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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi2g1v0134500 |
| Transcript ID | LotjaGi2g1v0134500.1 |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | RNA-binding family protein; TAIR: AT1G21320.2 nucleic acid/nucleotide binding protein; Swiss-Prot: sp|Q8H0P8|RBP1_MEDTR RNA-binding protein 1; TrEMBL-Plants: tr|I3SXG7|I3SXG7_LOTJA Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi2g1v0134500 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr2:48751929..48760729) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
AGGTATCCATCAAGAGTGTAACAAGGTGGCTGATTTCATTGCCAAGAATGCAGCCAGTGCCACAGGGATTCACATCATGA ACCGGCCCTGCCATGACTTAGAGACTTTCTTAATGATAGATTTGTTGGGTTTTAGTTAGCTTTCTTTCTTCTGTTAGTCT TCCGATGTATAAAAAAAAAATTACATTAACAATGTATCTACTATTATAATTTTACAATTATAAATAAAAGTATCGGAATT TGATTAGATAACTGTTTTCGAGACAAAATTTACACTAGCTGTACACACTCTTTTAATCTATCAATTAATCTAAAAAATAC ATTACTACATTTGTCCATGTCGACATACAATAATTTTCAGTAAAAGAAAAAAAAATATACATAAATAAATTAAAATGAAC CTTAATTTTCACTCCCCGCAGGATCGTGCAGTAGAACTGAGTCTGAAGCAGTAGCGGTAACAGCCAATAGCGACAGCACC ACCACCGAAATTAGGGCTTCTGCCATTCTCCTAAATTAGGGTTTCCCGTTCCCCTTTCCTTTCGCCATGGCGGATGGCTA CTGGAACCGTCAGCAGGCGCATATGCCCCACTCAGGAATGCTCAAACGACCCCGTTCCGACTACGGTTCGTTCCCCCTTT CTTTCACACTCGATTGTTTTGAATTTGATTCGTGCAATTCGACCTCTTTCTCTTCCCAATTTGTGTTAAAAATGCGTTTT TTTTTTATACTTTTTGTTATTGCTGGTGTTGGCAATTTGATTGGGCTTTAATTGACGCCATTTTGTATGCTCTTGCTTCT TAGGATCTTTTTTGAGTGGATTTGTTGTCATTTAGTGATATGTAGTATGCTGATTGCTAACTAGGTTGTTTTGTGGATGT GATTTTGAAGGGAGGAGATGAACAATTCTCAATCTTTTGACTTTATAAAGCTTCTTAGGCTCTGCGTCGGGTTTATATTT 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TGTTTCAATTGTTTTATGAGTTTAAATTAAAGAAGTTGATTGTTTGGCATTCTAAGTTAGATTTGATGTTAGAGGTGTTA GACCATAATATCTTAATAACTGAATTGATAGCGGGCTTCACTGGGGTACGATATCTGTCTGACACACACACACATGTGGC CTTATTCAATTTCATAATATTTTCAAAGGATTTATGGGTTGAACAAAATTGATTGAAAAACTAATCTTTCTGTGCTGTAA ATAATAACTATATATTGAAAACAAAACCATTGGTTCTTCTTCAAGTATCTTCTGCCACCACCTCACCTCCTATGCTAGAA ACATCTTAAATTTGTCTATCTGCAATAAAAGCAAGCACTGAGTCTCTGAAATTATTTCTCATCACTCAGCTTCACAGAAA GAAACTGAATAATGTATTTATGAATGCATGCTTAGAAGAAGGCTAAATCTATGATCTTTCTGGGTAGTTTTTTAGGCTTT GCGGCGTTTCTTTGGGTAGTTTTTTTAGGCTTTGGGGCGTTTCTTTTTCTCTGGCGATGACTCTTTTTTGATCCCTTTGA GGAGGGTTATGTATCTGATTATTTCCTCATCATTTGAATATATATATTTTTTCTCTTTCTAAAAAAAAATCTATGATCTT TTTACCTTAAATGACCCTTACTTCATATTCATAGGCCCTATAGTGATGAAGCAACAATTCATACTTATTGCAATTGCAAT GAAATTCTGCTTCACATTAAGGAAATTTTCCTTGACAACTTCCCAACTACCTTGAAAATAAGATTGTAAAACCCTTGATT TTTGATGCTATTCTTTATTTATATCTTTAATGATTCTTGGGCTTCCTTAATCAATAAGATACAATGTTCTGATTTGGGTT GGGATATGGTTGACGGTGTGTCTTCCTGTCGAAGAGCAGAAAGAGGCTTTAAACATCATGAGGTTCAGCTTTTTGAACCT 