTTGTTGGTTTGACTCATGGCACACGCTTAAACGGATTTCTATTGGGCCA CGTAGCAGTGGCATCACTGCCTCCTCTTTTAGGGTGGCATCTTATAATTCGCCTTTGTTTATATGTTAGTGATTATATAT CTTATCAAAGATGTGTATTATCTATACTAATTAAAAATTTAGTGTTGTCTGTTATAGTTGTGCCTGTAGAAATGCATACT TATTTCATTAATACTGGATTAGAAAGTGCACATTAGCTGGATTTGGAATTAGATTCTTTAGTGCATGTTTAGTTTTGAGT ATCTTGAAAATCATTGTTTTGTATAACACTAAGTTATAGCCTTTGCCAAAGCTATGTGTTTGGAAGATCTTCAATACAAA ATCAAACACATTATAAGTCATCTACAAATCATGTGTTAATATCTATTATAGCCTGCAAATTATTATGTATGTCTTCTGCT CTTGTCATGCTTGTCATGAAAATTTGAAATATAGGGAGCCATGTTGTTTGGGAAGCGATTGGAAGTTAACTTCTCGAAGC ATGCAAACATAACCCAAGGTGATGATACACATGAGTATGTGAATTCAAATCTCAACCGATTCAATCGCAATGCTGCTAAA AACTATCGGTACTGCTGCTCACCGACAAAGATGATCCACTTGTCCACCCTCCCGCAAGACATTGCCGAAGAAGAGATTGT TAGCCTTTTGGAGGAGCATGGAACCATTGTCAACAGCAAGTTATTTGAGATGAATGGTAAAAAGCAGGCTCTTGTTCAGT TTGAGACTGAGGAGCAAGCTACTGAGGCCCTTGTGTGCAAGCATGCAAGCCCCCTTTCTGGCTCGATAGTCCGCATCTCC TTTTCCCAGTTGCAGAATATATGA
CDS sequence (LotjaGi2g1v0128600.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGCTGAACCTTCTAAGGTCATTCACGTTCGAAATGTGGGGCATGAGATATCTGAAAATGATTTGCTTCAGCTATTTCA GCCTTTTGGAGTCATAACAAAGCTTGTAATGTTGCGTGCCAAAAATCAGGCACTTCTCCAAATGCAAGATGTTCCTTCCG CAGTTAGTGCTTTACAATTTTATGCAAATGTTCAGCCAAGCATAAGGGGGAGAAATGTTTATGTCCAGTTTTCCTCACAT CAAGAACTAACTACAATGGATCAGACTCAAGCACGAGAAGATGAGCCAAATCGAATTCTCTTGGTTACAGTTCATCACAT GCTGTATCCTATAACAGTGGATGTACTACATCAAGTGTTTTCTCCCAATGGATATGTGGAAAAGATTGTAACGTTTCAGA AGTCAGCTGGCTTTCAGGCTCTCATCCAATTTCAATCCTGTCAAAGTGCTATTACTGCCAGAAGTACACTTCAGGGACGC AATATTTATGATGGTTGCTGTCAGCTGGACATTCAATTCTCAAACCTTGATGAGTTACAAGTGAACTTCAATAATGATCG GTCAAGGGACTTCACAAACCCAAATCTGCCTACAGAGCAGAAAGGCCGATCTTCACAACCTGGATATGGTGATGCAGGAG GCATGTACGGGGCTGGACCCAGGGGAGTTGGATTCTCACAGATGACAAATGCTGCTGCAATTGCAACTGCCTTTGGAGGA GGTTTGCCTCCTGGAATAACTGGAACAAATGACAGATGCAGAGTTCTTGTGGCAAATCTCAACCCTGATAGAATTGACGA GGACAAACTGTTCAACTTGTTCTCCATTTATGGGAACATTGTCAGAATTAAACTTCTCCGAAATAAACCAGATCATGCAC TTGTCCAGATGGGGGATGGTTTCCAAGCTGAGTTGGCAGTACACTTGGGACAAGGAGCCATGTTGTTTGGGAAGCGATTG GAAGTTAACTTCTCGAAGCATGCAAACATAACCCAAGGTGATGATACACATGAGTATGTGAATTCAAATCTCAACCGATT CAATCGCAATGCTGCTAAAAACTATCGGTACTGCTGCTCACCGACAAAGATGATCCACTTGTCCACCCTCCCGCAAGACA TTGCCGAAGAAGAGATTGTTAGCCTTTTGGAGGAGCATGGAACCATTGTCAACAGCAAGTTATTTGAGATGAATGGTAAA AAGCAGGCTCTTGTTCAGTTTGAGACTGAGGAGCAAGCTACTGAGGCCCTTGTGTGCAAGCATGCAAGCCCCCTTTCTGG CTCGATAGTCCGCATCTCCTTTTCCCAGTTGCAGAATATATGA
