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LotjaGi2g1v0249600.1

Overview

Field Value
Gene ID LotjaGi2g1v0249600
Transcript ID LotjaGi2g1v0249600.1
Lotus japonicus genome version Gifu v1.2
Description RNA ligase/cyclic nucleotide phosphodiesterase; TAIR: AT5G40190.1 RNA ligase/cyclic nucleotide phosphodiesterase family protein; Swiss-Prot: sp|A7GMB9|Y945_BACCN Putative phosphoesterase Bcer98_0945; TrEMBL-Plants: tr|I3S8C4|I3S8C4_LOTJA Uncharacterized protein; Found in the gene: LotjaGi2g1v0249600
Working Lj name n.a.

Sequence information

Genomic sequence (LjG1.1_chr2:71522960..71537550) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.

CTCACTTTCTCTTTCATCGTATTTTCACTCTTTTTTCTTCTTATCTCTTTGTATTTCTTATCACATATCATATCACTCAT TTCTTTTTTTTTTTCTTCCTATTTGATCAAAGTAGAGCACTTGGAGGTGGAAAAAGTGTATGGACAAACTATTATTCTTA ATTTTTTCTTTGAAAGTAGTATTATTCTTAAATTAAACTTTGCATAGATGTGGTTTACCCCTTCGCAATTGCTTCATGTT TCACAAAACCATTTATTTTTCATTTGTGGATTTCATGGTATTAATTTTTATTATTTAGTATATGTTTAAAATAAGAAAAA AAAAAGTTATTCTTATTACTTTCTTTCTCTATTACCCCAACCTGGGTTTGTTGAGTGTTGAGAGAGAGTGGAGAAAATCG AAACTCCTATACCATGTTCTGCACTGAGTGAACCAATTCCCAATCTTCATTCCAAAATCCCCATCCATTCTCACCCGTCG AGTGGGTGGCTCCGCCGTGTCAGATCTGGGTTGCTGGCAGTTTCCGATGGGTTACGCAATCGAACTCTACATGGACCCAG CACTGGAGAACCAGGTTCTCAAAGCCTGGAACGTCATCGCACGCCGTCAGATCAGCACACAGCTCATCGAAATGGAGTCA CGCCCTCACCTCACACAGCTCATCGCGATTCGGAAGGAAGGTGTGTTAGAATTTTATTCTAATTTGGGCTTATATTGATT GATGACTTTTTATTTTATTTTATTAAAATGAGTTGAATGTTACTTGATATATTTTCTCTGTGAACTCTTTTGTTAATGTG ATCCTTTTGAACTATTTTGGGAATCACCATATGCATATAAGTTTATTGGGTTGAGCCCAATTGACAAGTGTGTGAACATT AGGTTTTCCATGTTTTATTAATAGAGGGCAGGATCCCCACTTTGACGTTCTTTAACGGCTTGTGCTCCATCGAACAGGTC 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CCGATGGGTTACGCAATCGAACTCTACATGGACCCAGCACTGGAGAACCAGGTTCTCAAAGCCTGGAACGTCATCGCACG CCGTCAGATCAGCACACAGCTCATCGAAATGGAGTCACGCCCTCACATCACTCTCTTCTCCACTCCATTTCTAGAACCTT CCAAGCTCGAACCACTCCTCAAAACCCTCTCCACAAAGCACGACCCCTTCCCTCTCTCTTTCTCCTCCGTCGGAGCATTC CCCGGCGACCACAACACGCTGTTTCTCTCCCCGACGCCGTCGCTCTCCCTCCTCCATTTTCAGTCGCAGCTCTGTGACGC GATTCGGAAGGAAGGTGTTGATGTTCCGGATGAGTACGCGCTTGGTTCGTGGATTCCGTTTTGCTCCGTCGCGCATCAGG TTCCCAAGGCGAGGATGGCGGAGGCGTTTTCTCTGTTGCGGGACCTGAAGTTGCCGGTTTCTGGTTACGCGGTGGATGTC GCGGTTGTTCAATTCTCTCCGGTTCGTGAGCTGTTCTCGTTCGTGCTTGGCACCACTGCTCCTGATTCCTGAGGTTGTTT TTTAGCCCCTGCTGTTTCTAGGGTTTTGAGAATTGCATTTTGCATCTTCTGACATTTGGTTGTTTTGGTTTTGTAGTTGT TGATCTGTTATTTGAATTGTGATGATTGTTATTGCTGGCTCTTTCTTTTATAGGATTTGGATTCTCTATAATGTGGACTG AACTCTAGAATTTAACAACTTCAGAATTTGTTACTATACACATATGCATGTAATTTTGTTGTTAAATCAACAGTGATATA GTTCACTTTGGAGGAGGCAAAAACAGTATAGGATTCTTCATTTCTCATTTTCAATTAGTTGTGGTAATTTGGTTGTGAAA TAATCATTCGGTTTTGCTGGTGGCCTGTTTGAGTTCATTCCTGTTGCTGACTTAGTGAGTTGCGAATATCTTCATCGAGT 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CDS sequence (LotjaGi2g1v0249600.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.

ATGGGTTACGCAATCGAACTCTACATGGACCCAGCACTGGAGAACCAGGTTCTCAAAGCCTGGAACGTCATCGCACGCCG TCAGATCAGCACACAGCTCATCGAAATGGAGTCACGCCCTCACATCACTCTCTTCTCCACTCCATTTCTAGAACCTTCCA AGCTCGAACCACTCCTCAAAACCCTCTCCACAAAGCACGACCCCTTCCCTCTCTCTTTCTCCTCCGTCGGAGCATTCCCC GGCGACCACAACACGCTGTTTCTCTCCCCGACGCCGTCGCTCTCCCTCCTCCATTTTCAGTCGCAGCTCTGTGACGCGAT TCGGAAGGAAGGTGTTGATGTTCCGGATGAGTACGCGCTTGGTTCGTGGATTCCGTTTTGCTCCGTCGCGCATCAGGTTC CCAAGGCGAGGATGGCGGAGGCGTTTTCTCTGTTGCGGGACCTGAAGTTGCCGGTTTCTGGTTACGCGGTGGATGTCGCG GTTGTTCAATTCTCTCCGGTTCGTGAGCTGTTCTCGTTCGTGCTTGGCACCACTGCTCCTGATTCCTGA 

Protein sequence (LotjaGi2g1v0249600.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.

MGYAIELYMDPALENQVLKAWNVIARRQISTQLIEMESRPHITLFSTPFLEPSKLEPLLKTLSTKHDPFPLSFSSVGAFP GDHNTLFLSPTPSLSLLHFQSQLCDAIRKEGVDVPDEYALGSWIPFCSVAHQVPKARMAEAFSLLRDLKLPVSGYAVDVA VVQFSPVRELFSFVLGTTAPDS 

Domain prediction

Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.

Merging data from EBeye. Please wait…

Domains

Sorting

Prediction algorithm Identifier Start End Length E-value InterPro ID
SUPERFAMILY 1 151 151 1.02E-14
PANTHER 2 178 177 2.7E-91
PANTHER 2 178 177 2.7E-91
Gene3D 3 176 174 4.8E-17
Pfam 39 162 124 1.6E-16

Gene function (GO predictions)

GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .

Unable to find any GO terms for the transcript with the identifier.

Expression data

Expression pattern

Expression pattern of LotjaGi2g1v0249600.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.

Loading expression data from ljgea-geneid. Please wait…