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| Field | Value |
|---|---|
| Gene ID | LotjaGi2g1v0280300 |
| Transcript ID | LotjaGi2g1v0280300.1 |
| Lotus japonicus genome version | Gifu v1.2 |
| Description | Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 25; TAIR: AT1G25540.1 phytochrome and flowering time regulatory protein (PFT1); Swiss-Prot: sp|Q7XYY2|MED25_ARATH Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 25; TrEMBL-Plants: tr|A0A151RZ52|A0A151RZ52_CAJCA Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 25; Found in the gene: LotjaGi2g1v0280300 |
| Working Lj name | n.a. |
Genomic sequence (LjG1.1_chr2:75191266..75205829) extracted from Lotus japonicus Gifu genome v1.2.
AAACATTACAGTATTTGAGTAAAGAACATTGCTAAATTATCAGAAAAAAGTCAAAGACCAAAACCAAACACTTCCCGTGG TGGCCACTCCACTGGCCAAGCCACCGTCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCAAACACCGTAACACAT ATACGATGATGATTCAGTCAAAATGGTAACCCCCTTCCAAATTGAATGCACTTTCCTTTTCCTCAACTTTCCATCTTTAC AATCAATATATATATAAATCATCCCTCAATTTCCTCCCATATATAAACAACGCTTCGTCATTCATTCCTCACAACCAAAA CCCTAAAAATCACCATGGCTGCGGAGAAACAGCTCATCGTCGCCGTCGAATGCACCGCTGCTATGGGTCCCTATTGGAGC ACCATTCTCACGGATTACCTTGAGAAGATCATCAGGTTCTTTTCTTCTCTTTTTATCTTTATCTACCCACTTCCCCTTTT CTTCAATTCAATCAAAATCAAATCAGGGCTTTTCTTCTCTGTTTTTTTAGGAGATTGAGGTTTTGTTGCTGTACCTGGAC TGTTGTTCATTTGGTTGATTGTTGTTGATTAGGTAGAAAAACGAAAAATGGTGTTTGTGATTTGGGGATTTTGAAGGTTG TGCTGGGTTTTGTTATGTTATGGTACTGGGAGGTAGGTGGGTTTGGTTTTTTGTGATTGGTGAAGTGAATCAGTTGGCTT TGGCTTCGGTGTTATTCTTAGCGTTGTCACATTTCCATAGCTGTTGGTGGTGATGAAGTTGGATGAGAGTTTAGCCCTTT GTATGATATACAGATTTTAGAAGCAAAAATTTGTATTTGCTTTTTGTCGTACTAGTAGTGGCTGTGATCATGATGCTGGT TGTGGTGGTAGTGGCTGTGTTTTTATTGTTTTGGGTAATATATTTATTGTATAGTAGATATTTACTCTTCCTACTAGATT 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CDS sequence (LotjaGi2g1v0280300.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 CDS.