Protein sequence (LotjaGi2g1v0128600.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MAEPSKVIHVRNVGHEISENDLLQLFQPFGVITKLVMLRAKNQALLQMQDVPSAVSALQFYANVQPSIRGRNVYVQFSSH QELTTMDQTQAREDEPNRILLVTVHHMLYPITVDVLHQVFSPNGYVEKIVTFQKSAGFQALIQFQSCQSAITARSTLQGR NIYDGCCQLDIQFSNLDELQVNFNNDRSRDFTNPNLPTEQKGRSSQPGYGDAGGMYGAGPRGVGFSQMTNAAAIATAFGG GLPPGITGTNDRCRVLVANLNPDRIDEDKLFNLFSIYGNIVRIKLLRNKPDHALVQMGDGFQAELAVHLGQGAMLFGKRL EVNFSKHANITQGDDTHEYVNSNLNRFNRNAAKNYRYCCSPTKMIHLSTLPQDIAEEEIVSLLEEHGTIVNSKLFEMNGK KQALVQFETEEQATEALVCKHASPLSGSIVRISFSQLQNI
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Gene3D | 1 | 95 | 95 | 3.0E-24 | ||
| SUPERFAMILY | 3 | 88 | 86 | 4.43E-19 | ||
| PANTHER | 3 | 440 | 438 | 5.3E-209 | – | |
| PANTHER | 3 | 440 | 438 | 5.3E-209 | – | |
| TIGRFAM | 4 | 436 | 433 | 8.4E-114 | ||
| ProSiteProfiles | 6 | 80 | 75 | 11.008 | ||
| CDD | 6 | 80 | 75 | 9.75302E-47 | ||
| SMART | 7 | 76 | 70 | 2.0E-7 | ||
| Pfam | 9 | 59 | 51 | 4.8E-6 | ||
| SUPERFAMILY | 95 | 197 | 103 | 1.24E-16 | ||
| Gene3D | 96 | 200 | 105 | 1.7E-33 | ||
| Pfam | 97 | 174 | 78 | 3.4E-21 | ||
| SMART | 101 | 170 | 70 | 2.8 | ||
| MobiDBLite | 186 | 205 | 20 | - | – | |
| MobiDBLite | 186 | 213 | 28 | - | – | |
| Pfam | 241 | 336 | 96 | 4.2E-29 | – | |
| Gene3D | 247 | 344 | 98 | 3.8E-23 | ||
| SUPERFAMILY | 251 | 435 | 185 | 2.33E-19 | ||
| ProSiteProfiles | 253 | 327 | 75 | 12.151 | ||
| SMART | 254 | 323 | 70 | 4.5E-12 | ||
| Gene3D | 348 | 440 | 93 | 4.6E-14 | ||
| CDD | 356 | 434 | 79 | 6.9842E-45 | – | |
| ProSiteProfiles | 363 | 437 | 75 | 11.281 | ||
| SMART | 364 | 433 | 70 | 6.4E-7 | ||
| Pfam | 368 | 427 | 60 | 8.1E-8 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Nucleic acid binding | Interacting selectively and non-covalently with any nucleic acid. | ||
| Molecular function | RNA binding | Interacting selectively and non-covalently with an RNA molecule or a portion thereof. | ||
| Cellular component | Nucleus | A membrane-bounded organelle of eukaryotic cells in which chromosomes are housed and replicated. In most cells, the nucleus contains all of the cell's chromosomes except the organellar chromosomes, and is the site of RNA synthesis and processing. In some species, or in specialized cell types, RNA metabolism or DNA replication may be absent. | ||
| Biological process | MRNA processing | Any process involved in the conversion of a primary mRNA transcript into one or more mature mRNA(s) prior to translation into polypeptide. |
Expression pattern of LotjaGi2g1v0128600.3, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…