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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi2g1v0249600 |
| Transcript ID | LotjaGi2g1v0249600.1 |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | RNA ligase/cyclic nucleotide phosphodiesterase; TAIR: AT5G40190.1 RNA ligase/cyclic nucleotide phosphodiesterase family protein; Swiss-Prot: sp|A7GMB9|Y945_BACCN Putative phosphoesterase Bcer98_0945; TrEMBL-Plants: tr|I3S8C4|I3S8C4_LOTJA Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi2g1v0249600 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr2:71522960..71537550) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
CTCACTTTCTCTTTCATCGTATTTTCACTCTTTTTTCTTCTTATCTCTTTGTATTTCTTATCACATATCATATCACTCAT TTCTTTTTTTTTTTCTTCCTATTTGATCAAAGTAGAGCACTTGGAGGTGGAAAAAGTGTATGGACAAACTATTATTCTTA ATTTTTTCTTTGAAAGTAGTATTATTCTTAAATTAAACTTTGCATAGATGTGGTTTACCCCTTCGCAATTGCTTCATGTT TCACAAAACCATTTATTTTTCATTTGTGGATTTCATGGTATTAATTTTTATTATTTAGTATATGTTTAAAATAAGAAAAA AAAAAGTTATTCTTATTACTTTCTTTCTCTATTACCCCAACCTGGGTTTGTTGAGTGTTGAGAGAGAGTGGAGAAAATCG AAACTCCTATACCATGTTCTGCACTGAGTGAACCAATTCCCAATCTTCATTCCAAAATCCCCATCCATTCTCACCCGTCG AGTGGGTGGCTCCGCCGTGTCAGATCTGGGTTGCTGGCAGTTTCCGATGGGTTACGCAATCGAACTCTACATGGACCCAG CACTGGAGAACCAGGTTCTCAAAGCCTGGAACGTCATCGCACGCCGTCAGATCAGCACACAGCTCATCGAAATGGAGTCA CGCCCTCACCTCACACAGCTCATCGCGATTCGGAAGGAAGGTGTGTTAGAATTTTATTCTAATTTGGGCTTATATTGATT GATGACTTTTTATTTTATTTTATTAAAATGAGTTGAATGTTACTTGATATATTTTCTCTGTGAACTCTTTTGTTAATGTG ATCCTTTTGAACTATTTTGGGAATCACCATATGCATATAAGTTTATTGGGTTGAGCCCAATTGACAAGTGTGTGAACATT AGGTTTTCCATGTTTTATTAATAGAGGGCAGGATCCCCACTTTGACGTTCTTTAACGGCTTGTGCTCCATCGAACAGGTC 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CCGATGGGTTACGCAATCGAACTCTACATGGACCCAGCACTGGAGAACCAGGTTCTCAAAGCCTGGAACGTCATCGCACG CCGTCAGATCAGCACACAGCTCATCGAAATGGAGTCACGCCCTCACATCACTCTCTTCTCCACTCCATTTCTAGAACCTT CCAAGCTCGAACCACTCCTCAAAACCCTCTCCACAAAGCACGACCCCTTCCCTCTCTCTTTCTCCTCCGTCGGAGCATTC CCCGGCGACCACAACACGCTGTTTCTCTCCCCGACGCCGTCGCTCTCCCTCCTCCATTTTCAGTCGCAGCTCTGTGACGC GATTCGGAAGGAAGGTGTTGATGTTCCGGATGAGTACGCGCTTGGTTCGTGGATTCCGTTTTGCTCCGTCGCGCATCAGG TTCCCAAGGCGAGGATGGCGGAGGCGTTTTCTCTGTTGCGGGACCTGAAGTTGCCGGTTTCTGGTTACGCGGTGGATGTC GCGGTTGTTCAATTCTCTCCGGTTCGTGAGCTGTTCTCGTTCGTGCTTGGCACCACTGCTCCTGATTCCTGAGGTTGTTT TTTAGCCCCTGCTGTTTCTAGGGTTTTGAGAATTGCATTTTGCATCTTCTGACATTTGGTTGTTTTGGTTTTGTAGTTGT TGATCTGTTATTTGAATTGTGATGATTGTTATTGCTGGCTCTTTCTTTTATAGGATTTGGATTCTCTATAATGTGGACTG AACTCTAGAATTTAACAACTTCAGAATTTGTTACTATACACATATGCATGTAATTTTGTTGTTAAATCAACAGTGATATA GTTCACTTTGGAGGAGGCAAAAACAGTATAGGATTCTTCATTTCTCATTTTCAATTAGTTGTGGTAATTTGGTTGTGAAA TAATCATTCGGTTTTGCTGGTGGCCTGTTTGAGTTCATTCCTGTTGCTGACTTAGTGAGTTGCGAATATCTTCATCGAGT 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CDS sequence (LotjaGi2g1v0249600.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGGTTACGCAATCGAACTCTACATGGACCCAGCACTGGAGAACCAGGTTCTCAAAGCCTGGAACGTCATCGCACGCCG TCAGATCAGCACACAGCTCATCGAAATGGAGTCACGCCCTCACATCACTCTCTTCTCCACTCCATTTCTAGAACCTTCCA AGCTCGAACCACTCCTCAAAACCCTCTCCACAAAGCACGACCCCTTCCCTCTCTCTTTCTCCTCCGTCGGAGCATTCCCC GGCGACCACAACACGCTGTTTCTCTCCCCGACGCCGTCGCTCTCCCTCCTCCATTTTCAGTCGCAGCTCTGTGACGCGAT TCGGAAGGAAGGTGTTGATGTTCCGGATGAGTACGCGCTTGGTTCGTGGATTCCGTTTTGCTCCGTCGCGCATCAGGTTC CCAAGGCGAGGATGGCGGAGGCGTTTTCTCTGTTGCGGGACCTGAAGTTGCCGGTTTCTGGTTACGCGGTGGATGTCGCG GTTGTTCAATTCTCTCCGGTTCGTGAGCTGTTCTCGTTCGTGCTTGGCACCACTGCTCCTGATTCCTGA
Protein sequence (LotjaGi2g1v0249600.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MGYAIELYMDPALENQVLKAWNVIARRQISTQLIEMESRPHITLFSTPFLEPSKLEPLLKTLSTKHDPFPLSFSSVGAFP GDHNTLFLSPTPSLSLLHFQSQLCDAIRKEGVDVPDEYALGSWIPFCSVAHQVPKARMAEAFSLLRDLKLPVSGYAVDVA VVQFSPVRELFSFVLGTTAPDS
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| SUPERFAMILY | 1 | 151 | 151 | 1.02E-14 | ||
| PANTHER | 2 | 178 | 177 | 2.7E-91 | – | |
| PANTHER | 2 | 178 | 177 | 2.7E-91 | – | |
| Gene3D | 3 | 176 | 174 | 4.8E-17 | – | |
| Pfam | 39 | 162 | 124 | 1.6E-16 | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi2g1v0249600.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…