ATGGCTGCGGAGAAACAGCTCATCGTCGCCGTCGAATGCACCGCTGCTATGGGTCCCTATTGGAGCACCATTCTCACGGA TTACCTTGAGAAGATCATCAGGTCTTTTGCTGGAAACGAGTCAACTGGGCAGAAGCCTTCTGCTTCCAACGTTGAGTTTG CCCTAGTCACCTATAATACTCATGGATGTTATTCTGGTTTCCTTGTGCAACGGACTGGCTGGACAAGAGAACCAGATGTT TTCTTCTCGTGGCTTTCAGGTGTACCCTTTTCTGGTGGTGGTTTTAATGATGGTGCAATTGCTGAAGGGCTTTCTGAAGC TCTGATGATGTTCCCAAATTCTCAAAGTGGAAGCCCGAATCAGCAGAATGTGGATATTCATAAGCATTGTATCCTTGTAG CAGCAAGCAATCCTTATCCATTGCAGACACCAGTCTATGTTCCGCGACCACAGAGCCTAGAGAAGAGTGAAACCATTGAT TCAGACCCAGGGAACCGTTTATATGATGCTGAAGCTGTCGCTAAAGCATTTCCTCAGTTTTCTATTTCTCTGTCAGTCAT CTGCCCTAAACAACTTCCCAAAGTTAAAGCCATCTACAATGCGGGAAAACGAACTAGTAGAGCAGCTGATCCACCAGTTG ATGTTAAAACTACTCATTTCCTTGTTTTAATATCAGAAGCTTTCAGGGAGGCCTCCAGTGCTTTGAGTCGTTCTGGGATC ACAAGCTTGCCTTCAAATCAAAGTCCTGTTAAAGTAGATGCAGTTTCTGTTACACCAGTTACAGGGGCACCCCCAACTTC TTTGCCATCAGTTAATGGATCAATTGCAAGCCGGCAGCCAATATCTGCTGGGAATGTGGCTCCTGCTACTGTAAAAGTGG AGCCTGTTCCCGTAACTTCCATGGTAGCTGGACCTGCTTTTCCTCATAATTCATCAGTTCCGCGTGCTGCTATTACTGGT CAAGGAATTCCAAGTTTGCAGACATCCTCTCCATCTTCTGCTTCTCAAGATATCATGACAAATACTGAAAATGGTCAGGA TACAAAGCCTATGGCGTCAATGTTGCAGCAGCCCTTACGTCCAGTGAATCCTGCACAAGCGAATGTGAACATTTTGAATA ATCTCTCTCAAGCACGGCAGGTGATGAACTCTGCTGCCTTAAGTGGTGGAACCTCTATGGGACTTCCATCAATGGGTCAG ACTCCTGTTGCCATGCACATGTCAAACATGATATCTAGTGGGATGGCATCTTCTGTACCTGCGGCTCAAAATGTATTTTC ATCTGGACCGTCAGGAATAACATCAATAACTAGTTCTGGACCTCTTACTGCTCCGGCACAGGTTGGACAAAACTCAGCTC TTGGTTCATTAACTTCAGCTACTTCTAATTTGTCTTCAAGTTCAAATGTTGGGATTTCACAACCATTGAGTAATCTTCAA GGAGCTGTTAGTATGGGACAACAGGTGCCTGGAATGAGCCAAGGAAACATTTCAGGAACCCAAATGGTGCAAGGTGGGGT TAACATGAACCAAAATGTAATGAATGGCCTTGGTCAATCAGTTGTCTCTTCTGGAAATGGTACAATGATTCCTACTCCAG GAATGTCTCAACAAGTACAATCAGGCGTGCAGCCACTTGTGAATAATGCAGCAGCTAATATGACTTTGCCACAGCAGACA TCAGGTGGTATGCAGGCTACACAATCCAAATATCTCAAGGTTTGGGAGGGAAGCTTATCTGGGCAAAGACAAGGACAGCC AGTATTCATCACCAAGCTGGAAGGTTACAGGAGTGCTTCTGCCCCTGAGACAATTGCAGCAAACTGGCCCCCTGTAATGC AAATTGTTCGGCTTATATCTCAGGACCACATGAATAACAAGCAATATGTAGGAAAGGCAGATTTCCTTGTTTTTCGAGCA ATGAACCCTCATGGGTTTCTCGGTCAACTGCAGGAAAAGAAGCTGTGTGCAGTTATTCAATTACCATCACAGACATTGTT ACTATCTGTTTCTGACAAAGCATGCCGCTTGATTGGGATGCTCTTCCCGGGGGATATGGTTGTTTTTAAGCCACAATTGT CCAGTCAACAACAGCAACAAATGCAACAGCAGCAGCAGATGCAATCGCAACAGCAGCTTCCTCACTTGCAGCAGCAGCAG CTTCCTCACTTGCAGCAACAGCAACTTCCGCAACTGCAGCAGCAGCAGCAACTACAACAGCAACAACAACAACTTACCCA GCTCCAACAACAACAGCAGCAGCAACTTCCACAAGTCCAACAGCAGCAGCTTTCCCAGATGCAGCAGCAACAACTCCCTC AACTTCAGCAACAACAACTCTCGCAGCTGCAGCCGCAGCAACAGCTTCCGCAGTTGCAGCAATTACAGCATCAACAACTT CCTCAACAGCAGCAACAGATGGTTGGGGCAGGAATGGGTCAAGCATATGTTCAAGGTCCTGGGCGGTCACAAATGGTTTC TCAGGGACAGGTATCACAAGGACCAACAAACATTGGTGGAGGGGGCTTCATGAGTTAG
Protein sequence (LotjaGi2g1v0280300.1) extracted from Lotus japonicus Gifu v1.2 Proteins.