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TTGGTTGATAAGGGATTTGAGTTTGGTTGTTAAGAGATCTGCTTGTGGGAAAAAAAGGTGGAACTTCTAACTTTCAACAG GAGCGATCCCATGGCTGAGAAATTGTTGAAGTACAGCAAGTGAAGCTGTCAGAACATAACAGGGCTTCAATAGCAGGAAT GGAGTAGTGGATCATTGGTTCTGGTTCTAGTGATAGAAGACAACTGATCAGTCTTGGGCATGGTTGTCAAACTCTTGAGT CTAAATTAGTTAGTTAGAAGGGGATTGCAAGGGATTGATTAGATAAATAGTAGAAATCATTTTCGGGGGATTCATTCAGT ACAGTTGGTAGTTTGTGAGTGAAAGGAAAGAAAAATCTTTTGTGAAGGGGAAACAGTTTGGGGAGAATTCTATTCTCCAT TCTGTGTTCAGTTTAGAATTAGTTCATTTACATTCTTTTAGTTCTCTGTCAAATCTCCATCTTCTCTCTGAGTTCCTATC ACAAAGCTATAAAATACATGCATGTACACTCTTCTATTATATTCAATGTGTAGCAGTGTATGAATGGGAATGATATACGA CATGGAGACATTTTCAAAGTGTTTTTTTCAACTCAGTGCTGTTTGCTGGAGATGAGTTAAATACTAGATTTTTTAATTAA TCATTATTAATTTGCATTGCAGATATGCCAGCTTCTGGTTTGTCTTCGGGTAATGATATTAATAATTATATTGTGCGCGA TGATGACCGTACTGGTCCCCGAATGCTAAGGGACACAAAAACAATTGGATCTGCTTATGACCGCTACCTTCAGAGTGGGG TAACAATAATATTTCTTCTTATGTTTGTTCAAAACTTCAAATACAGTAGTTTACTTTTGGGGCATTTCACTGCTTGTTTG CTGAAAGCTTGCACCCTGTTTGGTTTTGAAGCAACTTTCTGCATATACTTCTGGGGAAGCCAGTACAATCGGTGGTCTTG GATATGCAAGGGGTCCTGGTGGATTACCAGGACATTCTCTAGCTGATCATGCTGCCATGGGGCGTCATGGAGGTGGTGGT CCTGATATTGCACCAAATGGACGAGGTTTTAATTATGGTGGTCAGCCACCAGTAGATTCTGTTTCCAGGCCTGGACATGA GACAGTTCCTCTACCTCCAGATGCTTCAAGTACTTTATATGTTGAAGGTCTGCCTTCTGATAGCACCAAAAGAGAAGTGG CTCGTATCCTTTTTGTTCGGATTCAATGCATAGAAATTGTGTCATCTTACTTTAATCTCTGTCTCTTGAGATTTATTTAC TTCAATTCAGTTATTCGTATTCCTTGACGTCATCTTAGATATTTTCCGCCCTTTTGTTGGATATAGAGAAGTGAGACTTG TAACTAAAGAATCCAAACATGTAAGTATACTGTTTGTATTCCTGTTTTGATTATTTAGTTGATTCGTTGAAACTGGGAAG TTACATCTTCTTTATGCTGAAATTTCAGCGTGGTGGAGATCCTCTGATCCTTTGTTTCGTGGACTTTGAAAATCCAGCTT GTGCCGCAACTGCTCTTAGTGCCTTGCAAGGTATCATTTCTAGTTACCTGCTGGTATAAAGGAAACTGGTTGTGTAAATT ATCTAACTGAATCACCTTGATCTGAAATAACATGACGTTGTGAAAATTGATTATGTACTTAGTGTTTTGGTTCTCTGTAC TAAGATGTGATTATTGTTTTGAAGTATTCTTTTGAATTTTTTGCTACAATTATGCAAAATAAGAGGAAATATTGAAGTTG GATTATACTAGATATGGTATACTCATCTGACTAATAAAACTCACTATTCTAGAGAATGATAATGATACCATCTTACTGAA GTATTAGGTAGGGTTTGATGGACAGGATAGAGTTACAAGAATCAAGTGTTATGTCCTATGTTTATGCATGTAAAATAGAG AACATATTCAGATATAAGGGTAAAAGTTGCATTTTGAATCCACTAAAAGGTCGAACCAAAGAAAATGGAACAAGAACATA ACAGCTTGTTCCATTTTGTTTTGTTTGCAAGCTGGTATCTTCATTGTTTCTTTTCTCTTTTTGATGGACTTGATTTCAAG TTCTCACAAATAGATTGTCCTTTTAATTTCGGTATGAACAAGTGTGTCATTCAGTAATTAAAGAAAATGAGGATACTAAG TAAGTTGCAAGACAAGGACAAAGAATGAACAGGGGCTGTTTAACTATAATGCAAAGCTCATGCTACCATCCATATTTATG CCTATTGTTGTTGTCTGTGTTCCAATTGTAGGCGAAGCAAACAGCCCATATTCTTGAGTATCATGAATTCATAAAATTCA TTCTTGTACTTGGTGTTTAATGATTTTTATATTTATGTATCTCTTGGGTGTTCGCTCACCTTGTGGTTGGGTGACAGGTT ATAAAGTTGATGAACTCGATCCTGAGTCTGGTCACTTGAGGCTTCAGTTTTCCCGGTATCCTGGTCCTAGAAGTGGGCCT