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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi2g1v0212100 |
| Transcript ID | LotjaGi2g1v0212100.3 |
| Related isoforms 2 | |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 25-like protein; TAIR: AT1G25540.1 phytochrome and flowering time regulatory protein (PFT1); Swiss-Prot: sp|Q7XYY2|MED25_ARATH Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 25; TrEMBL-Plants: tr|A0A072UMI0|A0A072UMI0_MEDTR Mediator complex subunit 25 von willebrand factor type A protein; Found in the gene: LotjaGi2g1v0212100 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr2:66021055..66040406) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CAACACTGCAAATGCTCTAGTGCGGGAAGCTTGCATAAGTGGAAGCAGTTCTCTGAGCCAGTCTTGCTTTGCCGTTAACT TTCCTCTTGTAACAAAAAAAAATTTTAAAATAACTCAATAAAACAATAAAGGAAAGAATTGTTTTCCACTTGTAACCATA AAAAATATTAAGGAAAGAATTGGATAAATAATAAAGCAGATAGGAAAAACATCACTAGTAGGATAGCCTAATTGAACCTG AGGTATTCTAAAATACCTCTTTTTAAAAAAATCATTTTAATTTTTTTTTTGATAAGTATTATACTGGAACTGCTGTGGTT GCATTTTTATTTTCTCAGAGTTTCTGTTCAACGCTTACGGGCAGAAACGGCGCTTGGAAAATCTCCCCACAATCGACGAA AAAATCTGAACTTGATGCCTACCCTTTATAGCTGAAGGGCGTGTTCGTGTGAATTCATGCTAGTTTTTCAGTGATTTGAG CCAATTCACATTGAAATCTATCGATTGTTGTTGACATATATATAGATGGGTTTTCCTAAGAGTGATGGTGAATTGAGCTC TAACCTTTCTGTTTTTGAAGGAATTGGCATTGCTCTATTGACTATGGTTATGAGTTTCGTTATGAGGTGAGTGAATTTCA AGGATTATTGGTTTTTTCTCTCTCATAATTTGTGATTTCCTTTCTGTTGTACCTAAACTAATGATTCTTTTGATACAACT TATGATCTTATTCGAGATTAATTGGATATTTGTGTTCATGATGATAACAAATTTACATTGCTGTGTAATGTTGCTGCGTA ATGTGAGAGAATATTGATTAATCTAGACTCTCCTTTCTACTTTATTTGGCTGTGCAGACTAGGAATGTTAATATCATTGT GTCCGGCTTTCGAGGGTGGCGGTAGAATAGTTTTCGACCAACTTATGGTATGCTAACTTACTACTGTACTTGAAATTTTA 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TATATACATGCATTTCAACATGCAACAACTTAGGGACTCAAACAAGAATGCACATGGACATAGAAATGTGATTAGCTTAC ACTTTTCCTTTATTTTCTGTTTATACTTAGTTCTAGTTTTAGTAGAGTTGCATGTTGTTGTCTGGATATGTTTATAAATG ACTAGCATGATCAATTGTCATTTTTACTTTGTTTATATGAGAATTTTTTGCGTTGGATCTCTATGTGCAGTGCGCGAAAA TTGATTTCTCACATCAATCGTTGATTTTGTCCCCAACAGAAAAGAAATACTTCTTCCTTGGTTCAGTTTTTCCTAGAGTG AGTGTGATATCAATATTATTTCACATTATTATTTTTCATTTAGATTGTATTTTGAACATTGAGCTACACATGTGAGAATT TTGAGTACTTCTTTTAATACTTGCAATTCGATTCATTGACAGGGGACAACATTTGTGGAACCTCGTTAATCATGCATCTG GTAGCCAAAGCTGCTATTGGAGCCATGAGGGCGTGTAAGCAGATGGGAGGATCAGTCATGAGATTATGCTCTTTTCTTTC CTTTAAGCTTTTAATTGGTGAAGTTGAGACAATTACAAGACTGTCACAAGGCAGATCTTTGCGTTTTTTATGTTCTAACA TGCATAGTCTAAATCTGAAATATTTGAAATGTATGTTATGATTTTCCTGAAGTTACTCAGATTTTTATTGAGATTCAAAG GCTACAACCATTACCTAAGGAGTTGTAATCATTTTTGAACTTGTTAAATCCTTATATCCCCATGTGATGTTTTGGTGATA TCATACTTGTTTGTTAAATCCTTGATTACAGTTTTTGAAACTGTTTTCTACTTTTAAAAACTGAAAAATTTAAAAACCTG GTTGTTTTCCAAAACGGTTTTCGAAAACAGTTCTCAATTTCAGTTTTTAAAACTAAAATACCTGAACAACTAAAAGATAT TTTCTGTTTCAGCTTTTAGCTTTCAAATTACAATTTTTGTAATGTTGGAAAACATTTAATTCAAACAATTTTTAATAGAA AACAGTTTTCAAAAACATTATCTGAAAACAATTTTTAAATACAGATTTTAAAATCTGCAATCATGCATTCCC