MAAEKQLIVAVECTAAMGPYWSTILTDYLEKIIRSFAGNESTGQKPSASNVEFALVTYNTHGCYSGFLVQRTGWTREPDV FFSWLSGVPFSGGGFNDGAIAEGLSEALMMFPNSQSGSPNQQNVDIHKHCILVAASNPYPLQTPVYVPRPQSLEKSETID SDPGNRLYDAEAVAKAFPQFSISLSVICPKQLPKVKAIYNAGKRTSRAADPPVDVKTTHFLVLISEAFREASSALSRSGI TSLPSNQSPVKVDAVSVTPVTGAPPTSLPSVNGSIASRQPISAGNVAPATVKVEPVPVTSMVAGPAFPHNSSVPRAAITG QGIPSLQTSSPSSASQDIMTNTENGQDTKPMASMLQQPLRPVNPAQANVNILNNLSQARQVMNSAALSGGTSMGLPSMGQ TPVAMHMSNMISSGMASSVPAAQNVFSSGPSGITSITSSGPLTAPAQVGQNSALGSLTSATSNLSSSSNVGISQPLSNLQ GAVSMGQQVPGMSQGNISGTQMVQGGVNMNQNVMNGLGQSVVSSGNGTMIPTPGMSQQVQSGVQPLVNNAAANMTLPQQT SGGMQATQSKYLKVWEGSLSGQRQGQPVFITKLEGYRSASAPETIAANWPPVMQIVRLISQDHMNNKQYVGKADFLVFRA MNPHGFLGQLQEKKLCAVIQLPSQTLLLSVSDKACRLIGMLFPGDMVVFKPQLSSQQQQQMQQQQQMQSQQQLPHLQQQQ LPHLQQQQLPQLQQQQQLQQQQQQLTQLQQQQQQQLPQVQQQQLSQMQQQQLPQLQQQQLSQLQPQQQLPQLQQLQHQQL PQQQQQMVGAGMGQAYVQGPGRSQMVSQGQVSQGPTNIGGGGFMS
Data for domain prediction are obtained with InterProScan, and merged with InterPro data obtained from the EB-eye REST service.
| Prediction algorithm | Identifier | Start | End | Length | E-value | InterPro ID |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PANTHER | 1 | 763 | 763 | 4.1E-260 | – | |
| PANTHER | 1 | 763 | 763 | 4.1E-260 | – | |
| Pfam | 4 | 226 | 223 | 3.2E-44 | ||
| SUPERFAMILY | 6 | 138 | 133 | 1.93E-5 | ||
| MobiDBLite | 315 | 343 | 29 | - | – | |
| Coils | 731 | 755 | 25 | - | – | |
| MobiDBLite | 825 | 839 | 15 | - | – | |
| MobiDBLite | 825 | 845 | 21 | - | – |
GO predictions are based solely on the InterPro-to-GO mappings published by EMBL-EBI, which are in turn based on the mapping of predicted domains to the InterPro dataset. The InterPro-to-GO mapping was last updated on , while the GO metadata was last updated on .
Expression pattern of LotjaGi2g1v0280300.1, powered by ExpAt. For advanced configuration, data transformation and export options, view expression data in the ExpAt application.
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