GGATTTCGTGGTAAGAGGTGAGTTACATAGGCCATTTAGGTTTTATGCACATCATCTTTCTGGGGGCGAGAATGTCCATG GGTACACAAATGCAATTTTATTTGCTCCCTCTGGCTACAATCCTTGTTACAGCCTTGAGTAGCGCAAACTATGAACTGGC TGAGATCACAGTACAATTTCAGTTTAGTGAGTCTAACAAATGGAGATTTTTGCTACATGTATCCAGTTACTGTGTATCAA TTATTGCTTAATTTTGTTTGAACCTGCTGTCTAATTCATGGTAGCGTTTACTGTGTTGCCCAATAACTGTATTGTTCTAT TATTATTTTTTGGTTCTACATTACCTATTGTTCTAGTATTTTATACACTCGTTTTAGTGCATTAGGTACAAAAATGCTAT GCAGGGTGGATATCTGAGGGGTTAAGGTTGGCTTTGTGATGCCCCGGTCTAATAGTTTAAGTGGTTGTTTGTATGCGGAG GACATATTTTTAATTTCCATATTAGAAGATTTACATAATAGTCTTTATAAGTAAATAAGTAATTAGTATGTTGTGTTTAT G
CDS sequence (LotjaGi2g1v0134500.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGCGGATGGCTACTGGAACCGTCAGCAGGCGCATATGCCCCACTCAGGAATGCTCAAACGACCCCGTTCCGACTACGA TATGCCAGCTTCTGGTTTGTCTTCGGGTAATGATATTAATAATTATATTGTGCGCGATGATGACCGTACTGGTCCCCGAA TGCTAAGGGACACAAAAACAATTGGATCTGCTTATGACCGCTACCTTCAGAGTGGGCAACTTTCTGCATATACTTCTGGG GAAGCCAGTACAATCGGTGGTCTTGGATATGCAAGGGGTCCTGGTGGATTACCAGGACATTCTCTAGCTGATCATGCTGC CATGGGGCGTCATGGAGGTGGTGGTCCTGATATTGCACCAAATGGACGAGGTTTTAATTATGGTGGTCAGCCACCAGTAG ATTCTGTTTCCAGGCCTGGACATGAGACAGTTCCTCTACCTCCAGATGCTTCAAGTACTTTATATGTTGAAGGTCTGCCT TCTGATAGCACCAAAAGAGAAGTGGCTCATATTTTCCGCCCTTTTGTTGGATATAGAGAAGTGAGACTTGTAACTAAAGA ATCCAAACATCGTGGTGGAGATCCTCTGATCCTTTGTTTCGTGGACTTTGAAAATCCAGCTTGTGCCGCAACTGCTCTTA GTGCCTTGCAAGGTTATAAAGTTGATGAACTCGATCCTGAGTCTGGTCACTTGAGGCTTCAGTTTTCCCGGTATCCTGGT CCTAGAAGTGGGCCTGGATTTCGTGGTAAGAGGTGA
Protein sequence (LotjaGi2g1v0134500.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MADGYWNRQQAHMPHSGMLKRPRSDYDMPASGLSSGNDINNYIVRDDDRTGPRMLRDTKTIGSAYDRYLQSGQLSAYTSG EASTIGGLGYARGPGGLPGHSLADHAAMGRHGGGGPDIAPNGRGFNYGGQPPVDSVSRPGHETVPLPPDASSTLYVEGLP SDSTKREVAHIFRPFVGYREVRLVTKESKHRGGDPLILCFVDFENPACAATALSALQGYKVDELDPESGHLRLQFSRYPG PRSGPGFRGKR
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| MobiDBLite | 1 | 55 | 55 | - | – | |
| PANTHER | 2 | 251 | 250 | 4.1E-124 | – | |
| PANTHER | 2 | 251 | 250 | 4.1E-124 | – | |
| MobiDBLite | 101 | 151 | 51 | - | – | |
| SUPERFAMILY | 120 | 222 | 103 | 8.06E-15 | ||
| Gene3D | 146 | 240 | 95 | 2.8E-18 | ||
| ProSiteProfiles | 152 | 238 | 87 | 12.032 | ||
| CDD | 152 | 234 | 83 | 5.5494E-36 | – | |
| SMART | 153 | 227 | 75 | 2.8E-6 | ||
| Pfam | 154 | 222 | 69 | 2.7E-10 |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
| GO term | Namespace | Name | Definition | Relationships |
|---|---|---|---|---|
| Molecular function | Nucleic acid binding | Interacting selectively and non-covalently with any nucleic acid. |
Expression pattern of LotjaGi2g1v0134500.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…