CDS sequence (LotjaGi2g1v0212100.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGCAGATGGCCTAGCTGAGGCTTTAATGATGTTCTTGAAACCCTTTAATTACATAATGACAAAAGAAGAATACAACAG TGCAGAAAGACACTGCCTTCTGGTGACTGCTGGTGACCCAATTCCTAGGAGAATGTTAGTGTCTATGCCTTCCATTCGAG AAGGACAAGTTGTTGGCCCACATGAAAAGGATTGTATGGCTGATTTCCTTGAAGTGGCTAAAATGTTTGTCCAGCTATCT GTGTCCCTATCAGTGATAACTCCTAATGAATCTCTAATTTTCAGAGCAATATTCAATAAGGGGAATAATGTTTCTTCAAT GGAAAATTCTTCTATCCCCAATTATGGAATTAATCAGTATATTGTTTTATTATCAAGAAACTTTCAGGAGGCACATGTTG CCCTTCATGAAAACTTAATGGTGACCTTACCTGCACAAAGAGAAGGTCAATCCTCAGCGCATCAAGTAACCATGGGTGAT CAAATCACTGAAGATCCCAATGCTTTGAGAAATGAGTCACCCCTGGTTTTCCCAAATGCAACAAATTATATGCATGCATC TTCCCCTAGCTTTGAGTACCCAATGAATCATTTTGATGATATTGTGCCTGATCTGGGTGCTGAGAATGACTTTTTGAGAG CAAGTAAAAAACCCAAGACATTTACAGCATTGGAAGATGGCATTCCAGAAAATCTTTTTCATCAAGATGAACTTAACTCT ACTGTCATCAACAATTCTGTTAGAGAAGAGCAAAGAATGCATACTGAGAAAAATGTTCCGGTGGAGGCCATTGAAACTGT TGAAACTGAATTGGAACCGACATTGAGAGTTGTTTCACAAAATATATCAAATAACCAAACTTCGAACATGGACTTGACTG CAAATTCAGAAGTAAACATGTCAGGACAAGTTGTAGCCAACGCTGAACCCACTTTCACTACTGAACAAGGATCTTCAACA AGACTACTTCAAACTTTGACTCCGAGAAGAGATAAGAATACAAAGAACCATGTTATCAGCTCAAAAAACTATTCAACTTC TGCTTTCTCAGTACCTCAATACCCTTCAAGTCCATCGCCATCATGGACGGACCAAGGACCAATGCAACAAGCATGTCATC CCCAACTTGGTATGACAAGCATATCAAGTAGATTGGGGATTGTTGATCAAGATGACCCTCGTCAATTTCATTATGATGCT TCATTTGGTAGTTCCATGATTCCTAGTGCAGTAGAAAACTCACCCATGCAGTTTCAACCAAACTCAGCACCAGTGGTCCC AGTGTTACATGATGCAACTAGTCAATATGTTAGAGGACCAATGGGGAATTTTTCAGGAAAACCTACAGAACATGTTACTA TGACTTCTTATGGTCCACTCAATACTCCTCCAATGGGACCAACCACTTCGGTTCCTCCTATGCCCGGAATGGCTCCAACA ATTTATCCGGGACAACTTTTGCCTCCTCCATCTCTTTCGGATCTCCAAGACTATGTGCAAACATGGGAGGGATCTTTAGC TGCAAAGTTTCAGCCGAATCATGTATCTCTTATTAAAGCGCAGGCCTTCAGTAAAGCAACGCCACCCTTCTCACTTACCC TTCAATGGTCAAGCAGATTAGAGATAAGTAACTTCTTGCCTGAGAAGGCCGTAAATTATACAAAGTGCAGTTTGAGTAGA CCCGTATATTACGTGTTCTTAAACACCCTATCCAAGTCCAACAAACTTTACGAGCATCTACTTAGCAAAAAACTGTGCGC GAAAATTGATTTCTCACATCAATCGTTGATTTTGTCCCCAACAGAAAAGAAATACTTCTTCCTTGGTTCAGTTTTTCCTA GAGGGACAACATTTGTGGAACCTCGTTAA
Protein sequence (LotjaGi2g1v0212100.3) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MADGLAEALMMFLKPFNYIMTKEEYNSAERHCLLVTAGDPIPRRMLVSMPSIREGQVVGPHEKDCMADFLEVAKMFVQLS VSLSVITPNESLIFRAIFNKGNNVSSMENSSIPNYGINQYIVLLSRNFQEAHVALHENLMVTLPAQREGQSSAHQVTMGD QITEDPNALRNESPLVFPNATNYMHASSPSFEYPMNHFDDIVPDLGAENDFLRASKKPKTFTALEDGIPENLFHQDELNS TVINNSVREEQRMHTEKNVPVEAIETVETELEPTLRVVSQNISNNQTSNMDLTANSEVNMSGQVVANAEPTFTTEQGSST RLLQTLTPRRDKNTKNHVISSKNYSTSAFSVPQYPSSPSPSWTDQGPMQQACHPQLGMTSISSRLGIVDQDDPRQFHYDA SFGSSMIPSAVENSPMQFQPNSAPVVPVLHDATSQYVRGPMGNFSGKPTEHVTMTSYGPLNTPPMGPTTSVPPMPGMAPT IYPGQLLPPPSLSDLQDYVQTWEGSLAAKFQPNHVSLIKAQAFSKATPPFSLTLQWSSRLEISNFLPEKAVNYTKCSLSR PVYYVFLNTLSKSNKLYEHLLSKKLCAKIDFSHQSLILSPTEKKYFFLGSVFPRGTTFVEPR
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 1 | 621 | 621 | 2.3E-104 | – | |
| PANTHER | 1 | 621 | 621 | 2.3E-104 | – | |
| Pfam | 1 | 117 | 117 | 5.5E-8 | ||
| MobiDBLite | 349 | 368 | 20 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi2g1v0212100.3, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…